data_6S7T
#
_model_server_result.job_id            p0GubpJsFHLCye08sJMjyw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-21 23:48:56' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6s7t 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"Y","auth_seq_id":102}' 
#
_entry.id    6S7T 
#
_exptl.entry_id    6S7T 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              610.776 
_entity.id                          15 
_entity.src_method                  man 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "(2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{S})-2-(hydroxymethyl)-6-[(1~{S},2~{R},3~{R},4~{R},5'~{S},6~{S},7~{R},8~{S},9~{R},12~{R},13~{R},15~{S},16~{S},18~{R})-5',7,9,13-tetramethyl-3,15-bis(oxidanyl)spiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icosane-6,2'-oxane]-16-yl]oxy-oxane-3,4,5-triol" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    13 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            6S7T 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6S7T 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    decameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      10 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 15 U N N 
? 15 Y N N 
? 15 Z N N 
? 15 BA N N 
? 15 CA N N 
? 15 DA N N 
? 15 FA N N 
? 15 GA N N 
? 15 JA N N 
? 15 KA N N 
? 15 LA N N 
? 15 MA N N 
? 15 NA N N 
#
loop_
_pdbx_entity_branch.entity_id
_pdbx_entity_branch.type
11 oligosaccharide 
12 oligosaccharide 
13 oligosaccharide 
#
loop_
_pdbx_entity_branch_link.link_id
_pdbx_entity_branch_link.details
_pdbx_entity_branch_link.entity_id
_pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1
_pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2
_pdbx_entity_branch_link.comp_id_1
_pdbx_entity_branch_link.comp_id_2
_pdbx_entity_branch_link.atom_id_1
_pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1
_pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_1
_pdbx_entity_branch_link.atom_id_2
_pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2
_pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_2
_pdbx_entity_branch_link.value_order
1 ? 11 2 1 NAG NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 
2 ? 12 2 1 NAG NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 
3 ? 12 3 2 BMA NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 
4 ? 12 4 3 MAN BMA C1 O1 . O3 HO3 . sing 
5 ? 12 5 4 MAN MAN C1 O1 . O2 HO2 . sing 
6 ? 12 6 5 MAN MAN C1 O1 . O2 HO2 . sing 
7 ? 12 7 3 MAN BMA C1 O1 . O6 HO6 . sing 
8 ? 12 8 7 MAN MAN C1 O1 . O6 HO6 . sing 
9 ? 13 2 1 NAG NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 
10 ? 13 3 2 BMA NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 
11 ? 13 4 3 MAN BMA C1 O1 . O3 HO3 . sing 
12 ? 13 5 4 MAN MAN C1 O1 . O2 HO2 . sing 
13 ? 13 6 3 MAN BMA C1 O1 . O6 HO6 . sing 
14 ? 13 7 6 MAN MAN C1 O1 . O3 HO3 . sing 
15 ? 13 8 6 MAN MAN C1 O1 . O6 HO6 . sing 
#
loop_
_pdbx_branch_scheme.entity_id
_pdbx_branch_scheme.hetero
_pdbx_branch_scheme.asym_id
_pdbx_branch_scheme.mon_id
_pdbx_branch_scheme.num
_pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id
_pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_branch_scheme.auth_asym_id
_pdbx_branch_scheme.auth_seq_num
_pdbx_branch_scheme.auth_mon_id
11 n K NAG 1 J 1 NAG A 901 NAG 
11 n K NAG 2 J 2 NAG A 902 NAG 
12 n L NAG 1 L 1 NAG A 904 NAG 
12 n L NAG 2 L 2 NAG A 905 NAG 
12 n L BMA 3 L 3 BMA A 906 BMA 
12 n L MAN 4 L 4 MAN A 907 MAN 
12 n L MAN 5 L 5 MAN A 908 MAN 
12 n L MAN 6 L 6 MAN A 910 MAN 
12 n L MAN 7 L 7 MAN A 909 MAN 
12 n L MAN 8 L 8 MAN A 911 MAN 
11 n M NAG 1 M 1 NAG A 988 NAG 
11 n M NAG 2 M 2 NAG A 989 NAG 
13 n N NAG 1 N 1 NAG N 595 NAG 
13 n N NAG 2 N 2 NAG N 596 NAG 
13 n N BMA 3 N 3 BMA N 597 BMA 
13 n N MAN 4 N 4 MAN N 598 MAN 
13 n N MAN 5 N 5 MAN N 602 MAN 
13 n N MAN 6 N 6 MAN N 599 MAN 
13 n N MAN 7 N 7 MAN N 600 MAN 
13 n N MAN 8 N 8 MAN N 601 MAN 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A ND2 ASN 616 A ASN 616 1_555 K C1 NAG . J NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? 
