data_6T58 # _model_server_result.job_id '_BBhrySK4Oo668N9ayVysw' _model_server_result.datetime_utc '2024-11-21 18:07:24' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6t58 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"P","auth_seq_id":602}' # _entry.id 6T58 # _exptl.entry_id 6T58 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 92.094 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description GLYCEROL _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90.26 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6T58 _cell.length_a 95.96 _cell.length_b 62.77 _cell.length_c 106.02 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6T58 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? monomeric 1 author_defined_assembly 1 ? monomeric 1 author_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N 1 1 B,O,P,Q,R,S,T,U,V 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 C N N ? 2 D N N ? 2 O N N ? 2 P N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A O SER 69 A SER 81 1_555 N CA CA . A CA 612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.675 ? metalc ? metalc2 A O GLU 72 A GLU 84 1_555 N CA CA . A CA 612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.475 ? metalc ? metalc3 A O ASP 74 A ASP 86 1_555 N CA CA . A CA 612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.41 ? metalc ? metalc4 A O LYS 77 A LYS 89 1_555 N CA CA . A CA 612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.469 ? metalc ? metalc5 A OE1 GLU 82 A GLU 94 1_555 N CA CA . A CA 612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.447 ? metalc ? metalc6 A OE2 GLU 82 A GLU 94 1_555 N CA CA . A CA 612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.838 ? metalc ? metalc7 A OD1 ASP 116 A ASP 128 1_555 E CA CA . A CA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.118 ? metalc ? metalc8 A OD2 ASP 116 A ASP 128 1_555 E CA CA . A CA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.865 ? metalc ? metalc9 A O GLU 118 A GLU 130 1_555 E CA CA . A CA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.461 ? metalc ? metalc10 A OE1 GLU 123 A GLU 135 1_555 E CA CA . A CA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.159 ? metalc ? metalc11 A OE2 GLU 123 A GLU 135 1_555 E CA CA . A CA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.14 ? metalc ? metalc12 A O GLU 170 A GLU 182 1_555 K CA CA . A CA 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.59 ? metalc ? metalc13 A O ASP 172 A ASP 184 1_555 K CA CA . A CA 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.434 ? metalc ? metalc14 A O LYS 175 A LYS 187 1_555 K CA CA . A CA 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? metalc ? metalc15 A OE1 GLU 180 A GLU 192 1_555 K CA CA . A CA 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.394 ? metalc ? metalc16 A OD1 ASP 210 A ASP 222 1_555 I CA CA . A CA 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc17 A OD1 ASN 212 A ASN 224 1_555 I CA CA . A CA 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.213 ? metalc ? metalc18 A OD1 ASP 214 A ASP 226 1_555 I CA CA . A CA 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.069 ? metalc ? metalc19 A OE1 GLU 221 A GLU 233 1_555 I CA CA . A CA 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.027 ? metalc ? metalc20 A OE2 GLU 221 A GLU 233 1_555 I CA CA . A CA 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.423 ? metalc ? metalc21 A O GLY 264 A GLY 276 1_555 G CA CA . A CA 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.612 ? metalc ? metalc22 A O VAL 265 A VAL 277 1_555 G CA CA . A CA 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.798 ? metalc ? metalc23 A OE1 GLU 267 A GLU 279 1_555 G CA CA . A CA 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.665 ? metalc ? metalc24 A OE2 GLU 267 A GLU 279 1_555 G CA CA . A CA 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.897 ? metalc ? metalc25 A O LYS 302 A LYS 314 1_555 M CA CA . A CA 611 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.49 ? metalc ? metalc26 A O LEU 305 A LEU 317 1_555 M CA CA . A CA 611 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.967 ? metalc ? metalc27 A OE1 GLU 310 A GLU 322 1_555 M CA CA . A CA 611 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.591 ? metalc ? metalc28 A O MET 332 A MET 344 1_555 H CA CA . A CA 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.95 ? metalc ? metalc29 A O GLY 334 A GLY 346 1_555 H CA CA . A CA 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.657 ? metalc ? metalc30 A O GLY 336 A GLY 348 1_555 H CA CA . A CA 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.43 ? metalc ? metalc31 A O THR 337 A THR 349 1_555 J CA CA . A CA 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.61 ? metalc ? metalc32 A OE1 GLU 339 A GLU 351 1_555 J CA CA . A CA 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.715 ? metalc ? metalc33 A OE2 GLU 339 A GLU 351 1_555 J CA CA . A CA 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.656 ? metalc ? metalc34 A OD1 ASP 376 A ASP 388 1_555 H CA CA . A CA 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.201 ? metalc ? metalc35 A OD2 ASP 376 A ASP 388 1_555 H CA CA . A CA 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.053 ? metalc ? metalc36 A O GLY 416 A GLY 428 1_555 F CA CA . A CA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.767 ? metalc ? metalc37 A O ARG 419 A ARG 431 1_555 F CA CA . A CA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.716 ? metalc ? metalc38 A O GLY 421 A GLY 433 1_555 F CA CA . A CA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.168 ? metalc ? metalc39 A OE1 GLU 461 A GLU 473 1_555 F CA CA . A CA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.157 ? metalc ? metalc40 A OE2 GLU 461 A GLU 473 1_555 F CA CA . A CA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.634 ? metalc ? metalc41 A O MET 492 A MET 504 1_555 L CA CA . A CA 610 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.975 ? metalc ? metalc42 A O GLY 494 A GLY 506 1_555 L CA CA . A CA 610 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.704 ? metalc ? metalc43 A O GLY 496 A GLY 508 1_555 L CA CA . A CA 610 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.135 ? metalc ? metalc44 A OD1 ASP 536 A ASP 548 1_555 L CA CA . A CA 610 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.283 ? metalc ? metalc45 A OD2 ASP 536 A ASP 548 1_555 L CA CA . A CA 610 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? metalc ? metalc46 M CA CA . A CA 611 1_555 B OD1 ASP 284 B ASP 296 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.894 ? metalc ? metalc47 M CA CA . A CA 611 1_555 B OD2 ASP 284 B ASP 296 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.365 ? metalc ? metalc48 B O GLY 264 B GLY 276 1_555 U CA CA . B CA 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.403 ? metalc ? metalc49 B O VAL 265 B VAL 277 1_555 U CA CA . B CA 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.488 ? metalc ? metalc50 B OE1 GLU 267 B GLU 279 1_555 U CA CA . B CA 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.586 ? metalc ? metalc51 B OE2 GLU 267 B GLU 279 1_555 U CA CA . B CA 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.459 ? metalc ? metalc52 B O LYS 302 B LYS 314 1_555 V CA CA . B CA 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.676 ? metalc ? metalc53 B O LEU 305 B LEU 317 1_555 V CA CA . B CA 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.431 ? metalc ? metalc54 B OE1 GLU 310 B GLU 322 1_555 V CA CA . B CA 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.104 ? metalc ? metalc55 B OE2 GLU 310 B GLU 322 1_555 V CA CA . B CA 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.129 ? metalc ? metalc56 B O GLY 334 B GLY 346 1_555 R CA CA . B CA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.583 ? metalc ? metalc57 B O GLY 336 B GLY 348 1_555 R CA CA . B CA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.488 ? metalc ? metalc58 B OD1 ASP 376 B ASP 388 1_555 R CA CA . B CA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.085 ? metalc ? metalc59 B OD2 ASP 376 B ASP 388 1_555 R CA CA . B CA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.735 ? metalc ? metalc60 B O GLY 416 B GLY 428 1_555 T CA CA . B CA 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.56 ? metalc ? metalc61 B O ARG 419 B ARG 431 1_555 T CA CA . B CA 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.569 ? metalc ? metalc62 B O GLY 421 B GLY 433 1_555 T CA CA . B CA 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.732 ? metalc ? metalc63 B OG SER 448 B SER 460 1_555 S CA CA . B CA 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.574 ? metalc ? metalc64 B OE1 GLU 461 B GLU 473 1_555 T CA CA . B CA 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.427 ? metalc ? metalc65 B OE2 GLU 461 B GLU 473 1_555 T CA CA . B CA 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.232 ? metalc ? metalc66 B O GLY 494 B GLY 506 1_555 S CA CA . B CA 605 2_349 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.027 ? metalc ? metalc67 B O GLY 496 B GLY 508 1_555 Q CA CA . B CA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.971 ? metalc ? metalc68 B O GLY 496 B GLY 508 1_555 S CA CA . B CA 605 2_349 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.138 ? metalc ? metalc69 B OG1 THR 497 B THR 509 1_555 Q CA CA . B CA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.374 ? metalc ? metalc70 B OD1 ASP 536 B ASP 548 1_555 Q CA CA . B CA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.087 ? metalc ? metalc71 B OD2 ASP 536 B ASP 548 1_555 Q CA CA . B CA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.23 ? metalc ? metalc72 B OD1 ASP 536 B ASP 548 1_555 S CA CA . B CA 605 2_349 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? metalc ? metalc73 B OD2 ASP 536 B ASP 548 1_555 S CA CA . B CA 605 2_349 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.023 ? # _chem_comp.formula 'C3 H8 O3' _chem_comp.formula_weight 92.094 _chem_comp.id GOL _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name GLYCEROL _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms GLYCERIN;PROPANE-1,2,3-TRIOL # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 O1 GOL sing 129 n n C1 C2 GOL sing 130 n n C1 H11 GOL sing 131 n n C1 H12 GOL sing 132 n n O1 HO1 GOL sing 133 n n C2 O2 GOL sing 134 n n C2 C3 GOL sing 135 n n C2 H2 GOL sing 136 n n O2 HO2 GOL sing 137 n n C3 O3 GOL sing 138 n n C3 H31 GOL sing 139 n n C3 H32 GOL sing 140 n n O3 HO3 GOL sing 141 n n # _atom_sites.entry_id 6T58 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.010421 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000047 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.015931 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.009432 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 GOL A 1 601 566 GOL GOL . D 2 GOL A 1 602 567 GOL GOL . E 3 CA A 1 603 568 CA CA . F 3 CA A 1 604 569 CA CA . G 3 CA A 1 605 570 CA CA . H 3 CA A 1 606 571 CA CA . I 3 CA A 1 607 572 CA CA . J 3 CA A 1 608 573 CA CA . K 3 CA A 1 609 574 CA CA . L 3 CA A 1 610 575 CA CA . M 3 CA A 1 611 569 CA CA . N 3 CA A 1 612 571 CA CA . O 2 GOL B 1 601 566 GOL GOL . P 2 GOL B 1 602 567 GOL GOL . Q 3 CA B 1 603 568 CA CA . R 3 CA B 1 604 570 CA CA . S 3 CA B 1 605 572 CA CA . T 3 CA B 1 606 573 CA CA . U 3 CA B 1 607 574 CA CA . V 3 CA B 1 608 575 CA CA . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 GOL . . . P 2 -81.032 -9.04 212.223 1 68.4 ? C1 GOL 602 B 1 HETATM 2 O O1 GOL . . . P 2 -82.259 -9.712 212.136 1 61.47 ? O1 GOL 602 B 1 HETATM 3 C C2 GOL . . . P 2 -80.946 -8.169 210.979 1 76.58 ? C2 GOL 602 B 1 HETATM 4 O O2 GOL . . . P 2 -81.508 -8.817 209.884 1 76.69 ? O2 GOL 602 B 1 HETATM 5 C C3 GOL . . . P 2 -79.451 -7.95 210.712 1 78.42 ? C3 GOL 602 B 1 HETATM 6 O O3 GOL . . . P 2 -79.05 -6.781 211.358 1 74.47 ? O3 GOL 602 B 1 HETATM 7 H H11 GOL . . . P 2 -80.961 -8.485 213.015 1 81.84 ? H11 GOL 602 B 1 HETATM 8 H H12 GOL . . . P 2 -80.273 -9.643 212.252 1 81.84 ? H12 GOL 602 B 1 HETATM 9 H HO1 GOL . . . P 2 -82.535 -9.607 211.333 1 73.52 ? HO1 GOL 602 B 1 HETATM 10 H H2 GOL . . . P 2 -81.412 -7.333 211.136 1 91.65 ? H2 GOL 602 B 1 HETATM 11 H HO2 GOL . . . P 2 -81.042 -9.535 209.766 1 91.78 ? HO2 GOL 602 B 1 HETATM 12 H H31 GOL . . . P 2 -79.314 -7.918 209.752 1 93.87 ? H31 GOL 602 B 1 HETATM 13 H H32 GOL . . . P 2 -78.969 -8.735 211.014 1 93.87 ? H32 GOL 602 B 1 HETATM 14 H HO3 GOL . . . P 2 -78.682 -6.308 210.755 1 89.12 ? HO3 GOL 602 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 17 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 7 _model_server_stats.query_time_ms 240 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 14 #