data_6U7C # _model_server_result.job_id tS1kl78hLImh6IBHrTLBdA _model_server_result.datetime_utc '2024-12-26 20:48:23' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6u7c # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":701}' # _entry.id 6U7C # _exptl.entry_id 6U7C _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 502.537 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 5-[(3S,4R)-3-{[(2H-1,3-benzodioxol-5-yl)oxy]methyl}piperidin-4-yl]-2-fluoro-N-[(2H-indazol-3-yl)methyl]benzamide _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6U7C _cell.length_a 60.633 _cell.length_b 240.61 _cell.length_c 214.576 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6U7C _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 20 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'C 2 2 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 4 _struct_asym.id D _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A O HIS 348 A HIS 348 1_555 E MG MG . A MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.753 ? metalc ? metalc2 A O GLU 360 A GLU 360 1_555 E MG MG . A MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.167 ? metalc ? metalc3 A O VAL 361 A VAL 361 1_555 E MG MG . A MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.911 ? metalc ? metalc4 A O GLN 363 A GLN 363 1_555 E MG MG . A MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.519 ? metalc ? metalc5 A O VAL 366 A VAL 366 1_555 E MG MG . A MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.82 ? # _chem_comp.formula 'C28 H27 F N4 O4' _chem_comp.formula_weight 502.537 _chem_comp.id Q1Y _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 5-[(3S,4R)-3-{[(2H-1,3-benzodioxol-5-yl)oxy]methyl}piperidin-4-yl]-2-fluoro-N-[(2H-indazol-3-yl)methyl]benzamide _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C03 C04 Q1Y doub 277 n y C03 C02 Q1Y sing 278 n y F01 C02 Q1Y sing 279 n n C04 C05 Q1Y sing 280 n y C02 C24 Q1Y doub 281 n y C12 C11 Q1Y doub 282 n y C12 C13 Q1Y sing 283 n y C11 C10 Q1Y sing 284 n y C05 C06 Q1Y sing 285 n n C05 C23 Q1Y doub 286 n y O37 C25 Q1Y doub 287 n n C24 C23 Q1Y sing 288 n y C24 C25 Q1Y sing 289 n n C22 C06 Q1Y sing 290 n n C22 C21 Q1Y sing 291 n n C06 C07 Q1Y sing 292 n n C13 O14 Q1Y sing 293 n n C13 C17 Q1Y doub 294 n y C10 O09 Q1Y sing 295 n n C10 C18 Q1Y doub 296 n y C25 N26 Q1Y sing 297 n n O09 C08 Q1Y sing 298 n n O14 C15 Q1Y sing 299 n n C21 N20 Q1Y sing 300 n n C17 C18 Q1Y sing 301 n y C17 O16 Q1Y sing 302 n n C07 C08 Q1Y sing 303 n n C07 C19 Q1Y sing 304 n n C15 O16 Q1Y sing 305 n n N26 C27 Q1Y sing 306 n n N20 C19 Q1Y sing 307 n n C27 C28 Q1Y sing 308 n n C28 C29 Q1Y doub 309 n y C28 N36 Q1Y sing 310 n y C30 C29 Q1Y sing 311 n y C30 C31 Q1Y doub 312 n y C29 C34 Q1Y sing 313 n y N36 N35 Q1Y sing 314 n y C31 C32 Q1Y sing 315 n y C34 N35 Q1Y doub 316 n y C34 C33 Q1Y sing 317 n y C32 C33 Q1Y doub 318 n y C15 H1 Q1Y sing 319 n n C15 H2 Q1Y sing 320 n n C21 H3 Q1Y sing 321 n n C21 H4 Q1Y sing 322 n n C22 H5 Q1Y sing 323 n n C22 H6 Q1Y sing 324 n n C03 H7 Q1Y sing 325 n n C04 H8 Q1Y sing 326 n n C06 H9 Q1Y sing 327 n n C07 H10 Q1Y sing 328 n n C08 H11 Q1Y sing 329 n n C08 H12 Q1Y sing 330 n n C11 H13 Q1Y sing 331 n n C12 H14 Q1Y sing 332 n n C18 H15 Q1Y sing 333 n n C19 H16 Q1Y sing 334 n n C19 H17 Q1Y sing 335 n n C23 H18 Q1Y sing 336 n n C27 H19 Q1Y sing 337 n n C27 H20 Q1Y sing 338 n n C30 H21 Q1Y sing 339 n n C31 H22 Q1Y sing 340 n n C32 H23 Q1Y sing 341 n n C33 H24 Q1Y sing 342 n n N20 H25 Q1Y sing 343 n n N26 H27 Q1Y sing 344 n n N36 H26 Q1Y sing 345 n n # _atom_sites.entry_id 6U7C _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.016493 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.004156 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.00466 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code D 4 Q1Y A 1 701 1 Q1Y LIG . E 5 MG A 1 702 1 MG MG . F 6 HOH A 1 801 12 HOH HOH . F 6 HOH A 2 802 113 HOH HOH . F 6 HOH A 3 803 79 HOH HOH . F 6 HOH A 4 804 4 HOH HOH . F 6 HOH A 5 805 14 HOH HOH . F 6 HOH A 6 806 86 HOH HOH . F 6 HOH A 7 807 44 HOH HOH . F 6 HOH A 8 808 16 HOH HOH . F 6 HOH A 9 809 98 HOH HOH . F 6 HOH A 10 810 124 HOH HOH . F 6 HOH A 11 811 19 HOH HOH . F 6 HOH A 12 812 49 HOH HOH . F 6 HOH A 13 813 90 HOH HOH . F 6 HOH A 14 814 56 HOH HOH . F 6 HOH A 15 815 36 HOH HOH . F 6 HOH A 16 816 22 HOH HOH . F 6 HOH A 17 817 120 HOH HOH . F 6 HOH A 18 818 105 HOH HOH . F 6 HOH A 19 819 128 HOH HOH . F 6 HOH A 20 820 73 HOH HOH . F 6 HOH A 21 821 75 HOH HOH . F 6 HOH A 22 822 82 HOH HOH . F 6 HOH A 23 823 125 HOH HOH . F 6 HOH A 24 824 92 HOH HOH . F 6 HOH A 25 825 39 HOH HOH . F 6 HOH A 26 826 2 HOH HOH . F 6 HOH A 27 827 24 HOH HOH . F 6 HOH A 28 828 111 HOH HOH . F 6 HOH A 29 829 64 HOH HOH . F 6 HOH A 30 830 55 HOH HOH . F 6 HOH A 31 831 96 HOH HOH . F 6 HOH A 32 832 110 HOH HOH . F 6 HOH A 33 833 57 HOH HOH . F 6 HOH A 34 834 87 HOH HOH . F 6 HOH A 35 835 127 HOH HOH . F 6 HOH A 36 836 38 HOH HOH . F 6 HOH A 37 837 85 HOH HOH . F 6 HOH A 38 838 126 HOH HOH . F 6 HOH A 39 839 71 HOH HOH . F 6 HOH A 40 840 53 HOH HOH . G 6 HOH B 1 401 72 HOH HOH . G 6 HOH B 2 402 25 HOH HOH . G 6 HOH B 3 403 11 HOH HOH . G 6 HOH B 4 404 91 HOH HOH . G 6 HOH B 5 405 1 HOH HOH . G 6 HOH B 6 406 93 HOH HOH . G 6 HOH B 7 407 9 HOH HOH . G 6 HOH B 8 408 5 HOH HOH . G 6 HOH B 9 409 109 HOH HOH . G 6 HOH B 10 410 6 HOH HOH . G 6 HOH B 11 411 58 HOH HOH . G 6 HOH B 12 412 42 HOH HOH . G 6 HOH B 13 413 26 HOH HOH . G 6 HOH B 14 414 34 HOH HOH . G 6 HOH B 15 415 10 HOH HOH . G 6 HOH B 16 416 59 HOH HOH . G 6 HOH B 17 417 65 HOH HOH . G 6 HOH B 18 418 15 HOH HOH . G 6 HOH B 19 419 46 HOH HOH . G 6 HOH B 20 420 32 HOH HOH . G 6 HOH B 21 421 51 HOH HOH . G 6 HOH B 22 422 84 HOH HOH . G 6 HOH B 23 423 95 HOH HOH . G 6 HOH B 24 424 3 HOH HOH . G 6 HOH B 25 425 104 HOH HOH . G 6 HOH B 26 426 33 HOH HOH . G 6 HOH B 27 427 83 HOH HOH . G 6 HOH B 28 428 112 HOH HOH . G 6 HOH B 29 429 48 HOH HOH . G 6 HOH B 30 430 119 HOH HOH . G 6 HOH B 31 431 52 HOH HOH . G 6 HOH B 32 432 115 HOH HOH . G 6 HOH B 33 433 40 HOH HOH . H 6 HOH G 1 101 18 HOH HOH . H 6 HOH G 2 102 54 HOH HOH . H 6 HOH G 3 103 20 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C10 