data_6RKD
#
_model_server_result.job_id            R_H--PUBHPretDDpdtIS0w 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-30 12:04:22' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6rkd 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"UA","auth_seq_id":304}' 
#
_entry.id    6RKD 
#
_exptl.entry_id    6RKD 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              1215.503 
_entity.id                          5 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'bis(mu4-oxo)-tetrakis(mu3-oxo)-hexakis(mu2-oxo)-hexadecaoxo-octamolybdenum (VI)' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    12 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            6RKD 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               1 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6RKD 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    dodecameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      12 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC,HC,IC,JC,KC,LC,MC,NC,OC,PC,QC,RC,SC,TC,UC,VC,WC,XC 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 5 O N N 
? 5 Z N N 
? 5 EA N N 
? 5 PA N N 
? 5 UA N N 
? 5 DB N N 
? 5 HB N N 
? 5 SB N N 
? 5 YB N N 
? 5 HC N N 
? 5 NC N N 
? 5 WC N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 Y PG ATP . B ATP 805 1_555 AA O1 MOO . B MOO 807 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.637 ? 
covale ? covale2 OA PG ATP . D ATP 906 1_555 QA O1 MOO . D MOO 908 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.637 ? 
covale ? covale3 CB PG ATP . F ATP 905 1_555 EB O1 MOO . F MOO 907 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.637 ? 
covale ? covale4 RB PG ATP . H ATP 805 1_555 TB O1 MOO . H MOO 807 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.637 ? 
covale ? covale5 GC PG ATP . J ATP 804 1_555 IC O1 MOO . J MOO 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.637 ? 
covale ? covale6 VC PG ATP . L ATP 905 1_555 XC O1 MOO . L MOO 907 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.637 ? 
metalc ? metalc1 A OE1 GLU 190 A GLU 190 1_555 N MG MG . A MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.71 ? 
metalc ? metalc2 A O PRO 227 A PRO 227 1_555 N MG MG . A MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.236 ? 
metalc ? metalc3 M O2B ATP . A ATP 301 1_555 N MG MG . A MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? 
metalc ? metalc4 M O2A ATP . A ATP 301 1_555 N MG MG . A MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? 
metalc ? metalc5 C OE1 GLU 190 C GLU 190 1_555 DA MG MG . C MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.71 ? 
metalc ? metalc6 C O PRO 227 C PRO 227 1_555 DA MG MG . C MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.236 ? 
metalc ? metalc7 CA O2B ATP . C ATP 301 1_555 DA MG MG . C MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.055 ? 
metalc ? metalc8 CA O2A ATP . C ATP 301 1_555 DA MG MG . C MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? 
metalc ? metalc9 E OE1 GLU 190 E GLU 190 1_555 TA MG MG . E MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.71 ? 
metalc ? metalc10 E O PRO 227 E PRO 227 1_555 TA MG MG . E MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.236 ? 
metalc ? metalc11 SA O2B ATP . E ATP 302 1_555 TA MG MG . E MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.055 ? 
metalc ? metalc12 SA O2A ATP . E ATP 302 1_555 TA MG MG . E MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? 
metalc ? metalc13 G OE1 GLU 190 G GLU 190 1_555 GB MG MG . G MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.71 ? 
metalc ? metalc14 G O PRO 227 G PRO 227 1_555 GB MG MG . G MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.236 ? 
metalc ? metalc15 FB O2B ATP . G ATP 301 1_555 GB MG MG . G MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? 
metalc ? metalc16 FB O2A ATP . G ATP 301 1_555 GB MG MG . G MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? 
metalc ? metalc17 I OE1 GLU 190 I GLU 190 1_555 XB MG MG . I MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.71 ? 
metalc ? metalc18 I O PRO 227 I PRO 227 1_555 XB MG MG . I MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.236 ? 
metalc ? metalc19 WB O2B ATP . I ATP 302 1_555 XB MG MG . I MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.055 ? 
metalc ? metalc20 WB O2A ATP . I ATP 302 1_555 XB MG MG . I MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? 
metalc ? metalc21 K OE1 GLU 190 K GLU 190 1_555 MC MG MG . K MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.71 ? 
metalc ? metalc22 K O PRO 227 K PRO 227 1_555 MC MG MG . K MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.236 ? 
metalc ? metalc23 LC O2B ATP . K ATP 302 1_555 MC MG MG . K MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.055 ? 
metalc ? metalc24 LC O2A ATP . K ATP 302 1_555 MC MG MG . K MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? 
