data_6S6U
#
_model_server_result.job_id            4FdTqx64y_6CQZwRXBFAAA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-10 23:26:07' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6s6u 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"GA","auth_seq_id":502}' 
#
_entry.id    6S6U 
#
_exptl.entry_id    6S6U 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              351.64 
_entity.id                          5 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'IRON/SULFUR CLUSTER' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    8 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            6S6U 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6S6U 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    decameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      10 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 5 W N N 
? 5 X N N 
? 5 Z N N 
? 5 AA N N 
? 5 CA N N 
? 5 DA N N 
? 5 FA N N 
? 5 GA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A SG CYS 1138 A CYS 1102 1_555 L FE3 F3S . A F3S 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.278 ? 
metalc ? metalc2 A SG CYS 1144 A CYS 1108 1_555 L FE4 F3S . A F3S 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? 
metalc ? metalc3 A SG CYS 1149 A CYS 1113 1_555 L FE1 F3S . A F3S 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.275 ? 
metalc ? metalc4 B SG CYS 1138 B CYS 1102 1_555 N FE3 F3S . B F3S 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.29 ? 
metalc ? metalc5 B SG CYS 1144 B CYS 1108 1_555 N FE4 F3S . B F3S 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? 
metalc ? metalc6 B SG CYS 1149 B CYS 1113 1_555 N FE1 F3S . B F3S 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? 
metalc ? metalc7 C SG CYS 1138 C CYS 1102 1_555 P FE3 F3S . C F3S 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.28 ? 
metalc ? metalc8 C SG CYS 1144 C CYS 1108 1_555 P FE4 F3S . C F3S 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? 
metalc ? metalc9 C SG CYS 1149 C CYS 1113 1_555 P FE1 F3S . C F3S 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.271 ? 
metalc ? metalc10 D SG CYS 1138 D CYS 1102 1_555 R FE3 F3S . D F3S 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.278 ? 
metalc ? metalc11 D SG CYS 1144 D CYS 1108 1_555 R FE4 F3S . D F3S 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? 
metalc ? metalc12 D SG CYS 1149 D CYS 1113 1_555 R FE1 F3S . D F3S 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.275 ? 
metalc ? metalc13 E SG CYS 1138 E CYS 1102 1_555 T FE3 F3S . E F3S 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.28 ? 
metalc ? metalc14 E SG CYS 1144 E CYS 1108 1_555 T FE4 F3S . E F3S 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? 
metalc ? metalc15 E SG CYS 1149 E CYS 1113 1_555 T FE1 F3S . E F3S 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.271 ? 
metalc ? metalc16 F SG CYS 1138 F CYS 1102 1_555 V FE3 F3S . F F3S 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? 
metalc ? metalc17 F SG CYS 1144 F CYS 1108 1_555 V FE4 F3S . F F3S 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? 
metalc ? metalc18 F SG CYS 1149 F CYS 1113 1_555 V FE1 F3S . F F3S 1502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? 
metalc ? metalc19 G SG CYS 48 G CYS 48 1_555 W FE3 SF4 . G SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? 
metalc ? metalc20 G SG CYS 51 G CYS 51 1_555 W FE1 SF4 . G SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? 
metalc ? metalc21 G SG CYS 56 G CYS 56 1_555 W FE2 SF4 . G SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? 
metalc ? metalc22 G SG CYS 60 G CYS 60 1_555 X FE2 SF4 . G SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? 
metalc ? metalc23 G SG CYS 99 G CYS 99 1_555 X FE4 SF4 . G SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? 
metalc ? metalc24 G SG CYS 105 G CYS 105 1_555 X FE1 SF4 . G SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? 
metalc ? metalc25 G SG CYS 109 G CYS 109 1_555 W FE4 SF4 . G SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.382 ? 
metalc ? metalc26 G OE1 GLU 125 G GLU 125 1_555 X FE3 SF4 . G SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.194 ? 
metalc ? metalc27 H SG CYS 48 H CYS 48 1_555 Z FE3 SF4 . H SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? 
metalc ? metalc28 H SG CYS 51 H CYS 51 1_555 Z FE1 SF4 . H SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? 
metalc ? metalc29 H SG CYS 56 H CYS 56 1_555 Z FE2 SF4 . H SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? 
metalc ? metalc30 H SG CYS 60 H CYS 60 1_555 AA FE2 SF4 . H SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? 
metalc ? metalc31 H SG CYS 99 H CYS 99 1_555 AA FE4 SF4 . H SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? 
metalc ? metalc32 H SG CYS 105 H CYS 105 1_555 AA FE1 SF4 . H SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? 
metalc ? metalc33 H SG CYS 109 H CYS 109 1_555 Z FE4 SF4 . H SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? 
metalc ? metalc34 H OE1 GLU 125 H GLU 125 1_555 AA FE3 SF4 . H SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.156 ? 
metalc ? metalc35 I SG CYS 48 I CYS 48 1_555 CA FE3 SF4 . I SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? 
metalc ? metalc36 I SG CYS 51 I CYS 51 1_555 CA FE1 SF4 . I SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? 
metalc ? metalc37 I SG CYS 56 I CYS 56 1_555 CA FE2 SF4 . I SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? 
metalc ? metalc38 I SG CYS 60 I CYS 60 1_555 DA FE2 SF4 . I SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? 
metalc ? metalc39 I SG CYS 99 I CYS 99 1_555 DA FE4 SF4 . I SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? 
metalc ? metalc40 I SG CYS 105 I CYS 105 1_555 DA FE1 SF4 . I SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? 
metalc ? metalc41 I SG CYS 109 I CYS 109 1_555 CA FE4 SF4 . I SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.383 ? 
metalc ? metalc42 I OE1 GLU 125 I GLU 125 1_555 DA FE3 SF4 . I SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.193 ? 
metalc ? metalc43 J SG CYS 48 J CYS 48 1_555 FA FE3 SF4 . J SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? 
metalc ? metalc44 J SG CYS 51 J CYS 51 1_555 FA FE1 SF4 . J SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? 
metalc ? metalc45 J SG CYS 56 J CYS 56 1_555 FA FE2 SF4 . J SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? 
metalc ? metalc46 J SG CYS 60 J CYS 60 1_555 GA FE2 SF4 . J SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? 
metalc ? metalc47 J SG CYS 99 J CYS 99 1_555 GA FE4 SF4 . J SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? 
metalc ? metalc48 J SG CYS 105 J CYS 105 1_555 GA FE1 SF4 . J SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? 
metalc ? metalc49 J SG CYS 109 J CYS 109 1_555 FA FE4 SF4 . J SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? 
metalc ? metalc50 J OE1 GLU 125 J GLU 125 1_555 GA FE3 SF4 . J SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.157 ? 
#
_chem_comp.formula           'Fe4 S4' 
_chem_comp.formula_weight    351.64 
_chem_comp.id                SF4 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'IRON/SULFUR CLUSTER' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
FE1 S2 SF4 sing 442 n n 
FE1 S3 SF4 sing 443 n n 
FE1 S4 SF4 sing 444 n n 
FE2 S1 SF4 sing 445 n n 
FE2 S3 SF4 sing 446 n n 
FE2 S4 SF4 sing 447 n n 
FE3 S1 SF4 sing 448 n n 
FE3 S2 SF4 sing 449 n n 
FE3 S4 SF4 sing 450 n n 
FE4 S1 SF4 sing 451 n n 
FE4 S2 SF4 sing 452 n n 
FE4 S3 SF4 sing 453 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     6S6U 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
K 3 FMN A 1 1501 2474 FMN FMN . 
L 4 F3S A 1 1502 2476 F3S F3S . 
M 3 FMN B 1 1501 2474 FMN FMN . 
N 4 F3S B 1 1502 2476 F3S F3S . 
O 3 FMN C 1 1501 2474 FMN FMN . 
P 4 F3S C 1 1502 2476 F3S F3S . 
Q 3 FMN D 1 1501 2474 FMN FMN . 
R 4 F3S D 1 1502 2476 F3S F3S . 
S 3 FMN E 1 1501 2474 FMN FMN . 
T 4 F3S E 1 1502 2476 F3S F3S . 
U 3 FMN F 1 1501 2474 FMN FMN . 
V 4 F3S F 1 1502 2476 F3S F3S . 
W 5 SF4 G 1 501 501 SF4 SF4 . 
X 5 SF4 G 1 502 601 SF4 SF4 . 
Y 6 FAD G 1 503 701 FAD FAD . 
Z 5 SF4 H 1 501 501 SF4 SF4 . 
AA 5 SF4 H 1 502 601 SF4 SF4 . 
BA 6 FAD H 1 503 701 FAD FAD . 
CA 5 SF4 I 1 501 501 SF4 SF4 . 
DA 5 SF4 I 1 502 601 SF4 SF4 . 
EA 6 FAD I 1 503 701 FAD FAD . 
FA 5 SF4 J 1 501 501 SF4 SF4 . 
GA 5 SF4 J 1 502 601 SF4 SF4 . 
HA 6 FAD J 1 503 701 FAD FAD . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 FE FE1 SF4 . . . GA 5 280.979 153.086 211.069 1 57.54 ? FE1 SF4 502 J 1 
HETATM 2 FE FE2 SF4 . . . GA 5 278.83 151.422 210.768 1 57.54 ? FE2 SF4 502 J 1 
HETATM 3 FE FE3 SF4 . . . GA 5 281.294 150.383 211.345 1 57.54 ? FE3 SF4 502 J 1 
HETATM 4 FE FE4 SF4 . . . GA 5 280.805 151.461 208.877 1 57.54 ? FE4 SF4 502 J 1 
HETATM 5 S S1 SF4 . . . GA 5 279.816 149.622 209.785 1 57.54 ? S1 SF4 502 J 1 
HETATM 6 S S2 SF4 . . . GA 5 282.64 151.806 210.183 1 57.54 ? S2 SF4 502 J 1 
HETATM 7 S S3 SF4 . . . GA 5 279.405 153.17 209.426 1 57.54 ? S3 SF4 502 J 1 
HETATM 8 S S4 SF4 . . . GA 5 280.046 151.754 212.665 1 57.54 ? S4 SF4 502 J 1 
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