covale ? covale2 A ND2 ASN 627 A ASN 627 1_555 L C1 NAG . L NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? 
covale ? covale3 A ND2 ASN 641 A ASN 641 1_555 M C1 NAG . M NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? 
covale ? covale4 E ND2 ASN 299 E ASN 299 1_555 N C1 NAG . N NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? 
covale ? covale5 K O4 NAG . J NAG 1 1_555 K C1 NAG . J NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.374 ? 
covale ? covale6 L O4 NAG . L NAG 1 1_555 L C1 NAG . L NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.373 ? 
covale ? covale7 L O4 NAG . L NAG 2 1_555 L C1 BMA . L BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.374 ? 
covale ? covale8 L O3 BMA . L BMA 3 1_555 L C1 MAN . L MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.374 ? 
covale ? covale9 L O6 BMA . L BMA 3 1_555 L C1 MAN . L MAN 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.374 ? 
covale ? covale10 L O2 MAN . L MAN 4 1_555 L C1 MAN . L MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.373 ? 
covale ? covale11 L O2 MAN . L MAN 5 1_555 L C1 MAN . L MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.374 ? 
covale ? covale12 L O6 MAN . L MAN 7 1_555 L C1 MAN . L MAN 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.374 ? 
covale ? covale13 M O4 NAG . M NAG 1 1_555 M C1 NAG . M NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.374 ? 
covale ? covale14 N O4 NAG . N NAG 1 1_555 N C1 NAG . N NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.374 ? 
covale ? covale15 N O4 NAG . N NAG 2 1_555 N C1 BMA . N BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.374 ? 
covale ? covale16 N O3 BMA . N BMA 3 1_555 N C1 MAN . N MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.374 ? 
covale ? covale17 N O6 BMA . N BMA 3 1_555 N C1 MAN . N MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.374 ? 
covale ? covale18 N O2 MAN . N MAN 4 1_555 N C1 MAN . N MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.375 ? 
covale ? covale19 N O3 MAN . N MAN 6 1_555 N C1 MAN . N MAN 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.374 ? 
covale ? covale20 N O6 MAN . N MAN 6 1_555 N C1 MAN . N MAN 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.374 ? 
metalc ? metalc1 E OE2 GLU 376 E GLU 376 1_555 HA MG MG . E MG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.731 ? 
metalc ? metalc2 E OE2 GLU 438 E GLU 438 1_555 HA MG MG . E MG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.48 ? 
#
_chem_comp.formula           'C33 H54 O10' 
_chem_comp.formula_weight    610.776 
_chem_comp.id                KZB 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "(2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{S})-2-(hydroxymethyl)-6-[(1~{S},2~{R},3~{R},4~{R},5'~{S},6~{S},7~{R},8~{S},9~{R},12~{R},13~{R},15~{S},16~{S},18~{R})-5',7,9,13-tetramethyl-3,15-bis(oxidanyl)spiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icosane-6,2'-oxane]-16-yl]oxy-oxane-3,4,5-triol" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
