data_6V3I
#
_model_server_result.job_id            iIwxGT9rpKODGPOIifMpYw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-06 22:32:15' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6v3i 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"J","auth_seq_id":408}' 
#
_entry.id    6V3I 
#
_exptl.entry_id    6V3I 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              170.335 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            DODECANE 
_entity.pdbx_number_of_molecules    3 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            6V3I 
_cell.length_a            67.945 
_cell.length_b            120.303 
_cell.length_c            127.818 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6V3I 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    dimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      2 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 D N N 
? 3 J N N 
? 3 R N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 74 A CYS 93 1_555 B SG CYS 74 B CYS 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? 
covale ? covale1 B OD2 ASP 81 B ASP 100 1_555 Q C2 OCT . B OCT 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.375 ? 
metalc ? metalc1 A O THR 123 A THR 142 1_555 H K K . A K 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.679 ? 
metalc ? metalc2 A O THR 123 A THR 142 1_555 O K K . B K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.147 ? 
metalc ? metalc3 A OG1 THR 123 A THR 142 1_555 O K K . B K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.403 ? 
metalc ? metalc4 A O ILE 124 A ILE 143 1_555 H K K . A K 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.655 ? 
metalc ? metalc5 A O ILE 124 A ILE 143 1_555 N K K . B K 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.897 ? 
metalc ? metalc6 A O GLY 125 A GLY 144 1_555 G K K . A K 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.827 ? 
metalc ? metalc7 A O GLY 125 A GLY 144 1_555 N K K . B K 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.847 ? 
metalc ? metalc8 A O PHE 126 A PHE 145 1_555 G K K . A K 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.819 ? 
metalc ? metalc9 A O THR 232 A THR 251 1_555 H K K . A K 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.607 ? 
metalc ? metalc10 A O THR 232 A THR 251 1_555 O K K . B K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.802 ? 
metalc ? metalc11 A OG1 THR 232 A THR 251 1_555 O K K . B K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.128 ? 
metalc ? metalc12 A O ILE 233 A ILE 252 1_555 H K K . A K 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.838 ? 
metalc ? metalc13 A O ILE 233 A ILE 252 1_555 N K K . B K 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.7 ? 
metalc ? metalc14 A O GLY 234 A GLY 253 1_555 G K K . A K 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.128 ? 
metalc ? metalc15 A O GLY 234 A GLY 253 1_555 N K K . B K 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.644 ? 
metalc ? metalc16 A O PHE 235 A PHE 254 1_555 G K K . A K 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.84 ? 
metalc ? metalc17 A OE1 GLU 290 A GLU 309 1_555 L CD CD . A CD 410 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.512 ? 
metalc ? metalc18 G K K . A K 405 1_555 B O GLY 125 B GLY 144 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.085 ? 
metalc ? metalc19 G K K . A K 405 1_555 B O PHE 126 B PHE 145 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.979 ? 
metalc ? metalc20 G K K . A K 405 1_555 B O GLY 234 B GLY 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.984 ? 
metalc ? metalc21 G K K . A K 405 1_555 B O PHE 235 B PHE 254 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.076 ? 
metalc ? metalc22 H K K . A K 406 1_555 B O THR 123 B THR 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.765 ? 
metalc ? metalc23 H K K . A K 406 1_555 B O ILE 124 B ILE 143 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.876 ? 
metalc ? metalc24 H K K . A K 406 1_555 B O THR 232 B THR 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.689 ? 
metalc ? metalc25 H K K . A K 406 1_555 B O ILE 233 B ILE 252 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.953 ? 
metalc ? metalc26 L CD CD . A CD 410 2_554 B OE1 GLU 290 B GLU 309 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.541 ? 
metalc ? metalc27 B O THR 123 B THR 142 1_555 O K K . B K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.936 ? 
metalc ? metalc28 B OG1 THR 123 B THR 142 1_555 O K K . B K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.012 ? 
metalc ? metalc29 B O ILE 124 B ILE 143 1_555 N K K . B K 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.671 ? 
metalc ? metalc30 B O GLY 125 B GLY 144 1_555 N K K . B K 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.697 ? 
metalc ? metalc31 B O THR 232 B THR 251 1_555 O K K . B K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.684 ? 
metalc ? metalc32 B OG1 THR 232 B THR 251 1_555 O K K . B K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.881 ? 
metalc ? metalc33 B O ILE 233 B ILE 252 1_555 N K K . B K 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.717 ? 
metalc ? metalc34 B O GLY 234 B GLY 253 1_555 N K K . B K 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.628 ? 
