data_6V3C # _model_server_result.job_id 3-bcllO723AwfySxwY74Xw _model_server_result.datetime_utc '2024-11-12 21:42:56' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6v3c # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":402}' # _entry.id 6V3C # _exptl.entry_id 6V3C _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 112.411 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CADMIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 3 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6V3C _cell.length_a 67.737 _cell.length_b 120.708 _cell.length_c 127.274 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6V3C _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 D N N ? 3 K N N ? 3 L N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 74 A CYS 93 1_555 B SG CYS 74 B CYS 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.02 ? metalc ? metalc1 A O THR 123 A THR 142 1_555 E K K . A K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.673 ? metalc ? metalc2 A O THR 123 A THR 142 1_555 M K K . B K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.218 ? metalc ? metalc3 A OG1 THR 123 A THR 142 1_555 M K K . B K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.452 ? metalc ? metalc4 A O ILE 124 A ILE 143 1_555 E K K . A K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.918 ? metalc ? metalc5 A O ILE 124 A ILE 143 1_555 F K K . A K 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.733 ? metalc ? metalc6 A O GLY 125 A GLY 144 1_555 F K K . A K 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.823 ? metalc ? metalc7 A O GLY 125 A GLY 144 1_555 N K K . B K 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.889 ? metalc ? metalc8 A O PHE 126 A PHE 145 1_555 N K K . B K 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.822 ? metalc ? metalc9 A O THR 232 A THR 251 1_555 E K K . A K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.675 ? metalc ? metalc10 A O THR 232 A THR 251 1_555 M K K . B K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.69 ? metalc ? metalc11 A OG1 THR 232 A THR 251 1_555 M K K . B K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.057 ? metalc ? metalc12 A O ILE 233 A ILE 252 1_555 E K K . A K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.789 ? metalc ? metalc13 A O ILE 233 A ILE 252 1_555 F K K . A K 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.693 ? metalc ? metalc14 A O GLY 234 A GLY 253 1_555 F K K . A K 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.746 ? metalc ? metalc15 A O GLY 234 A GLY 253 1_555 N K K . B K 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.974 ? metalc ? metalc16 A O PHE 235 A PHE 254 1_555 N K K . B K 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.905 ? metalc ? metalc17 E K K . A K 403 1_555 B O THR 123 B THR 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.79 ? metalc ? metalc18 E K K . A K 403 1_555 B O ILE 124 B ILE 143 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.194 ? metalc ? metalc19 E K K . A K 403 1_555 B O THR 232 B THR 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.889 ? metalc ? metalc20 E K K . A K 403 1_555 B O ILE 233 B ILE 252 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.931 ? metalc ? metalc21 F K K . A K 404 1_555 B O ILE 124 B ILE 143 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.816 ? metalc ? metalc22 F K K . A K 404 1_555 B O GLY 125 B GLY 144 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.704 ? metalc ? metalc23 F K K . A K 404 1_555 B O ILE 233 B ILE 252 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.722 ? metalc ? metalc24 F K K . A K 404 1_555 B O GLY 234 B GLY 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.786 ? metalc ? metalc25 G K K . A K 405 1_555 S O HOH . B HOH 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.253 ? metalc ? metalc26 B O THR 123 B THR 142 1_555 M K K . B K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.793 ? metalc ? metalc27 B OG1 THR 123 B THR 142 1_555 M K K . B K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.023 ? metalc ? metalc28 B O GLY 125 B GLY 144 1_555 N K K . B K 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.958 ? metalc ? metalc29 B O PHE 126 B PHE 145 1_555 N K K . B K 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.895 ? metalc ? metalc30 B O THR 232 B THR 251 1_555 M K K . B K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.911 ? metalc ? metalc31 B OG1 THR 232 B THR 251 1_555 M K K . B K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.355 ? metalc ? metalc32 B O GLY 234 B GLY 253 1_555 N K K . B K 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.933 ? metalc ? metalc33 B O PHE 235 B PHE 254 1_555 N K K . B K 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.897 ? metalc ? metalc34 B OE2 GLU 290 B GLU 309 1_555 L CD CD . B CD 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.681 ? # _chem_comp.formula 'Cd 2' _chem_comp.formula_weight 112.411 _chem_comp.id CD _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CADMIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 6V3C _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.014763 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.008284 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.007857 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 RU3 A 1 401 401 RU3 Ru3 . D 3 CD A 1 402 3 CD CD . E 4 K A 1 403 2 K K . F 4 K A 1 404 3 K K . G 4 K A 1 405 4 K K . H 5 OCT A 1 406 101 OCT OCT . I 5 OCT A 1 407 102 OCT OCT . J 6 LNK A 1 408 102 LNK LNK . K 3 CD B 1 401 1 CD CD . L 3 CD B 1 402 2 CD CD . M 4 K B 1 403 1 K K . N 4 K B 1 404 5 K K . O 5 OCT B 1 405 103 OCT OCT . P 5 OCT B 1 406 104 OCT OCT . Q 7 HEX B 1 407 1 HEX HEX . R 8 HOH A 1 501 2 HOH HOH . S 8 HOH B 1 501 1 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CD _atom_site.label_atom_id CD _atom_site.label_comp_id CD _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id L _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x 5.406 _atom_site.Cartn_y 2.16 _atom_site.Cartn_z -63.648 _atom_site.occupancy 0.3 _atom_site.B_iso_or_equiv 209.11 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CD _atom_site.auth_comp_id CD _atom_site.auth_seq_id 402 _atom_site.auth_asym_id B _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 10 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 8 _model_server_stats.query_time_ms 272 _model_server_stats.encode_time_ms 1 _model_server_stats.element_count 1 #