data_6V4S
#
_model_server_result.job_id            kxE66wZf2pZ5XDQECKNonA 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-03-02 23:44:49' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6v4s 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"W","auth_seq_id":703}' 
#
_entry.id    6V4S 
#
_exptl.entry_id    6V4S 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              22.99 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'SODIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    7 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            6V4S 
_cell.length_a            159.406 
_cell.length_b            337.254 
_cell.length_c            111.812 
_cell.Z_PDB               20 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6V4S 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        18 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 2' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    pentameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      5 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 H N N 
? 3 I N N 
? 3 J N N 
? 3 R N N 
? 3 V N N 
? 3 W N N 
? 3 BA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 275 A CYS 275 1_555 A SG CYS 280 A CYS 280 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.067 ? 
disulf ? disulf2 A SG CYS 371 A CYS 371 1_555 A SG CYS 373 A CYS 373 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.058 ? 
disulf ? disulf3 B SG CYS 275 E CYS 275 1_555 B SG CYS 280 E CYS 280 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.056 ? 
disulf ? disulf4 B SG CYS 371 E CYS 371 1_555 B SG CYS 373 E CYS 373 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.1 ? 
disulf ? disulf5 C SG CYS 275 D CYS 275 1_555 C SG CYS 280 D CYS 280 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.055 ? 
disulf ? disulf6 C SG CYS 371 D CYS 371 1_555 C SG CYS 373 D CYS 373 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
disulf ? disulf7 D SG CYS 275 C CYS 275 1_555 D SG CYS 280 C CYS 280 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? 
disulf ? disulf8 D SG CYS 371 C CYS 371 1_555 D SG CYS 373 C CYS 373 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? 
disulf ? disulf9 E SG CYS 275 B CYS 275 1_555 E SG CYS 280 B CYS 280 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? 
disulf ? disulf10 E SG CYS 371 B CYS 371 1_555 E SG CYS 373 B CYS 373 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? 
metalc ? metalc1 A OE1 GLU 347 A GLU 347 1_555 G CA CA . A CA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.839 ? 
metalc ? metalc2 A OE2 GLU 347 A GLU 347 1_555 G CA CA . A CA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.798 ? 
metalc ? metalc3 A O PRO 434 A PRO 434 1_555 G CA CA . A CA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.624 ? 
metalc ? metalc4 A O PHE 436 A PHE 436 1_555 G CA CA . A CA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.966 ? 
metalc ? metalc5 A OE1 GLU 479 A GLU 479 1_555 F CA CA . A CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? 
metalc ? metalc6 A OE2 GLU 479 A GLU 479 1_555 F CA CA . A CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.224 ? 
metalc ? metalc7 F CA CA . A CA 701 1_555 E OE1 GLU 347 B GLU 347 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? 
metalc ? metalc8 F CA CA . A CA 701 1_555 E OE2 GLU 347 B GLU 347 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.22 ? 
metalc ? metalc9 F CA CA . A CA 701 1_555 E O PRO 434 B PRO 434 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.613 ? 
metalc ? metalc10 F CA CA . A CA 701 1_555 E O PHE 436 B PHE 436 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.689 ? 
metalc ? metalc11 G CA CA . A CA 702 1_555 B OE1 GLU 479 E GLU 479 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.249 ? 
metalc ? metalc12 G CA CA . A CA 702 1_555 B OE2 GLU 479 E GLU 479 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.466 ? 
metalc ? metalc13 H NA NA . A NA 703 1_555 D OE1 GLU 547 C GLU 547 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.193 ? 
metalc ? metalc14 GA O HOH . A HOH 801 1_555 V NA NA . C NA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? 
metalc ? metalc15 B OE1 GLU 347 E GLU 347 1_555 M CA CA . E CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.252 ? 
metalc ? metalc16 B OE2 GLU 347 E GLU 347 1_555 M CA CA . E CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? 
metalc ? metalc17 B O PRO 434 E PRO 434 1_555 M CA CA . E CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.229 ? 
metalc ? metalc18 B O PHE 436 E PHE 436 1_555 M CA CA . E CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? 
metalc ? metalc19 M CA CA . E CA 701 1_555 C OE1 GLU 479 D GLU 479 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.046 ? 
metalc ? metalc20 M CA CA . E CA 701 1_555 C OE2 GLU 479 D GLU 479 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.859 ? 
metalc ? metalc21 HA O HOH . E HOH 801 1_555 V NA NA . C NA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.464 ? 