#
_chem_comp.formula           'C12 H26' 
_chem_comp.formula_weight    170.335 
_chem_comp.id                D12 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              DODECANE 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 C2 D12 sing 83 n n 
C1 H11 D12 sing 84 n n 
C1 H12 D12 sing 85 n n 
C1 H13 D12 sing 86 n n 
C2 C3 D12 sing 87 n n 
C2 H21 D12 sing 88 n n 
C2 H22 D12 sing 89 n n 
C3 C4 D12 sing 90 n n 
C3 H31 D12 sing 91 n n 
C3 H32 D12 sing 92 n n 
C4 C5 D12 sing 93 n n 
C4 H41 D12 sing 94 n n 
C4 H42 D12 sing 95 n n 
C5 C6 D12 sing 96 n n 
C5 H51 D12 sing 97 n n 
C5 H52 D12 sing 98 n n 
C6 C7 D12 sing 99 n n 
C6 H61 D12 sing 100 n n 
C6 H62 D12 sing 101 n n 
C7 C8 D12 sing 102 n n 
C7 H71 D12 sing 103 n n 
C7 H72 D12 sing 104 n n 
C8 C9 D12 sing 105 n n 
C8 H81 D12 sing 106 n n 
C8 H82 D12 sing 107 n n 
C9 C10 D12 sing 108 n n 
C9 H91 D12 sing 109 n n 
C9 H92 D12 sing 110 n n 
C10 C11 D12 sing 111 n n 
C10 H101 D12 sing 112 n n 
C10 H102 D12 sing 113 n n 
C11 C12 D12 sing 114 n n 
C11 H111 D12 sing 115 n n 
C11 H112 D12 sing 116 n n 
C12 H121 D12 sing 117 n n 
C12 H122 D12 sing 118 n n 
C12 H123 D12 sing 119 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     6V3I 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.014718 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.008312 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.007824 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 R2R A 1 401 401 R2R R2R . 
D 3 D12 A 1 402 801 D12 D12 . 
E 4 OCT A 1 403 901 OCT OCT . 
F 5 HEX A 1 404 1101 HEX HEX . 
G 6 K A 1 405 1 K K . 
H 6 K A 1 406 3 K K . 
I 6 K A 1 407 5 K K . 
J 3 D12 A 1 408 2 D12 D12 . 
K 7 LNK A 1 409 2 LNK LNK . 
L 8 CD A 1 410 2 CD CD . 
M 8 CD B 1 401 401 CD CD . 
N 6 K B 1 402 2 K K . 
O 6 K B 1 403 4 K K . 
P 4 OCT B 1 404 1 OCT OCT . 
Q 4 OCT B 1 405 2 OCT OCT . 
R 3 D12 B 1 406 6 D12 D12 . 
S 8 CD B 1 407 3 CD CD . 
T 9 HOH A 1 501 2 HOH HOH . 
U 9 HOH B 1 501 1 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C1 D12 . . . J 3 11.077 -16.89 -6.526 1 160.04 ? C1 D12 408 A 1 
HETATM 2 C C2 D12 . . . J 3 12.319 -17.037 -7.4 1 168.99 ? C2 D12 408 A 1 
HETATM 3 C C3 D12 . . . J 3 12.818 -15.647 -7.784 1 171.65 ? C3 D12 408 A 1 
HETATM 4 C C4 D12 . . . J 3 14.116 -15.785 -8.571 1 153.05 ? C4 D12 408 A 1 
HETATM 5 C C5 D12 . . . J 3 13.954 -16.885 -9.617 1 155.7 ? C5 D12 408 A 1 
HETATM 6 C C6 D12 . . . J 3 15.301 -17.157 -10.282 1 160.56 ? C6 D12 408 A 1 
HETATM 7 C C7 D12 . . . J 3 16.093 -15.857 -10.409 1 148.91 ? C7 D12 408 A 1 
HETATM 8 C C8 D12 . . . J 3 17.124 -15.774 -9.284 1 147.87 ? C8 D12 408 A 1 
HETATM 9 C C9 D12 . . . J 3 18.461 -15.321 -9.86 1 158.08 ? C9 D12 408 A 1 
HETATM 10 C C10 D12 . . . J 3 18.711 -16.068 -11.167 1 148.38 ? C10 D12 408 A 1 
HETATM 11 C C11 D12 . . . J 3 20.011 -15.564 -11.787 1 150.15 ? C11 D12 408 A 1 
HETATM 12 C C12 D12 . . . J 3 21.054 -15.41 -10.685 1 153.43 ? C12 D12 408 A 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              50 
_model_server_stats.parse_time_ms           25 
_model_server_stats.create_model_time_ms    8 
_model_server_stats.query_time_ms           329 
_model_server_stats.encode_time_ms          4 
_model_server_stats.element_count           12 
#