data_6RME
#
_model_server_result.job_id            GgMgilFybLfPP3iWAICEMQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-01 11:21:47' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6rme 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"M","auth_seq_id":501}' 
#
_entry.id    6RME 
#
_exptl.entry_id    6RME 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              348.206 
_entity.id                          6 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'INOSINIC ACID' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    8 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          113.19 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            6RME 
_cell.length_a            108.26 
_cell.length_b            204.61 
_cell.length_c            115.92 
_cell.Z_PDB               4 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6RME 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,D,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,AA,BA 1 1 
E,F,G,H,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,CA 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 6 I N N 
? 6 K N N 
? 6 M N N 
? 6 O N N 
? 6 R N N 
? 6 U N N 
? 6 W N N 
? 6 Y N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A NZ LYS 325 A LYS 371 1_555 I O1P IMP . A IMP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.3 ? 
covale ? covale2 C OG SER 170 C SER 207 1_555 M N1 IMP . C IMP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.298 ? 
covale ? covale3 D OG SER 162 D SER 207 1_555 O N1 IMP . D IMP 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.299 ? 
metalc ? metalc1 A OD2 ASP 124 A ASP 170 1_555 J MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.553 ? 
metalc ? metalc2 A O ASN 126 A ASN 172 1_555 J MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.803 ? 
metalc ? metalc3 A OD1 ASP 348 A ASP 394 1_555 J MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.146 ? 
metalc ? metalc4 I O3P IMP . A IMP 501 1_555 J MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? 
metalc ? metalc5 B OD2 ASP 125 B ASP 170 1_555 L MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.17 ? 
metalc ? metalc6 B O ASN 127 B ASN 172 1_555 L MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.665 ? 
metalc ? metalc7 B OD1 ASP 349 B ASP 394 1_555 L MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.201 ? 
metalc ? metalc8 K O3P IMP . B IMP 501 1_555 L MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.143 ? 
metalc ? metalc9 C OD2 ASP 133 C ASP 170 1_555 N MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? 
metalc ? metalc10 C O ASN 135 C ASN 172 1_555 N MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.383 ? 
metalc ? metalc11 C OD1 ASP 357 C ASP 394 1_555 N MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.208 ? 
metalc ? metalc12 M O3P IMP . C IMP 501 1_555 N MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? 
metalc ? metalc13 D OD2 ASP 125 D ASP 170 1_555 P MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? 
metalc ? metalc14 D O ASN 127 D ASN 172 1_555 P MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? 
metalc ? metalc15 D OD1 ASP 349 D ASP 394 1_555 P MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? 
metalc ? metalc16 O O2P IMP . D IMP 501 1_555 P MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.103 ? 
metalc ? metalc17 E OD2 ASP 125 E ASP 170 1_555 S MG MG . E MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.105 ? 
metalc ? metalc18 E O ASN 127 E ASN 172 1_555 S MG MG . E MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.205 ? 
metalc ? metalc19 E OD1 ASP 349 E ASP 394 1_555 S MG MG . E MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.76 ? 
metalc ? metalc20 E OD2 ASP 349 E ASP 394 1_555 S MG MG . E MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.184 ? 
metalc ? metalc21 R O3P IMP . E IMP 501 1_555 S MG MG . E MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.925 ? 
metalc ? metalc22 F OD1 ASP 127 F ASP 170 1_555 V MG MG . F MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.955 ? 
metalc ? metalc23 F OD2 ASP 127 F ASP 170 1_555 V MG MG . F MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.098 ? 
metalc ? metalc24 F O ASN 129 F ASN 172 1_555 V MG MG . F MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.484 ? 
metalc ? metalc25 F OD1 ASP 351 F ASP 394 1_555 V MG MG . F MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? 
metalc ? metalc26 U O2P IMP . F IMP 501 1_555 V MG MG . F MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.959 ? 
metalc ? metalc27 G OD2 ASP 124 G ASP 170 1_555 X MG MG . G MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.344 ? 
metalc ? metalc28 G OD1 ASP 348 G ASP 394 1_555 X MG MG . G MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.583 ? 
metalc ? metalc29 G OD2 ASP 348 G ASP 394 1_555 X MG MG . G MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.25 ? 
metalc ? metalc30 W O3P IMP . G IMP 501 1_555 X MG MG . G MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.002 ? 
metalc ? metalc31 H OD2 ASP 125 H ASP 170 1_555 Z MG MG . H MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.073 ? 
metalc ? metalc32 H O ASN 127 H ASN 172 1_555 Z MG MG . H MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.986 ? 
metalc ? metalc33 H OD1 ASP 349 H ASP 394 1_555 Z MG MG . H MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.212 ? 
metalc ? metalc34 H OD2 ASP 349 H ASP 394 1_555 Z MG MG . H MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.19 ? 
metalc ? metalc35 Y O2P IMP . H IMP 501 1_555 Z MG MG . H MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.189 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H13 N4 O8 P' 
_chem_comp.formula_weight    348.206 
_chem_comp.id                IMP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              'INOSINIC ACID' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
P O1P IMP doub 186 n n 
P O2P IMP sing 187 n n 
P O3P IMP sing 188 n n 
P O5' IMP sing 189 n n 
O2P HOP2 IMP sing 190 n n 
O3P HOP3 IMP sing 191 n n 
O5' C5' IMP sing 192 n n 
C5' C4' IMP sing 193 n n 
C5' "H5'1" IMP sing 194 n n 
C5' "H5'2" IMP sing 195 n n 
C4' O4' IMP sing 196 n n 
C4' C3' IMP sing 197 n n 
C4' H4' IMP sing 198 n n 
O4' C1' IMP sing 199 n n 
C3' O3' IMP sing 200 n n 
C3' C2' IMP sing 201 n n 
C3' H3' IMP sing 202 n n 
O3' HO3' IMP sing 203 n n 
C2' O2' IMP sing 204 n n 
C2' C1' IMP sing 205 n n 
C2' H2' IMP sing 206 n n 
O2' HO2' IMP sing 207 n n 
C1' N9 IMP sing 208 n n 
C1' H1' IMP sing 209 n n 
N9 C8 IMP sing 210 n y 
N9 C4 IMP sing 211 n y 
C8 N7 IMP doub 212 n y 
C8 H8 IMP sing 213 n n 
N7 C5 IMP sing 214 n y 
C5 C6 IMP sing 215 n n 
C5 C4 IMP doub 216 n y 
C6 O6 IMP doub 217 n n 
C6 N1 IMP sing 218 n n 
N1 C2 IMP sing 219 n n 
N1 HN1 IMP sing 220 n n 
C2 N3 IMP doub 221 n n 
C2 H2 IMP sing 222 n n 
N3 C4 IMP sing 223 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     6RME 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.009237 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.003957 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.004887 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.009385 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
I 6 IMP A 1 501 445 IMP IMP . 
J 7 MG A 1 502 446 MG MG . 
K 6 IMP B 1 501 445 IMP IMP . 
L 7 MG B 1 502 446 MG MG . 
M 6 IMP C 1 501 445 IMP IMP . 
N 7 MG C 1 502 446 MG MG . 
O 6 IMP D 1 501 445 IMP IMP . 
P 7 MG D 1 502 446 MG MG . 
Q 8 GOL D 1 503 1 GOL GOL . 
R 6 IMP E 1 501 445 IMP IMP . 
S 7 MG E 1 502 446 MG MG . 
T 8 GOL E 1 503 2 GOL GOL . 
U 6 IMP F 1 501 445 IMP IMP . 
V 7 MG F 1 502 446 MG MG . 
W 6 IMP G 1 501 445 IMP IMP . 
X 7 MG G 1 502 446 MG MG . 
Y 6 IMP H 1 501 445 IMP IMP . 
Z 7 MG H 1 502 446 MG MG . 
AA 9 HOH B 1 601 2 HOH HOH . 
BA 9 HOH C 1 601 3 HOH HOH . 
CA 9 HOH F 1 601 1 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P P IMP . . . M 6 0.679 30.646 -12.613 1 74.45 ? P IMP 501 C 1 
HETATM 2 O O1P IMP . . . M 6 0.959 30.224 -14.034 1 57.99 -1 O1P IMP 501 C 1 
HETATM 3 O O2P IMP . . . M 6 1.309 29.86 -11.488 1 69.04 ? O2P IMP 501 C 1 
HETATM 4 O O3P IMP . . . M 6 1.101 32.088 -12.461 1 84.16 -1 O3P IMP 501 C 1 
HETATM 5 O O5' IMP . . . M 6 -0.897 30.586 -12.401 1 59.69 ? O5' IMP 501 C 1 
HETATM 6 C C5' IMP . . . M 6 -1.78 30.551 -13.51 1 64.59 ? C5' IMP 501 C 1 
HETATM 7 C C4' IMP . . . M 6 -3.065 31.279 -13.21 1 84.6 ? C4' IMP 501 C 1 
HETATM 8 O O4' IMP . . . M 6 -4.194 30.498 -13.691 1 90.52 ? O4' IMP 501 C 1 
HETATM 9 C C3' IMP . . . M 6 -3.359 31.524 -11.733 1 80.61 ? C3' IMP 501 C 1 
HETATM 10 O O3' IMP . . . M 6 -2.766 32.714 -11.241 1 78.8 ? O3' IMP 501 C 1 
HETATM 11 C C2' IMP . . . M 6 -4.881 31.529 -11.679 1 73.93 ? C2' IMP 501 C 1 
HETATM 12 O O2' IMP . . . M 6 -5.395 32.776 -12.124 1 68.28 ? O2' IMP 501 C 1 
HETATM 13 C C1' IMP . . . M 6 -5.216 30.468 -12.723 1 74.28 ? C1' IMP 501 C 1 
HETATM 14 N N9 IMP . . . M 6 -5.269 29.11 -12.144 1 88.19 ? N9 IMP 501 C 1 
HETATM 15 C C8 IMP . . . M 6 -4.814 28.716 -10.909 1 99.07 ? C8 IMP 501 C 1 
HETATM 16 N N7 IMP . . . M 6 -5.034 27.393 -10.759 1 72.2 ? N7 IMP 501 C 1 
HETATM 17 C C5 IMP . . . M 6 -5.615 26.931 -11.885 1 74.56 ? C5 IMP 501 C 1 
HETATM 18 C C6 IMP . . . M 6 -6.039 25.661 -12.246 1 88.17 ? C6 IMP 501 C 1 
HETATM 19 O O6 IMP . . . M 6 -6.099 24.786 -11.384 1 95.19 ? O6 IMP 501 C 1 
HETATM 20 N N1 IMP . . . M 6 -6.61 25.463 -13.487 1 110.9 ? N1 IMP 501 C 1 
HETATM 21 C C2 IMP . . . M 6 -6.756 26.534 -14.351 1 93 ? C2 IMP 501 C 1 
HETATM 22 N N3 IMP . . . M 6 -6.327 27.796 -13.984 1 60.67 ? N3 IMP 501 C 1 
HETATM 23 C C4 IMP . . . M 6 -5.766 27.992 -12.767 1 70.21 ? C4 IMP 501 C 1 
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