data_6V38
#
_model_server_result.job_id            UdEPsp4jSwLoSL0F7oJ4KA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-23 03:47:39' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6v38 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"W","auth_seq_id":1105}' 
#
_entry.id    6V38 
#
_exptl.entry_id    6V38 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              40.078 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'CALCIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    8 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            6V38 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6V38 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 F N N 
? 3 G N N 
? 3 W N N 
? 3 X N N 
? 3 KA N N 
? 3 LA N N 
? 3 YA N N 
? 3 ZA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD2 ASP 367 A ASP 367 1_555 F CA CA . A CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.561 ? 
metalc ? metalc2 A OE2 GLU 399 A GLU 399 1_555 E MG MG . A MG 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.47 ? 
metalc ? metalc3 A OD1 ASN 449 A ASN 449 1_555 X CA CA . B CA 1106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.849 ? 
metalc ? metalc4 A O ARG 514 A ARG 514 1_555 F CA CA . A CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.5 ? 
metalc ? metalc5 A O SER 533 A SER 533 1_555 F CA CA . A CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.472 ? 
metalc ? metalc6 A OE1 GLU 535 A GLU 535 1_555 F CA CA . A CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.59 ? 
metalc ? metalc7 A OE2 GLU 535 A GLU 535 1_555 F CA CA . A CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.834 ? 
metalc ? metalc8 A O SER 600 A SER 600 1_555 F CA CA . A CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.504 ? 
metalc ? metalc9 A O GLN 889 A GLN 889 1_555 G CA CA . A CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.467 ? 
metalc ? metalc10 A O ASP 892 A ASP 892 1_555 G CA CA . A CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.454 ? 
metalc ? metalc11 A OD1 ASP 895 A ASP 895 1_555 G CA CA . A CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.494 ? 
metalc ? metalc12 A OD2 ASP 895 A ASP 895 1_555 G CA CA . A CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.509 ? 
metalc ? metalc13 A OD1 ASP 897 A ASP 897 1_555 G CA CA . A CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.491 ? 
metalc ? metalc14 A OD2 ASP 897 A ASP 897 1_555 G CA CA . A CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.518 ? 
metalc ? metalc15 G CA CA . A CA 1103 1_555 D OD1 ASN 449 D ASN 449 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.981 ? 
metalc ? metalc16 B OD2 ASP 367 B ASP 367 1_555 W CA CA . B CA 1105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.561 ? 
metalc ? metalc17 B OE2 GLU 399 B GLU 399 1_555 V MG MG . B MG 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.47 ? 
metalc ? metalc18 B OD1 ASN 449 B ASN 449 1_555 LA CA CA . C CA 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.075 ? 
metalc ? metalc19 B O ARG 514 B ARG 514 1_555 W CA CA . B CA 1105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.499 ? 
metalc ? metalc20 B O SER 533 B SER 533 1_555 W CA CA . B CA 1105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.472 ? 
metalc ? metalc21 B OE1 GLU 535 B GLU 535 1_555 W CA CA . B CA 1105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.59 ? 
metalc ? metalc22 B OE2 GLU 535 B GLU 535 1_555 W CA CA . B CA 1105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.834 ? 
metalc ? metalc23 B O SER 600 B SER 600 1_555 W CA CA . B CA 1105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.503 ? 
metalc ? metalc24 B O GLN 889 B GLN 889 1_555 X CA CA . B CA 1106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.467 ? 
metalc ? metalc25 B O ASP 892 B ASP 892 1_555 X CA CA . B CA 1106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.454 ? 
metalc ? metalc26 B OD1 ASP 895 B ASP 895 1_555 X CA CA . B CA 1106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.494 ? 
metalc ? metalc27 B OD2 ASP 895 B ASP 895 1_555 X CA CA . B CA 1106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.509 ? 
metalc ? metalc28 B OD1 ASP 897 B ASP 897 1_555 X CA CA . B CA 1106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.492 ? 
