data_6SMP
#
_model_server_result.job_id            8yYHhYEG62h8jb6-HK1cWQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-08-31 16:25:43' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6smp 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"N","auth_seq_id":501}' 
#
_entry.id    6SMP 
#
_exptl.entry_id    6SMP 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              614.6 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            (2~{R})-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-~{N}-[3-oxidanylidene-3-[2-[(1~{R},4~{Z},6~{Z},8~{Z})-1,5,7,9-tetrakis(oxidanyl)-3,11-bis(oxidanylidene)dodeca-4,6,8-trienyl]sulfanylethylamino]propyl]-4-[tris(oxidanyl)-$l^{5}-phosphanyl]oxy-butanamide 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          97.14 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            6SMP 
_cell.length_a            108.3 
_cell.length_b            135.94 
_cell.length_c            148.6 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6SMP 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? trimeric 3 author_defined_assembly 1 
? trimeric 3 author_defined_assembly 2 
? trimeric 3 author_defined_assembly 3 
? trimeric 3 author_defined_assembly 4 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,M,Q,R,S 1 1 
D,E,F,N,T,U,V 2 1 
G,H,I,O,W,X,Y 3 1 
J,K,L,P,Z,AA,BA 4 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 M N N 
? 4 N N N 
? 4 O N N 
? 4 P N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A OG SER 53 A SER 38 1_555 M P24 LLE . A LLE 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.55 ? 
covale ? covale2 M C11 LLE . A LLE 501 1_555 B SG CYS 191 B CYS 176 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.757 ? 
covale ? covale3 D OG SER 53 D SER 38 1_555 N P24 LLE . D LLE 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.56 ? 
covale ? covale4 N C11 LLE . D LLE 501 1_555 E SG CYS 191 E CYS 176 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.763 ? 
covale ? covale5 G OG SER 53 G SER 38 1_555 O P24 LLE . G LLE 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.565 ? 
covale ? covale6 O C11 LLE . G LLE 501 1_555 H SG CYS 191 H CYS 176 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.762 ? 
covale ? covale7 J OG SER 53 J SER 38 1_555 P P24 LLE . J LLE 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.557 ? 
covale ? covale8 P C11 LLE . J LLE 501 1_555 K SG CYS 191 K CYS 176 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.754 ? 
#
_chem_comp.formula           'C23 H39 N2 O13 P S' 
_chem_comp.formula_weight    614.6 
_chem_comp.id                LLE 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              (2~{R})-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-~{N}-[3-oxidanylidene-3-[2-[(1~{R},4~{Z},6~{Z},8~{Z})-1,5,7,9-tetrakis(oxidanyl)-3,11-bis(oxidanylidene)dodeca-4,6,8-trienyl]sulfanylethylamino]propyl]-4-[tris(oxidanyl)-$l^{5}-phosphanyl]oxy-butanamide 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
O25 P24 LLE sing 194 n n 
P24 O26 LLE sing 195 n n 
P24 O27 LLE sing 196 n n 
O33 C32 LLE sing 197 n n 
C28 O27 LLE sing 198 n n 
C28 C29 LLE sing 199 n n 
C32 C29 LLE sing 200 n n 
C32 C34 LLE sing 201 n n 
C29 C31 LLE sing 202 n n 
