data_6SMP # _model_server_result.job_id NquCVsXLjK73uRid10eFJw _model_server_result.datetime_utc '2025-08-31 03:40:07' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6smp # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"P","auth_seq_id":501}' # _entry.id 6SMP # _exptl.entry_id 6SMP _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 614.6 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description (2~{R})-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-~{N}-[3-oxidanylidene-3-[2-[(1~{R},4~{Z},6~{Z},8~{Z})-1,5,7,9-tetrakis(oxidanyl)-3,11-bis(oxidanylidene)dodeca-4,6,8-trienyl]sulfanylethylamino]propyl]-4-[tris(oxidanyl)-$l^{5}-phosphanyl]oxy-butanamide _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 97.14 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6SMP _cell.length_a 108.3 _cell.length_b 135.94 _cell.length_c 148.6 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6SMP _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? trimeric 3 author_defined_assembly 1 ? trimeric 3 author_defined_assembly 2 ? trimeric 3 author_defined_assembly 3 ? trimeric 3 author_defined_assembly 4 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,M,Q,R,S 1 1 D,E,F,N,T,U,V 2 1 G,H,I,O,W,X,Y 3 1 J,K,L,P,Z,AA,BA 4 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 M N N ? 4 N N N ? 4 O N N ? 4 P N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A OG SER 53 A SER 38 1_555 M P24 LLE . A LLE 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.55 ? covale ? covale2 M C11 LLE . A LLE 501 1_555 B SG CYS 191 B CYS 176 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.757 ? covale ? covale3 D OG SER 53 D SER 38 1_555 N P24 LLE . D LLE 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.56 ? covale ? covale4 N C11 LLE . D LLE 501 1_555 E SG CYS 191 E CYS 176 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.763 ? covale ? covale5 G OG SER 53 G SER 38 1_555 O P24 LLE . G LLE 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.565 ? covale ? covale6 O C11 LLE . G LLE 501 1_555 H SG CYS 191 H CYS 176 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.762 ? covale ? covale7 J OG SER 53 J SER 38 1_555 P P24 LLE . J LLE 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.557 ? covale ? covale8 P C11 LLE . J LLE 501 1_555 K SG CYS 191 K CYS 176 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.754 ? # _chem_comp.formula 'C23 H39 N2 O13 P S' _chem_comp.formula_weight 614.6 _chem_comp.id LLE _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name (2~{R})-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-~{N}-[3-oxidanylidene-3-[2-[(1~{R},4~{Z},6~{Z},8~{Z})-1,5,7,9-tetrakis(oxidanyl)-3,11-bis(oxidanylidene)dodeca-4,6,8-trienyl]sulfanylethylamino]propyl]-4-[tris(oxidanyl)-$l^{5}-phosphanyl]oxy-butanamide _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag O25 P24 LLE sing 194 n n P24 O26 LLE sing 195 n n P24 O27 LLE sing 196 n n O33 C32 LLE sing 197 n n C28 O27 LLE sing 198 n n C28 C29 LLE sing 199 n n C32 C29 LLE sing 200 n n C32 C34 LLE sing 201 n n C29 C31 LLE sing 202 n n C29 C30 LLE sing 203 n n C34 N36 LLE sing 204 n n C34 O35 LLE doub 205 n n N36 C37 LLE sing 206 n n C37 C38 LLE sing 207 n n C38 C39 LLE sing 208 n n C39 N41 LLE sing 209 n n C39 O40 LLE doub 210 n n N41 C42 LLE sing 211 n n O19 C11 LLE sing 212 n n O23 C3 LLE doub 213 n n S44 C11 LLE sing 214 n n S44 C12 LLE sing 215 n n O20 C9 LLE sing 216 n n C42 C12 LLE sing 217 n n O21 C7 LLE sing 218 n n C11 C10 LLE sing 219 n n C3 C10 LLE sing 220 n n C3 C2 LLE sing 221 n n C9 C2 LLE doub 222 z n C9 C8 LLE sing 223 n n C7 C8 LLE doub 224 z n C7 C6 LLE sing 225 n n O22 C5 LLE sing 226 n n C6 C5 LLE doub 227 z n C5 C4 LLE sing 228 n n O24 C43 LLE doub 229 n n C4 C43 LLE sing 230 n n C43 C13 LLE sing 231 n n C4 H1 LLE sing 232 n n C4 H2 LLE sing 233 n n C6 H3 LLE sing 234 n n C8 H4 LLE sing 235 n n C10 H5 LLE sing 236 n n C10 H6 LLE sing 237 n n C13 H7 LLE sing 238 n n C13 H8 LLE sing 239 n n C13 H9 LLE sing 240 n n C28 H10 LLE sing 241 n n C28 H11 LLE sing 242 n n O25 H12 LLE sing 243 n n O26 H13 LLE sing 244 n n C30 H14 LLE sing 245 n n C30 H15 LLE sing 246 n n C30 H16 LLE sing 247 n n C31 H17 LLE sing 248 n n C31 H18 LLE sing 249 n n C31 H19 LLE sing 250 n n C32 H20 LLE sing 251 n n O33 H21 LLE sing 252 n n N36 H22 LLE sing 253 n n C37 H23 LLE sing 254 n n C37 H24 LLE sing 255 n n C38 H25 LLE sing 256 n n C38 H26 LLE sing 257 n n N41 H27 LLE sing 258 n n C42 H28 LLE sing 259 n n C42 H29 LLE sing 260 n n C12 H30 LLE sing 261 n n C12 H31 LLE sing 262 n n C11 H32 LLE sing 263 n n O19 H33 LLE sing 264 n n C2 H34 LLE sing 265 n n O20 H35 LLE sing 266 n n O21 H36 LLE sing 267 n n O22 H37 LLE sing 268 n n P24 O1 LLE sing 269 n n O1 H39 LLE sing 270 n n P24 H38 LLE sing 271 n n # _atom_sites.entry_id 6SMP _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.009234 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.001157 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.007356 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.006782 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code M 4 LLE A 1 501 176 LLE LIG . N 4 LLE D 1 501 176 LLE LIG . O 4 LLE G 1 501 176 LLE LIG . P 4 LLE J 1 501 176 LLE LIG . Q 5 HOH A 1 601 76 HOH HOH . R 5 HOH B 1 601 77 HOH HOH . R 5 HOH B 2 602 69 HOH HOH . R 5 HOH B 3 603 7 HOH HOH . R 5 HOH B 4 604 35 HOH HOH . R 5 HOH B 5 605 4 HOH HOH . R 5 HOH B 6 606 25 HOH HOH . R 5 HOH B 7 607 17 HOH HOH . R 5 HOH B 8 608 39 HOH HOH . R 5 HOH B 9 609 68 HOH HOH . R 5 HOH B 10 610 61 HOH HOH . R 5 HOH B 11 611 41 HOH HOH . R 5 HOH B 12 612 62 HOH HOH . R 5 HOH B 13 613 38 HOH HOH . R 5 HOH B 14 614 63 HOH HOH . S 5 HOH C 1 401 9 HOH HOH . S 5 HOH C 2 402 45 HOH HOH . S 5 HOH C 3 403 20 HOH HOH . S 5 HOH C 4 404 58 HOH HOH . S 5 HOH C 5 405 57 HOH HOH . S 5 HOH C 6 406 73 HOH HOH . T 5 HOH D 1 601 46 HOH HOH . T 5 HOH D 2 602 80 HOH HOH . T 5 HOH D 3 603 71 HOH HOH . U 5 HOH E 1 601 78 HOH HOH . U 5 HOH E 2 602 32 HOH HOH . U 5 HOH E 3 603 37 HOH HOH . U 5 HOH E 4 604 48 HOH HOH . U 5 HOH E 5 605 1 HOH HOH . U 5 HOH E 6 606 56 HOH HOH . U 5 HOH E 7 607 27 HOH HOH . U 5 HOH E 8 608 60 HOH HOH . U 5 HOH E 9 609 49 HOH HOH . U 5 HOH E 10 610 31 HOH HOH . U 5 HOH E 11 611 79 HOH HOH . U 5 HOH E 12 612 47 HOH HOH . U 5 HOH E 13 613 15 HOH HOH . U 5 HOH E 14 614 30 HOH HOH . U 5 HOH E 15 615 6 HOH HOH . U 5 HOH E 16 616 64 HOH HOH . U 5 HOH E 17 617 23 HOH HOH . V 5 HOH F 1 401 34 HOH HOH . V 5 HOH F 2 402 22 HOH HOH . V 5 HOH F 3 403 51 HOH HOH . V 5 HOH F 4 404 54 HOH HOH . V 5 HOH F 5 405 53 HOH HOH . V 5 HOH F 6 406 43 HOH HOH . V 5 HOH F 7 407 52 HOH HOH . W 5 HOH G 1 601 33 HOH HOH . W 5 HOH G 2 602 40 HOH HOH . W 5 HOH G 3 603 66 HOH HOH . X 5 HOH H 1 601 16 HOH HOH . X 5 HOH H 2 602 55 HOH HOH . X 5 HOH H 3 603 26 HOH HOH . X 5 HOH H 4 604 3 HOH HOH . X 5 HOH H 5 605 19 HOH HOH . X 5 HOH H 6 606 21 HOH HOH . X 5 HOH H 7 607 14 HOH HOH . X 5 HOH H 8 608 36 HOH HOH . Y 5 HOH I 1 401 13 HOH HOH . Y 5 HOH I 2 402 75 HOH HOH . Y 5 HOH I 3 403 59 HOH HOH . Y 5 HOH I 4 404 18 HOH HOH . Y 5 HOH I 5 405 5 HOH HOH . Y 5 HOH I 6 406 74 HOH HOH . Y 5 HOH I 7 407 42 HOH HOH . Y 5 HOH I 8 408 67 HOH HOH . Y 5 HOH I 9 409 72 HOH HOH . Y 5 HOH I 10 410 10 HOH HOH . Z 5 HOH J 1 601 44 HOH HOH . AA 5 HOH K 1 601 2 HOH HOH . AA 5 HOH K 2 602 65 HOH HOH . AA 5 HOH K 3 603 50 HOH HOH . AA 5 HOH K 4 604 29 HOH HOH . AA 5 HOH K 5 605 81 HOH HOH . BA 5 HOH L 1 401 70 HOH HOH . BA 5 HOH L 2 402 24 HOH HOH . BA 5 HOH L 3 403 28 HOH HOH . BA 5 HOH L 4 404 12 HOH HOH . BA 5 HOH L 5 405 11 HOH HOH . BA 5 HOH L 6 406 8 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C4 LLE . . . P 4 80.929 -25.383 50.366 0.5 42.86 ? C4 LLE 501 J 1 HETATM 2 C C5 LLE . . . P 4 79.97 -25.41 51.515 0.5 42.24 ? C5 LLE 501 J 1 HETATM 3 C C6 LLE . . . P 4 78.913 -26.205 51.537 0.5 42.19 ? C6 LLE 501 J 1 HETATM 4 C C7 LLE . . . P 4 78.031 -26.141 52.72 0.5 42.4 ? C7 LLE 501 J 1 HETATM 5 C C8 LLE . . . P 4 76.839 -26.676 52.609 0.5 42.91 ? C8 LLE 501 J 1 HETATM 6 C C10 LLE . . . P 4 73.342 -29.483 54.342 0.5 47.04 ? C10 LLE 501 J 1 HETATM 7 C C13 LLE . . . P 4 81.506 -22.872 49.986 1 44.82 ? C13 LLE 