data_6V3C
#
_model_server_result.job_id            Wdb0kURYTE8v6zM5AM98fQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-24 02:33:11' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6v3c 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"H","auth_seq_id":406}' 
#
_entry.id    6V3C 
#
_exptl.entry_id    6V3C 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              114.229 
_entity.id                          5 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            N-OCTANE 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            6V3C 
_cell.length_a            67.737 
_cell.length_b            120.708 
_cell.length_c            127.274 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6V3C 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    dimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      2 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 5 H N N 
? 5 I N N 
? 5 O N N 
? 5 P N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 74 A CYS 93 1_555 B SG CYS 74 B CYS 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.02 ? 
metalc ? metalc1 A O THR 123 A THR 142 1_555 E K K . A K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.673 ? 
metalc ? metalc2 A O THR 123 A THR 142 1_555 M K K . B K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.218 ? 
metalc ? metalc3 A OG1 THR 123 A THR 142 1_555 M K K . B K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.452 ? 
metalc ? metalc4 A O ILE 124 A ILE 143 1_555 E K K . A K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.918 ? 
metalc ? metalc5 A O ILE 124 A ILE 143 1_555 F K K . A K 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.733 ? 
metalc ? metalc6 A O GLY 125 A GLY 144 1_555 F K K . A K 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.823 ? 
metalc ? metalc7 A O GLY 125 A GLY 144 1_555 N K K . B K 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.889 ? 
metalc ? metalc8 A O PHE 126 A PHE 145 1_555 N K K . B K 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.822 ? 
metalc ? metalc9 A O THR 232 A THR 251 1_555 E K K . A K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.675 ? 
metalc ? metalc10 A O THR 232 A THR 251 1_555 M K K . B K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.69 ? 
metalc ? metalc11 A OG1 THR 232 A THR 251 1_555 M K K . B K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.057 ? 
metalc ? metalc12 A O ILE 233 A ILE 252 1_555 E K K . A K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.789 ? 
metalc ? metalc13 A O ILE 233 A ILE 252 1_555 F K K . A K 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.693 ? 
metalc ? metalc14 A O GLY 234 A GLY 253 1_555 F K K . A K 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.746 ? 
metalc ? metalc15 A O GLY 234 A GLY 253 1_555 N K K . B K 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.974 ? 
metalc ? metalc16 A O PHE 235 A PHE 254 1_555 N K K . B K 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.905 ? 
metalc ? metalc17 E K K . A K 403 1_555 B O THR 123 B THR 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.79 ? 
metalc ? metalc18 E K K . A K 403 1_555 B O ILE 124 B ILE 143 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.194 ? 
metalc ? metalc19 E K K . A K 403 1_555 B O THR 232 B THR 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.889 ? 
metalc ? metalc20 E K K . A K 403 1_555 B O ILE 233 B ILE 252 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.931 ? 
metalc ? metalc21 F K K . A K 404 1_555 B O ILE 124 B ILE 143 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.816 ? 
metalc ? metalc22 F K K . A K 404 1_555 B O GLY 125 B GLY 144 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.704 ? 
metalc ? metalc23 F K K . A K 404 1_555 B O ILE 233 B ILE 252 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.722 ? 
metalc ? metalc24 F K K . A K 404 1_555 B O GLY 234 B GLY 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.786 ? 
metalc ? metalc25 G K K . A K 405 1_555 S O HOH . B HOH 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.253 ? 
metalc ? metalc26 B O THR 123 B THR 142 1_555 M K K . B K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.793 ? 
metalc ? metalc27 B OG1 THR 123 B THR 142 1_555 M K K . B K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.023 ? 
metalc ? metalc28 B O GLY 125 B GLY 144 1_555 N K K . B K 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.958 ? 
metalc ? metalc29 B O PHE 126 B PHE 145 1_555 N K K . B K 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.895 ? 
metalc ? metalc30 B O THR 232 B THR 251 1_555 M K K . B K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.911 ? 
metalc ? metalc31 B OG1 THR 232 B THR 251 1_555 M K K . B K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.355 ? 
metalc ? metalc32 B O GLY 234 B GLY 253 1_555 N K K . B K 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.933 ? 
metalc ? metalc33 B O PHE 235 B PHE 254 1_555 N K K . B K 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.897 ? 
metalc ? metalc34 B OE2 GLU 290 B GLU 309 1_555 L CD CD . B CD 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.681 ? 