C29 C30 LLE sing 203 n n 
C34 N36 LLE sing 204 n n 
C34 O35 LLE doub 205 n n 
N36 C37 LLE sing 206 n n 
C37 C38 LLE sing 207 n n 
C38 C39 LLE sing 208 n n 
C39 N41 LLE sing 209 n n 
C39 O40 LLE doub 210 n n 
N41 C42 LLE sing 211 n n 
O19 C11 LLE sing 212 n n 
O23 C3 LLE doub 213 n n 
S44 C11 LLE sing 214 n n 
S44 C12 LLE sing 215 n n 
O20 C9 LLE sing 216 n n 
C42 C12 LLE sing 217 n n 
O21 C7 LLE sing 218 n n 
C11 C10 LLE sing 219 n n 
C3 C10 LLE sing 220 n n 
C3 C2 LLE sing 221 n n 
C9 C2 LLE doub 222 z n 
C9 C8 LLE sing 223 n n 
C7 C8 LLE doub 224 z n 
C7 C6 LLE sing 225 n n 
O22 C5 LLE sing 226 n n 
C6 C5 LLE doub 227 z n 
C5 C4 LLE sing 228 n n 
O24 C43 LLE doub 229 n n 
C4 C43 LLE sing 230 n n 
C43 C13 LLE sing 231 n n 
C4 H1 LLE sing 232 n n 
C4 H2 LLE sing 233 n n 
C6 H3 LLE sing 234 n n 
C8 H4 LLE sing 235 n n 
C10 H5 LLE sing 236 n n 
C10 H6 LLE sing 237 n n 
C13 H7 LLE sing 238 n n 
C13 H8 LLE sing 239 n n 
C13 H9 LLE sing 240 n n 
C28 H10 LLE sing 241 n n 
C28 H11 LLE sing 242 n n 
O25 H12 LLE sing 243 n n 
O26 H13 LLE sing 244 n n 
C30 H14 LLE sing 245 n n 
C30 H15 LLE sing 246 n n 
C30 H16 LLE sing 247 n n 
C31 H17 LLE sing 248 n n 
C31 H18 LLE sing 249 n n 
C31 H19 LLE sing 250 n n 
C32 H20 LLE sing 251 n n 
O33 H21 LLE sing 252 n n 
N36 H22 LLE sing 253 n n 
C37 H23 LLE sing 254 n n 
C37 H24 LLE sing 255 n n 
C38 H25 LLE sing 256 n n 
C38 H26 LLE sing 257 n n 
N41 H27 LLE sing 258 n n 
C42 H28 LLE sing 259 n n 
C42 H29 LLE sing 260 n n 
C12 H30 LLE sing 261 n n 
C12 H31 LLE sing 262 n n 
C11 H32 LLE sing 263 n n 
O19 H33 LLE sing 264 n n 
C2 H34 LLE sing 265 n n 
O20 H35 LLE sing 266 n n 
O21 H36 LLE sing 267 n n 
O22 H37 LLE sing 268 n n 
P24 O1 LLE sing 269 n n 
O1 H39 LLE sing 270 n n 
P24 H38 LLE sing 271 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     6SMP 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.009234 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.001157 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.007356 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.006782 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
M 4 LLE A 1 501 176 LLE LIG . 
N 4 LLE D 1 501 176 LLE LIG . 
O 4 LLE G 1 501 176 LLE LIG . 
P 4 LLE J 1 501 176 LLE LIG . 
Q 5 HOH A 1 601 76 HOH HOH . 
R 5 HOH B 1 601 77 HOH HOH . 
R 5 HOH B 2 602 69 HOH HOH . 
R 5 HOH B 3 603 7 HOH HOH . 
R 5 HOH B 4 604 35 HOH HOH . 
R 5 HOH B 5 605 4 HOH HOH . 
R 5 HOH B 6 606 25 HOH HOH . 
R 5 HOH B 7 607 17 HOH HOH . 
R 5 HOH B 8 608 39 HOH HOH . 
R 5 HOH B 9 609 68 HOH HOH . 
R 5 HOH B 10 610 61 HOH HOH . 
R 5 HOH B 11 611 41 HOH HOH . 
R 5 HOH B 12 612 62 HOH HOH . 
R 5 HOH B 13 613 38 HOH HOH . 
R 5 HOH B 14 614 63 HOH HOH . 
S 5 HOH C 1 401 9 HOH HOH . 
S 5 HOH C 2 402 45 HOH HOH . 
S 5 HOH C 3 403 20 HOH HOH . 
S 5 HOH C 4 404 58 HOH HOH . 
S 5 HOH C 5 405 57 HOH HOH . 
S 5 HOH C 6 406 73 HOH HOH . 
T 5 HOH D 1 601 46 HOH HOH . 
T 5 HOH D 2 602 80 HOH HOH . 
T 5 HOH D 3 603 71 HOH HOH . 
U 5 HOH E 1 601 78 HOH HOH . 
U 5 HOH E 2 602 32 HOH HOH . 
U 5 HOH E 3 603 37 HOH HOH . 
U 5 HOH E 4 604 48 HOH HOH . 
U 5 HOH E 5 605 1 HOH HOH . 
U 5 HOH E 6 606 56 HOH HOH . 
U 5 HOH E 7 607 27 HOH HOH . 
U 5 HOH E 8 608 60 HOH HOH . 
U 5 HOH E 9 609 49 HOH HOH . 
U 5 HOH E 10 610 31 HOH HOH . 
U 5 HOH E 11 611 79 HOH HOH . 
U 5 HOH E 12 612 47 HOH HOH . 
U 5 HOH E 13 613 15 HOH HOH . 
U 5 HOH E 14 614 30 HOH HOH . 
U 5 HOH E 15 615 6 HOH HOH . 
U 5 HOH E 16 616 64 HOH HOH . 
U 5 HOH E 17 617 23 HOH HOH . 
V 5 HOH F 1 401 34 HOH HOH . 
V 5 HOH F 2 402 22 HOH HOH . 
V 5 HOH F 3 403 51 HOH HOH . 
V 5 HOH F 4 404 54 HOH HOH . 
V 5 HOH F 5 405 53 HOH HOH . 
V 5 HOH F 6 406 43 HOH HOH . 
V 5 HOH F 7 407 52 HOH HOH . 
W 5 HOH G 1 601 33 HOH HOH . 
W 5 HOH G 2 602 40 HOH HOH . 
W 5 HOH G 3 603 66 HOH HOH . 
X 5 HOH H 1 601 16 HOH HOH . 
X 5 HOH H 2 602 55 HOH HOH . 
X 5 HOH H 3 603 26 HOH HOH . 
X 5 HOH H 4 604 3 HOH HOH . 
X 5 HOH H 5 605 19 HOH HOH . 
X 5 HOH H 6 606 21 HOH HOH . 
X 5 HOH H 7 607 14 HOH HOH . 
X 5 HOH H 8 608 36 HOH HOH . 
Y 5 HOH I 1 401 13 HOH HOH . 
Y 5 HOH I 2 402 75 HOH HOH . 
Y 5 HOH I 3 403 59 HOH HOH . 
Y 5 HOH I 4 404 18 HOH HOH . 
Y 5 HOH I 5 405 5 HOH HOH . 
Y 5 HOH I 6 406 74 HOH HOH . 
Y 5 HOH I 7 407 42 HOH HOH . 
Y 5 HOH I 8 408 67 HOH HOH . 
Y 5 HOH I 9 409 72 HOH HOH . 
Y 5 HOH I 10 410 10 HOH HOH . 
Z 5 HOH J 1 601 44 HOH HOH . 
AA 5 HOH K 1 601 2 HOH HOH . 
AA 5 HOH K 2 602 65 HOH HOH . 
AA 5 HOH K 3 603 50 HOH HOH . 
AA 5 HOH K 4 604 29 HOH HOH . 
AA 5 HOH K 5 605 81 HOH HOH . 
BA 5 HOH L 1 401 70 HOH HOH . 
BA 5 HOH L 2 402 24 HOH HOH . 
BA 5 HOH L 3 403 28 HOH HOH . 
BA 5 HOH L 4 404 12 HOH HOH . 
BA 5 HOH L 5 405 11 HOH HOH . 
BA 5 HOH L 6 406 8 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C4 LLE . . . N 4 11.427 25.35 45.872 0.5 35.69 ? C4 LLE 501 D 1 
HETATM 2 C C5 LLE . . . N 4 12.118 25.212 47.192 0.5 35.57 ? C5 LLE 501 D 1 
HETATM 3 C C6 LLE . . . N 4 13.178 25.963 47.425 0.5 35.7 ? C6 LLE 501 D 1 
HETATM 4 C C7 LLE . . . N 4 13.996 26.003 48.645 0.5 36.18 ? C7 LLE 501 D 1 
HETATM 5 C C8 LLE . . . N 4 15.268 25.662 48.6 0.5 36.82 ? C8 LLE 501 D 1 
HETATM 6 C C10 LLE . . . N 4 18.506 28.66 50.42 0.5 40.76 ? C10 LLE 501 D 1 
HETATM 7 C C13 LLE . . . N 4 10.904 23.244 44.479 1 36.85 ? C13 LLE 501 D 1 
HETATM 8 C C28 LLE . . . N 4 13.323 37.832 55.252 1 49.05 ? C28 LLE 501 D 1 
HETATM 9 O O25 LLE . . . N 4 13.404 40.13 57.118 1 51.45 ? O25 LLE 501 D 1 
HETATM 10 P P24 LLE . . . N 4 12.441 40.042 56.046 1 51.31 ? P24 LLE 501 D 1 
HETATM 11 O O26 LLE . . . N 4 12.347 41.33 55.375 1 51.9 ? O26 LLE 501 D 1 
HETATM 12 O O27 LLE . . . N 4 12.816 39.078 54.919 1 50.18 ? O27 LLE 501 D 1 
