data_6TA4 # _model_server_result.job_id bePWxHSTNybAjNRXf1RBYw _model_server_result.datetime_utc '2024-10-19 10:26:41' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6ta4 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"H","auth_seq_id":601}' # _entry.id 6TA4 # _exptl.entry_id 6TA4 _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 506.196 _entity.id 7 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 7 _struct_asym.id H _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OE1 GLN 11 B GLN 11 1_555 E MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.9 ? metalc ? metalc2 D O1B G2P . B G2P 501 1_555 E MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.956 ? metalc ? metalc3 B OE1 GLN 11 A GLN 11 1_555 G MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.663 ? metalc ? metalc4 B OE2 GLU 71 A GLU 71 1_555 G MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.811 ? metalc ? metalc5 F O1G GTP . A GTP 501 1_555 G MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.105 ? metalc ? metalc6 F O3B GTP . A GTP 501 1_555 G MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.994 ? metalc ? metalc7 F O2B GTP . A GTP 501 1_555 G MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.858 ? metalc ? metalc8 F O3A GTP . A GTP 501 1_555 G MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.957 ? metalc ? metalc9 C N SER 255 K SER 233 1_555 I MG MG . K MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.174 ? metalc ? metalc10 C OD1 ASP 287 K ASP 265 1_555 I MG MG . K MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.703 ? metalc ? metalc11 H O3G ANP . K ANP 601 1_555 I MG MG . K MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.249 ? metalc ? metalc12 H O2B ANP . K ANP 601 1_555 I MG MG . K MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.109 ? # _chem_comp.formula 'C10 H17 N6 O12 P3' _chem_comp.formula_weight 506.196 _chem_comp.id ANP _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PG O1G ANP doub 13 n n PG O2G ANP sing 14 n n PG O3G ANP sing 15 n n PG N3B ANP sing 16 n n O2G HOG2 ANP sing 17 n n O3G HOG3 ANP sing 18 n n PB O1B ANP doub 19 n n PB O2B ANP sing 20 n n PB N3B ANP sing 21 n n PB O3A ANP sing 22 n n O2B HOB2 ANP sing 23 n n N3B HNB1 ANP sing 24 n n PA O1A ANP doub 25 n n PA O2A ANP sing 26 n n PA O3A ANP sing 27 n n PA O5' ANP sing 28 n n O2A HOA2 ANP sing 29 n n O5' C5' ANP sing 30 n n C5' C4' ANP sing 31 n n C5' "H5'1" ANP sing 32 n n C5' "H5'2" ANP sing 33 n n C4' O4' ANP sing 34 n n C4' C3' ANP sing 35 n n C4' H4' ANP sing 36 n n O4' C1' ANP sing 37 n n C3' O3' ANP sing 38 n n C3' C2' ANP sing 39 n n C3' H3' ANP sing 40 n n O3' HO3' ANP sing 41 n n C2' O2' ANP sing 42 n n C2' C1' ANP sing 43 n n C2' H2' ANP sing 44 n n O2' HO2' ANP sing 45 n n C1' N9 ANP sing 46 n n C1' H1' ANP sing 47 n n N9 C8 ANP sing 48 n y N9 C4 ANP sing 49 n y C8 N7 ANP doub 50 n y C8 H8 ANP sing 51 n n N7 C5 ANP sing 52 n y C5 C6 ANP sing 53 n y C5 C4 ANP doub 54 n y C6 N6 ANP sing 55 n n C6 N1 ANP doub 56 n y N6 HN61 ANP sing 57 n n N6 HN62 ANP sing 58 n n N1 C2 ANP sing 59 n y C2 N3 ANP doub 60 n y C2 H2 ANP sing 61 n n N3 C4 ANP sing 62 n y # _atom_sites.entry_id 6TA4 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code D 4 G2P B 1 501 501 G2P G2P . E 5 MG B 1 502 502 MG MG . F 6 GTP A 1 501 501 GTP GTP . G 5 MG A 1 502 502 MG MG . H 7 ANP K 1 601 601 ANP ANP . I 5 MG K 1 602 501 MG MG . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PG ANP . . . H 7 126.582 285.182 283.015 1 17.21 ? PG ANP 601 K 1 HETATM 2 O O1G ANP . . . H 7 126.191 283.765 283.437 1 18.15 ? O1G ANP 601 K 1 HETATM 3 O O2G ANP . . . H 7 127.959 285.108 282.402 1 21.1 ? O2G ANP 601 K 1 HETATM 4 O O3G ANP . . . H 7 126.55 286.102 284.199 1 13.1 ? O3G ANP 601 K 1 HETATM 5 P PB ANP . . . H 7 124.046 286.179 282.36 1 14.35 ? PB ANP 601 K 1 HETATM 6 O O1B ANP . . . H 7 123.259 284.955 282.233 1 11.28 ? O1B ANP 601 K 1 HETATM 7 O O2B ANP . . . H 7 123.835 286.835 283.798 1 15.13 ? O2B ANP 601 K 1 HETATM 8 N N3B ANP . . . H 7 125.643 285.865 281.892 1 16.24 ? N3B ANP 601 K 1 HETATM 9 P PA ANP . . . H 7 122.665 288.092 281.421 1 19.97 ? PA ANP 601 K 1 HETATM 10 O O1A ANP . . . H 7 123.155 289.334 282.051 1 17.33 ? O1A ANP 601 K 1 HETATM 11 O O2A ANP . . . H 7 121.264 287.923 280.721 1 27.8 ? O2A ANP 601 K 1 HETATM 12 O O3A ANP . . . H 7 123.813 287.124 281.128 1 18.23 ? O3A ANP 601 K 1 HETATM 13 O O5' ANP . . . H 7 123.227 288.645 279.866 1 24.95 ? O5' ANP 601 K 1 HETATM 14 C C5' ANP . . . H 7 122.626 289.812 279.718 1 24.01 ? C5' ANP 601 K 1 HETATM 15 C C4' ANP . . . H 7 122.649 290.732 278.581 1 24.15 ? C4' ANP 601 K 1 HETATM 16 O O4' ANP . . . H 7 121.687 290.072 277.672 1 19.21 ? O4' ANP 601 K 1 HETATM 17 C C3' ANP . . . H 7 121.915 291.729 279.439 1 26.09 ? C3' ANP 601 K 1 HETATM 18 O O3' ANP . . . H 7 122.42 293.078 279.319 1 31.31 ? O3' ANP 601 K 1 HETATM 19 C C2' ANP . . . H 7 120.419 291.608 279.115 1 23.74 ? C2' ANP 601 K 1 HETATM 20 O O2' ANP . . . H 7 119.723 292.85 278.882 1 28.27 ? O2' ANP 601 K 1 HETATM 21 C C1' ANP . . . H 7 120.378 290.687 277.897 1 18.19 ? C1' ANP 601 K 1 HETATM 22 N N9 ANP . . . H 7 119.251 289.87 278.055 1 17.64 ? N9 ANP 601 K 1 HETATM 23 C C8 ANP . . . H 7 119.154 288.633 278.647 1 17.44 ? C8 ANP 601 K 1 HETATM 24 N N7 ANP . . . H 7 117.9 288.226 278.591 1 15.95 ? N7 ANP 601 K 1 HETATM 25 C C5 ANP . . . H 7 117.157 289.168 277.984 1 17.22 ? C5 ANP 601 K 1 HETATM 26 C C6 ANP . . . H 7 115.774 289.274 277.635 1 16.71 ? C6 ANP 601 K 1 HETATM 27 N N6 ANP . . . H 7 114.878 288.296 278.007 1 16.14 ? N6 ANP 601 K 1 HETATM 28 N N1 ANP . . . H 7 115.351 290.386 276.987 1 17.93 ? N1 ANP 601 K 1 HETATM 29 C C2 ANP . . . H 7 116.194 291.361 276.631 1 15.98 ? C2 ANP 601 K 1 HETATM 30 N N3 ANP . . . H 7 117.492 291.297 276.948 1 17.34 ? N3 ANP 601 K 1 HETATM 31 C C4 ANP . . . H 7 118.014 290.218 277.577 1 17.27 ? C4 ANP 601 K 1 # _model_server_stats.io_time_ms 10 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 10 _model_server_stats.query_time_ms 315 _model_server_stats.encode_time_ms 6 _model_server_stats.element_count 31 #