metalc ? metalc29 B OD2 ASP 897 B ASP 897 1_555 X CA CA . B CA 1106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.518 ? 
metalc ? metalc30 C OD2 ASP 367 C ASP 367 1_555 KA CA CA . C CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.562 ? 
metalc ? metalc31 C OE2 GLU 399 C GLU 399 1_555 JA MG MG . C MG 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.471 ? 
metalc ? metalc32 C OD1 ASN 449 C ASN 449 1_555 ZA CA CA . D CA 1105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.019 ? 
metalc ? metalc33 C O ARG 514 C ARG 514 1_555 KA CA CA . C CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.5 ? 
metalc ? metalc34 C O SER 533 C SER 533 1_555 KA CA CA . C CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.472 ? 
metalc ? metalc35 C OE1 GLU 535 C GLU 535 1_555 KA CA CA . C CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.59 ? 
metalc ? metalc36 C OE2 GLU 535 C GLU 535 1_555 KA CA CA . C CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.834 ? 
metalc ? metalc37 C O SER 600 C SER 600 1_555 KA CA CA . C CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.503 ? 
metalc ? metalc38 C O GLN 889 C GLN 889 1_555 LA CA CA . C CA 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.467 ? 
metalc ? metalc39 C O ASP 892 C ASP 892 1_555 LA CA CA . C CA 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.454 ? 
metalc ? metalc40 C OD1 ASP 895 C ASP 895 1_555 LA CA CA . C CA 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.493 ? 
metalc ? metalc41 C OD2 ASP 895 C ASP 895 1_555 LA CA CA . C CA 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.508 ? 
metalc ? metalc42 C OD1 ASP 897 C ASP 897 1_555 LA CA CA . C CA 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.492 ? 
metalc ? metalc43 C OD2 ASP 897 C ASP 897 1_555 LA CA CA . C CA 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.518 ? 
metalc ? metalc44 D OD2 ASP 367 D ASP 367 1_555 YA CA CA . D CA 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.561 ? 
metalc ? metalc45 D OE2 GLU 399 D GLU 399 1_555 XA MG MG . D MG 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.471 ? 
metalc ? metalc46 D O ARG 514 D ARG 514 1_555 YA CA CA . D CA 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.499 ? 
metalc ? metalc47 D O SER 533 D SER 533 1_555 YA CA CA . D CA 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.472 ? 
metalc ? metalc48 D OE1 GLU 535 D GLU 535 1_555 YA CA CA . D CA 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.59 ? 
metalc ? metalc49 D OE2 GLU 535 D GLU 535 1_555 YA CA CA . D CA 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.834 ? 
metalc ? metalc50 D O SER 600 D SER 600 1_555 YA CA CA . D CA 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.504 ? 
metalc ? metalc51 D O GLN 889 D GLN 889 1_555 ZA CA CA . D CA 1105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.467 ? 
metalc ? metalc52 D O ASP 892 D ASP 892 1_555 ZA CA CA . D CA 1105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.455 ? 
metalc ? metalc53 D OD1 ASP 895 D ASP 895 1_555 ZA CA CA . D CA 1105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.493 ? 
metalc ? metalc54 D OD2 ASP 895 D ASP 895 1_555 ZA CA CA . D CA 1105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.509 ? 
metalc ? metalc55 D OD1 ASP 897 D ASP 897 1_555 ZA CA CA . D CA 1105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.491 ? 
metalc ? metalc56 D OD2 ASP 897 D ASP 897 1_555 ZA CA CA . D CA 1105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.517 ? 
#
_chem_comp.formula           'Ca 2' 
_chem_comp.formula_weight    40.078 
_chem_comp.id                CA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'CALCIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     6V38 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 MG A 1 1101 3000 MG MG . 
F 3 CA A 1 1102 3001 CA CA . 
G 3 CA A 1 1103 3002 CA CA . 
H 4 POV A 1 1104 3004 POV POV . 
