data_6RKD
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_model_server_result.job_id            78qH6hOmXF6fUlGPDS5jJQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-19 06:49:14' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6rkd 
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_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"OC","auth_seq_id":305}' 
#
_entry.id    6RKD 
#
_exptl.entry_id    6RKD 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              545.77 
_entity.id                          6 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            oxidanyl-[[2,2,4,4,4-pentakis($l^{1}-oxidanyl)-1-(oxidanylmolybdenio)-1$l^{3},3-dioxa-2$l^{5},4$l^{5}-dimolybdacyclobut-2-yl]oxy]molybdenum 
_entity.pdbx_number_of_molecules    12 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.entry_id            6RKD 
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_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               1 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6RKD 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    dodecameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      12 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC,HC,IC,JC,KC,LC,MC,NC,OC,PC,QC,RC,SC,TC,UC,VC,WC,XC 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 6 P N N 
? 6 BA N N 
? 6 FA N N 
? 6 JA N N 
? 6 VA N N 
? 6 YA N N 
? 6 IB N N 
? 6 UB N N 
? 6 ZB N N 
? 6 JC N N 
? 6 OC N N 
? 6 RC N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 Y PG ATP . B ATP 805 1_555 AA O1 MOO . B MOO 807 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.637 ? 
covale ? covale2 OA PG ATP . D ATP 906 1_555 QA O1 MOO . D MOO 908 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.637 ? 
covale ? covale3 CB PG ATP . F ATP 905 1_555 EB O1 MOO . F MOO 907 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.637 ? 
covale ? covale4 RB PG ATP . H ATP 805 1_555 TB O1 MOO . H MOO 807 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.637 ? 
covale ? covale5 GC PG ATP . J ATP 804 1_555 IC O1 MOO . J MOO 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.637 ? 
covale ? covale6 VC PG ATP . L ATP 905 1_555 XC O1 MOO . L MOO 907 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.637 ? 
metalc ? metalc1 A OE1 GLU 190 A GLU 190 1_555 N MG MG . A MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.71 ? 
metalc ? metalc2 A O PRO 227 A PRO 227 1_555 N MG MG . A MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.236 ? 
metalc ? metalc3 M O2B ATP . A ATP 301 1_555 N MG MG . A MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? 
metalc ? metalc4 M O2A ATP . A ATP 301 1_555 N MG MG . A MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? 
metalc ? metalc5 C OE1 GLU 190 C GLU 190 1_555 DA MG MG . C MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.71 ? 
metalc ? metalc6 C O PRO 227 C PRO 227 1_555 DA MG MG . C MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.236 ? 
metalc ? metalc7 CA O2B ATP . C ATP 301 1_555 DA MG MG . C MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.055 ? 
metalc ? metalc8 CA O2A ATP . C ATP 301 1_555 DA MG MG . C MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? 
metalc ? metalc9 E OE1 GLU 190 E GLU 190 1_555 TA MG MG . E MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.71 ? 
metalc ? metalc10 E O PRO 227 E PRO 227 1_555 TA MG MG . E MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.236 ? 
metalc ? metalc11 SA O2B ATP . E ATP 302 1_555 TA MG MG . E MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.055 ? 
metalc ? metalc12 SA O2A ATP . E ATP 302 1_555 TA MG MG . E MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? 
metalc ? metalc13 G OE1 GLU 190 G GLU 190 1_555 GB MG MG . G MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.71 ? 
metalc ? metalc14 G O PRO 227 G PRO 227 1_555 GB MG MG . G MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.236 ? 
metalc ? metalc15 FB O2B ATP . G ATP 301 1_555 GB MG MG . G MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? 
metalc ? metalc16 FB O2A ATP . G ATP 301 1_555 GB MG MG . G MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? 
metalc ? metalc17 I OE1 GLU 190 I GLU 190 1_555 XB MG MG . I MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.71 ? 
metalc ? metalc18 I O PRO 227 I PRO 227 1_555 XB MG MG . I MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.236 ? 
metalc ? metalc19 WB O2B ATP . I ATP 302 1_555 XB MG MG . I MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.055 ? 
metalc ? metalc20 WB O2A ATP . I ATP 302 1_555 XB MG MG . I MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? 
metalc ? metalc21 K OE1 GLU 190 K GLU 190 1_555 MC MG MG . K MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.71 ? 
metalc ? metalc22 K O PRO 227 K PRO 227 1_555 MC MG MG . K MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.236 ? 
metalc ? metalc23 LC O2B ATP . K ATP 302 1_555 MC MG MG . K MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.055 ? 
metalc ? metalc24 LC O2A ATP . K ATP 302 1_555 MC MG MG . K MG 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? 
#
_chem_comp.formula           'H2 Mo4 O10' 
_chem_comp.formula_weight    545.77 
_chem_comp.id                J8E 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              oxidanyl-[[2,2,4,4,4-pentakis($l^{1}-oxidanyl)-1-(oxidanylmolybdenio)-1$l^{3},3-dioxa-2$l^{5},4$l^{5}-dimolybdacyclobut-2-yl]oxy]molybdenum 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
O11 MO4 J8E sing 268 n n 
O11 MO7 J8E sing 269 n n 
O31 MO3 J8E sing 270 n n 
O32 MO3 J8E sing 271 n n 
O33 MO3 J8E sing 272 n n 
O34 MO3 J8E sing 273 n n 
O34 MO4 J8E sing 274 n n 
O41 MO3 J8E sing 275 n n 
O41 MO4 J8E sing 276 n n 
O41 MO8 J8E sing 277 n n 
O44 MO4 J8E sing 278 n n 
O45 MO4 J8E sing 279 n n 
O81 MO8 J8E sing 280 n n 
O91 MO7 J8E sing 281 n n 
O81 H6 J8E sing 282 n n 
O91 H7 J8E sing 283 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     6RKD 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
M 3 ATP A 1 301 301 ATP ATP . 
N 4 MG A 1 302 302 MG MG . 
O 5 8M0 A 1 303 303 8M0 8M0 . 
P 6 J8E A 1 304 701 J8E J8E . 
Q 7 MOO A 1 305 901 MOO MOO . 
R 7 MOO A 1 306 1101 MOO MOO . 
S 8 OMO A 1 307 304 OMO M10 . 
T 7 MOO A 1 308 1101 MOO MOO . 
U 7 MOO B 1 801 801 MOO MOO . 
V 7 MOO B 1 802 1001 MOO MOO . 
W 7 MOO B 1 803 1101 MOO MOO . 
X 7 MOO B 1 804 1201 MOO MOO . 
Y 3 ATP B 1 805 301 ATP ATP . 
Z 5 8M0 B 1 806 302 8M0 8M0 . 
AA 7 MOO B 1 807 1001 MOO MOO . 
BA 6 J8E B 1 808 901 J8E J8E . 
CA 3 ATP C 1 301 301 ATP ATP . 
DA 4 MG C 1 302 302 MG MG . 
EA 5 8M0 C 1 303 303 8M0 8M0 . 
FA 6 J8E C 1 304 701 J8E J8E . 
GA 7 MOO C 1 305 901 MOO MOO . 
HA 7 MOO C 1 306 1101 MOO MOO . 
IA 8 OMO C 1 307 304 OMO M10 . 
JA 6 J8E D 1 901 901 J8E J8E . 
KA 7 MOO D 1 902 801 MOO MOO . 
LA 7 MOO D 1 903 1001 MOO MOO . 
MA 7 MOO D 1 904 1101 MOO MOO . 
NA 7 MOO D 1 905 1201 MOO MOO . 
OA 3 ATP D 1 906 301 ATP ATP . 
PA 5 8M0 D 1 907 302 8M0 8M0 . 
QA 7 MOO D 1 908 1001 MOO MOO . 
RA 8 OMO E 1 301 304 OMO M10 . 
SA 3 ATP E 1 302 301 ATP ATP . 
TA 4 MG E 1 303 302 MG MG . 
UA 5 8M0 E 1 304 303 8M0 8M0 . 
VA 6 J8E E 1 305 701 J8E J8E . 
WA 7 MOO E 1 306 901 MOO MOO . 
XA 7 MOO E 1 307 1101 MOO MOO . 
YA 6 J8E F 1 901 901 J8E J8E . 
ZA 7 MOO F 1 902 801 MOO MOO . 
AB 7 MOO F 1 903 1001 MOO MOO . 
BB 7 MOO F 1 904 1201 MOO MOO . 
CB 3 ATP F 1 905 301 ATP ATP . 
DB 5 8M0 F 1 906 302 8M0 8M0 . 
EB 7 MOO F 1 907 1001 MOO MOO . 
FB 3 ATP G 1 301 301 ATP ATP . 
GB 4 MG G 1 302 302 MG MG . 
HB 5 8M0 G 1 303 303 8M0 8M0 . 
IB 6 J8E G 1 304 701 J8E J8E . 
JB 7 MOO G 1 305 901 MOO MOO . 
KB 7 MOO G 1 306 1101 MOO MOO . 
LB 7 MOO G 1 307 1101 MOO MOO . 
MB 8 OMO G 1 308 304 OMO M10 . 
NB 7 MOO H 1 801 801 MOO MOO . 
OB 7 MOO H 1 802 1001 MOO MOO . 
PB 7 MOO H 1 803 1101 MOO MOO . 
QB 7 MOO H 1 804 1201 MOO MOO . 
RB 3 ATP H 1 805 301 ATP ATP . 
SB 5 8M0 H 1 806 302 8M0 8M0 . 
TB 7 MOO H 1 807 1001 MOO MOO . 
UB 6 J8E H 1 808 901 J8E J8E . 
VB 8 OMO I 1 301 304 OMO M10 . 
WB 3 ATP I 1 302 301 ATP ATP . 
XB 4 MG I 1 303 302 MG MG . 
YB 5 8M0 I 1 304 303 8M0 8M0 . 
ZB 6 J8E I 1 305 701 J8E J8E . 
AC 7 MOO I 1 306 901 MOO MOO . 
BC 7 MOO I 1 307 1101 MOO MOO . 
CC 7 MOO I 1 308 1101 MOO MOO . 
DC 7 MOO J 1 801 801 MOO MOO . 
EC 7 MOO J 1 802 1001 MOO MOO . 
FC 7 MOO J 1 803 1201 MOO MOO . 
GC 3 ATP J 1 804 301 ATP ATP . 
HC 5 8M0 J 1 805 302 8M0 8M0 . 
IC 7 MOO J 1 806 1001 MOO MOO . 
JC 6 J8E J 1 807 901 J8E J8E . 
KC 8 OMO K 1 301 304 OMO M10 . 
LC 3 ATP K 1 302 301 ATP ATP . 
MC 4 MG K 1 303 302 MG MG . 
NC 5 8M0 K 1 304 303 8M0 8M0 . 
OC 6 J8E K 1 305 701 J8E J8E . 
PC 7 MOO K 1 306 901 MOO MOO . 
QC 7 MOO K 1 307 1101 MOO MOO . 
RC 6 J8E L 1 901 901 J8E J8E . 
SC 7 MOO L 1 902 801 MOO MOO . 
TC 7 MOO L 1 903 1001 MOO MOO . 
UC 7 MOO L 1 904 1201 MOO MOO . 
VC 3 ATP L 1 905 301 ATP ATP . 
WC 5 8M0 L 1 906 302 8M0 8M0 . 
XC 7 MOO L 1 907 1001 MOO MOO . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 O O11 J8E . . . OC 6 112.824 111.596 86.784 1 20 ? O11 J8E 305 K 1 
HETATM 2 O O31 J8E . . . OC 6 113.742 107.137 89.341 1 20 ? O31 J8E 305 K 1 
HETATM 3 O O32 J8E . . . OC 6 113.049 106.078 87.064 1 20 ? O32 J8E 305 K 1 
HETATM 4 O O33 J8E . . . OC 6 110.94 107.326 88.625 1 20 ? O33 J8E 305 K 1 
HETATM 5 O O34 J8E . . . OC 6 113.904 108.816 86.833 1 20 ? O34 J8E 305 K 1 
HETATM 6 O O41 J8E . . . OC 6 112.638 109.777 88.766 1 20 ? O41 J8E 305 K 1 
HETATM 7 O O44 J8E . . . OC 6 115.568 111.253 86.624 1 20 ? O44 J8E 305 K 1 
HETATM 8 O O45 J8E . . . OC 6 115.67 109.786 88.712 1 20 ? O45 J8E 305 K 1 
HETATM 9 O O81 J8E . . . OC 6 111.098 111.045 91.428 1 20 ? O81 J8E 305 K 1 
HETATM 10 O O91 J8E . . . OC 6 111.017 110.77 84.25 1 20 ? O91 J8E 305 K 1 
HETATM 11 MO MO3 J8E . . . OC 6 112.693 107.667 87.977 1 20 ? MO3 J8E 305 K 1 
HETATM 12 MO MO4 J8E . . . OC 6 114.355 110.55 87.752 1 20 ? MO4 J8E 305 K 1 
HETATM 13 MO MO7 J8E . . . OC 6 111.005 110.796 86.15 1 20 ? MO7 J8E 305 K 1 
HETATM 14 MO MO8 J8E . . . OC 6 111.061 110.896 89.421 1 20 ? MO8 J8E 305 K 1 
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