Q1Y . . . D 4 -21.924 27.663 17.113 1 55.43 ? C10 Q1Y 701 A 1 HETATM 2 C C13 Q1Y . . . D 4 -24.372 26.335 17.017 1 54.66 ? C13 Q1Y 701 A 1 HETATM 3 C C15 Q1Y . . . D 4 -25.24 24.81 18.374 1 57.28 ? C15 Q1Y 701 A 1 HETATM 4 C C17 Q1Y . . . D 4 -23.366 25.846 17.804 1 54.68 ? C17 Q1Y 701 A 1 HETATM 5 C C21 Q1Y . . . D 4 -18.443 32.041 17.458 1 80.45 ? C21 Q1Y 701 A 1 HETATM 6 C C22 Q1Y . . . D 4 -17.793 30.861 16.728 1 77.18 ? C22 Q1Y 701 A 1 HETATM 7 C C24 Q1Y . . . D 4 -15.79 26.979 16.509 1 84.46 ? C24 Q1Y 701 A 1 HETATM 8 C C28 Q1Y . . . D 4 -13.016 24.703 19.47 1 92.52 ? C28 Q1Y 701 A 1 HETATM 9 C C02 Q1Y . . . D 4 -16.261 26.237 15.441 1 85.78 ? C02 Q1Y 701 A 1 HETATM 10 C C03 Q1Y . . . D 4 -17.472 26.559 14.846 1 83.48 ? C03 Q1Y 701 A 1 HETATM 11 C C04 Q1Y . . . D 4 -18.208 27.635 15.324 1 79.42 ? C04 Q1Y 701 A 1 HETATM 12 C C05 Q1Y . . . D 4 -17.731 28.381 16.393 1 79.01 ? C05 Q1Y 701 A 1 HETATM 13 C C06 Q1Y . . . D 4 -18.577 29.604 16.938 1 78.16 ? C06 Q1Y 701 A 1 HETATM 14 C C07 Q1Y . . . D 4 -18.907 29.319 18.371 1 74.62 ? C07 Q1Y 701 A 1 HETATM 15 C C08 Q1Y . . . D 4 -20.064 28.284 18.409 1 67.47 ? C08 Q1Y 701 A 1 HETATM 16 C C11 Q1Y . . . D 4 -22.946 28.162 16.309 1 55.87 ? C11 Q1Y 701 A 1 HETATM 17 C C12 Q1Y . . . D 4 -24.17 27.51 16.252 1 53.45 ? C12 Q1Y 701 A 1 HETATM 18 C C18 Q1Y . . . D 4 -22.115 26.509 17.862 1 52.93 ? C18 Q1Y 701 A 1 HETATM 19 C C19 Q1Y . . . D 4 -19.389 30.548 19.159 1 82.48 ? C19 Q1Y 701 A 1 HETATM 20 C C23 Q1Y . . . D 4 -16.521 28.057 16.992 1 82.37 ? C23 Q1Y 701 A 1 HETATM 21 C C25 Q1Y . . . D 4 -14.446 26.596 17.141 1 87.76 ? C25 Q1Y 701 A 1 HETATM 22 C C27 Q1Y . . . D 4 -12.992 26.191 19.123 1 94.68 ? C27 Q1Y 701 A 1 HETATM 23 C C29 Q1Y . . . D 4 -11.903 23.85 19.65 1 92.59 ? C29 Q1Y 701 A 1 HETATM 24 C C30 Q1Y . . . D 4 -10.501 24.052 19.576 1 99.07 ? C30 Q1Y 701 A 1 HETATM 25 C C31 Q1Y . . . D 4 -9.631 22.99 19.809 1 101.96 ? C31 Q1Y 701 A 1 HETATM 26 C C32 Q1Y . . . D 4 -10.135 21.722 20.116 1 98.54 ? C32 Q1Y 701 A 1 HETATM 27 C C33 Q1Y . . . D 4 -11.508 21.522 20.188 1 95.56 ? C33 Q1Y 701 A 1 HETATM 28 C C34 Q1Y . . . D 4 -12.397 22.604 19.95 1 92.31 ? C34 Q1Y 701 A 1 HETATM 29 F F01 Q1Y . . . D 4 -15.526 25.184 14.984 1 100.14 ? F01 Q1Y 701 A 1 HETATM 30 N N20 Q1Y . . . D 4 -18.553 31.754 18.916 1 81.75 ? N20 Q1Y 701 A 1 HETATM 31 N N26 Q1Y . . . D 4 -14.292 26.564 18.588 1 89.32 ? N26 Q1Y 701 A 1 HETATM 32 N N35 Q1Y . . . D 4 -13.769 22.695 19.953 1 92.62 ? N35 Q1Y 701 A 1 HETATM 33 N N36 Q1Y . . . D 4 -14.097 23.99 19.656 1 92.68 ? N36 Q1Y 701 A 1 HETATM 34 O O09 Q1Y . . . D 4 -20.695 28.326 17.16 1 63.44 ? O09 Q1Y 701 A 1 HETATM 35 O O14 Q1Y . . . D 4 -25.486 25.477 17.167 1 69.89 ? O14 Q1Y 701 A 1 HETATM 36 O O16 Q1Y . . . D 4 -23.849 24.685 18.446 1 53.49 ? O16 Q1Y 701 A 1 HETATM 37 O O37 Q1Y . . . D 4 -13.523 26.324 16.446 1 83.95 ? O37 Q1Y 701 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 47 _model_server_stats.parse_time_ms 12 _model_server_stats.create_model_time_ms 23 _model_server_stats.query_time_ms 308 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 37 #