O27 C26 KZB sing 415 n n 
C26 C25 KZB sing 416 n n 
C25 C28 KZB sing 417 n n 
C25 O24 KZB sing 418 n n 
C28 O29 KZB sing 419 n n 
C28 C72 KZB sing 420 n n 
O24 C23 KZB sing 421 n n 
O73 C72 KZB sing 422 n n 
C74 C23 KZB sing 423 n n 
C74 C72 KZB sing 424 n n 
C74 O75 KZB sing 425 n n 
C23 O22 KZB sing 426 n n 
O22 C21 KZB sing 427 n n 
C20 C21 KZB sing 428 n n 
C20 C19 KZB sing 429 n n 
C21 C76 KZB sing 430 n n 
C76 O77 KZB sing 431 n n 
C76 C78 KZB sing 432 n n 
C80 C79 KZB sing 433 n n 
C18 C19 KZB sing 434 n n 
C18 C17 KZB sing 435 n n 
C19 C79 KZB sing 436 n n 
C79 C78 KZB sing 437 n n 
C79 C81 KZB sing 438 n n 
C17 C16 KZB sing 439 n n 
C16 C81 KZB sing 440 n n 
C16 C15 KZB sing 441 n n 
C81 C82 KZB sing 442 n n 
O14 C13 KZB sing 443 n n 
C82 C83 KZB sing 444 n n 
C85 C84 KZB sing 445 n n 
C15 C13 KZB sing 446 n n 
C15 C84 KZB sing 447 n n 
C13 C04 KZB sing 448 n n 
C84 C83 KZB sing 449 n n 
C84 C03 KZB sing 450 n n 
C04 C03 KZB sing 451 n n 
C04 O05 KZB sing 452 n n 
C03 C02 KZB sing 453 n n 
O05 C06 KZB sing 454 n n 
C07 C06 KZB sing 455 n n 
C07 C08 KZB sing 456 n n 
C02 C06 KZB sing 457 n n 
C02 C01 KZB sing 458 n n 
C06 O12 KZB sing 459 n n 
C08 C09 KZB sing 460 n n 
O12 C11 KZB sing 461 n n 
C09 C11 KZB sing 462 n n 
C09 C10 KZB sing 463 n n 
C10 H1 KZB sing 464 n n 
C10 H2 KZB sing 465 n n 
C10 H3 KZB sing 466 n n 
C13 H4 KZB sing 467 n n 
C15 H5 KZB sing 468 n n 
C17 H6 KZB sing 469 n n 
C17 H7 KZB sing 470 n n 
C20 H8 KZB sing 471 n n 
C20 H9 KZB sing 472 n n 
C21 H10 KZB sing 473 n n 
C26 H11 KZB sing 474 n n 
C26 H12 KZB sing 475 n n 
C28 H13 KZB sing 476 n n 
C01 H14 KZB sing 477 n n 
C01 H15 KZB sing 478 n n 
C01 H16 KZB sing 479 n n 
C02 H17 KZB sing 480 n n 
C03 H18 KZB sing 481 n n 
C04 H19 KZB sing 482 n n 
C07 H20 KZB sing 483 n n 
C07 H21 KZB sing 484 n n 
C08 H22 KZB sing 485 n n 
C08 H23 KZB sing 486 n n 
C09 H24 KZB sing 487 n n 
C11 H25 KZB sing 488 n n 
C11 H26 KZB sing 489 n n 
C16 H27 KZB sing 490 n n 
C18 H28 KZB sing 491 n n 
C18 H29 KZB sing 492 n n 
C19 H30 KZB sing 493 n n 
C23 H31 KZB sing 494 n n 
C25 H32 KZB sing 495 n n 
C72 H33 KZB sing 496 n n 
C74 H34 KZB sing 497 n n 
C76 H35 KZB sing 498 n n 
C78 H36 KZB sing 499 n n 
C78 H37 KZB sing 500 n n 
C80 H38 KZB sing 501 n n 
C80 H39 KZB sing 502 n n 
C80 H40 KZB sing 503 n n 
C81 H41 KZB sing 504 n n 
C82 H42 KZB sing 505 n n 
C82 H43 KZB sing 506 n n 
C83 H44 KZB sing 507 n n 
C83 H45 KZB sing 508 n n 
C85 H46 KZB sing 509 n n 
C85 H47 KZB sing 510 n n 
C85 H48 KZB sing 511 n n 
O14 H49 KZB sing 512 n n 
O27 H50 KZB sing 513 n n 
O29 H51 KZB sing 514 n n 
O73 H52 KZB sing 515 n n 
O75 H53 KZB sing 516 n n 
O77 H54 KZB sing 517 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     6S7T 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
O 14 EGY A 1 913 3 EGY EGY . 
P 14 EGY A 1 914 5 EGY EGY . 
Q 14 EGY A 1 915 7 EGY EGY . 
R 14 EGY A 1 916 8 EGY EGY . 
S 14 EGY A 1 917 9 EGY EGY . 
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