data_6T1Y # _model_server_result.job_id SXIlgESwVfc-sg8TetOc5A _model_server_result.datetime_utc '2024-11-22 03:36:30' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6t1y # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"T","auth_seq_id":377}' # _entry.id 6T1Y # _exptl.entry_id 6T1Y _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 24.305 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MAGNESIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 5 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details decameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 10 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 L N N ? 4 N N N ? 4 P N N ? 4 R N N ? 4 T N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A C GLU 72 A GLU 72 1_555 A N HIC 73 A HIC 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale2 A C HIC 73 A HIC 73 1_555 A N GLY 74 A GLY 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale3 B C GLU 72 B GLU 72 1_555 B N HIC 73 B HIC 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? covale ? covale4 B C HIC 73 B HIC 73 1_555 B N GLY 74 B GLY 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale5 C C GLU 72 C GLU 72 1_555 C N HIC 73 C HIC 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale6 C C HIC 73 C HIC 73 1_555 C N GLY 74 C GLY 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale7 D C GLU 72 D GLU 72 1_555 D N HIC 73 D HIC 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale8 D C HIC 73 D HIC 73 1_555 D N GLY 74 D GLY 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale9 E C GLU 72 E GLU 72 1_555 E N HIC 73 E HIC 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? covale ? covale10 E C HIC 73 E HIC 73 1_555 E N GLY 74 E GLY 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale11 F C TRP 1 F TRP 1 1_555 F N EEP 2 F EEP 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale12 F C EEP 2 F EEP 2 1_555 F N ALA 3 F ALA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale13 F C ALA 3 F ALA 3 1_555 F N DTH 4 F DTH 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale14 F C DTH 4 F DTH 4 1_555 F N CYS 5 F CYS 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? covale ? covale15 F C CYS 5 F CYS 5 1_555 F N HYP 6 F HYP 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.342 ? covale ? covale16 F C HYP 6 F HYP 6 1_555 F N ALA 7 F ALA 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.383 ? covale ? covale17 G C TRP 1 G TRP 1 1_555 G N EEP 2 G EEP 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale18 G C EEP 2 G EEP 2 1_555 G N ALA 3 G ALA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale19 G C ALA 3 G ALA 3 1_555 G N DTH 4 G DTH 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale20 G C DTH 4 G DTH 4 1_555 G N CYS 5 G CYS 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? covale ? covale21 G C CYS 5 G CYS 5 1_555 G N HYP 6 G HYP 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.341 ? covale ? covale22 G C HYP 6 G HYP 6 1_555 G N ALA 7 G ALA 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.384 ? covale ? covale23 H C TRP 1 H TRP 1 1_555 H N EEP 2 H EEP 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale24 H C EEP 2 H EEP 2 1_555 H N ALA 3 H ALA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale25 H C ALA 3 H ALA 3 1_555 H N DTH 4 H DTH 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale26 H C DTH 4 H DTH 4 1_555 H N CYS 5 H CYS 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? covale ? covale27 H C CYS 5 H CYS 5 1_555 H N HYP 6 H HYP 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.342 ? covale ? covale28 H C HYP 6 H HYP 6 1_555 H N ALA 7 H ALA 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.384 ? covale ? covale29 I C TRP 1 I TRP 1 1_555 I N EEP 2 I EEP 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale30 I C EEP 2 I EEP 2 1_555 I N ALA 3 I ALA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale31 I C ALA 3 I ALA 3 1_555 I N DTH 4 I DTH 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale32 I C DTH 4 I DTH 4 1_555 I N CYS 5 I CYS 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? covale ? covale33 I C CYS 5 I CYS 5 1_555 I N HYP 6 I HYP 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.342 ? covale ? covale34 I C HYP 6 I HYP 6 1_555 I N ALA 7 I ALA 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.383 ? covale ? covale35 J C TRP 1 J TRP 1 1_555 J N EEP 2 J EEP 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale36 J C EEP 2 J EEP 2 1_555 J N ALA 3 J ALA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale37 J C ALA 3 J ALA 3 1_555 J N DTH 4 J DTH 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale38 J C DTH 4 J DTH 4 1_555 J N CYS 5 J CYS 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? covale ? covale39 J C CYS 5 J CYS 5 1_555 J N HYP 6 J HYP 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.342 ? covale ? covale40 J C HYP 6 J HYP 6 1_555 J N ALA 7 J ALA 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.383 ? metalc ? metalc1 K O2B ADP . A ADP 376 1_555 L MG MG . A MG 377 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? metalc ? metalc2 M O2B ADP . B ADP 376 1_555 N MG MG . B MG 377 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? metalc ? metalc3 O O2B ADP . C ADP 376 1_555 P MG MG . C MG 377 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? metalc ? metalc4 Q O2B ADP . D ADP 376 1_555 R MG MG . D MG 377 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? metalc ? metalc5 S O2B ADP . E ADP 376 1_555 T MG MG . E MG 377 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? covale ? covale41 F CD1 TRP 1 F TRP 1 1_555 F SG CYS 5 F CYS 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.753 ? covale ? covale42 G CD1 TRP 1 G TRP 1 1_555 G SG CYS 5 G CYS 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.753 ? covale ? covale43 H CD1 TRP 1 H TRP 1 1_555 H SG CYS 5 H CYS 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.753 ? covale ? covale44 I CD1 TRP 1 I TRP 1 1_555 I SG CYS 5 I CYS 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.753 ? covale ? covale45 J CD1 TRP 1 J TRP 1 1_555 J SG CYS 5 J CYS 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.753 ? covale ? covale46 F N TRP 1 F TRP 1 1_555 F C ALA 7 F ALA 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale47 G N TRP 1 G TRP 1 1_555 G C ALA 7 G ALA 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale48 H N TRP 1 H TRP 1 1_555 H C ALA 7 H ALA 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale49 I N TRP 1 I TRP 1 1_555 I C ALA 7 I ALA 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale50 J N TRP 1 J TRP 1 1_555 J C ALA 7 J ALA 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? # _chem_comp.formula 'Mg 2' _chem_comp.formula_weight 24.305 _chem_comp.id MG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MAGNESIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 6T1Y _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code K 3 ADP A 1 376 376 ADP ADP . L 4 MG A 1 377 377 MG MG . M 3 ADP B 1 376 376 ADP ADP . N 4 MG B 1 377 377 MG MG . O 3 ADP C 1 376 376 ADP ADP . P 4 MG C 1 377 377 MG MG . Q 3 ADP D 1 376 376 ADP ADP . R 4 MG D 1 377 377 MG MG . S 3 ADP E 1 376 376 ADP ADP . T 4 MG E 1 377 377 MG MG . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MG _atom_site.label_atom_id MG _atom_site.label_comp_id MG _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id T _atom_site.label_entity_id 4 _atom_site.Cartn_x 132.967 _atom_site.Cartn_y 155.733 _atom_site.Cartn_z 92.883 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 27.2 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MG _atom_site.auth_comp_id MG _atom_site.auth_seq_id 377 _atom_site.auth_asym_id E _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 9 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 21 _model_server_stats.query_time_ms 264 _model_server_stats.encode_time_ms 7 _model_server_stats.element_count 1 #