metalc ? metalc22 C OE1 GLU 347 D GLU 347 1_555 U CA CA . C CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.45 ? 
metalc ? metalc23 C OE2 GLU 347 D GLU 347 1_555 U CA CA . C CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.868 ? 
metalc ? metalc24 C O PRO 434 D PRO 434 1_555 U CA CA . C CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.498 ? 
metalc ? metalc25 C O PHE 436 D PHE 436 1_555 U CA CA . C CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.486 ? 
metalc ? metalc26 IA O HOH . D HOH 801 1_555 V NA NA . C NA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.06 ? 
metalc ? metalc27 D OE1 GLU 347 C GLU 347 1_555 AA CA CA . B CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.19 ? 
metalc ? metalc28 D OE2 GLU 347 C GLU 347 1_555 AA CA CA . B CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.055 ? 
metalc ? metalc29 D O PRO 434 C PRO 434 1_555 AA CA CA . B CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.745 ? 
metalc ? metalc30 D O PHE 436 C PHE 436 1_555 AA CA CA . B CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.655 ? 
metalc ? metalc31 D OE1 GLU 479 C GLU 479 1_555 U CA CA . C CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.152 ? 
metalc ? metalc32 D OE2 GLU 479 C GLU 479 1_555 U CA CA . C CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.887 ? 
metalc ? metalc33 V NA NA . C NA 702 1_555 JA O HOH . C HOH 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.212 ? 
metalc ? metalc34 V NA NA . C NA 702 1_555 KA O HOH . B HOH 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.556 ? 
metalc ? metalc35 E OE1 GLU 479 B GLU 479 1_555 AA CA CA . B CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? 
metalc ? metalc36 E OE2 GLU 479 B GLU 479 1_555 AA CA CA . B CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.015 ? 
#
_chem_comp.formula           'Na 1' 
_chem_comp.formula_weight    22.99 
_chem_comp.id                NA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'SODIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     6V4S 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.006273 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.002965 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.008944 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
F 2 CA A 1 701 2 CA CA . 
G 2 CA A 1 702 3 CA CA . 
H 3 NA A 1 703 8 NA NA . 
I 3 NA A 1 704 10 NA NA . 
J 3 NA A 1 705 13 NA NA . 
K 4 CL A 1 706 2 CL CL . 
L 5 LMT A 1 707 1 LMT LMT . 
M 2 CA E 1 701 7 CA CA . 
N 4 CL E 1 702 3 CL CL . 
O 5 LMT E 1 703 2 LMT LMT . 
P 5 LMT E 1 704 3 LMT LMT . 
Q 5 LMT E 1 705 10 LMT LMT . 
R 3 NA D 1 701 11 NA NA . 
S 4 CL D 1 702 4 CL CL . 
T 5 LMT D 1 703 6 LMT LMT . 
U 2 CA C 1 701 5 CA CA . 
V 3 NA C 1 702 7 NA NA . 
W 3 NA C 1 703 12 NA NA . 
X 4 CL C 1 704 5 CL CL . 
Y 5 LMT C 1 705 4 LMT LMT . 
Z 5 LMT C 1 706 7 LMT LMT . 
AA 2 CA B 1 701 6 CA CA . 
BA 3 NA B 1 702 9 NA NA . 
CA 4 CL B 1 703 1 CL CL . 
DA 5 LMT B 1 704 5 LMT LMT . 
EA 5 LMT B 1 705 8 LMT LMT . 
FA 5 LMT B 1 706 9 LMT LMT . 
GA 6 HOH A 1 801 5 HOH HOH . 
HA 6 HOH E 1 801 4 HOH HOH . 
IA 6 HOH D 1 801 6 HOH HOH . 
JA 6 HOH C 1 801 2 HOH HOH . 
KA 6 HOH B 1 801 3 HOH HOH . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           NA 
_atom_site.label_atom_id         NA 
_atom_site.label_comp_id         NA 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         W 
_atom_site.label_entity_id       3 
_atom_site.Cartn_x               -2.533 
_atom_site.Cartn_y               394.284 
_atom_site.Cartn_z               268.181 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        79.35 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          NA 
_atom_site.auth_comp_id          NA 
_atom_site.auth_seq_id           703 
_atom_site.auth_asym_id          C 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              49 
_model_server_stats.parse_time_ms           17 
_model_server_stats.create_model_time_ms    28 
_model_server_stats.query_time_ms           328 
_model_server_stats.encode_time_ms          18 
_model_server_stats.element_count           1 
#