data_6S6Y # _model_server_result.job_id Fg0kKmoDLyFD0C9KcjATCg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-24 14:24:05' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6s6y # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"OB","auth_seq_id":602}' # _entry.id 6S6Y # _exptl.entry_id 6S6Y _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 65.409 _entity.id 8 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'ZINC ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 8 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 84.97 _cell.angle_beta 75.91 _cell.angle_gamma 82.09 _cell.entry_id 6S6Y _cell.length_a 84.974 _cell.length_b 130.322 _cell.length_c 172.689 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6S6Y _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? octameric 8 author_defined_assembly 1 ? octameric 8 author_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,D,E,F,G,H,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA 1 1 I,J,K,L,M,N,O,P,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 8 T N N ? 8 U N N ? 8 MA N N ? 8 NA N N ? 8 TA N N ? 8 UA N N ? 8 NB N N ? 8 OB N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A C VAL 175 A VAL 175 1_555 A N KCX 176 A KCX 176 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale2 A C KCX 176 A KCX 176 1_555 A N CYS 177 A CYS 177 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale3 DA C DGL . B DGL 402 1_555 EA N NH2 . B NH2 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.426 ? covale ? covale4 DA N DGL . B DGL 402 1_555 IA CD GLU . C GLU 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? covale ? covale5 GA CD DGL . C DGL 302 1_555 HA N GLU . C GLU 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? covale ? covale6 GA N DGL . C DGL 302 1_555 KA CD DGL . D DGL 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.346 ? covale ? covale7 GA C DGL . C DGL 302 1_555 LA CG IAS . D IAS 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.52 ? covale ? covale8 E C VAL 175 E VAL 175 1_555 E N KCX 176 E KCX 176 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale9 E C KCX 176 E KCX 176 1_555 E N CYS 177 E CYS 177 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale10 I C VAL 175 I VAL 175 1_555 I N KCX 176 I KCX 176 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale11 I C KCX 176 I KCX 176 1_555 I N CYS 177 I CYS 177 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale12 XA CD DGL . I DGL 608 1_555 KB N GLU . L GLU 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? covale ? covale13 YA N GLU . I GLU 609 1_555 FB CD DGL . K DGL 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.345 ? covale ? covale14 ZA N DGL . I DGL 610 1_555 EB C GLU . J GLU 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.343 ? covale ? covale15 FB C DGL . K DGL 301 1_555 GB N GLU . K GLU 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.34 ? covale ? covale16 FB N DGL . K DGL 301 1_555 KB C GLU . L GLU 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale17 GB C GLU . K GLU 302 1_555 LB N DGL . L DGL 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale18 GB CD GLU . K GLU 302 1_555 MB N DGL . L DGL 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale19 M C VAL 175 M VAL 175 1_555 M N KCX 176 M KCX 176 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale20 M C KCX 176 M KCX 176 1_555 M N CYS 177 M CYS 177 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale21 PB CD DGL . O DGL 301 1_555 QB N GLU . O GLU 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.34 ? covale ? covale22 PB N DGL . O DGL 301 1_555 UB CD DGL . P DGL 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.345 ? covale ? covale23 PB C DGL . O DGL 301 1_555 VB CG IAS . P IAS 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.525 ? metalc ? metalc1 A NE2 HIS 59 A HIS 59 1_555 T ZN ZN . A ZN 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? metalc ? metalc2 A OQ1 KCX 176 A KCX 176 1_555 T ZN ZN . A ZN 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? metalc ? metalc3 A OQ1 KCX 176 A KCX 176 1_555 U ZN ZN . A ZN 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? metalc ? metalc4 A OQ2 KCX 176 A KCX 176 1_555 U ZN ZN . A ZN 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? metalc ? metalc5 A OE1 GLU 218 A GLU 218 1_555 V CA CA . A CA 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.354 ? metalc ? metalc6 A OE2 GLU 218 A GLU 218 1_555 V CA CA . A CA 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? metalc ? metalc7 A ND1 HIS 229 A HIS 229 1_555 U ZN ZN . A ZN 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.629 ? metalc ? metalc8 A NE2 HIS 258 A HIS 258 1_555 U ZN ZN . A ZN 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.425 ? metalc ? metalc9 A OD2 ASP 334 A ASP 334 1_555 X CA CA . A CA 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.177 ? metalc ? metalc10 A OE1 GLU 398 A GLU 398 1_555 W CA CA . A CA 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.941 ? metalc ? metalc11 A OE1 GLU 399 A GLU 399 1_555 Z K K . A K 610 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.204 ? metalc ? metalc12 A OE2 GLU 423 A GLU 423 1_555 W CA CA . A CA 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.699 ? metalc ? metalc13 A OD1 ASP 463 A ASP 463 1_555 Y K K . A K 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.441 ? metalc ? metalc14 A OD2 ASP 505 A ASP 505 1_555 VA K K . I K 606 1_565 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.214 ? metalc ? metalc15 R N1 MFN . A MFN 602 1_555 U ZN ZN . A ZN 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.489 ? metalc ? metalc16 V CA CA . A CA 606 1_545 I O LYS 419 I LYS 419 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.29 ? metalc ? metalc17 D O ASP 59 D ASP 60 1_555 JA K K . D K 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.472 ? metalc ? metalc18 D O LYS 195 D LYS 196 1_555 JA K K . D K 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.596 ? metalc ? metalc19 E OQ2 KCX 176 E KCX 176 1_555 NA ZN ZN . E ZN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.994 ? metalc ? metalc20 E NE2 HIS 258 E HIS 258 1_555 MA ZN ZN . E ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.374 ? metalc ? metalc21 H O ASP 59 H ASP 60 1_555 PA K K . H K 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.407 ? metalc ? metalc22 H O LYS 195 H LYS 196 1_555 PA K K . H K 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.37 ? metalc ? metalc23 I NE2 HIS 59 I HIS 59 1_555 UA ZN ZN . I ZN 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.589 ? metalc ? metalc24 I OQ1 KCX 176 I KCX 176 1_555 TA ZN ZN . I ZN 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.486 ? metalc ? metalc25 I OQ2 KCX 176 I KCX 176 1_555 TA ZN ZN . I ZN 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.142 ? metalc ? metalc26 I OQ1 KCX 176 I KCX 176 1_555 UA ZN ZN . I ZN 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? metalc ? metalc27 I ND1 HIS 229 I HIS 229 1_555 TA ZN ZN . I ZN 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.387 ? metalc ? metalc28 I NE2 HIS 258 I HIS 258 1_555 TA ZN ZN . I ZN 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.422 ? metalc ? metalc29 I OD1 ASP 396 I ASP 396 1_555 VA K K . I K 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.257 ? metalc ? metalc30 I OE1 GLU 423 I GLU 423 1_555 VA K K . I K 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.212 ? metalc ? metalc31 RA N1 L6K . I L6K 602 1_555 TA ZN ZN . I ZN 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.429 ? metalc ? metalc32 J OG SER 38 J SER 39 1_555 BB NA NA . J NA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.525 ? metalc ? metalc33 J OE2 GLU 190 J GLU 191 1_555 CB K K . J K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.118 ? metalc ? metalc34 L O ASP 59 L ASP 60 1_555 HB CA CA . L CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.222 ? metalc ? metalc35 L OE2 GLU 154 L GLU 155 1_555 JB K K . L K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.087 ? metalc ? metalc36 L OE1 GLU 188 L GLU 189 1_555 IB CA CA . L CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.138 ? metalc ? metalc37 L OE2 GLU 188 L GLU 189 1_555 IB CA CA . L CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.166 ? metalc ? metalc38 L O LYS 195 L LYS 196 1_555 HB CA CA . L CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.204 ? metalc ? metalc39 M OQ2 KCX 176 M KCX 176 1_555 NB ZN ZN . M ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.192 ? metalc ? metalc40 M NE2 HIS 258 M HIS 258 1_555 OB ZN ZN . M ZN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.215 ? metalc ? metalc41 P O ASP 59 P ASP 60 1_555 SB K K . P K 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.394 ? metalc ? metalc42 P OE1 GLU 188 P GLU 189 1_555 TB K K . P K 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.384 ? metalc ? metalc43 P OE2 GLU 188 P GLU 189 1_555 TB K K . P K 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.288 ? metalc ? metalc44 P O LYS 195 P LYS 196 1_555 SB K K . P K 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.617 ? # _chem_comp.formula 'Zn 2' _chem_comp.formula_weight 65.409 _chem_comp.id ZN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'ZINC ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 6S6Y _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.011768 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] -0.001635 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] -0.002867 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.007747 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] -0.000438 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.00598 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code Q 5 FMT A 1 601 601 FMT FMT . R 6 MFN A 1 602 701 MFN MFN . S 7 GOL A 1 603 801 GOL GOL . T 8 ZN A 1 604 1 ZN ZN . U 8 ZN A 1 605 2 ZN ZN . V 9 CA A 1 606 3 CA CA . W 9 CA A 1 607 4 CA CA . X 9 CA A 1 608 5 CA CA . Y 10 K A 1 609 6 K K . Z 10 K A 1 610 7 K K . AA 11 CL A 1 611 3 CL CL . BA 11 CL A 1 612 5 CL CL . CA 9 CA B 1 401 6 CA CA . DA 12 DGL B 1 402 3 DGL MYF . EA 13 NH2 B 1 403 3 NH2 MYF . FA 11 CL C 1 301 4 CL CL . GA 12 DGL C 1 302 3 DGL MYF . HA 14 GLU C 1 303 3 GLU MYF . IA 14 GLU C 1 304 3 GLU MYF . JA 10 K D 1 401 8 K K . KA 12 DGL D 1 402 3 DGL MYF . LA 15 IAS D 1 403 3 IAS MYF . MA 8 ZN E 1 601 6 ZN ZN . NA 8 ZN E 1 602 7 ZN ZN . OA 7 GOL H 1 401 401 GOL GOL . PA 10 K H 1 402 4 K K . QA 5 FMT I 1 601 601 FMT FMT . RA 16 L6K I 1 602 701 L6K MFN . SA 17 EDO I 1 603 801 EDO EDO . TA 8 ZN I 1 604 3 ZN ZN . UA 8 ZN I 1 605 4 ZN ZN . VA 10 K I 1 606 9 K K . WA 11 CL I 1 607 2 CL CL . XA 12 DGL I 1 608 701 DGL MFN . YA 14 GLU I 1 609 701 GLU MFN . ZA 12 DGL I 1 610 701 DGL MFN . AB 5 FMT J 1 401 401 FMT FMT . BB 18 NA J 1 402 6 NA NA . CB 10 K J 1 403 3 K K . DB 11 CL J 1 404 1 CL CL . EB 14 GLU J 1 405 701 GLU MFN . FB 12 DGL K 1 301 701 DGL MFN . GB 14 GLU K 1 302 701 GLU MFN . HB 9 CA L 1 401 1 CA CA . IB 9 CA L 1 402 2 CA CA . JB 10 K L 1 403 2 K K . KB 14 GLU L 1 404 701 GLU MFN . LB 12 DGL L 1 405 701 DGL MFN . MB 12 DGL L 1 406 701 DGL MFN . NB 8 ZN M 1 601 5 ZN ZN . OB 8 ZN M 1 602 9 ZN ZN . PB 12 DGL O 1 301 2 DGL MYF . QB 14 GLU O 1 302 2 GLU MYF . RB 14 GLU O 1 303 2 GLU MYF . SB 10 K P 1 401 1 K K . TB 10 K P 1 402 5 K K . UB 12 DGL P 1 403 2 DGL MYF . VB 15 IAS P 1 404 2 IAS MYF . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol ZN _atom_site.label_atom_id ZN _atom_site.label_comp_id ZN _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id OB _atom_site.label_entity_id 8 _atom_site.Cartn_x 4.431 _atom_site.Cartn_y -49.89 _atom_site.Cartn_z 30.179 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 80.11 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id ZN _atom_site.auth_comp_id ZN _atom_site.auth_seq_id 602 _atom_site.auth_asym_id M _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 69 _model_server_stats.parse_time_ms 17 _model_server_stats.create_model_time_ms 51 _model_server_stats.query_time_ms 204 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #