data_6V38 # _model_server_result.job_id N2pnKwlJloBHW_pGmwOYkA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-23 03:43:48' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6v38 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"ZA","auth_seq_id":1105}' # _entry.id 6V38 # _exptl.entry_id 6V38 _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 8 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6V38 _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6V38 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 F N N ? 3 G N N ? 3 W N N ? 3 X N N ? 3 KA N N ? 3 LA N N ? 3 YA N N ? 3 ZA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD2 ASP 367 A ASP 367 1_555 F CA CA . A CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.561 ? metalc ? metalc2 A OE2 GLU 399 A GLU 399 1_555 E MG MG . A MG 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.47 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASN 449 A ASN 449 1_555 X CA CA . B CA 1106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.849 ? metalc ? metalc4 A O ARG 514 A ARG 514 1_555 F CA CA . A CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.5 ? metalc ? metalc5 A O SER 533 A SER 533 1_555 F CA CA . A CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.472 ? metalc ? metalc6 A OE1 GLU 535 A GLU 535 1_555 F CA CA . A CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.59 ? metalc ? metalc7 A OE2 GLU 535 A GLU 535 1_555 F CA CA . A CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.834 ? metalc ? metalc8 A O SER 600 A SER 600 1_555 F CA CA . A CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.504 ? metalc ? metalc9 A O GLN 889 A GLN 889 1_555 G CA CA . A CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.467 ? metalc ? metalc10 A O ASP 892 A ASP 892 1_555 G CA CA . A CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.454 ? metalc ? metalc11 A OD1 ASP 895 A ASP 895 1_555 G CA CA . A CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.494 ? metalc ? metalc12 A OD2 ASP 895 A ASP 895 1_555 G CA CA . A CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.509 ? metalc ? metalc13 A OD1 ASP 897 A ASP 897 1_555 G CA CA . A CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.491 ? metalc ? metalc14 A OD2 ASP 897 A ASP 897 1_555 G CA CA . A CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.518 ? metalc ? metalc15 G CA CA . A CA 1103 1_555 D OD1 ASN 449 D ASN 449 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.981 ? metalc ? metalc16 B OD2 ASP 367 B ASP 367 1_555 W CA CA . B CA 1105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.561 ? metalc ? metalc17 B OE2 GLU 399 B GLU 399 1_555 V MG MG . B MG 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.47 ? metalc ? metalc18 B OD1 ASN 449 B ASN 449 1_555 LA CA CA . C CA 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.075 ? metalc ? metalc19 B O ARG 514 B ARG 514 1_555 W CA CA . B CA 1105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.499 ? metalc ? metalc20 B O SER 533 B SER 533 1_555 W CA CA . B CA 1105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.472 ? metalc ? metalc21 B OE1 GLU 535 B GLU 535 1_555 W CA CA . B CA 1105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.59 ? metalc ? metalc22 B OE2 GLU 535 B GLU 535 1_555 W CA CA . B CA 1105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.834 ? metalc ? metalc23 B O SER 600 B SER 600 1_555 W CA CA . B CA 1105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.503 ? metalc ? metalc24 B O GLN 889 B GLN 889 1_555 X CA CA . B CA 1106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.467 ? metalc ? metalc25 B O ASP 892 B ASP 892 1_555 X CA CA . B CA 1106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.454 ? metalc ? metalc26 B OD1 ASP 895 B ASP 895 1_555 X CA CA . B CA 1106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.494 ? metalc ? metalc27 B OD2 ASP 895 B ASP 895 1_555 X CA CA . B CA 1106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.509 ? metalc ? metalc28 B OD1 ASP 897 B ASP 897 1_555 X CA CA . B CA 1106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.492 ? metalc ? metalc29 B OD2 ASP 897 B ASP 897 1_555 X CA CA . B CA 1106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.518 ? metalc ? metalc30 C OD2 ASP 367 C ASP 367 1_555 KA CA CA . C CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.562 ? metalc ? metalc31 C OE2 GLU 399 C GLU 399 1_555 JA MG MG . C MG 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.471 ? metalc ? metalc32 C OD1 ASN 449 C ASN 449 1_555 ZA CA CA . D CA 1105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.019 ? metalc ? metalc33 C O ARG 514 C ARG 514 1_555 KA CA CA . C CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.5 ? metalc ? metalc34 C O SER 533 C SER 533 1_555 KA CA CA . C CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.472 ? metalc ? metalc35 C OE1 GLU 535 C GLU 535 1_555 KA CA CA . C CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.59 ? metalc ? metalc36 C OE2 GLU 535 C GLU 535 