data_6SL5
#
_model_server_result.job_id            jAifT41UjVV7yKKOGKSj5A 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-02-27 09:19:51' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
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_model_server_result.entry_id          6sl5 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"T","auth_seq_id":1011}' 
#
_entry.id    6SL5 
#
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_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              893.489 
_entity.id                          20 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'CHLOROPHYLL A ISOMER' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.entry_id            6SL5 
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_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
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_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    nonadecameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      19 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC,HC,IC,JC,KC,LC,MC,NC,OC,PC,QC,RC,SC,TC,UC,VC,WC,XC,YC,ZC,AD,BD,CD,DD,ED,FD,GD,HD,ID,JD,KD,LD,MD,ND,OD,PD,QD,RD,SD,TD,UD,VD,WD,XD,YD,ZD,AE,BE,CE,DE,EE,FE,GE,HE,IE,JE,KE,LE,ME,NE,OE,PE,QE,RE,SE,TE,UE,VE,WE,XE,YE,ZE,AF,BF,CF,DF,EF,FF,GF,HF,IF,JF,KF,LF,MF,NF,OF,PF,QF,RF,SF,TF,UF,VF,WF,XF,YF,ZF,AG,BG,CG,DG,EG,FG,GG,HG,IG,JG,KG,LG,MG,NG,OG,PG,QG,RG,SG,TG,UG,VG,WG,XG,YG,ZG,AH,BH,CH,DH,EH,FH,GH,HH,IH,JH,KH,LH,MH,NH,OH,PH,QH,RH,SH,TH,UH,VH,WH,XH,YH,ZH,AI,BI,CI,DI,EI,FI,GI,HI,II,JI,KI,LI,MI,NI,OI,PI,QI,RI,SI,TI,UI,VI,WI,XI,YI,ZI,AJ,BJ,CJ,DJ,EJ,FJ,GJ,HJ,IJ,JJ,KJ,LJ,MJ,NJ,OJ,PJ,QJ,RJ,SJ,TJ,UJ,VJ,WJ,XJ,YJ,ZJ,AK,BK,CK,DK,EK,FK,GK,HK,IK,JK,KK,LK,MK,NK,OK,PK,QK,RK,SK,TK,UK,VK,WK,XK,YK 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      20 
_struct_asym.id                             T 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A O THR 487 A THR 498 1_555 DB MG CLA . A CLA 1134 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.991 ? 
metalc ? metalc2 A SG CYS 564 A CYS 575 1_555 MB FE1 SF4 . A SF4 3001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.468 ? 
metalc ? metalc3 A SG CYS 573 A CYS 584 1_555 MB FE4 SF4 . A SF4 3001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.476 ? 
metalc ? metalc4 KB MG CLA . A CLA 1141 1_555 UB O5 LHG . A LHG 5001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.923 ? 
metalc ? metalc5 MB FE2 SF4 . A SF4 3001 1_555 B SG CYS 558 B CYS 560 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.235 ? 
metalc ? metalc6 MB FE3 SF4 . A SF4 3001 1_555 B SG CYS 567 B CYS 569 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.362 ? 
metalc ? metalc7 B OD2 ASP 92 B ASP 94 1_555 HC MG CLA . B CLA 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.719 ? 
metalc ? metalc8 B OE1 GLU 133 B GLU 135 1_555 AE CA CA . B CA 6000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.136 ? 
metalc ? metalc9 B OE2 GLU 133 B GLU 135 1_555 AE CA CA . B CA 6000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.765 ? 
metalc ? metalc10 C SG CYS 10 C CYS 11 1_555 CE FE2 SF4 . C SF4 3003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.231 ? 
metalc ? metalc11 C SG CYS 13 C CYS 14 1_555 CE FE1 SF4 . C SF4 3003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.222 ? 
metalc ? metalc12 C SG CYS 16 C CYS 17 1_555 CE FE4 SF4 . C SF4 3003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.216 ? 
metalc ? metalc13 C SG CYS 20 C CYS 21 1_555 BE FE1 SF4 . C SF4 3002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.28 ? 
metalc ? metalc14 C SG CYS 47 C CYS 48 1_555 BE FE4 SF4 . C SF4 3002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.217 ? 
metalc ? metalc15 C SG CYS 50 C CYS 51 1_555 BE FE3 SF4 . C SF4 3002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? 
metalc ? metalc16 C SG CYS 53 C CYS 54 1_555 BE FE2 SF4 . C SF4 3002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? 
metalc ? metalc17 C SG CYS 57 C CYS 58 1_555 CE FE3 SF4 . C SF4 3003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.285 ? 
metalc ? metalc18 N O PHE 6 1 PHE 37 1_555 ZF MG CHL . 1 CHL 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.915 ? 
metalc ? metalc19 O O TRP 5 2 TRP 67 1_555 WG MG CHL . 2 CHL 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.891 ? 
metalc ? metalc20 O OE2 GLU 44 2 GLU 106 1_555 RG MG CLA . 2 CLA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.979 ? 
