data_6TMX
#
_model_server_result.job_id            SV4pyPK506VncHkdcDNChQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-18 21:19:42' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6tmx 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"UA","auth_seq_id":603}' 
#
_entry.id    6TMX 
#
_exptl.entry_id    6TMX 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              523.247 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    14 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            6TMX 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6TMX 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetradecameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      14 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 Q N N 
? 4 T N N 
? 4 W N N 
? 4 Z N N 
? 4 CA N N 
? 4 FA N N 
? 4 IA N N 
? 4 LA N N 
? 4 OA N N 
? 4 RA N N 
? 4 UA N N 
? 4 XA N N 
? 4 AB N N 
? 4 DB N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 P K K . A K 602 1_555 Q O2A AGS . A AGS 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.885 ? 
metalc ? metalc2 P K K . A K 602 1_555 Q O1A AGS . A AGS 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.635 ? 
metalc ? metalc3 S K K . B K 602 1_555 T O2A AGS . B AGS 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.852 ? 
metalc ? metalc4 S K K . B K 602 1_555 T O1A AGS . B AGS 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.613 ? 
metalc ? metalc5 V K K . C K 602 1_555 W O2A AGS . C AGS 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.887 ? 
metalc ? metalc6 V K K . C K 602 1_555 W O1A AGS . C AGS 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.635 ? 
metalc ? metalc7 Y K K . D K 602 1_555 Z O2A AGS . D AGS 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.857 ? 
metalc ? metalc8 Y K K . D K 602 1_555 Z O1A AGS . D AGS 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.616 ? 
metalc ? metalc9 BA K K . E K 602 1_555 CA O2A AGS . E AGS 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.889 ? 
metalc ? metalc10 BA K K . E K 602 1_555 CA O1A AGS . E AGS 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.651 ? 
metalc ? metalc11 EA K K . F K 602 1_555 FA O2A AGS . F AGS 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.853 ? 
metalc ? metalc12 EA K K . F K 602 1_555 FA O1A AGS . F AGS 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.638 ? 
metalc ? metalc13 HA K K . G K 602 1_555 IA O2A AGS . G AGS 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.874 ? 
metalc ? metalc14 HA K K . G K 602 1_555 IA O1A AGS . G AGS 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.626 ? 
metalc ? metalc15 KA K K . H K 602 1_555 LA O1A AGS . H AGS 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.636 ? 
metalc ? metalc16 KA K K . H K 602 1_555 LA O2A AGS . H AGS 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.87 ? 
metalc ? metalc17 NA K K . I K 602 1_555 OA O1A AGS . I AGS 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.624 ? 
metalc ? metalc18 NA K K . I K 602 1_555 OA O2A AGS . I AGS 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.843 ? 
metalc ? metalc19 QA K K . J K 602 1_555 RA O1A AGS . J AGS 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.619 ? 
metalc ? metalc20 QA K K . J K 602 1_555 RA O2A AGS . J AGS 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.865 ? 
metalc ? metalc21 TA K K . K K 602 1_555 UA O1A AGS . K AGS 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.635 ? 
metalc ? metalc22 TA K K . K K 602 1_555 UA O2A AGS . K AGS 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.878 ? 
metalc ? metalc23 WA K K . L K 602 1_555 XA O1A AGS . L AGS 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.612 ? 
metalc ? metalc24 WA K K . L K 602 1_555 XA O2A AGS . L AGS 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.856 ? 
metalc ? metalc25 ZA K K . M K 602 1_555 AB O1A AGS . M AGS 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.628 ? 
metalc ? metalc26 ZA K K . M K 602 1_555 AB O2A AGS . M AGS 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.886 ? 
metalc ? metalc27 CB K K . N K 602 1_555 DB O1A AGS . N AGS 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.606 ? 
metalc ? metalc28 CB K K . N K 602 1_555 DB O2A AGS . N AGS 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.846 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H16 N5 O12 P3 S' 
_chem_comp.formula_weight    523.247 
_chem_comp.id                AGS 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     "ATP-GAMMA-S;ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE);ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE);ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE" 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG S1G AGS doub 1 n n 
PG O2G AGS sing 2 n n 
PG O3G AGS sing 3 n n 
PG O3B AGS sing 4 n n 
PB O1B AGS doub 5 n n 
PB O2B AGS sing 6 n n 
PB O3B AGS sing 7 n n 
PB O3A AGS sing 8 n n 
PA O1A AGS doub 9 n n 
PA O2A AGS sing 10 n n 
PA O3A AGS sing 11 n n 
PA O5' AGS sing 12 n n 
O5' C5' AGS sing 13 n n 
C5' C4' AGS sing 14 n n 
C4' O4' AGS sing 15 n n 
C4' C3' AGS sing 16 n n 
O4' C1' AGS sing 17 n n 
C3' O3' AGS sing 18 n n 
C3' C2' AGS sing 19 n n 
C2' O2' AGS sing 20 n n 
C2' C1' AGS sing 21 n n 
C1' N9 AGS sing 22 n n 
N9 C8 AGS sing 23 n y 
N9 C4 AGS sing 24 n y 
C8 N7 AGS doub 25 n y 
N7 C5 AGS sing 26 n y 
C5 C6 AGS sing 27 n y 
C5 C4 AGS doub 28 n y 
C6 N6 AGS sing 29 n n 
C6 N1 AGS doub 30 n y 
N1 C2 AGS sing 31 n y 
C2 N3 AGS doub 32 n y 
N3 C4 AGS sing 33 n y 
O2G HOG2 AGS sing 34 n n 
O3G H21 AGS sing 35 n n 
O2B HOB2 AGS sing 36 n n 
O2A HOA2 AGS sing 37 n n 
C5' "H5'1" AGS sing 38 n n 
C5' "H5'2" AGS sing 39 n n 
C4' H4' AGS sing 40 n n 
C3' H3' AGS sing 41 n n 
O3' HO3' AGS sing 42 n n 
C2' H2' AGS sing 43 n n 
O2' HO2' AGS sing 44 n n 
C1' H1' AGS sing 45 n n 
C8 H8 AGS sing 46 n n 
N6 HN61 AGS sing 47 n n 
N6 HN62 AGS sing 48 n n 
C2 H2 AGS sing 49 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     6TMX 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
O 2 MG A 1 601 601 MG MG . 
P 3 K A 1 602 603 K K . 
Q 4 AGS A 1 603 600 AGS AGS . 
R 2 MG B 1 601 601 MG MG . 
S 3 K B 1 602 603 K K . 
T 4 AGS B 1 603 600 AGS AGS . 
U 2 MG C 1 601 601 MG MG . 
V 3 K C 1 602 603 K K . 
W 4 AGS C 1 603 600 AGS AGS . 
X 2 MG D 1 601 601 MG MG . 
Y 3 K D 1 602 603 K K . 
Z 4 AGS D 1 603 600 AGS AGS . 
AA 2 MG E 1 601 601 MG MG . 
BA 3 K E 1 602 603 K K . 
CA 4 AGS E 1 603 600 AGS AGS . 
DA 2 MG F 1 601 601 MG MG . 
EA 3 K F 1 602 603 K K . 
FA 4 AGS F 1 603 600 AGS AGS . 
GA 2 MG G 1 601 601 MG MG . 
HA 3 K G 1 602 603 K K . 
IA 4 AGS G 1 603 600 AGS AGS . 
JA 2 MG H 1 601 601 MG MG . 
KA 3 K H 1 602 603 K K . 
LA 4 AGS H 1 603 600 AGS AGS . 
MA 2 MG I 1 601 601 MG MG . 
NA 3 K I 1 602 603 K K . 
OA 4 AGS I 1 603 600 AGS AGS . 
PA 2 MG J 1 601 601 MG MG . 
QA 3 K J 1 602 603 K K . 
RA 4 AGS J 1 603 600 AGS AGS . 
SA 2 MG K 1 601 601 MG MG . 
TA 3 K K 1 602 603 K K . 
UA 4 AGS K 1 603 600 AGS AGS . 
VA 2 MG L 1 601 601 MG MG . 
WA 3 K L 1 602 603 K K . 
XA 4 AGS L 1 603 600 AGS AGS . 
YA 2 MG M 1 601 601 MG MG . 
ZA 3 K M 1 602 603 K K . 
AB 4 AGS M 1 603 600 AGS AGS . 
BB 2 MG N 1 601 601 MG MG . 
CB 3 K N 1 602 603 K K . 
DB 4 AGS N 1 603 600 AGS AGS . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PG AGS . . . UA 4 196.709 128.519 132.003 1 196.02 ? PG AGS 603 K 1 
HETATM 2 S S1G AGS . . . UA 4 196.531 126.586 131.26 1 197.62 ? S1G AGS 603 K 1 
HETATM 3 O O2G AGS . . . UA 4 195.407 129.367 131.572 1 198.83 ? O2G AGS 603 K 1 
HETATM 4 O O3G AGS . . . UA 4 197.908 129.175 131.442 1 203.39 ? O3G AGS 603 K 1 
HETATM 5 P PB AGS . . . UA 4 198.236 128.326 134.391 1 126.05 ? PB AGS 603 K 1 
HETATM 6 O O1B AGS . . . UA 4 199.174 127.434 133.616 1 121.88 ? O1B AGS 603 K 1 
HETATM 7 O O2B AGS . . . UA 4 198.706 129.687 134.838 1 125.53 ? O2B AGS 603 K 1 
HETATM 8 O O3B AGS . . . UA 4 196.835 128.496 133.608 1 158.24 ? O3B AGS 603 K 1 
HETATM 9 P PA AGS . . . UA 4 197.603 125.935 135.625 1 104.4 ? PA AGS 603 K 1 
HETATM 10 O O1A AGS . . . UA 4 197.364 125.393 134.238 1 103.13 ? O1A AGS 603 K 1 
HETATM 11 O O2A AGS . . . UA 4 196.691 125.525 136.754 1 104.87 ? O2A AGS 603 K 1 
HETATM 12 O O3A AGS . . . UA 4 197.664 127.533 135.653 1 115.12 ? O3A AGS 603 K 1 
HETATM 13 O O5' AGS . . . UA 4 199.136 125.635 135.975 1 113.43 ? O5' AGS 603 K 1 
HETATM 14 C C5' AGS . . . UA 4 199.559 124.325 136.32 1 131.39 ? C5' AGS 603 K 1 
HETATM 15 C C4' AGS . . . UA 4 200.399 124.406 137.594 1 148.18 ? C4' AGS 603 K 1 
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