data_6V36
#
_model_server_result.job_id            yCNtDYwPh2rJi_f0ByKGpg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-24 02:34:55' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6v36 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"O","auth_seq_id":404}' 
#
_entry.id    6V36 
#
_exptl.entry_id    6V36 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              156.308 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            UNDECANE 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            6V36 
_cell.length_a            68.192 
_cell.length_b            120.4 
_cell.length_c            128.355 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6V36 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    dimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      2 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 F N N 
? 4 O N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 74 A CYS 93 1_555 B SG CYS 74 B CYS 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.016 ? 
metalc ? metalc1 A O THR 123 A THR 142 1_555 H K K . A K 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.747 ? 
metalc ? metalc2 A OG1 THR 123 A THR 142 1_555 H K K . A K 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.806 ? 
metalc ? metalc3 A O THR 123 A THR 142 1_555 I K K . A K 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.689 ? 
metalc ? metalc4 A O ILE 124 A ILE 143 1_555 I K K . A K 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.957 ? 
metalc ? metalc5 A O ILE 124 A ILE 143 1_555 J K K . A K 408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.7 ? 
metalc ? metalc6 A O GLY 125 A GLY 144 1_555 J K K . A K 408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.82 ? 
metalc ? metalc7 A O GLY 125 A GLY 144 1_555 K K K . A K 409 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.899 ? 
metalc ? metalc8 A O PHE 126 A PHE 145 1_555 K K K . A K 409 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.86 ? 
metalc ? metalc9 A O THR 232 A THR 251 1_555 H K K . A K 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.744 ? 
metalc ? metalc10 A OG1 THR 232 A THR 251 1_555 H K K . A K 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.428 ? 
metalc ? metalc11 A O THR 232 A THR 251 1_555 I K K . A K 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.838 ? 
metalc ? metalc12 A O ILE 233 A ILE 252 1_555 I K K . A K 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.754 ? 
metalc ? metalc13 A O ILE 233 A ILE 252 1_555 J K K . A K 408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.74 ? 
metalc ? metalc14 A O GLY 234 A GLY 253 1_555 J K K . A K 408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.753 ? 
metalc ? metalc15 A O GLY 234 A GLY 253 1_555 K K K . A K 409 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.758 ? 
metalc ? metalc16 A O PHE 235 A PHE 254 1_555 K K K . A K 409 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.738 ? 
metalc ? metalc17 H K K . A K 406 1_555 B O THR 123 B THR 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.316 ? 
metalc ? metalc18 H K K . A K 406 1_555 B O THR 232 B THR 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.523 ? 
metalc ? metalc19 H K K . A K 406 1_555 B OG1 THR 232 B THR 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.57 ? 
metalc ? metalc20 I K K . A K 407 1_555 B O THR 123 B THR 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.64 ? 
metalc ? metalc21 I K K . A K 407 1_555 B O ILE 124 B ILE 143 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.848 ? 
metalc ? metalc22 I K K . A K 407 1_555 B O THR 232 B THR 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.083 ? 
metalc ? metalc23 I K K . A K 407 1_555 B O ILE 233 B ILE 252 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.855 ? 
metalc ? metalc24 J K K . A K 408 1_555 B O ILE 124 B ILE 143 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.772 ? 
metalc ? metalc25 J K K . A K 408 1_555 B O GLY 125 B GLY 144 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.764 ? 
metalc ? metalc26 J K K . A K 408 1_555 B O ILE 233 B ILE 252 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.802 ? 
metalc ? metalc27 J K K . A K 408 1_555 B O GLY 234 B GLY 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.679 ? 
metalc ? metalc28 K K K . A K 409 1_555 B O GLY 125 B GLY 144 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.901 ? 
metalc ? metalc29 K K K . A K 409 1_555 B O PHE 126 B PHE 145 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.78 ? 
metalc ? metalc30 K K K . A K 409 1_555 B O GLY 234 B GLY 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.938 ? 
metalc ? metalc31 K K K . A K 409 1_555 B O PHE 235 B PHE 254 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.776 ? 
metalc ? metalc32 Q O HOH . A HOH 501 1_555 P K K . B K 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.486 ? 
metalc ? metalc33 P K K . B K 405 1_555 R O HOH . B HOH 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.923 ? 