#
_chem_comp.formula           'Mo8 O28 -8' 
_chem_comp.formula_weight    1215.503 
_chem_comp.id                8M0 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'bis(mu4-oxo)-tetrakis(mu3-oxo)-hexakis(mu2-oxo)-hexadecaoxo-octamolybdenum (VI)' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     'Octamolybdate [Mo(VI)8O28]8-' 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
MO1 O1 8M0 doub 1 n n 
O2 MO1 8M0 sing 2 n n 
MO2 O7 8M0 sing 3 n n 
MO2 O24 8M0 sing 4 n n 
O3 MO1 8M0 sing 5 n n 
O3 MO3 8M0 sing 6 n n 
MO3 O27 8M0 sing 7 n n 
MO3 O10 8M0 doub 8 n n 
O4 MO3 8M0 sing 9 n n 
MO4 O4 8M0 sing 10 n n 
MO4 O12 8M0 sing 11 n n 
O5 MO1 8M0 sing 12 n n 
MO5 O15 8M0 sing 13 n n 
MO5 O13 8M0 doub 14 n n 
MO5 O14 8M0 sing 15 n n 
O6 MO2 8M0 sing 16 n n 
MO6 O18 8M0 doub 17 n n 
MO6 O19 8M0 sing 18 n n 
MO6 O26 8M0 sing 19 n n 
O7 MO4 8M0 sing 20 n n 
MO7 O16 8M0 sing 21 n n 
MO7 O14 8M0 sing 22 n n 
MO7 O17 8M0 sing 23 n n 
MO7 O21 8M0 sing 24 n n 
MO7 O11 8M0 sing 25 n n 
O8 MO2 8M0 doub 26 n n 
MO8 O5 8M0 sing 27 n n 
MO8 O20 8M0 sing 28 n n 
O9 MO3 8M0 doub 29 n n 
O11 MO4 8M0 sing 30 n n 
O16 MO8 8M0 sing 31 n n 
O17 MO6 8M0 sing 32 n n 
O20 MO6 8M0 sing 33 n n 
O22 MO8 8M0 sing 34 n n 
O23 MO7 8M0 doub 35 n n 
O24 MO1 8M0 sing 36 n n 
O25 MO2 8M0 sing 37 n n 
O25 MO8 8M0 sing 38 n n 
O26 MO3 8M0 sing 39 n n 
O28 MO5 8M0 doub 40 n n 
MO5 O25 8M0 sing 41 n n 
MO4 O26 8M0 sing 42 n n 
MO1 O4 8M0 sing 43 n n 
MO8 O11 8M0 sing 44 n n 
MO6 O11 8M0 sing 45 n n 
O5 MO2 8M0 sing 46 n n 
O5 MO4 8M0 sing 47 n n 
MO5 O16 8M0 sing 48 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     6RKD 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
M 3 ATP A 1 301 301 ATP ATP . 
N 4 MG A 1 302 302 MG MG . 
O 5 8M0 A 1 303 303 8M0 8M0 . 
P 6 J8E A 1 304 701 J8E J8E . 
Q 7 MOO A 1 305 901 MOO MOO . 
R 7 MOO A 1 306 1101 MOO MOO . 
S 8 OMO A 1 307 304 OMO M10 . 
T 7 MOO A 1 308 1101 MOO MOO . 
U 7 MOO B 1 801 801 MOO MOO . 
V 7 MOO B 1 802 1001 MOO MOO . 
W 7 MOO B 1 803 1101 MOO MOO . 
X 7 MOO B 1 804 1201 MOO MOO . 
Y 3 ATP B 1 805 301 ATP ATP . 
Z 5 8M0 B 1 806 302 8M0 8M0 . 
AA 7 MOO B 1 807 1001 MOO MOO . 
BA 6 J8E B 1 808 901 J8E J8E . 
CA 3 ATP C 1 301 301 ATP ATP . 