HETATM 13 C C29 LLE . . . N 4 14.398 37.418 54.287 1 49.82 ? C29 LLE 501 D 1 
HETATM 14 C C30 LLE . . . N 4 13.934 36.171 53.586 1 49.31 ? C30 LLE 501 D 1 
HETATM 15 C C31 LLE . . . N 4 14.74 38.453 53.243 1 49.67 ? C31 LLE 501 D 1 
HETATM 16 C C32 LLE . . . N 4 15.547 37.144 55.213 1 49.88 ? C32 LLE 501 D 1 
HETATM 17 O O33 LLE . . . N 4 15.112 36.03 55.96 1 50.17 ? O33 LLE 501 D 1 
HETATM 18 C C34 LLE . . . N 4 16.814 36.846 54.498 1 51.31 ? C34 LLE 501 D 1 
HETATM 19 O O35 LLE . . . N 4 17.266 37.633 53.738 1 51.36 ? O35 LLE 501 D 1 
HETATM 20 N N36 LLE . . . N 4 17.423 35.726 54.755 1 53.51 ? N36 LLE 501 D 1 
HETATM 21 C C37 LLE . . . N 4 18.797 35.53 54.45 1 55.05 ? C37 LLE 501 D 1 
HETATM 22 C C38 LLE . . . N 4 18.921 34.27 53.627 1 56.45 ? C38 LLE 501 D 1 
HETATM 23 C C39 LLE . . . N 4 20.367 33.975 53.439 1 53.29 ? C39 LLE 501 D 1 
HETATM 24 O O40 LLE . . . N 4 21.101 34.808 52.97 1 54.86 ? O40 LLE 501 D 1 
HETATM 25 N N41 LLE . . . N 4 20.782 32.789 53.81 1 53.59 ? N41 LLE 501 D 1 
HETATM 26 C C42 LLE . . . N 4 21.591 32.033 52.914 1 49.2 ? C42 LLE 501 D 1 
HETATM 27 C C12 LLE . . . N 4 21.089 30.627 52.825 1 47.09 ? C12 LLE 501 D 1 
HETATM 28 S S44 LLE . . . N 4 20.311 30.401 51.283 1 45.84 ? S44 LLE 501 D 1 
HETATM 29 C C11 LLE . . . N 4 19.845 28.687 51.111 0.5 42.34 ? C11 LLE 501 D 1 
HETATM 30 O O19 LLE . . . N 4 19.676 28.104 52.392 0.5 42.15 ? O19 LLE 501 D 1 
HETATM 31 C C3 LLE . . . N 4 17.808 27.376 50.702 0.5 39.43 ? C3 LLE 501 D 1 
HETATM 32 O O23 LLE . . . N 4 18.055 26.765 51.699 0.5 39.35 ? O23 LLE 501 D 1 
HETATM 33 C C2 LLE . . . N 4 16.85 26.913 49.741 0.5 38.53 ? C2 LLE 501 D 1 
HETATM 34 C C9 LLE . . . N 4 16.152 25.791 49.767 0.5 37.72 ? C9 LLE 501 D 1 
HETATM 35 O O20 LLE . . . N 4 16.279 24.923 50.741 0.5 37.83 ? O20 LLE 501 D 1 
HETATM 36 O O21 LLE . . . N 4 13.535 26.415 49.792 0.5 36.12 ? O21 LLE 501 D 1 
HETATM 37 O O22 LLE . . . N 4 11.684 24.354 48.093 0.5 35.61 ? O22 LLE 501 D 1 
HETATM 38 C C43 LLE . . . N 4 10.685 24.08 45.671 1 36.13 ? C43 LLE 501 D 1 
HETATM 39 O O24 LLE . . . N 4 9.94 23.745 46.529 1 36.82 ? O24 LLE 501 D 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              109 
_model_server_stats.parse_time_ms           25 
_model_server_stats.create_model_time_ms    84 
_model_server_stats.query_time_ms           600 
_model_server_stats.encode_time_ms          3 
_model_server_stats.element_count           39 
#