metalc ? metalc21 UG MG CLA . 2 CLA 607 1_555 CH O5 LHG . 2 LHG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.996 ? 
metalc ? metalc22 P O VAL 95 3 VAL 152 1_555 XH MG CLA . 3 CLA 610 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.723 ? 
metalc ? metalc23 Q O TRP 5 4 TRP 127 1_555 WI MG CLA . 4 CLA 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.902 ? 
metalc ? metalc24 Q O SER 204 4 SER 326 1_555 BJ MG CLA . 4 CLA 615 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.977 ? 
metalc ? metalc25 R OE2 GLU 44 5 GLU 90 1_555 OJ MG CLA . 5 CLA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.88 ? 
metalc ? metalc26 R OE2 GLU 94 5 GLU 140 1_555 VJ MG CLA . 5 CLA 612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.949 ? 
#
_chem_comp.formula           'C55 H72 Mg N4 O5 2' 
_chem_comp.formula_weight    893.489 
_chem_comp.id                CL0 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'CHLOROPHYLL A ISOMER' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
MG NA CL0 sing 589 n n 
MG NB CL0 sing 590 n n 
MG NC CL0 sing 591 n n 
MG ND CL0 sing 592 n n 
CHA C1A CL0 sing 593 n n 
CHA C4D CL0 doub 594 n n 
CHA CBD CL0 sing 595 n n 
CHB C4A CL0 doub 596 n n 
CHB C1B CL0 sing 597 n n 
CHC C4B CL0 sing 598 n n 
CHC C1C CL0 doub 599 n n 
CHD C4C CL0 sing 600 n n 
CHD C1D CL0 doub 601 n n 
NA C1A CL0 doub 602 n n 
NA C4A CL0 sing 603 n n 
C1A C2A CL0 sing 604 n n 
C2A C3A CL0 sing 605 n n 
C2A CAA CL0 sing 606 n n 
C3A C4A CL0 sing 607 n n 
C3A CMA CL0 sing 608 n n 
CAA CBA CL0 sing 609 n n 
CBA CGA CL0 sing 610 n n 
CGA O1A CL0 doub 611 n n 
CGA O2A CL0 sing 612 n n 
O2A C1 CL0 sing 613 n n 
NB C1B CL0 sing 614 n y 
NB C4B CL0 sing 615 n y 
C1B C2B CL0 doub 616 n y 
C2B C3B CL0 sing 617 n y 
C2B CMB CL0 sing 618 n n 
C3B C4B CL0 doub 619 n y 
C3B CAB CL0 sing 620 n n 
CAB CBB CL0 doub 621 n n 
NC C1C CL0 sing 622 n n 
NC C4C CL0 doub 623 n n 
C1C C2C CL0 sing 624 n n 
C2C C3C CL0 doub 625 n n 
C2C CMC CL0 sing 626 n n 
C3C C4C CL0 sing 627 n n 
C3C CAC CL0 sing 628 n n 
CAC CBC CL0 sing 629 n n 
ND C1D CL0 sing 630 n n 
ND C4D CL0 sing 631 n n 
C1D C2D CL0 sing 632 n n 
C2D C3D CL0 doub 633 n n 
C2D CMD CL0 sing 634 n n 
C3D C4D CL0 sing 635 n n 
C3D CAD CL0 sing 636 n n 
CAD OBD CL0 doub 637 n n 
CAD CBD CL0 sing 638 n n 
CBD CGD CL0 sing 639 n n 
CGD O1D CL0 doub 640 n n 
CGD O2D CL0 sing 641 n n 
O2D CED CL0 sing 642 n n 
C1 C2 CL0 sing 643 n n 
C2 C3 CL0 doub 644 e n 
C3 C4 CL0 sing 645 n n 
C3 C5 CL0 sing 646 n n 
C5 C6 CL0 sing 647 n n 
C6 C7 CL0 sing 648 n n 
C7 C8 CL0 sing 649 n n 
C8 C9 CL0 sing 650 n n 
C8 C10 CL0 sing 651 n n 
C10 C11 CL0 sing 652 n n 
C11 C12 CL0 sing 653 n n 
C12 C13 CL0 sing 654 n n 
C13 C14 CL0 sing 655 n n 
C13 C15 CL0 sing 656 n n 
C15 C16 CL0 sing 657 n n 
C16 C17 CL0 sing 658 n n 
C17 C18 CL0 sing 659 n n 
C18 C19 CL0 sing 660 n n 
C18 C20 CL0 sing 661 n n 
CHB H1 CL0 sing 662 n n 
CHC H2 CL0 sing 663 n n 
CHD H3 CL0 sing 664 n n 
CMA H4 CL0 sing 665 n n 
CMA H5 CL0 sing 666 n n 
CMA H6 CL0 sing 667 n n 
CAA H7 CL0 sing 668 n n 
CAA H8 CL0 sing 669 n n 
