data_6V4O # _model_server_result.job_id h8LcsHdwGkjTOmDewchpjw _model_server_result.datetime_utc '2024-10-20 03:46:28' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6v4o # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"X","auth_seq_id":504}' # _entry.id 6V4O # _exptl.entry_id 6V4O _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 6 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6V4O _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6V4O _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dodecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 12 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 6 R N N ? 6 T N N ? 6 V N N ? 6 X N N # _pdbx_entity_branch.entity_id 4 _pdbx_entity_branch.type oligosaccharide # _pdbx_entity_branch_link.link_id 1 _pdbx_entity_branch_link.details ? _pdbx_entity_branch_link.entity_id 4 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 2 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 NAG _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 NAG _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 C1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 O1 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_1 . _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 O4 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 HO4 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_2 . _pdbx_entity_branch_link.value_order sing # loop_ _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.hetero _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id 4 n M NAG 1 F 1 NAG I 501 NAG 4 n M NAG 2 F 2 NAG I 502 NAG 4 n N NAG 1 J 1 NAG M 501 NAG 4 n N NAG 2 J 2 NAG M 502 NAG 4 n O NAG 1 K 1 NAG N 501 NAG 4 n O NAG 2 K 2 NAG N 502 NAG 4 n P NAG 1 O 1 NAG W 501 NAG 4 n P NAG 2 O 2 NAG W 502 NAG # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 69 I CYS 87 1_555 A SG CYS 402 I CYS 420 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 104 I CYS 122 1_555 A SG CYS 109 I CYS 127 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 164 I CYS 182 1_555 A SG CYS 211 I CYS 229 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf4 A SG CYS 213 I CYS 231 1_555 A SG CYS 218 I CYS 236 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf5 A SG CYS 259 I CYS 277 1_555 A SG CYS 273 I CYS 291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? disulf ? disulf6 A SG CYS 261 I CYS 279 1_555 A SG CYS 271 I CYS 289 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? disulf ? disulf7 A SG CYS 300 I CYS 318 1_555 A SG CYS 319 I CYS 337 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? disulf ? disulf8 A SG CYS 406 I CYS 424 1_555 A SG CYS 429 I CYS 447 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf9 B SG CYS 69 M CYS 87 1_555 B SG CYS 402 M CYS 420 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf10 B SG CYS 104 M CYS 122 1_555 B SG CYS 109 M CYS 127 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf11 B SG CYS 164 M CYS 182 1_555 B SG CYS 211 M CYS 229 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf12 B SG CYS 213 M CYS 231 1_555 B SG CYS 218 M CYS 236 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? disulf ? disulf13 B SG CYS 259 M CYS 277 1_555 B SG CYS 273 M CYS 291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? disulf ? disulf14 B SG CYS 261 M CYS 279 1_555 B SG CYS 271 M CYS 289 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? disulf ? disulf15 B SG CYS 300 M CYS 318 1_555 B SG CYS 319 M CYS 337 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? disulf ? disulf16 B SG CYS 406 M CYS 424 1_555 B SG CYS 429 M CYS 447 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf17 C SG CYS 69 N CYS 87 1_555 C SG CYS 402 N CYS 420 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf18 C SG CYS 104 N CYS 122 1_555 C SG CYS 109 N CYS 127 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf19 C SG CYS 164 N CYS 182 1_555 C SG CYS 211 N CYS 229 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf20 C SG CYS 213 N CYS 231 1_555 C SG CYS 218 N CYS 236 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf21 C SG CYS 259 N CYS 277 1_555 C SG CYS 273 N CYS 291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? disulf ? disulf22 C SG CYS 261 N CYS 279 1_555 C SG CYS 271 N CYS 289 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? disulf ? disulf23 C SG CYS 300 N CYS 318 1_555 C SG CYS 319 N CYS 337 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? disulf ? disulf24 C SG CYS 406 N CYS 424 1_555 C SG CYS 429 N CYS 447 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf25 D SG CYS 69 W CYS 87 1_555 D SG CYS 402 W CYS 420 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf26 D SG CYS 104 W CYS 122 1_555 D SG CYS 109 W CYS 127 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf27 D SG CYS 164 W CYS 182 1_555 D SG CYS 211 W CYS 229 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf28 D SG CYS 213 W CYS 231 1_555 D SG CYS 218 W CYS 236 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf29 D SG CYS 259 W CYS 277 1_555 D SG CYS 273 W CYS 291 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? disulf ? disulf30 D SG CYS 261 W CYS 279 1_555 D SG CYS 271 W CYS 289 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? disulf ? disulf31 D SG CYS 300 W CYS 318 1_555 D SG CYS 319 W CYS 337 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? disulf ? disulf32 D SG CYS 406 W CYS 424 1_555 D SG CYS 429 W CYS 447 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf33 E SG CYS 22 A CYS 22 1_555 E SG CYS 96 A CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? disulf ? disulf34 E SG CYS 157 A CYS 140 1_555 E SG CYS 213 A CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf35 F SG CYS 22 C CYS 22 1_555 F SG CYS 96 C CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? disulf ? disulf36 F SG CYS 157 C CYS 140 1_555 F SG CYS 213 C CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf37 G SG CYS 22 D CYS 22 1_555 G SG CYS 96 D CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? disulf ? disulf38 G SG CYS 157 D CYS 140 1_555 G SG CYS 213 D CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf39 H SG CYS 22 H CYS 22 1_555 H SG CYS 96 H CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? disulf ? disulf40 H SG CYS 157 H CYS 140 1_555 H SG CYS 213 H CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf41 I SG CYS 23 B CYS 23 1_555 I SG CYS 89 B CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf42 I SG CYS 135 B CYS 134 1_555 I SG CYS 195 B CYS 194 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf43 J SG CYS 23 E CYS 23 1_555 J SG CYS 89 E CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf44 J SG CYS 135 E CYS 134 1_555 J SG CYS 195 E CYS 194 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf45 K SG CYS 23 G CYS 23 1_555 K SG CYS 89 G CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf46 K SG CYS 135 G CYS 134 1_555 K SG CYS 195 G CYS 194 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf47 L SG CYS 23 L CYS 23 1_555 L SG CYS 89 L CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf48 L SG CYS 135 L CYS 134 1_555 L SG CYS 195 L CYS 194 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? covale ? covale1 A ND2 ASN 266 I ASN 284 1_555 M C1 NAG . F NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.431 ? covale ? covale2 B ND2 ASN 266 M ASN 284 1_555 N C1 NAG . J NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.43 ? covale ? covale3 C ND2 ASN 266 N ASN 284 1_555 O C1 NAG . K NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.43 ? covale ? covale4 D ND2 ASN 266 W ASN 284 1_555 P C1 NAG . O NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.43 ? covale ? covale5 M O4 NAG . F NAG 1 1_555 M C1 NAG . F NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.374 ? covale ? covale6 N O4 NAG . J NAG 1 1_555 N C1 NAG . J NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.374 ? covale ? covale7 O O4 NAG . K NAG 1 1_555 O C1 NAG . K NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.374 ? covale ? covale8 P O4 NAG . O NAG 1 1_555 P C1 NAG . O NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.374 ? metalc ? metalc1 A O ASP 275 I ASP 293 1_555 R CA CA . I CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.348 ? metalc ? metalc2 A O THR 279 I THR 297 1_555 R CA CA . I CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? metalc ? metalc3 A OD2 ASP 306 I ASP 324 1_555 R CA CA . I CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.354 ? metalc ? metalc4 A O GLY 326 I GLY 344 1_555 R CA CA . I CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc5 A O GLY 328 I GLY 346 1_555 R CA CA . I CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.271 ? metalc ? metalc6 B O ASP 275 M ASP 293 1_555 T CA CA . M CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.352 ? metalc ? metalc7 B O THR 279 M THR 297 1_555 T CA CA . M CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.346 ? metalc ? metalc8 B OD2 ASP 306 M ASP 324 1_555 T CA CA . M CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.354 ? metalc ? metalc9 B O GLY 326 M GLY 344 1_555 T CA CA . M CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? metalc ? metalc10 B O GLY 328 M GLY 346 1_555 T CA CA . M CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? metalc ? metalc11 C O ASP 275 N ASP 293 1_555 V CA CA . N CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.35 ? metalc ? metalc12 C O THR 279 N THR 297 1_555 V CA CA . N CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.356 ? metalc ? metalc13 C OD2 ASP 306 N ASP 324 1_555 V CA CA . N CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.343 ? metalc ? metalc14 C O GLY 326 N GLY 344 1_555 V CA CA . N CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? metalc ? metalc15 C O GLY 328 N GLY 346 1_555 V CA CA . N CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc16 D O ASP 275 W ASP 293 1_555 X CA CA . W CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.348 ? metalc ? metalc17 D O THR 279 W THR 297 1_555 X CA CA . W CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.353 ? metalc ? metalc18 D OD2 ASP 306 W ASP 324 1_555 X CA CA . W CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.344 ? metalc ? metalc19 D O GLY 326 W GLY 344 1_555 X CA CA . W CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc20 D O GLY 328 W GLY 346 1_555 X CA CA . W CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 6V4O _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code Q 5 BMA I 1 503 503 BMA BMA . R 6 CA I 1 504 504 CA CA . S 5 BMA M 1 503 503 BMA BMA . T 6 CA M 1 504 504 CA CA . U 5 BMA N 1 503 503 BMA BMA . V 6 CA N 1 504 504 CA CA . W 5 BMA W 1 503 503 BMA BMA . X 6 CA W 1 504 504 CA CA . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id X _atom_site.label_entity_id 6 _atom_site.Cartn_x 112.599 _atom_site.Cartn_y 102.864 _atom_site.Cartn_z 126.826 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 54.96 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 504 _atom_site.auth_asym_id W _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 16 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 29 _model_server_stats.query_time_ms 313 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 1 #