data_6TRQ
#
_model_server_result.job_id            67meofcpDHU3wwFfB0tKsQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-02-18 04:21:15' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6trq 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":404}' 
#
_entry.id    6TRQ 
#
_exptl.entry_id    6TRQ 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              458.235 
_entity.id                          5 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            6TRQ 
_cell.length_a            87.761 
_cell.length_b            104.103 
_cell.length_c            189.223 
_cell.Z_PDB               16 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6TRQ 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,E,F,G,H 1 1 
C,D,I,J,K,L,M,N,O 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 5 H N N 
? 5 L N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 67 A CYS 72 1_555 A SG CYS 73 A CYS 78 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? 
disulf ? disulf2 B SG CYS 67 B CYS 72 1_555 B SG CYS 73 B CYS 78 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? 
disulf ? disulf3 C SG CYS 67 C CYS 72 1_555 C SG CYS 73 C CYS 78 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? 
disulf ? disulf4 D SG CYS 67 D CYS 72 1_555 D SG CYS 73 D CYS 78 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? 
covale ? covale1 A NZ LYS 121 A LYS 126 1_555 G OP2 0G . A 0G 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.302 ? 
covale ? covale2 E P 2PO . A 2PO 401 1_555 F O3' U . A U 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.606 ? 
covale ? covale3 F P U . A U 402 1_555 G O3' 0G . A 0G 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.613 ? 
covale ? covale4 G P 0G . A 0G 403 1_555 H O3B M7G . A M7G 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.629 ? 
covale ? covale5 C ND1 HIS 254 C HIS 259 1_555 L O1B M7G . C M7G 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.305 ? 
covale ? covale6 I O3' U . C U 401 1_555 J P 2PO . C 2PO 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.599 ? 
covale ? covale7 I P U . C U 401 1_555 K O3' 0G . C 0G 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.63 ? 
covale ? covale8 K P 0G . C 0G 403 1_555 L O3B M7G . C M7G 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.62 ? 
#
_chem_comp.formula           'C11 H18 N5 O11 P2 1' 
_chem_comp.formula_weight    458.235 
_chem_comp.id                M7G 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PA O1A M7G doub 262 n n 
PA O2A M7G sing 263 n n 
PA O3A M7G sing 264 n n 
PA O5' M7G sing 265 n n 
O2A HOA2 M7G sing 266 n n 
O3A PB M7G sing 267 n n 
O5' C5' M7G sing 268 n n 
PB O1B M7G doub 269 n n 
PB O2B M7G sing 270 n n 
PB O3B M7G sing 271 n n 
O2B HOB2 M7G sing 272 n n 
O3B HOB3 M7G sing 273 n n 
C5' C4' M7G sing 274 n n 
C5' "H5'1" M7G sing 275 n n 
C5' "H5'2" M7G sing 276 n n 
C4' O4' M7G sing 277 n n 
C4' C3' M7G sing 278 n n 
C4' H4' M7G sing 279 n n 
O4' C1' M7G sing 280 n n 
C3' O3' M7G sing 281 n n 
C3' C2' M7G sing 282 n n 
C3' H3' M7G sing 283 n n 
O3' HO3' M7G sing 284 n n 
C2' O2' M7G sing 285 n n 
C2' C1' M7G sing 286 n n 
C2' H2' M7G sing 287 n n 
O2' HO2' M7G sing 288 n n 
C1' N9 M7G sing 289 n n 
C1' H1' M7G sing 290 n n 
N9 C8 M7G sing 291 n y 
N9 C4 M7G sing 292 n y 
C8 N7 M7G doub 293 n y 
C8 H81 M7G sing 294 n n 
N7 CM7 M7G sing 295 n n 
N7 C5 M7G sing 296 n y 
CM7 HM71 M7G sing 297 n n 
CM7 HM72 M7G sing 298 n n 
CM7 HM73 M7G sing 299 n n 
C5 C6 M7G sing 300 n n 
C5 C4 M7G doub 301 n y 
C6 O6 M7G doub 302 n n 
C6 N1 M7G sing 303 n n 
N1 C2 M7G sing 304 n n 
N1 HN1 M7G sing 305 n n 
C2 N2 M7G sing 306 n n 
C2 N3 M7G doub 307 n n 
N2 HN21 M7G sing 308 n n 
N2 HN22 M7G sing 309 n n 
N3 C4 M7G sing 310 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     6TRQ 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.011395 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.009606 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.005285 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 2PO A 1 401 1 2PO GGU . 
F 3 U A 1 402 1 U GGU . 
G 4 0G A 1 403 1 0G GGU . 
H 5 M7G A 1 404 1 M7G GGU . 
I 3 U C 1 401 2 U GGU . 
J 2 2PO C 1 402 2 2PO GGU . 
K 4 0G C 1 403 2 0G GGU . 
L 5 M7G C 1 404 2 M7G GGU . 
M 6 SO4 D 1 401 1 SO4 SO4 . 
N 6 SO4 D 1 402 2 SO4 SO4 . 
O 7 HOH C 1 501 4 HOH HOH . 
O 7 HOH C 2 502 3 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PA M7G . . . L 5 24.114 -21.305 84.586 1 67.79 ? PA M7G 404 C 1 
HETATM 2 O O1A M7G . . . L 5 22.628 -21.077 84.27 1 43.08 ? O1A M7G 404 C 1 
HETATM 3 O O2A M7G . . . L 5 24.393 -22.76 84.88 1 82.63 ? O2A M7G 404 C 1 
HETATM 4 O O3A M7G . . . L 5 25.068 -20.867 83.374 1 54.88 ? O3A M7G 404 C 1 
HETATM 5 O O5' M7G . . . L 5 24.553 -20.482 85.906 1 80.77 ? O5' M7G 404 C 1 
HETATM 6 P PB M7G . . . L 5 24.747 -19.627 82.381 1 73.3 ? PB M7G 404 C 1 
HETATM 7 O O1B M7G . . . L 5 23.374 -18.963 82.639 1 54.05 ? O1B M7G 404 C 1 
HETATM 8 O O2B M7G . . . L 5 24.801 -20.116 80.943 1 76.14 ? O2B M7G 404 C 1 
HETATM 9 O O3B M7G . . . L 5 25.955 -18.593 82.584 1 55.19 ? O3B M7G 404 C 1 
HETATM 10 C C5' M7G . . . L 5 25.093 -19.158 85.859 1 82.87 ? C5' M7G 404 C 1 
HETATM 11 C C4' M7G . . . L 5 26.579 -19.166 86.175 1 85.84 ? C4' M7G 404 C 1 
HETATM 12 O O4' M7G . . . L 5 26.683 -19.634 87.519 1 79.02 ? O4' M7G 404 C 1 
HETATM 13 C C3' M7G . . . L 5 27.258 -17.816 86.044 1 85.08 ? C3' M7G 404 C 1 
HETATM 14 O O3' M7G . . . L 5 28.615 -17.849 85.621 1 87.75 ? O3' M7G 404 C 1 
HETATM 15 C C2' M7G . . . L 5 27.334 -17.353 87.477 1 94.95 ? C2' M7G 404 C 1 
HETATM 16 O O2' M7G . . . L 5 28.53 -16.618 87.664 1 107.24 ? O2' M7G 404 C 1 
HETATM 17 C C1' M7G . . . L 5 27.325 -18.642 88.304 1 91.18 ? C1' M7G 404 C 1 
HETATM 18 N N9 M7G . . . L 5 28.674 -19.168 88.651 1 85.54 ? N9 M7G 404 C 1 
HETATM 19 C C8 M7G . . . L 5 29.365 -19.986 87.633 1 81.78 ? C8 M7G 404 C 1 
HETATM 20 N N7 M7G . . . L 5 30.58 -20.239 88.432 1 82.17 ? N7 M7G 404 C 1 
HETATM 21 C CM7 M7G . . . L 5 31.596 -21.068 87.734 1 75.74 ? CM7 M7G 404 C 1 
HETATM 22 C C5 M7G . . . L 5 30.604 -19.697 89.66 1 82.78 ? C5 M7G 404 C 1 
HETATM 23 C C6 M7G . . . L 5 31.58 -19.685 90.787 1 88.92 ? C6 M7G 404 C 1 
HETATM 24 O O6 M7G . . . L 5 32.685 -20.267 90.741 1 88.86 ? O6 M7G 404 C 1 
HETATM 25 N N1 M7G . . . L 5 31.223 -19.003 91.892 1 95.14 ? N1 M7G 404 C 1 
HETATM 26 C C2 M7G . . . L 5 30.038 -18.359 91.984 1 97.42 ? C2 M7G 404 C 1 
HETATM 27 N N2 M7G . . . L 5 29.747 -17.694 93.131 1 94.51 ? N2 M7G 404 C 1 
HETATM 28 N N3 M7G . . . L 5 29.11 -18.34 90.986 1 90.67 ? N3 M7G 404 C 1 
HETATM 29 C C4 M7G . . . L 5 29.324 -18.978 89.813 1 83.34 ? C4 M7G 404 C 1 
HETATM 30 H "H5'1" M7G . . . L 5 24.571 -18.527 86.581 1 99.44 ? "H5'1" M7G 404 C 1 
HETATM 31 H "H5'2" M7G . . . L 5 24.934 -18.735 84.865 1 99.44 ? "H5'2" M7G 404 C 1 
HETATM 32 H H4' M7G . . . L 5 27.096 -19.809 85.449 1 103.01 ? H4' M7G 404 C 1 
HETATM 33 H H3' M7G . . . L 5 26.709 -17.213 85.307 1 102.09 ? H3' M7G 404 C 1 
HETATM 34 H HO3' M7G . . . L 5 28.652 -18.018 84.67 1 105.3 ? HO3' M7G 404 C 1 
HETATM 35 H H2' M7G . . . L 5 26.51 -16.688 87.77 1 113.93 ? H2' M7G 404 C 1 
HETATM 36 H HO2' M7G . . . L 5 29.289 -17.177 87.453 1 128.69 ? HO2' M7G 404 C 1 
HETATM 37 H H1' M7G . . . L 5 26.816 -18.397 89.247 1 109.41 ? H1' M7G 404 C 1 
HETATM 38 H H81 M7G . . . L 5 29.565 -19.441 86.708 1 98.14 ? H81 M7G 404 C 1 
HETATM 39 H HM71 M7G . . . L 5 31.826 -20.631 86.798 1 90.89 ? HM71 M7G 404 C 1 
HETATM 40 H HM72 M7G . . . L 5 32.475 -21.12 88.324 1 90.89 ? HM72 M7G 404 C 1 
HETATM 41 H HM73 M7G . . . L 5 31.214 -22.044 87.584 1 90.89 ? HM73 M7G 404 C 1 
HETATM 42 H HN1 M7G . . . L 5 31.879 -18.971 92.698 1 114.17 ? HN1 M7G 404 C 1 
HETATM 43 H HN21 M7G . . . L 5 28.868 -17.207 93.223 1 113.41 ? HN21 M7G 404 C 1 
HETATM 44 H HN22 M7G . . . L 5 30.405 -17.688 93.888 1 113.41 ? HN22 M7G 404 C 1 
HETATM 45 H H82 M7G . . . L 5 28.823 -20.898 87.375 1 98.14 ? H82 M7G 404 C 1 
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