CBA H9 CL0 sing 670 n n 
CBA H10 CL0 sing 671 n n 
CMB H11 CL0 sing 672 n n 
CMB H12 CL0 sing 673 n n 
CMB H13 CL0 sing 674 n n 
CAB H14 CL0 sing 675 n n 
CBB H15 CL0 sing 676 n n 
CBB H16 CL0 sing 677 n n 
CMC H17 CL0 sing 678 n n 
CMC H18 CL0 sing 679 n n 
CMC H19 CL0 sing 680 n n 
CAC H20 CL0 sing 681 n n 
CAC H21 CL0 sing 682 n n 
CBC H22 CL0 sing 683 n n 
CBC H23 CL0 sing 684 n n 
CBC H24 CL0 sing 685 n n 
CMD H25 CL0 sing 686 n n 
CMD H26 CL0 sing 687 n n 
CMD H27 CL0 sing 688 n n 
CBD H28 CL0 sing 689 n n 
CED H29 CL0 sing 690 n n 
CED H30 CL0 sing 691 n n 
CED H31 CL0 sing 692 n n 
C1 H32 CL0 sing 693 n n 
C1 H33 CL0 sing 694 n n 
C2 H34 CL0 sing 695 n n 
C4 H35 CL0 sing 696 n n 
C4 H36 CL0 sing 697 n n 
C4 H37 CL0 sing 698 n n 
C5 H38 CL0 sing 699 n n 
C5 H39 CL0 sing 700 n n 
C6 H40 CL0 sing 701 n n 
C6 H41 CL0 sing 702 n n 
C7 H42 CL0 sing 703 n n 
C7 H43 CL0 sing 704 n n 
C8 H44 CL0 sing 705 n n 
C9 H45 CL0 sing 706 n n 
C9 H46 CL0 sing 707 n n 
C9 H47 CL0 sing 708 n n 
C10 H48 CL0 sing 709 n n 
C10 H49 CL0 sing 710 n n 
C11 H50 CL0 sing 711 n n 
C11 H51 CL0 sing 712 n n 
C12 H52 CL0 sing 713 n n 
C12 H53 CL0 sing 714 n n 
C13 H54 CL0 sing 715 n n 
C14 H55 CL0 sing 716 n n 
C14 H56 CL0 sing 717 n n 
C14 H57 CL0 sing 718 n n 
C15 H58 CL0 sing 719 n n 
C15 H59 CL0 sing 720 n n 
C16 H60 CL0 sing 721 n n 
C16 H61 CL0 sing 722 n n 
C17 H62 CL0 sing 723 n n 
C17 H63 CL0 sing 724 n n 
C18 H64 CL0 sing 725 n n 
C19 H65 CL0 sing 726 n n 
C19 H66 CL0 sing 727 n n 
C19 H67 CL0 sing 728 n n 
C20 H68 CL0 sing 729 n n 
C20 H69 CL0 sing 730 n n 
C20 H70 CL0 sing 731 n n 
C2A H71 CL0 sing 732 n n 
C3A H72 CL0 sing 733 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     6SL5 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
T 20 CL0 A 1 1011 1011 CL0 CL0 . 
U 21 CLA A 1 1012 1012 CLA CLA . 
V 21 CLA A 1 1013 1013 CLA CLA . 
W 21 CLA A 1 1101 1101 CLA CLA . 
X 21 CLA A 1 1102 1102 CLA CLA . 
Y 21 CLA A 1 1103 1103 CLA CLA . 
Z 21 CLA A 1 1104 1104 CLA CLA . 
AA 21 CLA A 1 1105 1105 CLA CLA . 
BA 21 CLA A 1 1106 1106 CLA CLA . 
CA 21 CLA A 1 1107 1107 CLA CLA . 
DA 21 CLA A 1 1108 1108 CLA CLA . 
EA 21 CLA A 1 1109 1109 CLA CLA . 
FA 21 CLA A 1 1110 1110 CLA CLA . 
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HETATM 17 N NB CL0 . . . T 20 196.885 205.215 193.331 1 0 ? NB CL0 1011 A 1 
HETATM 18 C C1B CL0 . . . T 20 196.39 203.974 193.429 1 0 ? C1B CL0 1011 A 1 
HETATM 19 C C2B CL0 . . . T 20 194.896 203.938 193.425 1 0 ? C2B CL0 1011 A 1 
HETATM 20 C C3B CL0 . . . T 20 194.575 205.361 193.308 1 0 ? C3B CL0 1011 A 1 
HETATM 21 C C4B CL0 . . . T 20 195.865 206.084 193.255 1 0 ? C4B CL0 1011 A 1 
HETATM 22 C CMB CL0 . . . T 20 193.959 202.765 193.52 1 0 ? CMB CL0 1011 A 1 
HETATM 23 C CAB CL0 . . . T 20 193.241 205.996 193.254 1 0 ? CAB CL0 1011 A 1 
HETATM 24 C CBB CL0 . . . T 20 192.164 205.249 193.176 1 0 ? CBB CL0 1011 A 1 
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HETATM 26 C C1C CL0 . . . T 20 197.218 208.396 193.055 1 0 ? C1C CL0 1011 A 1 
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