501 J 1 HETATM 8 C C28 LLE . . . P 4 79.215 -38.164 59.676 1 56.15 ? C28 LLE 501 J 1 HETATM 9 O O25 LLE . . . P 4 79.322 -40.787 61.528 1 59.59 ? O25 LLE 501 J 1 HETATM 10 P P24 LLE . . . P 4 80.375 -40.289 60.662 1 59.25 ? P24 LLE 501 J 1 HETATM 11 O O26 LLE . . . P 4 80.935 -41.45 59.989 1 60.02 ? O26 LLE 501 J 1 HETATM 12 O O27 LLE . . . P 4 79.877 -39.385 59.498 1 57.77 ? O27 LLE 501 J 1 HETATM 13 C C29 LLE . . . P 4 78.111 -38.007 58.659 1 56.1 ? C29 LLE 501 J 1 HETATM 14 C C30 LLE . . . P 4 78.404 -36.799 57.827 1 55.77 ? C30 LLE 501 J 1 HETATM 15 C C31 LLE . . . P 4 77.956 -39.167 57.715 1 56.53 ? C31 LLE 501 J 1 HETATM 16 C C32 LLE . . . P 4 76.879 -37.787 59.475 1 55.59 ? C32 LLE 501 J 1 HETATM 17 O O33 LLE . . . P 4 77.158 -36.592 60.169 1 55.59 ? O33 LLE 501 J 1 HETATM 18 C C34 LLE . . . P 4 75.66 -37.619 58.646 1 56.2 ? C34 LLE 501 J 1 HETATM 19 O O35 LLE . . . P 4 75.351 -38.488 57.883 1 56.99 ? O35 LLE 501 J 1 HETATM 20 N N36 LLE . . . P 4 74.915 -36.535 58.795 1 56.03 ? N36 LLE 501 J 1 HETATM 21 C C37 LLE . . . P 4 73.546 -36.545 58.319 1 56.06 ? C37 LLE 501 J 1 HETATM 22 C C38 LLE . . . P 4 72.966 -35.164 58.071 1 56.21 ? C38 LLE 501 J 1 HETATM 23 C C39 LLE . . . P 4 71.749 -35.25 57.184 1 56.26 ? C39 LLE 501 J 1 HETATM 24 O O40 LLE . . . P 4 71.333 -36.338 56.861 1 56.58 ? O40 LLE 501 J 1 HETATM 25 N N41 LLE . . . P 4 71.205 -34.093 56.789 1 56.74 ? N41 LLE 501 J 1 HETATM 26 C C42 LLE . . . P 4 70.966 -33.759 55.391 1 55 ? C42 LLE 501 J 1 HETATM 27 C C12 LLE . . . P 4 71.873 -32.741 54.709 1 53.8 ? C12 LLE 501 J 1 HETATM 28 S S44 LLE . . . P 4 71.836 -31.301 55.69 1 52.49 ? S44 LLE 501 J 1 HETATM 29 C C11 LLE . . . P 4 71.991 -29.687 54.972 0.5 48.21 ? C11 LLE 501 J 1 HETATM 30 O O19 LLE . . . P 4 71.92 -28.804 56.079 0.5 48.12 ? O19 LLE 501 J 1 HETATM 31 C C3 LLE . . . P 4 73.9 -28.086 54.514 0.5 45.55 ? C3 LLE 501 J 1 HETATM 32 O O23 LLE . . . P 4 73.476 -27.322 55.345 0.5 45.58 ? O23 LLE 501 J 1 HETATM 33 C C2 LLE . . . P 4 74.997 -27.726 53.624 0.5 44.75 ? C2 LLE 501 J 1 HETATM 34 C C9 LLE . . . P 4 75.854 -26.711 53.673 0.5 43.56 ? C9 LLE 501 J 1 HETATM 35 O O20 LLE . . . P 4 75.839 -25.777 54.573 0.5 43.44 ? O20 LLE 501 J 1 HETATM 36 O O21 LLE . . . P 4 78.399 -25.542 53.843 0.5 42.47 ? O21 LLE 501 J 1 HETATM 37 O O22 LLE . . . P 4 80.173 -24.63 52.551 0.5 42.23 ? O22 LLE 501 J 1 HETATM 38 C C43 LLE . . . P 4 81.845 -24.206 50.562 1 43.62 ? C43 LLE 501 J 1 HETATM 39 O O24 LLE . . . P 4 82.843 -24.352 51.206 1 44.82 ? O24 LLE 501 J 1 # _model_server_stats.io_time_ms 51 _model_server_stats.parse_time_ms 16 _model_server_stats.create_model_time_ms 76 _model_server_stats.query_time_ms 699 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 39 #