1_555 KA CA CA . C CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.834 ? metalc ? metalc37 C O SER 600 C SER 600 1_555 KA CA CA . C CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.503 ? metalc ? metalc38 C O GLN 889 C GLN 889 1_555 LA CA CA . C CA 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.467 ? metalc ? metalc39 C O ASP 892 C ASP 892 1_555 LA CA CA . C CA 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.454 ? metalc ? metalc40 C OD1 ASP 895 C ASP 895 1_555 LA CA CA . C CA 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.493 ? metalc ? metalc41 C OD2 ASP 895 C ASP 895 1_555 LA CA CA . C CA 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.508 ? metalc ? metalc42 C OD1 ASP 897 C ASP 897 1_555 LA CA CA . C CA 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.492 ? metalc ? metalc43 C OD2 ASP 897 C ASP 897 1_555 LA CA CA . C CA 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.518 ? metalc ? metalc44 D OD2 ASP 367 D ASP 367 1_555 YA CA CA . D CA 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.561 ? metalc ? metalc45 D OE2 GLU 399 D GLU 399 1_555 XA MG MG . D MG 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.471 ? metalc ? metalc46 D O ARG 514 D ARG 514 1_555 YA CA CA . D CA 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.499 ? metalc ? metalc47 D O SER 533 D SER 533 1_555 YA CA CA . D CA 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.472 ? metalc ? metalc48 D OE1 GLU 535 D GLU 535 1_555 YA CA CA . D CA 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.59 ? metalc ? metalc49 D OE2 GLU 535 D GLU 535 1_555 YA CA CA . D CA 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.834 ? metalc ? metalc50 D O SER 600 D SER 600 1_555 YA CA CA . D CA 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.504 ? metalc ? metalc51 D O GLN 889 D GLN 889 1_555 ZA CA CA . D CA 1105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.467 ? metalc ? metalc52 D O ASP 892 D ASP 892 1_555 ZA CA CA . D CA 1105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.455 ? metalc ? metalc53 D OD1 ASP 895 D ASP 895 1_555 ZA CA CA . D CA 1105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.493 ? metalc ? metalc54 D OD2 ASP 895 D ASP 895 1_555 ZA CA CA . D CA 1105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.509 ? metalc ? metalc55 D OD1 ASP 897 D ASP 897 1_555 ZA CA CA . D CA 1105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.491 ? metalc ? metalc56 D OD2 ASP 897 D ASP 897 1_555 ZA CA CA . D CA 1105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.517 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 6V38 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 MG A 1 1101 3000 MG MG . F 3 CA A 1 1102 3001 CA CA . G 3 CA A 1 1103 3002 CA CA . H 4 POV A 1 1104 3004 POV POV . I 4 POV A 1 1105 3005 POV POV . J 4 POV A 1 1106 3006 POV POV . K 4 POV A 1 1107 3007 POV POV . L 4 POV A 1 1108 3008 POV POV . M 5 CLR A 1 1109 4001 CLR CLR . N 5 CLR A 1 1110 4002 CLR CLR . O 5 CLR A 1 1111 4003 CLR CLR . P 4 POV A 1 1112 3003 POV POV . Q 4 POV A 1 1113 3009 POV POV . R 4 POV A 1 1114 3010 POV POV . S 4 POV B 1 1101 3003 POV POV . T 4 POV B 1 1102 3009 POV POV . U 4 POV B 1 1103 3010 POV POV . V 2 MG B 1 1104 3000 MG MG . W 3 CA B 1 1105 3001 CA CA . X 3 CA B 1 1106 3002 CA CA . Y 4 POV B 1 1107 3003 POV POV . Z 4 POV B 1 1108 3004 POV POV . AA 4 POV B 1 1109 3005 POV POV . BA 4 POV B 1 1110 3006 POV POV . CA 4 POV B 1 1111 3007 POV POV . DA 4 POV B 1 1112 3008 POV POV . EA 4 POV B 1 1113 3009 POV POV . FA 5 CLR B 1 1114 4001 CLR CLR . GA 5 CLR B 1 1115 4002 CLR CLR . HA 5 CLR B 1 1116 4003 CLR CLR . IA 4 POV C 1 1101 3010 POV POV . JA 2 MG C 1 1102 3000 MG MG . KA 3 CA C 1 1103 3001 CA CA . LA 3 CA C 1 1104 3002 CA CA . MA 4 POV C 1 1105 3004 POV POV . NA 4 POV C 1 1106 3005 POV POV . OA 4 POV C 1 1107 3006 POV POV . PA 4 POV C 1 1108 3007 POV POV . QA 4 POV C 1 1109 3008 POV POV . RA 4 POV C 1 1110 3009 POV POV . SA 5 CLR C 1 1111 4001 CLR CLR . TA 5 CLR C 1 1112 4002 CLR CLR . UA 5 CLR C 1 1113 4003 CLR CLR . VA 4 POV D 1 1101 3003 POV POV . WA 4 POV D 1 1102 3010 POV POV . XA 2 MG D 1 1103 3000 MG MG . YA 3 CA D 1 1104 3001 CA CA . ZA 3 CA D 1 1105 3002 CA CA . AB 4 POV D 1 1106 3004 POV POV . BB 4 POV D 1 1107 3005 POV POV . CB 4 POV D 1 1108 3006 POV POV . DB 4 POV D 1 1109 3007 POV POV . EB 4 POV D 1 1110 3008 POV POV . FB 5 CLR D 1 1111 4001 CLR CLR . GB 5 CLR D 1 1112 4002 CLR CLR . HB 5 CLR D 1 1113 4003 CLR CLR . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id ZA _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x 204.772 _atom_site.Cartn_y 164.838 _atom_site.Cartn_z 188.089 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 118.52 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 1105 _atom_site.auth_asym_id D _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 12 _model_server_stats.parse_time_ms 7 _model_server_stats.create_model_time_ms 30 _model_server_stats.query_time_ms 218 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #