data_6TG9 # _model_server_result.job_id RecdfgpSbJeaX8ZROWKi0g _model_server_result.datetime_utc '2024-12-26 23:35:29' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6tg9 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"CA","auth_seq_id":1008}' # _entry.id 6TG9 # _exptl.entry_id 6TG9 _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 351.64 _entity.id 8 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'IRON/SULFUR CLUSTER' _entity.pdbx_number_of_molecules 10 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6TG9 _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6TG9 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 8 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 8 M N N ? 8 N N N ? 8 O N N ? 8 P N N ? 8 S N N ? 8 Z N N ? 8 AA N N ? 8 BA N N ? 8 CA N N ? 8 FA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A SG CYS 57 A CYS 57 1_555 L FE1 FES . A FES 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? metalc ? metalc2 A SG CYS 68 A CYS 68 1_555 L FE1 FES . A FES 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.274 ? metalc ? metalc3 A SG CYS 71 A CYS 71 1_555 L FE2 FES . A FES 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.415 ? metalc ? metalc4 A SG CYS 85 A CYS 85 1_555 L FE2 FES . A FES 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc5 A NE2 HIS 117 A HIS 117 1_555 M FE4 SF4 . A SF4 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? metalc ? metalc6 A SG CYS 121 A CYS 121 1_555 M FE2 SF4 . A SF4 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.274 ? metalc ? metalc7 A SG CYS 124 A CYS 124 1_555 M FE3 SF4 . A SF4 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.364 ? metalc ? metalc8 A SG CYS 130 A CYS 130 1_555 M FE1 SF4 . A SF4 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.383 ? metalc ? metalc9 A SG CYS 182 A CYS 182 1_555 N FE2 SF4 . A SF4 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? metalc ? metalc10 A SG CYS 185 A CYS 185 1_555 N FE1 SF4 . A SF4 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? metalc ? metalc11 A SG CYS 188 A CYS 188 1_555 N FE4 SF4 . A SF4 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.378 ? metalc ? metalc12 A SG CYS 192 A CYS 192 1_555 O FE4 SF4 . A SF4 1007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? metalc ? metalc13 A SG CYS 224 A CYS 224 1_555 O FE2 SF4 . A SF4 1007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? metalc ? metalc14 A SG CYS 227 A CYS 227 1_555 O FE3 SF4 . A SF4 1007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.346 ? metalc ? metalc15 A SG CYS 230 A CYS 230 1_555 O FE1 SF4 . A SF4 1007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.391 ? metalc ? metalc16 A SG CYS 234 A CYS 234 1_555 N FE3 SF4 . A SF4 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc17 A SG CYS 258 A CYS 258 1_555 P FE1 SF4 . A SF4 1008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.401 ? metalc ? metalc18 A SG CYS 261 A CYS 261 1_555 P FE3 SF4 . A SF4 1008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.379 ? metalc ? metalc19 A SG CYS 265 A CYS 265 1_555 P FE4 SF4 . A SF4 1008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.387 ? metalc ? metalc20 A SG CYS 293 A CYS 293 1_555 P FE2 SF4 . A SF4 1008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.276 ? metalc ? metalc21 A SG CYS 386 A CYS 386 1_555 K MO 6MO . A 6MO 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.719 ? metalc ? metalc22 I S12 MGD . A MGD 1001 1_555 K MO 6MO . A 6MO 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.477 ? metalc ? metalc23 I S13 MGD . A MGD 1001 1_555 K MO 6MO . A 6MO 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.415 ? metalc ? metalc24 J S12 MGD . A MGD 1002 1_555 K MO 6MO . A 6MO 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.533 ? metalc ? metalc25 J S13 MGD . A MGD 1002 1_555 K MO 6MO . A 6MO 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.414 ? metalc ? metalc26 K MO 6MO . A 6MO 1003 1_555 Q S H2S . A H2S 1009 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.152 ? metalc ? metalc27 B SG CYS 427 B CYS 427 1_555 S FE4 SF4 . B SF4 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? metalc ? metalc28 B SG CYS 430 B CYS 430 1_555 S FE3 SF4 . B SF4 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.283 ? metalc ? metalc29 B SG CYS 433 B CYS 433 1_555 S FE2 SF4 . B SF4 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc30 B SG CYS 471 B CYS 471 1_555 S FE1 SF4 . B SF4 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? metalc ? metalc31 C SG CYS 77 G CYS 77 1_555 U FE1 FES . G FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.084 ? metalc ? metalc32 C SG CYS 116 G CYS 116 1_555 U FE2 FES . G FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.28 ? metalc ? metalc33 C SG CYS 120 G CYS 120 1_555 U FE2 FES . G FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.277 ? metalc ? metalc34 E SG CYS 57 E CYS 57 1_555 Y FE1 FES . E FES 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? metalc ? metalc35 E SG CYS 68 E CYS 68 1_555 Y FE1 FES . E FES 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.274 ? metalc ? metalc36 E SG CYS 71 E CYS 71 1_555 Y FE2 FES . E FES 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.417 ? metalc ? metalc37 E SG CYS 85 E CYS 85 1_555 Y FE2 FES . E FES 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc38 E NE2 HIS 117 E HIS 117 1_555 Z FE4 SF4 . E SF4 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? metalc ? metalc39 E SG CYS 121 E CYS 121 1_555 Z FE2 SF4 . E SF4 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.275 ? metalc ? metalc40 E SG CYS 124 E CYS 124 1_555 Z FE3 SF4 . E SF4 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.362 ? metalc ? metalc41 E SG CYS 130 E CYS 130 1_555 Z FE1 SF4 . E SF4 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.382 ? metalc ? metalc42 E SG CYS 182 E CYS 182 1_555 AA FE2 SF4 . E SF4 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? metalc ? metalc43 E SG CYS 185 E CYS 185 1_555 AA FE1 SF4 . E SF4 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? metalc ? metalc44 E SG CYS 188 E CYS 188 1_555 AA FE4 SF4 . E SF4 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.379 ? metalc ? metalc45 E SG CYS 192 E CYS 192 1_555 BA FE4 SF4 . E SF4 1007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? metalc ? metalc46 E SG CYS 224 E CYS 224 1_555 BA FE2 SF4 . E SF4 1007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? metalc ? metalc47 E SG CYS 227 E CYS 227 1_555 BA FE3 SF4 . E SF4 1007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.347 ? metalc ? metalc48 E SG CYS 230 E CYS 230 1_555 BA FE1 SF4 . E SF4 1007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.391 ? metalc ? metalc49 E SG CYS 234 E CYS 234 1_555 AA FE3 SF4 . E SF4 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? metalc ? metalc50 E SG CYS 258 E CYS 258 1_555 CA FE1 SF4 . E SF4 1008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.4 ? metalc ? metalc51 E SG CYS 261 E CYS 261 1_555 CA FE3 SF4 . E SF4 1008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.379 ? metalc ? metalc52 E SG CYS 265 E CYS 265 1_555 CA FE4 SF4 . E SF4 1008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.387 ? metalc ? metalc53 E SG CYS 293 E CYS 293 1_555 CA FE2 SF4 . E SF4 1008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.276 ? metalc ? metalc54 E SG CYS 386 E CYS 386 1_555 X MO 6MO . E 6MO 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.719 ? metalc ? metalc55 V S12 MGD . E MGD 1001 1_555 X MO 6MO . E 6MO 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.477 ? metalc ? metalc56 V S13 MGD . E MGD 1001 1_555 X MO 6MO . E 6MO 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.415 ? metalc ? metalc57 W S12 MGD . E MGD 1002 1_555 X MO 6MO . E 6MO 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.532 ? metalc ? metalc58 W S13 MGD . E MGD 1002 1_555 X MO 6MO . E 6MO 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.413 ? metalc ? metalc59 X MO 6MO . E 6MO 1003 1_555 DA S H2S . E H2S 1009 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.153 ? metalc ? metalc60 F SG CYS 427 F CYS 427 1_555 FA FE4 SF4 . F SF4 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.285 ? metalc ? metalc61 F SG CYS 430 F CYS 430 1_555 FA FE3 SF4 . F SF4 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? metalc ? metalc62 F SG CYS 433 F CYS 433 1_555 FA FE2 SF4 . F SF4 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc63 F SG CYS 471 F CYS 471 1_555 FA FE1 SF4 . F SF4 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? metalc ? metalc64 G SG CYS 77 C CYS 77 1_555 HA FE1 FES . C FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.084 ? metalc ? metalc65 G SG CYS 116 C CYS 116 1_555 HA FE2 FES . C FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.28 ? metalc ? metalc66 G SG CYS 120 C CYS 120 1_555 HA FE2 FES . C FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.277 ? # _chem_comp.formula 'Fe4 S4' _chem_comp.formula_weight 351.64 _chem_comp.id SF4 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'IRON/SULFUR CLUSTER' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag FE1 S2 SF4 sing 503 n n FE1 S3 SF4 sing 504 n n FE1 S4 SF4 sing 505 n n FE2 S1 SF4 sing 506 n n FE2 S3 SF4 sing 507 n n FE2 S4 SF4 sing 508 n n FE3 S1 SF4 sing 509 n n FE3 S2 SF4 sing 510 n n FE3 S4 SF4 sing 511 n n FE4 S1 SF4 sing 512 n n FE4 S2 SF4 sing 513 n n FE4 S3 SF4 sing 514 n n # _atom_sites.entry_id 6TG9 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code I 5 MGD A 1 1001 1001 MGD MGD . J 5 MGD A 1 1002 1002 MGD MGD . K 6 6MO A 1 1003 1003 6MO 6MO . L 7 FES A 1 1004 1004 FES FES . M 8 SF4 A 1 1005 1005 SF4 SF4 . N 8 SF4 A 1 1006 1006 SF4 SF4 . O 8 SF4 A 1 1007 1007 SF4 SF4 . P 8 SF4 A 1 1008 1008 SF4 SF4 . Q 9 H2S A 1 1009 1009 H2S H2S . R 10 FMN B 1 601 601 FMN FMN . S 8 SF4 B 1 602 602 SF4 SF4 . T 11 NAI B 1 603 603 NAI NAI . U 7 FES G 1 201 201 FES FES . V 5 MGD E 1 1001 1001 MGD MGD . W 5 MGD E 1 1002 1002 MGD MGD . X 6 6MO E 1 1003 1003 6MO 6MO . Y 7 FES E 1 1004 1004 FES FES . Z 8 SF4 E 1 1005 1005 SF4 SF4 . AA 8 SF4 E 1 1006 1006 SF4 SF4 . BA 8 SF4 E 1 1007 1007 SF4 SF4 . CA 8 SF4 E 1 1008 1008 SF4 SF4 . DA 9 H2S E 1 1009 1009 H2S H2S . EA 10 FMN F 1 601 601 FMN FMN . FA 8 SF4 F 1 602 602 SF4 SF4 . GA 11 NAI F 1 603 603 NAI NAI . HA 7 FES C 1 201 201 FES FES . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 FE FE1 SF4 . . . CA 8 92.51 125.137 131.003 1 16.27 ? FE1 SF4 1008 E 1 HETATM 2 FE FE2 SF4 . . . CA 8 91.503 123.55 129.043 1 16.27 ? FE2 SF4 1008 E 1 HETATM 3 FE FE3 SF4 . . . CA 8 90.308 123.576 131.486 1 16.27 ? FE3 SF4 1008 E 1 HETATM 4 FE FE4 SF4 . . . CA 8 92.756 122.425 131.207 1 16.27 ? FE4 SF4 1008 E 1 HETATM 5 S S1 SF4 . . . CA 8 90.814 121.745 130.246 1 16.27 ? S1 SF4 1008 E 1 HETATM 6 S S2 SF4 . . . CA 8 92.111 123.862 132.848 1 16.27 ? S2 SF4 1008 E 1 HETATM 7 S S3 SF4 . . . CA 8 93.695 123.772 129.624 1 16.27 ? S3 SF4 1008 E 1 HETATM 8 S S4 SF4 . . . CA 8 90.468 125.309 130.021 1 16.27 ? S4 SF4 1008 E 1 # _model_server_stats.io_time_ms 17 _model_server_stats.parse_time_ms 12 _model_server_stats.create_model_time_ms 39 _model_server_stats.query_time_ms 338 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 8 #