I 4 POV A 1 1105 3005 POV POV . 
J 4 POV A 1 1106 3006 POV POV . 
K 4 POV A 1 1107 3007 POV POV . 
L 4 POV A 1 1108 3008 POV POV . 
M 5 CLR A 1 1109 4001 CLR CLR . 
N 5 CLR A 1 1110 4002 CLR CLR . 
O 5 CLR A 1 1111 4003 CLR CLR . 
P 4 POV A 1 1112 3003 POV POV . 
Q 4 POV A 1 1113 3009 POV POV . 
R 4 POV A 1 1114 3010 POV POV . 
S 4 POV B 1 1101 3003 POV POV . 
T 4 POV B 1 1102 3009 POV POV . 
U 4 POV B 1 1103 3010 POV POV . 
V 2 MG B 1 1104 3000 MG MG . 
W 3 CA B 1 1105 3001 CA CA . 
X 3 CA B 1 1106 3002 CA CA . 
Y 4 POV B 1 1107 3003 POV POV . 
Z 4 POV B 1 1108 3004 POV POV . 
AA 4 POV B 1 1109 3005 POV POV . 
BA 4 POV B 1 1110 3006 POV POV . 
CA 4 POV B 1 1111 3007 POV POV . 
DA 4 POV B 1 1112 3008 POV POV . 
EA 4 POV B 1 1113 3009 POV POV . 
FA 5 CLR B 1 1114 4001 CLR CLR . 
GA 5 CLR B 1 1115 4002 CLR CLR . 
HA 5 CLR B 1 1116 4003 CLR CLR . 
IA 4 POV C 1 1101 3010 POV POV . 
JA 2 MG C 1 1102 3000 MG MG . 
KA 3 CA C 1 1103 3001 CA CA . 
LA 3 CA C 1 1104 3002 CA CA . 
MA 4 POV C 1 1105 3004 POV POV . 
NA 4 POV C 1 1106 3005 POV POV . 
OA 4 POV C 1 1107 3006 POV POV . 
PA 4 POV C 1 1108 3007 POV POV . 
QA 4 POV C 1 1109 3008 POV POV . 
RA 4 POV C 1 1110 3009 POV POV . 
SA 5 CLR C 1 1111 4001 CLR CLR . 
TA 5 CLR C 1 1112 4002 CLR CLR . 
UA 5 CLR C 1 1113 4003 CLR CLR . 
VA 4 POV D 1 1101 3003 POV POV . 
WA 4 POV D 1 1102 3010 POV POV . 
XA 2 MG D 1 1103 3000 MG MG . 
YA 3 CA D 1 1104 3001 CA CA . 
ZA 3 CA D 1 1105 3002 CA CA . 
AB 4 POV D 1 1106 3004 POV POV . 
BB 4 POV D 1 1107 3005 POV POV . 
CB 4 POV D 1 1108 3006 POV POV . 
DB 4 POV D 1 1109 3007 POV POV . 
EB 4 POV D 1 1110 3008 POV POV . 
FB 5 CLR D 1 1111 4001 CLR CLR . 
GB 5 CLR D 1 1112 4002 CLR CLR . 
HB 5 CLR D 1 1113 4003 CLR CLR . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           CA 
_atom_site.label_atom_id         CA 
_atom_site.label_comp_id         CA 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         W 
_atom_site.label_entity_id       3 
_atom_site.Cartn_x               125.252 
_atom_site.Cartn_y               193.819 
_atom_site.Cartn_z               181.898 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        103.81 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          CA 
_atom_site.auth_comp_id          CA 
_atom_site.auth_seq_id           1105 
_atom_site.auth_asym_id          B 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              16 
_model_server_stats.parse_time_ms           9 
_model_server_stats.create_model_time_ms    35 
_model_server_stats.query_time_ms           322 
_model_server_stats.encode_time_ms          5 
_model_server_stats.element_count           1 
#