data_6V3K # _model_server_result.job_id 25kFQ6Y-jxj2oyWA0zGcfw _model_server_result.datetime_utc '2024-11-05 05:04:54' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6v3k # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"K","auth_seq_id":500}' # _entry.id 6V3K # _exptl.entry_id 6V3K _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 65.409 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'ZINC ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6V3K _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6V3K _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? dodecameric 12 'complete point assembly' 1 ? hexameric 6 'point asymmetric unit' 2 ? hexameric 6 'point asymmetric unit, std point frame' 3 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K 1 (1-2) A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K 2 1 A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K 3 P # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] P 'transform to point frame' ? ? -0.294768 0.955569 0 -0.955569 -0.294768 0 0 0 1 -100.23044 189.65101 -162.92867 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'point symmetry operation' ? ? -1 0 0 0 -1 0 0 0 1 303.35961 303.3604 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 I N N ? 5 K N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A NE2 HIS 107 A HIS 12 1_555 I ZN ZN . A ZN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.014 ? metalc ? metalc2 A ND1 HIS 111 A HIS 16 1_555 I ZN ZN . A ZN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? metalc ? metalc3 A SG CYS 135 A CYS 40 1_555 I ZN ZN . A ZN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.24 ? metalc ? metalc4 A SG CYS 138 A CYS 43 1_555 I ZN ZN . A ZN 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.232 ? metalc ? metalc5 A OD1 ASP 159 A ASP 64 1_555 G MG MG . A MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.074 ? metalc ? metalc6 A OD2 ASP 159 A ASP 64 1_555 H MG MG . A MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? metalc ? metalc7 A OD2 ASP 211 A ASP 116 1_555 G MG MG . A MG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? metalc ? metalc8 A OE1 GLU 247 A GLU 152 1_555 H MG MG . A MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.057 ? metalc ? metalc9 A OE2 GLU 247 A GLU 152 1_555 H MG MG . A MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? metalc ? metalc10 G MG MG . A MG 301 1_555 J OAE QUW . A QUW 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? metalc ? metalc11 G MG MG . A MG 301 1_555 J NAS QUW . A QUW 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.749 ? metalc ? metalc12 H MG MG . A MG 302 1_555 J OAC QUW . A QUW 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.763 ? metalc ? metalc13 H MG MG . A MG 302 1_555 J OAE QUW . A QUW 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.659 ? metalc ? metalc14 B NE2 HIS 107 B HIS 12 1_555 K ZN ZN . B ZN 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? metalc ? metalc15 B ND1 HIS 111 B HIS 16 1_555 K ZN ZN . B ZN 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.72 ? metalc ? metalc16 B SG CYS 135 B CYS 40 1_555 K ZN ZN . B ZN 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.285 ? metalc ? metalc17 B SG CYS 138 B CYS 43 1_555 K ZN ZN . B ZN 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? hydrog 'DG-DC PAIR' hydrog1 E N2 DG 4 E DG 18 1_555 F O2 DC 24 F DC 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 E N3 DC 5 E DC 19 1_555 F N1 DG 23 F DG 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 E N4 DC 5 E DC 19 1_555 F O6 DG 23 F DG 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 E O2 DC 5 E DC 19 1_555 F N2 DG 23 F DG 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 E N3 DT 6 E DT 20 1_555 F N1 DA 22 F DA 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 E O4 DT 6 E DT 20 1_555 F N6 DA 22 F DA 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 E N1 DA 7 E DA 21 1_555 F N3 DT 21 F DT 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 E N6 DA 7 E DA 21 1_555 F O4 DT 21 F DT 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 E N1 DG 8 E DG 22 1_555 F N3 DC 20 F DC 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 E N2 DG 8 E DG 22 1_555 F O2 DC 20 F DC 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 E O6 DG 8 E DG 22 1_555 F N4 DC 20 F DC 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 E N1 DA 9 E DA 23 1_555 F N3 DT 19 F DT 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 E N6 DA 9 E DA 23 1_555 F O4 DT 19 F DT 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 E N1 DG 10 E DG 24 1_555 F N3 DC 18 F DC 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 E N2 DG 10 E DG 24 1_555 F O2 DC 18 F DC 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 E O6 DG 10 E DG 24 1_555 F N4 DC 18 F DC 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 E N1 DA 11 E DA 25 1_555 F N3 DT 17 F DT 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 E N6 DA 11 E DA 25 1_555 F O4 DT 17 F DT 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 E N3 DT 12 E DT 26 1_555 F N1 DA 16 F DA 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 E O4 DT 12 E DT 26 1_555 F N6 DA 16 F DA 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 E N3 DT 13 E DT 27 1_555 F N1 DA 15 F DA 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 E O4 DT 13 E DT 27 1_555 F N6 DA 15 F DA 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 E N3 DT 14 E DT 28 1_555 F N1 DA 14 F DA 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 E O4 DT 14 E DT 28 1_555 F N6 DA 14 F DA 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 E N3 DT 15 E DT 29 1_555 F N1 DA 13 F DA 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 E O4 DT 15 E DT 29 1_555 F N6 DA 13 F DA 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 E N3 DC 16 E DC 30 1_555 F N1 DG 12 F DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 E N4 DC 16 E DC 30 1_555 F O6 DG 12 F DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 E O2 DC 16 E DC 30 1_555 F N2 DG 12 F DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 E N3 DC 17 E DC 31 1_555 F N1 DG 11 F DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 E N4 DC 17 E DC 31 1_555 F O6 DG 11 F DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 E O2 DC 17 E DC 31 1_555 F N2 DG 11 F DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 E N3 DC 18 E DC 32 1_555 F N1 DG 10 F DG 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 E N4 DC 18 E DC 32 1_555 F O6 DG 10 F DG 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 E O2 DC 18 E DC 32 1_555 F N2 DG 10 F DG 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 E N1 DG 19 E DG 33 1_555 F N3 DC 9 F DC 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 E N2 DG 19 E DG 33 1_555 F O2 DC 9 F DC 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 E O6 DG 19 E DG 33 1_555 F N4 DC 9 F DC 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Zn 2' _chem_comp.formula_weight 65.409 _chem_comp.id ZN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'ZINC ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 6V3K _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 4 MG A 1 301 396 MG MG . H 4 MG A 1 302 397 MG MG . I 5 ZN A 1 303 398 ZN ZN . J 6 QUW A 1 304 401 QUW QUW . K 5 ZN B 1 500 500 ZN ZN . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol ZN _atom_site.label_atom_id ZN _atom_site.label_comp_id ZN _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id K _atom_site.label_entity_id 5 _atom_site.Cartn_x 154.767 _atom_site.Cartn_y 206.641 _atom_site.Cartn_z 142.944 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 111.66 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id ZN _atom_site.auth_comp_id ZN _atom_site.auth_seq_id 500 _atom_site.auth_asym_id B _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 11 _model_server_stats.parse_time_ms 11 _model_server_stats.create_model_time_ms 7 _model_server_stats.query_time_ms 239 _model_server_stats.encode_time_ms 1 _model_server_stats.element_count 1 #