data_6UJB # _model_server_result.job_id YFcvjEgmwJk1lOPdkv2l0g _model_server_result.datetime_utc '2024-11-23 00:56:44' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6ujb # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":2003}' # _entry.id 6UJB # _exptl.entry_id 6UJB _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 7 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 5 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6UJB _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6UJB _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 7 J N N ? 7 K N N ? 7 L N N ? 7 M N N ? 7 O N N # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 5 oligosaccharide 6 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.details _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order 1 ? 5 2 1 NAG NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 2 ? 5 3 2 BMA NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 3 ? 5 4 3 MAN BMA C1 O1 . O3 HO3 . sing 4 ? 5 5 4 MAN MAN C1 O1 . O2 HO2 . sing 5 ? 5 6 3 MAN BMA C1 O1 . O6 HO6 . sing 6 ? 6 2 1 NAG NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing # loop_ _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.hetero _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id 5 n E NAG 1 C 1 NAG A 2007 NAG 5 n E NAG 2 C 2 NAG A 2008 NAG 5 n E BMA 3 C 3 BMA A 2009 BMA 5 n E MAN 4 C 4 MAN A 2010 MAN 5 n E MAN 5 C 5 MAN A 2011 MAN 5 n E MAN 6 C 6 MAN A 2012 MAN 6 n F NAG 1 D 1 NAG A 2100 NAG 6 n F NAG 2 D 2 NAG A 2101 NAG 6 n G NAG 1 G 1 NAG B 2003 NAG 6 n G NAG 2 G 2 NAG B 2004 NAG 6 n H NAG 1 H 1 NAG B 2201 NAG 6 n H NAG 2 H 2 NAG B 2202 NAG 6 n I NAG 1 I 1 NAG B 2401 NAG 6 n I NAG 2 I 2 NAG B 2402 NAG # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 59 A CYS 59 1_555 A SG CYS 67 A CYS 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 108 A CYS 108 1_555 A SG CYS 128 A CYS 128 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 142 A CYS 142 1_555 A SG CYS 155 A CYS 155 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf4 B SG CYS 169 B CYS 169 1_555 B SG CYS 176 B CYS 176 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? disulf ? disulf5 B SG CYS 224 B CYS 224 1_555 B SG CYS 265 B CYS 265 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? disulf ? disulf6 B SG CYS 365 B CYS 365 1_555 B SG CYS 377 B CYS 377 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? disulf ? disulf7 B SG CYS 397 B CYS 397 1_555 B SG CYS 425 B CYS 425 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? disulf ? disulf8 C SG CYS 22 E CYS 22 1_555 C SG CYS 96 E CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? disulf ? disulf9 D SG CYS 23 F CYS 23 1_555 D SG CYS 94 F CYS 94 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? covale ? covale1 A ND2 ASN 44 A ASN 44 1_555 F C1 NAG . D NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.496 ? covale ? covale2 A ND2 ASN 260 A ASN 260 1_555 N C1 NAG . A NAG 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.509 ? covale ? covale3 A ND2 ASN 266 A ASN 266 1_555 E C1 NAG . C NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.49 ? covale ? covale4 B ND2 ASN 191 B ASN 191 1_555 G C1 NAG . G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.499 ? covale ? covale5 B ND2 ASN 360 B ASN 360 1_555 Q C1 NAG . B NAG 2005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.506 ? covale ? covale6 B ND2 ASN 379 B ASN 379 1_555 R C1 NAG . B NAG 2010 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.505 ? covale ? covale7 B ND2 ASN 389 B ASN 389 1_555 H C1 NAG . H NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.503 ? covale ? covale8 B ND2 ASN 414 B ASN 414 1_555 I C1 NAG . I NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.515 ? covale ? covale9 E O4 NAG . C NAG 1 1_555 E C1 NAG . C NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.493 ? covale ? covale10 E O4 NAG . C NAG 2 1_555 E C1 BMA . C BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.512 ? covale ? covale11 E O3 BMA . C BMA 3 1_555 E C1 MAN . C MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.513 ? covale ? covale12 E O6 BMA . C BMA 3 1_555 E C1 MAN . C MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.495 ? covale ? covale13 E O2 MAN . C MAN 4 1_555 E C1 MAN . C MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.514 ? covale ? covale14 F O4 NAG . D NAG 1 1_555 F C1 NAG . D NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.502 ? covale ? covale15 G O4 NAG . G NAG 1 1_555 G C1 NAG . G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.502 ? covale ? covale16 H O4 NAG . H NAG 1 1_555 H C1 NAG . H NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.505 ? covale ? covale17 I O4 NAG . I NAG 1 1_555 I C1 NAG . I NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.496 ? metalc ? metalc1 A OD1 ASN 232 A ASN 232 1_555 M CA CA . A CA 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.41 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASP 234 A ASP 234 1_555 M CA CA . A CA 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.17 ? metalc ? metalc3 A OD2 ASP 234 A ASP 234 1_555 M CA CA . A CA 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? metalc ? metalc4 A O ILE 236 A ILE 236 1_555 M CA CA . A CA 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.23 ? metalc ? metalc5 A OD1 ASP 238 A ASP 238 1_555 M CA CA . A CA 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.201 ? metalc ? metalc6 A OD2 ASP 238 A ASP 238 1_555 M CA CA . A CA 2004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.275 ? metalc ? metalc7 A OD1 ASN 286 A ASN 286 1_555 J CA CA . A CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.459 ? metalc ? metalc8 A OD1 ASP 288 A ASP 288 1_555 J CA CA . A CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.156 ? metalc ? metalc9 A OD2 ASP 288 A ASP 288 1_555 J CA CA . A CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? metalc ? metalc10 A O TYR 290 A TYR 290 1_555 J CA CA . A CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? metalc ? metalc11 A OD1 ASP 292 A ASP 292 1_555 J CA CA . A CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? metalc ? metalc12 A OD2 ASP 292 A ASP 292 1_555 J CA CA . A CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.155 ? metalc ? metalc13 A OD1 ASP 349 A ASP 349 1_555 K CA CA . A CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.193 ? metalc ? metalc14 A OD1 ASP 351 A ASP 351 1_555 K CA CA . A CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.118 ? metalc ? metalc15 A OD1 ASP 353 A ASP 353 1_555 K CA CA . A CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.121 ? metalc ? metalc16 A O PHE 355 A PHE 355 1_555 K CA CA . A CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.211 ? metalc ? metalc17 A OD1 ASP 357 A ASP 357 1_555 K CA CA . A CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.202 ? metalc ? metalc18 A OD2 ASP 357 A ASP 357 1_555 K CA CA . A CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.641 ? metalc ? metalc19 A OD1 ASP 413 A ASP 413 1_555 L CA CA . A CA 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.106 ? metalc ? metalc20 A OD1 ASP 415 A ASP 415 1_555 L CA CA . A CA 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.099 ? metalc ? metalc21 A OD1 ASN 417 A ASN 417 1_555 L CA CA . A CA 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.844 ? metalc ? metalc22 A O TYR 419 A TYR 419 1_555 L CA CA . A CA 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.202 ? metalc ? metalc23 A OD1 ASP 421 A ASP 421 1_555 L CA CA . A CA 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.226 ? metalc ? metalc24 A OD2 ASP 421 A ASP 421 1_555 L CA CA . A CA 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.823 ? metalc ? metalc25 B OG SER 114 B SER 114 1_555 P MG MG . B MG 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.955 ? metalc ? metalc26 B OG SER 116 B SER 116 1_555 P MG MG . B MG 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.901 ? metalc ? metalc27 B OD2 ASP 151 B ASP 151 1_555 O CA CA . B CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.095 ? metalc ? metalc28 B OD1 ASN 207 B ASN 207 1_555 O CA CA . B CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.431 ? metalc ? metalc29 B O ASP 209 B ASP 209 1_555 O CA CA . B CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? metalc ? metalc30 B OD1 ASP 209 B ASP 209 1_555 O CA CA . B CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.104 ? metalc ? metalc31 B O PRO 211 B PRO 211 1_555 O CA CA . B CA 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.195 ? metalc ? metalc32 B OE2 GLU 212 B GLU 212 1_555 P MG MG . B MG 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.782 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 6UJB _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code J 7 CA A 1 2001 2001 CA CA . K 7 CA A 1 2002 2002 CA CA . L 7 CA A 1 2003 2003 CA CA . M 7 CA A 1 2004 2004 CA CA . N 8 NAG A 1 2005 2006 NAG NAG . O 7 CA B 1 2001 2001 CA CA . P 9 MG B 1 2002 2002 MG MG . Q 8 NAG B 1 2005 2101 NAG NAG . R 8 NAG B 1 2010 2501 NAG NAG . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id L _atom_site.label_entity_id 7 _atom_site.Cartn_x 206.731 _atom_site.Cartn_y 222.663 _atom_site.Cartn_z 189.887 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 38.1 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 2003 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 17 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 18 _model_server_stats.query_time_ms 282 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #