data_6S6Y
#
_model_server_result.job_id            lUY21plZksn48oFfFxpt4Q 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-28 08:19:38' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6s6y 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"X","auth_seq_id":608}' 
#
_entry.id    6S6Y 
#
_exptl.entry_id    6S6Y 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              40.078 
_entity.id                          9 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'CALCIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    6 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         84.97 
_cell.angle_beta          75.91 
_cell.angle_gamma         82.09 
_cell.entry_id            6S6Y 
_cell.length_a            84.974 
_cell.length_b            130.322 
_cell.length_c            172.689 
_cell.Z_PDB               4 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6S6Y 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? octameric 8 author_defined_assembly 1 
? octameric 8 author_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,D,E,F,G,H,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA 1 1 
I,J,K,L,M,N,O,P,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 9 V N N 
? 9 W N N 
? 9 X N N 
? 9 CA N N 
? 9 HB N N 
? 9 IB N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A C VAL 175 A VAL 175 1_555 A N KCX 176 A KCX 176 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale2 A C KCX 176 A KCX 176 1_555 A N CYS 177 A CYS 177 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale3 DA C DGL . B DGL 402 1_555 EA N NH2 . B NH2 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.426 ? 
covale ? covale4 DA N DGL . B DGL 402 1_555 IA CD GLU . C GLU 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? 
covale ? covale5 GA CD DGL . C DGL 302 1_555 HA N GLU . C GLU 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? 
covale ? covale6 GA N DGL . C DGL 302 1_555 KA CD DGL . D DGL 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.346 ? 
covale ? covale7 GA C DGL . C DGL 302 1_555 LA CG IAS . D IAS 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.52 ? 
covale ? covale8 E C VAL 175 E VAL 175 1_555 E N KCX 176 E KCX 176 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale9 E C KCX 176 E KCX 176 1_555 E N CYS 177 E CYS 177 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale10 I C VAL 175 I VAL 175 1_555 I N KCX 176 I KCX 176 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale11 I C KCX 176 I KCX 176 1_555 I N CYS 177 I CYS 177 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale12 XA CD DGL . I DGL 608 1_555 KB N GLU . L GLU 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? 
covale ? covale13 YA N GLU . I GLU 609 1_555 FB CD DGL . K DGL 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.345 ? 
covale ? covale14 ZA N DGL . I DGL 610 1_555 EB C GLU . J GLU 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.343 ? 
covale ? covale15 FB C DGL . K DGL 301 1_555 GB N GLU . K GLU 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.34 ? 
covale ? covale16 FB N DGL . K DGL 301 1_555 KB C GLU . L GLU 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale17 GB C GLU . K GLU 302 1_555 LB N DGL . L DGL 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale18 GB CD GLU . K GLU 302 1_555 MB N DGL . L DGL 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale19 M C VAL 175 M VAL 175 1_555 M N KCX 176 M KCX 176 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale20 M C KCX 176 M KCX 176 1_555 M N CYS 177 M CYS 177 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale21 PB CD DGL . O DGL 301 1_555 QB N GLU . O GLU 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.34 ? 
covale ? covale22 PB N DGL . O DGL 301 1_555 UB CD DGL . P DGL 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.345 ? 
covale ? covale23 PB C DGL . O DGL 301 1_555 VB CG IAS . P IAS 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.525 ? 
metalc ? metalc1 A NE2 HIS 59 A HIS 59 1_555 T ZN ZN . A ZN 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? 
metalc ? metalc2 A OQ1 KCX 176 A KCX 176 1_555 T ZN ZN . A ZN 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? 
metalc ? metalc3 A OQ1 KCX 176 A KCX 176 1_555 U ZN ZN . A ZN 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? 
metalc ? metalc4 A OQ2 KCX 176 A KCX 176 1_555 U ZN ZN . A ZN 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? 
metalc ? metalc5 A OE1 GLU 218 A GLU 218 1_555 V CA CA . A CA 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.354 ? 
metalc ? metalc6 A OE2 GLU 218 A GLU 218 1_555 V CA CA . A CA 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? 
metalc ? metalc7 A ND1 HIS 229 A HIS 229 1_555 U ZN ZN . A ZN 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.629 ? 
metalc ? metalc8 A NE2 HIS 258 A HIS 258 1_555 U ZN ZN . A ZN 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.425 ? 
metalc ? metalc9 A OD2 ASP 334 A ASP 334 1_555 X CA CA . A CA 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.177 ? 
metalc ? metalc10 A OE1 GLU 398 A GLU 398 1_555 W CA CA . A CA 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.941 ? 
metalc ? metalc11 A OE1 GLU 399 A GLU 399 1_555 Z K K . A K 610 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.204 ? 
metalc ? metalc12 A OE2 GLU 423 A GLU 423 1_555 W CA CA . A CA 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.699 ? 
metalc ? metalc13 A OD1 ASP 463 A ASP 463 1_555 Y K K . A K 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.441 ? 
metalc ? metalc14 A OD2 ASP 505 A ASP 505 1_555 VA K K . I K 606 1_565 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.214 ? 
metalc ? metalc15 R N1 MFN . A MFN 602 1_555 U ZN ZN . A ZN 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.489 ? 
metalc ? metalc16 V CA CA . A CA 606 1_545 I O LYS 419 I LYS 419 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.29 ? 
metalc ? metalc17 D O ASP 59 D ASP 60 1_555 JA K K . D K 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.472 ? 
metalc ? metalc18 D O LYS 195 D LYS 196 1_555 JA K K . D K 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.596 ? 
metalc ? metalc19 E OQ2 KCX 176 E KCX 176 1_555 NA ZN ZN . E ZN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.994 ? 
metalc ? metalc20 E NE2 HIS 258 E HIS 258 1_555 MA ZN ZN . E ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.374 ? 
metalc ? metalc21 H O ASP 59 H ASP 60 1_555 PA K K . H K 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.407 ? 
metalc ? metalc22 H O LYS 195 H LYS 196 1_555 PA K K . H K 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.37 ? 
metalc ? metalc23 I NE2 HIS 59 I HIS 59 1_555 UA ZN ZN . I ZN 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.589 ? 
metalc ? metalc24 I OQ1 KCX 176 I KCX 176 1_555 TA ZN ZN . I ZN 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.486 ? 
metalc ? metalc25 I OQ2 KCX 176 I KCX 176 1_555 TA ZN ZN . I ZN 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.142 ? 
metalc ? metalc26 I OQ1 KCX 176 I KCX 176 1_555 UA ZN ZN . I ZN 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? 
metalc ? metalc27 I ND1 HIS 229 I HIS 229 1_555 TA ZN ZN . I ZN 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.387 ? 
metalc ? metalc28 I NE2 HIS 258 I HIS 258 1_555 TA ZN ZN . I ZN 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.422 ? 
metalc ? metalc29 I OD1 ASP 396 I ASP 396 1_555 VA K K . I K 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.257 ? 
metalc ? metalc30 I OE1 GLU 423 I GLU 423 1_555 VA K K . I K 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.212 ? 
metalc ? metalc31 RA N1 L6K . I L6K 602 1_555 TA ZN ZN . I ZN 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.429 ? 
metalc ? metalc32 J OG SER 38 J SER 39 1_555 BB NA NA . J NA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.525 ? 
metalc ? metalc33 J OE2 GLU 190 J GLU 191 1_555 CB K K . J K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.118 ? 
metalc ? metalc34 L O ASP 59 L ASP 60 1_555 HB CA CA . L CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.222 ? 
metalc ? metalc35 L OE2 GLU 154 L GLU 155 1_555 JB K K . L K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.087 ? 
metalc ? metalc36 L OE1 GLU 188 L GLU 189 1_555 IB CA CA . L CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.138 ? 
metalc ? metalc37 L OE2 GLU 188 L GLU 189 1_555 IB CA CA . L CA 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.166 ? 
metalc ? metalc38 L O LYS 195 L LYS 196 1_555 HB CA CA . L CA 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.204 ? 
metalc ? metalc39 M OQ2 KCX 176 M KCX 176 1_555 NB ZN ZN . M ZN 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.192 ? 
metalc ? metalc40 M NE2 HIS 258 M HIS 258 1_555 OB ZN ZN . M ZN 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.215 ? 
metalc ? metalc41 P O ASP 59 P ASP 60 1_555 SB K K . P K 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.394 ? 
metalc ? metalc42 P OE1 GLU 188 P GLU 189 1_555 TB K K . P K 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.384 ? 
metalc ? metalc43 P OE2 GLU 188 P GLU 189 1_555 TB K K . P K 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.288 ? 
metalc ? metalc44 P O LYS 195 P LYS 196 1_555 SB K K . P K 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.617 ? 
#
_chem_comp.formula           'Ca 2' 
_chem_comp.formula_weight    40.078 
_chem_comp.id                CA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'CALCIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     6S6Y 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.011768 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    -0.001635 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    -0.002867 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.007747 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    -0.000438 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.00598 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
Q 5 FMT A 1 601 601 FMT FMT . 
R 6 MFN A 1 602 701 MFN MFN . 
S 7 GOL A 1 603 801 GOL GOL . 
T 8 ZN A 1 604 1 ZN ZN . 
U 8 ZN A 1 605 2 ZN ZN . 
V 9 CA A 1 606 3 CA CA . 
W 9 CA A 1 607 4 CA CA . 
X 9 CA A 1 608 5 CA CA . 
Y 10 K A 1 609 6 K K . 
Z 10 K A 1 610 7 K K . 
AA 11 CL A 1 611 3 CL CL . 
BA 11 CL A 1 612 5 CL CL . 
CA 9 CA B 1 401 6 CA CA . 
DA 12 DGL B 1 402 3 DGL MYF . 
EA 13 NH2 B 1 403 3 NH2 MYF . 
FA 11 CL C 1 301 4 CL CL . 
GA 12 DGL C 1 302 3 DGL MYF . 
HA 14 GLU C 1 303 3 GLU MYF . 
IA 14 GLU C 1 304 3 GLU MYF . 
JA 10 K D 1 401 8 K K . 
KA 12 DGL D 1 402 3 DGL MYF . 
LA 15 IAS D 1 403 3 IAS MYF . 
MA 8 ZN E 1 601 6 ZN ZN . 
NA 8 ZN E 1 602 7 ZN ZN . 
OA 7 GOL H 1 401 401 GOL GOL . 
PA 10 K H 1 402 4 K K . 
QA 5 FMT I 1 601 601 FMT FMT . 
RA 16 L6K I 1 602 701 L6K MFN . 
SA 17 EDO I 1 603 801 EDO EDO . 
TA 8 ZN I 1 604 3 ZN ZN . 
UA 8 ZN I 1 605 4 ZN ZN . 
VA 10 K I 1 606 9 K K . 
WA 11 CL I 1 607 2 CL CL . 
XA 12 DGL I 1 608 701 DGL MFN . 
YA 14 GLU I 1 609 701 GLU MFN . 
ZA 12 DGL I 1 610 701 DGL MFN . 
AB 5 FMT J 1 401 401 FMT FMT . 
BB 18 NA J 1 402 6 NA NA . 
CB 10 K J 1 403 3 K K . 
DB 11 CL J 1 404 1 CL CL . 
EB 14 GLU J 1 405 701 GLU MFN . 
FB 12 DGL K 1 301 701 DGL MFN . 
GB 14 GLU K 1 302 701 GLU MFN . 
HB 9 CA L 1 401 1 CA CA . 
IB 9 CA L 1 402 2 CA CA . 
JB 10 K L 1 403 2 K K . 
KB 14 GLU L 1 404 701 GLU MFN . 
LB 12 DGL L 1 405 701 DGL MFN . 
MB 12 DGL L 1 406 701 DGL MFN . 
NB 8 ZN M 1 601 5 ZN ZN . 
OB 8 ZN M 1 602 9 ZN ZN . 
PB 12 DGL O 1 301 2 DGL MYF . 
QB 14 GLU O 1 302 2 GLU MYF . 
RB 14 GLU O 1 303 2 GLU MYF . 
SB 10 K P 1 401 1 K K . 
TB 10 K P 1 402 5 K K . 
UB 12 DGL P 1 403 2 DGL MYF . 
VB 15 IAS P 1 404 2 IAS MYF . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           CA 
_atom_site.label_atom_id         CA 
_atom_site.label_comp_id         CA 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         X 
_atom_site.label_entity_id       9 
_atom_site.Cartn_x               2.914 
_atom_site.Cartn_y               41.601 
_atom_site.Cartn_z               -41.694 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        70.11 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          CA 
_atom_site.auth_comp_id          CA 
_atom_site.auth_seq_id           608 
_atom_site.auth_asym_id          A 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              86 
_model_server_stats.parse_time_ms           21 
_model_server_stats.create_model_time_ms    67 
_model_server_stats.query_time_ms           280 
_model_server_stats.encode_time_ms          3 
_model_server_stats.element_count           1 
#