data_6U90 # _model_server_result.job_id t0F1i4pe1DyDaa7fs-RdqQ _model_server_result.datetime_utc '2024-12-27 18:45:37' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6u90 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"G","auth_seq_id":901}' # _entry.id 6U90 # _exptl.entry_id 6U90 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 92.094 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description GLYCEROL _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 6U90 _cell.length_a 191.506 _cell.length_b 191.506 _cell.length_c 49.597 _cell.Z_PDB 6 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6U90 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 144 _symmetry.space_group_name_Hall 'P 31' _symmetry.space_group_name_H-M 'P 31' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 G N N ? 4 I N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 E O3' DG 5 E DG 426 1_555 E P PYO 6 E PYO 427 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.605 ? covale ? covale2 E O3' PYO 6 E PYO 427 1_555 E P DG 7 E DG 428 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.608 ? covale ? covale3 F O3' DG 5 F DG 426 1_555 F P PYO 6 F PYO 427 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.606 ? covale ? covale4 F O3' PYO 6 F PYO 427 1_555 F P DG 7 F DG 428 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.608 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 E N3 DC 2 E DC 423 1_555 F N1 DG 25 F DG 446 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 E N4 DC 2 E DC 423 1_555 F O6 DG 25 F DG 446 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 E O2 DC 2 E DC 423 1_555 F N2 DG 25 F DG 446 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 E N1 DA 3 E DA 424 1_555 F N3 DT 24 F DT 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 E N6 DA 3 E DA 424 1_555 F O4 DT 24 F DT 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 E N3 DT 4 E DT 425 1_555 F N1 DA 23 F DA 444 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 E O4 DT 4 E DT 425 1_555 F N6 DA 23 F DA 444 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 E N1 DG 5 E DG 426 1_555 F N3 DC 22 F DC 443 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 E N2 DG 5 E DG 426 1_555 F O2 DC 22 F DC 443 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 E O6 DG 5 E DG 426 1_555 F N4 DC 22 F DC 443 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 E N1 DG 7 E DG 428 1_555 F N3 DC 20 F DC 441 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 E N2 DG 7 E DG 428 1_555 F O2 DC 20 F DC 441 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 E O6 DG 7 E DG 428 1_555 F N4 DC 20 F DC 441 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 E N3 DT 8 E DT 429 1_555 F N1 DA 19 F DA 440 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 E O4 DT 8 E DT 429 1_555 F N6 DA 19 F DA 440 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 E N3 DT 9 E DT 430 1_555 F N1 DA 18 F DA 439 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 E O4 DT 9 E DT 430 1_555 F N6 DA 18 F DA 439 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 E N3 DC 10 E DC 431 1_555 F N1 DG 17 F DG 438 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 E N4 DC 10 E DC 431 1_555 F O6 DG 17 F DG 438 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 E O2 DC 10 E DC 431 1_555 F N2 DG 17 F DG 438 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 E N3 DT 11 E DT 432 1_555 F N1 DA 16 F DA 437 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 E O4 DT 11 E DT 432 1_555 F N6 DA 16 F DA 437 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 E N1 DA 12 E DA 433 1_555 F N3 DT 15 F DT 436 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 E N6 DA 12 E DA 433 1_555 F O4 DT 15 F DT 436 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 E N1 DA 13 E DA 434 1_555 F N3 DT 14 F DT 435 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 E N6 DA 13 E DA 434 1_555 F O4 DT 14 F DT 435 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 E N3 DT 14 E DT 435 1_555 F N1 DA 13 F DA 434 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 E O4 DT 14 E DT 435 1_555 F N6 DA 13 F DA 434 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 E N3 DT 15 E DT 436 1_555 F N1 DA 12 F DA 433 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 E O4 DT 15 E DT 436 1_555 F N6 DA 12 F DA 433 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 E N1 DA 16 E DA 437 1_555 F N3 DT 11 F DT 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 E N6 DA 16 E DA 437 1_555 F O4 DT 11 F DT 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 E N1 DG 17 E DG 438 1_555 F N3 DC 10 F DC 431 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 E N2 DG 17 E DG 438 1_555 F O2 DC 10 F DC 431 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 E O6 DG 17 E DG 438 1_555 F N4 DC 10 F DC 431 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 E N1 DA 18 E DA 439 1_555 F N3 DT 9 F DT 430 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 E N6 DA 18 E DA 439 1_555 F O4 DT 9 F DT 430 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 E N1 DA 19 E DA 440 1_555 F N3 DT 8 F DT 429 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 E N6 DA 19 E DA 440 1_555 F O4 DT 8 F DT 429 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 E N3 DC 20 E DC 441 1_555 F N1 DG 7 F DG 428 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog41 E N4 DC 20 E DC 441 1_555 F O6 DG 7 F DG 428 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog42 E O2 DC 20 E DC 441 1_555 F N2 DG 7 F DG 428 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog43 E N3 DC 22 E DC 443 1_555 F N1 DG 5 F DG 426 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog44 E N4 DC 22 E DC 443 1_555 F O6 DG 5 F DG 426 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog45 E O2 DC 22 E DC 443 1_555 F N2 DG 5 F DG 426 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog46 E N1 DA 23 E DA 444 1_555 F N3 DT 4 F DT 425 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog47 E N6 DA 23 E DA 444 1_555 F O4 DT 4 F DT 425 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog48 E N3 DT 24 E DT 445 1_555 F N1 DA 3 F DA 424 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog49 E O4 DT 24 E DT 445 1_555 F N6 DA 3 F DA 424 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog50 E N1 DG 25 E DG 446 1_555 F N3 DC 2 F DC 423 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog51 E N2 DG 25 E DG 446 1_555 F O2 DC 2 F DC 423 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog52 E O6 DG 25 E DG 446 1_555 F N4 DC 2 F DC 423 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'C3 H8 O3' _chem_comp.formula_weight 92.094 _chem_comp.id GOL _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name GLYCEROL _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms GLYCERIN;PROPANE-1,2,3-TRIOL # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 O1 GOL sing 278 n n C1 C2 GOL sing 279 n n C1 H11 GOL sing 280 n n C1 H12 GOL sing 281 n n O1 HO1 GOL sing 282 n n C2 O2 GOL sing 283 n n C2 C3 GOL sing 284 n n C2 H2 GOL sing 285 n n O2 HO2 GOL sing 286 n n C3 O3 GOL sing 287 n n C3 H31 GOL sing 288 n n C3 H32 GOL sing 289 n n O3 HO3 GOL sing 290 n n # _atom_sites.entry_id 6U90 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.005222 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.003015 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.00603 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.020163 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 4 GOL A 1 901 1 GOL GOL . H 5 SAH A 1 902 1 SAH SAH . I 4 GOL D 1 901 2 GOL GOL . J 5 SAH D 1 902 2 SAH SAH . K 6 HOH A 1 1001 2 HOH HOH . K 6 HOH A 2 1002 15 HOH HOH . K 6 HOH A 3 1003 32 HOH HOH . K 6 HOH A 4 1004 38 HOH HOH . K 6 HOH A 5 1005 46 HOH HOH . K 6 HOH A 6 1006 47 HOH HOH . K 6 HOH A 7 1007 21 HOH HOH . K 6 HOH A 8 1008 14 HOH HOH . K 6 HOH A 9 1009 50 HOH HOH . K 6 HOH A 10 1010 48 HOH HOH . K 6 HOH A 11 1011 49 HOH HOH . L 6 HOH B 1 401 33 HOH HOH . M 6 HOH D 1 1001 44 HOH HOH . M 6 HOH D 2 1002 45 HOH HOH . M 6 HOH D 3 1003 43 HOH HOH . M 6 HOH D 4 1004 17 HOH HOH . M 6 HOH D 5 1005 39 HOH HOH . M 6 HOH D 6 1006 22 HOH HOH . M 6 HOH D 7 1007 9 HOH HOH . M 6 HOH D 8 1008 8 HOH HOH . N 6 HOH E 1 501 36 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 GOL . . . G 4 81.143 248.318 19.439 1 110.91 ? C1 GOL 901 A 1 HETATM 2 O O1 GOL . . . G 4 79.961 247.682 19.066 1 95.59 ? O1 GOL 901 A 1 HETATM 3 C C2 GOL . . . G 4 81.277 249.58 18.554 1 108.62 ? C2 GOL 901 A 1 HETATM 4 O O2 GOL . . . G 4 80.047 250.17 18.301 1 99.52 ? O2 GOL 901 A 1 HETATM 5 C C3 GOL . . . G 4 82.222 250.517 19.344 1 88.47 ? C3 GOL 901 A 1 HETATM 6 O O3 GOL . . . G 4 82.832 251.352 18.412 1 72.82 ? O3 GOL 901 A 1 HETATM 7 H H11 GOL . . . G 4 81.154 248.574 20.374 1 133.1 ? H11 GOL 901 A 1 HETATM 8 H H12 GOL . . . G 4 81.913 247.742 19.313 1 133.1 ? H12 GOL 901 A 1 HETATM 9 H HO1 GOL . . . G 4 79.907 246.977 19.538 1 114.71 ? HO1 GOL 901 A 1 HETATM 10 H H2 GOL . . . G 4 81.651 249.354 17.688 1 130.34 ? H2 GOL 901 A 1 HETATM 11 H HO2 GOL . . . G 4 79.694 250.368 19.048 1 119.42 ? HO2 GOL 901 A 1 HETATM 12 H H31 GOL . . . G 4 81.713 250.989 20.022 1 106.16 ? H31 GOL 901 A 1 HETATM 13 H H32 GOL . . . G 4 82.869 249.986 19.834 1 106.16 ? H32 GOL 901 A 1 HETATM 14 H HO3 GOL . . . G 4 83.327 251.887 18.85 1 87.39 ? HO3 GOL 901 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 12 _model_server_stats.parse_time_ms 21 _model_server_stats.create_model_time_ms 15 _model_server_stats.query_time_ms 297 _model_server_stats.encode_time_ms 8 _model_server_stats.element_count 14 #