DA 4 MG C 1 302 302 MG MG . 
EA 5 8M0 C 1 303 303 8M0 8M0 . 
FA 6 J8E C 1 304 701 J8E J8E . 
GA 7 MOO C 1 305 901 MOO MOO . 
HA 7 MOO C 1 306 1101 MOO MOO . 
IA 8 OMO C 1 307 304 OMO M10 . 
JA 6 J8E D 1 901 901 J8E J8E . 
KA 7 MOO D 1 902 801 MOO MOO . 
LA 7 MOO D 1 903 1001 MOO MOO . 
MA 7 MOO D 1 904 1101 MOO MOO . 
NA 7 MOO D 1 905 1201 MOO MOO . 
OA 3 ATP D 1 906 301 ATP ATP . 
PA 5 8M0 D 1 907 302 8M0 8M0 . 
QA 7 MOO D 1 908 1001 MOO MOO . 
RA 8 OMO E 1 301 304 OMO M10 . 
SA 3 ATP E 1 302 301 ATP ATP . 
TA 4 MG E 1 303 302 MG MG . 
UA 5 8M0 E 1 304 303 8M0 8M0 . 
VA 6 J8E E 1 305 701 J8E J8E . 
WA 7 MOO E 1 306 901 MOO MOO . 
XA 7 MOO E 1 307 1101 MOO MOO . 
YA 6 J8E F 1 901 901 J8E J8E . 
ZA 7 MOO F 1 902 801 MOO MOO . 
AB 7 MOO F 1 903 1001 MOO MOO . 
BB 7 MOO F 1 904 1201 MOO MOO . 
CB 3 ATP F 1 905 301 ATP ATP . 
DB 5 8M0 F 1 906 302 8M0 8M0 . 
EB 7 MOO F 1 907 1001 MOO MOO . 
FB 3 ATP G 1 301 301 ATP ATP . 
GB 4 MG G 1 302 302 MG MG . 
HB 5 8M0 G 1 303 303 8M0 8M0 . 
IB 6 J8E G 1 304 701 J8E J8E . 
JB 7 MOO G 1 305 901 MOO MOO . 
KB 7 MOO G 1 306 1101 MOO MOO . 
LB 7 MOO G 1 307 1101 MOO MOO . 
MB 8 OMO G 1 308 304 OMO M10 . 
NB 7 MOO H 1 801 801 MOO MOO . 
OB 7 MOO H 1 802 1001 MOO MOO . 
PB 7 MOO H 1 803 1101 MOO MOO . 
QB 7 MOO H 1 804 1201 MOO MOO . 
RB 3 ATP H 1 805 301 ATP ATP . 
SB 5 8M0 H 1 806 302 8M0 8M0 . 
TB 7 MOO H 1 807 1001 MOO MOO . 
UB 6 J8E H 1 808 901 J8E J8E . 
VB 8 OMO I 1 301 304 OMO M10 . 
WB 3 ATP I 1 302 301 ATP ATP . 
XB 4 MG I 1 303 302 MG MG . 
YB 5 8M0 I 1 304 303 8M0 8M0 . 
ZB 6 J8E I 1 305 701 J8E J8E . 
AC 7 MOO I 1 306 901 MOO MOO . 
BC 7 MOO I 1 307 1101 MOO MOO . 
CC 7 MOO I 1 308 1101 MOO MOO . 
DC 7 MOO J 1 801 801 MOO MOO . 
EC 7 MOO J 1 802 1001 MOO MOO . 
FC 7 MOO J 1 803 1201 MOO MOO . 
GC 3 ATP J 1 804 301 ATP ATP . 
HC 5 8M0 J 1 805 302 8M0 8M0 . 
IC 7 MOO J 1 806 1001 MOO MOO . 
JC 6 J8E J 1 807 901 J8E J8E . 
KC 8 OMO K 1 301 304 OMO M10 . 
LC 3 ATP K 1 302 301 ATP ATP . 
MC 4 MG K 1 303 302 MG MG . 
NC 5 8M0 K 1 304 303 8M0 8M0 . 
OC 6 J8E K 1 305 701 J8E J8E . 
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QC 7 MOO K 1 307 1101 MOO MOO . 
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