#
_chem_comp.formula           'C11 H24' 
_chem_comp.formula_weight    156.308 
_chem_comp.id                UND 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              UNDECANE 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     'LIPID FRAGMENT' 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 C2 UND sing 383 n n 
C1 H11 UND sing 384 n n 
C1 H12 UND sing 385 n n 
C1 H13 UND sing 386 n n 
C2 C3 UND sing 387 n n 
C2 H21 UND sing 388 n n 
C2 H22 UND sing 389 n n 
C3 C4 UND sing 390 n n 
C3 H31 UND sing 391 n n 
C3 H32 UND sing 392 n n 
C4 C5 UND sing 393 n n 
C4 H41 UND sing 394 n n 
C4 H42 UND sing 395 n n 
C5 C6 UND sing 396 n n 
C5 H51 UND sing 397 n n 
C5 H52 UND sing 398 n n 
C6 C7 UND sing 399 n n 
C6 H61 UND sing 400 n n 
C6 H62 UND sing 401 n n 
C7 C8 UND sing 402 n n 
C7 H71 UND sing 403 n n 
C7 H72 UND sing 404 n n 
C8 C9 UND sing 405 n n 
C8 H81 UND sing 406 n n 
C8 H82 UND sing 407 n n 
C9 C10 UND sing 408 n n 
C9 H91 UND sing 409 n n 
C9 H92 UND sing 410 n n 
C10 C11 UND sing 411 n n 
C10 H101 UND sing 412 n n 
C10 H102 UND sing 413 n n 
C11 H111 UND sing 414 n n 
C11 H112 UND sing 415 n n 
C11 H113 UND sing 416 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     6V36 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.014664 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.008306 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.007791 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 CD A 1 401 3 CD CD . 
D 3 OCT A 1 402 1 OCT OCT . 
E 3 OCT A 1 403 2 OCT OCT . 
F 4 UND A 1 404 1 UND UND . 
G 5 K A 1 405 1 K K . 
H 5 K A 1 406 3 K K . 
I 5 K A 1 407 4 K K . 
J 5 K A 1 408 5 K K . 
K 5 K A 1 409 6 K K . 
L 2 CD B 1 401 1 CD CD . 
M 2 CD B 1 402 2 CD CD . 
N 3 OCT B 1 403 3 OCT OCT . 
O 4 UND B 1 404 2 UND UND . 
P 5 K B 1 405 2 K K . 
Q 6 HOH A 1 501 1 HOH HOH . 
R 6 HOH B 1 501 3 HOH HOH . 
R 6 HOH B 2 502 2 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C1 UND . . . O 4 -9.127 -19.592 -7.447 1 203.77 ? C1 UND 404 B 1 
HETATM 2 C C2 UND . . . O 4 -7.762 -19.324 -6.816 1 220.1 ? C2 UND 404 B 1 
HETATM 3 C C3 UND . . . O 4 -6.742 -19.012 -7.91 1 236.31 ? C3 UND 404 B 1 
HETATM 4 C C4 UND . . . O 4 -5.448 -18.531 -7.255 1 214.28 ? C4 UND 404 B 1 
HETATM 5 C C5 UND . . . O 4 -4.454 -18.077 -8.323 1 189.12 ? C5 UND 404 B 1 
HETATM 6 C C6 UND . . . O 4 -3.283 -17.37 -7.64 1 222.02 ? C6 UND 404 B 1 
HETATM 7 C C7 UND . . . O 4 -2.219 -17.009 -8.675 1 194.49 ? C7 UND 404 B 1 
HETATM 8 C C8 UND . . . O 4 -1.005 -16.405 -7.97 1 180.22 ? C8 UND 404 B 1 
HETATM 9 C C9 UND . . . O 4 -0.042 -15.841 -9.014 1 241.87 ? C9 UND 404 B 1 
HETATM 10 C C10 UND . . . O 4 1.284 -15.47 -8.35 1 240.78 ? C10 UND 404 B 1 
HETATM 11 C C11 UND . . . O 4 2.313 -15.129 -9.427 1 161.85 ? C11 UND 404 B 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              7 
_model_server_stats.parse_time_ms           10 
_model_server_stats.create_model_time_ms    8 
_model_server_stats.query_time_ms           220 
_model_server_stats.encode_time_ms          6 
_model_server_stats.element_count           11 
#