#
_chem_comp.formula           'C8 H18' 
_chem_comp.formula_weight    114.229 
_chem_comp.id                OCT 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              N-OCTANE 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 C2 OCT sing 272 n n 
C1 H11 OCT sing 273 n n 
C1 H12 OCT sing 274 n n 
C1 H13 OCT sing 275 n n 
C2 C3 OCT sing 276 n n 
C2 H21 OCT sing 277 n n 
C2 H22 OCT sing 278 n n 
C3 C4 OCT sing 279 n n 
C3 H31 OCT sing 280 n n 
C3 H32 OCT sing 281 n n 
C4 C5 OCT sing 282 n n 
C4 H41 OCT sing 283 n n 
C4 H42 OCT sing 284 n n 
C5 C6 OCT sing 285 n n 
C5 H51 OCT sing 286 n n 
C5 H52 OCT sing 287 n n 
C6 C7 OCT sing 288 n n 
C6 H61 OCT sing 289 n n 
C6 H62 OCT sing 290 n n 
C7 C8 OCT sing 291 n n 
C7 H71 OCT sing 292 n n 
C7 H72 OCT sing 293 n n 
C8 H81 OCT sing 294 n n 
C8 H82 OCT sing 295 n n 
C8 H83 OCT sing 296 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     6V3C 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.014763 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.008284 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.007857 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 RU3 A 1 401 401 RU3 Ru3 . 
D 3 CD A 1 402 3 CD CD . 
E 4 K A 1 403 2 K K . 
F 4 K A 1 404 3 K K . 
G 4 K A 1 405 4 K K . 
H 5 OCT A 1 406 101 OCT OCT . 
I 5 OCT A 1 407 102 OCT OCT . 
J 6 LNK A 1 408 102 LNK LNK . 
K 3 CD B 1 401 1 CD CD . 
L 3 CD B 1 402 2 CD CD . 
M 4 K B 1 403 1 K K . 
N 4 K B 1 404 5 K K . 
O 5 OCT B 1 405 103 OCT OCT . 
P 5 OCT B 1 406 104 OCT OCT . 
Q 7 HEX B 1 407 1 HEX HEX . 
R 8 HOH A 1 501 2 HOH HOH . 
S 8 HOH B 1 501 1 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C1 OCT . . . H 5 20.287 -15.361 -11.255 1 132.83 ? C1 OCT 406 A 1 
HETATM 2 C C2 OCT . . . H 5 19.392 -15.672 -10.057 1 131.83 ? C2 OCT 406 A 1 
HETATM 3 C C3 OCT . . . H 5 18.047 -16.199 -10.553 1 127.55 ? C3 OCT 406 A 1 
HETATM 4 C C4 OCT . . . H 5 16.995 -16.018 -9.459 1 128.8 ? C4 OCT 406 A 1 
HETATM 5 C C5 OCT . . . H 5 15.624 -16.424 -9.999 1 127.59 ? C5 OCT 406 A 1 
HETATM 6 C C6 OCT . . . H 5 14.594 -16.381 -8.869 1 128.83 ? C6 OCT 406 A 1 
HETATM 7 C C7 OCT . . . H 5 13.192 -16.258 -9.468 1 127.59 ? C7 OCT 406 A 1 
HETATM 8 C C8 OCT . . . H 5 12.148 -16.484 -8.374 1 127.67 ? C8 OCT 406 A 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              13 
_model_server_stats.parse_time_ms           50 
_model_server_stats.create_model_time_ms    7 
_model_server_stats.query_time_ms           336 
_model_server_stats.encode_time_ms          5 
_model_server_stats.element_count           8 
#