data_6V00 # _model_server_result.job_id L0L0mYjOjsIjLth-BAtQZw _model_server_result.datetime_utc '2024-11-26 12:59:56' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6v00 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"S","auth_seq_id":201}' # _entry.id 6V00 # _exptl.entry_id 6V00 _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 8 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6V00 _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6V00 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dodecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 12 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 M N N ? 4 N N N ? 4 O N N ? 4 P N N ? 4 Q N N ? 4 R N N ? 4 S N N ? 4 T N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 B OD1 ASP 21 B ASP 21 1_555 M CA CA . B CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.065 ? metalc ? metalc2 B OD1 ASP 23 B ASP 23 1_555 M CA CA . B CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.022 ? metalc ? metalc3 B O THR 27 B THR 27 1_555 M CA CA . B CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.526 ? metalc ? metalc4 B OE1 GLU 32 B GLU 32 1_555 M CA CA . B CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.961 ? metalc ? metalc5 B OE2 GLU 32 B GLU 32 1_555 M CA CA . B CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.512 ? metalc ? metalc6 B OD1 ASN 61 B ASN 61 1_555 N CA CA . B CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.994 ? metalc ? metalc7 B O THR 63 B THR 63 1_555 N CA CA . B CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.949 ? metalc ? metalc8 B OE1 GLU 68 B GLU 68 1_555 N CA CA . B CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.604 ? metalc ? metalc9 B OE2 GLU 68 B GLU 68 1_555 N CA CA . B CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.671 ? metalc ? metalc10 E OD1 ASP 21 E ASP 21 1_555 O CA CA . E CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.066 ? metalc ? metalc11 E OD1 ASP 23 E ASP 23 1_555 O CA CA . E CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.022 ? metalc ? metalc12 E O THR 27 E THR 27 1_555 O CA CA . E CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.526 ? metalc ? metalc13 E OE1 GLU 32 E GLU 32 1_555 O CA CA . E CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.961 ? metalc ? metalc14 E OE2 GLU 32 E GLU 32 1_555 O CA CA . E CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.511 ? metalc ? metalc15 E OD1 ASN 61 E ASN 61 1_555 P CA CA . E CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.995 ? metalc ? metalc16 E O THR 63 E THR 63 1_555 P CA CA . E CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.95 ? metalc ? metalc17 E OE1 GLU 68 E GLU 68 1_555 P CA CA . E CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.604 ? metalc ? metalc18 E OE2 GLU 68 E GLU 68 1_555 P CA CA . E CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.671 ? metalc ? metalc19 H OD1 ASP 21 H ASP 21 1_555 Q CA CA . H CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.066 ? metalc ? metalc20 H OD1 ASP 23 H ASP 23 1_555 Q CA CA . H CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.022 ? metalc ? metalc21 H O THR 27 H THR 27 1_555 Q CA CA . H CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.526 ? metalc ? metalc22 H OE1 GLU 32 H GLU 32 1_555 Q CA CA . H CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.961 ? metalc ? metalc23 H OE2 GLU 32 H GLU 32 1_555 Q CA CA . H CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.511 ? metalc ? metalc24 H OD1 ASN 61 H ASN 61 1_555 R CA CA . H CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.995 ? metalc ? metalc25 H O THR 63 H THR 63 1_555 R CA CA . H CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.95 ? metalc ? metalc26 H OE1 GLU 68 H GLU 68 1_555 R CA CA . H CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.604 ? metalc ? metalc27 H OE2 GLU 68 H GLU 68 1_555 R CA CA . H CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.671 ? metalc ? metalc28 K OD1 ASP 21 K ASP 21 1_555 S CA CA . K CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.065 ? metalc ? metalc29 K OD1 ASP 23 K ASP 23 1_555 S CA CA . K CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.022 ? metalc ? metalc30 K O THR 27 K THR 27 1_555 S CA CA . K CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.526 ? metalc ? metalc31 K OE1 GLU 32 K GLU 32 1_555 S CA CA . K CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.96 ? metalc ? metalc32 K OE2 GLU 32 K GLU 32 1_555 S CA CA . K CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.511 ? metalc ? metalc33 K OD1 ASN 61 K ASN 61 1_555 T CA CA . K CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.994 ? metalc ? metalc34 K O THR 63 K THR 63 1_555 T CA CA . K CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.949 ? metalc ? metalc35 K OE1 GLU 68 K GLU 68 1_555 T CA CA . K CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.604 ? metalc ? metalc36 K OE2 GLU 68 K GLU 68 1_555 T CA CA . K CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.671 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 6V00 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code M 4 CA B 1 201 201 CA CA . N 4 CA B 1 202 202 CA CA . O 4 CA E 1 201 201 CA CA . P 4 CA E 1 202 202 CA CA . Q 4 CA H 1 201 201 CA CA . R 4 CA H 1 202 202 CA CA . S 4 CA K 1 201 201 CA CA . T 4 CA K 1 202 202 CA CA . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id S _atom_site.label_entity_id 4 _atom_site.Cartn_x 184.546 _atom_site.Cartn_y 156.594 _atom_site.Cartn_z 200.384 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 105.78 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 201 _atom_site.auth_asym_id K _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 12 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 19 _model_server_stats.query_time_ms 262 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 1 #