data_6V4S # _model_server_result.job_id oSSzCAiEH712-mhrGJC0lQ _model_server_result.datetime_utc '2025-03-02 23:30:57' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6v4s # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"P","auth_seq_id":704}' # _entry.id 6V4S # _exptl.entry_id 6V4S _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 510.615 _entity.id 5 _entity.src_method nat _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE _entity.pdbx_number_of_molecules 10 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6V4S _cell.length_a 159.406 _cell.length_b 337.254 _cell.length_c 111.812 _cell.Z_PDB 20 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6V4S _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 18 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details pentameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 5 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 L N N ? 5 O N N ? 5 P N N ? 5 Q N N ? 5 T N N ? 5 Y N N ? 5 Z N N ? 5 DA N N ? 5 EA N N ? 5 FA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 275 A CYS 275 1_555 A SG CYS 280 A CYS 280 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.067 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 371 A CYS 371 1_555 A SG CYS 373 A CYS 373 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.058 ? disulf ? disulf3 B SG CYS 275 E CYS 275 1_555 B SG CYS 280 E CYS 280 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.056 ? disulf ? disulf4 B SG CYS 371 E CYS 371 1_555 B SG CYS 373 E CYS 373 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.1 ? disulf ? disulf5 C SG CYS 275 D CYS 275 1_555 C SG CYS 280 D CYS 280 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.055 ? disulf ? disulf6 C SG CYS 371 D CYS 371 1_555 C SG CYS 373 D CYS 373 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf7 D SG CYS 275 C CYS 275 1_555 D SG CYS 280 C CYS 280 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? disulf ? disulf8 D SG CYS 371 C CYS 371 1_555 D SG CYS 373 C CYS 373 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? disulf ? disulf9 E SG CYS 275 B CYS 275 1_555 E SG CYS 280 B CYS 280 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? disulf ? disulf10 E SG CYS 371 B CYS 371 1_555 E SG CYS 373 B CYS 373 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? metalc ? metalc1 A OE1 GLU 347 A GLU 347 1_555 G CA CA . A CA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.839 ? metalc ? metalc2 A OE2 GLU 347 A GLU 347 1_555 G CA CA . A CA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.798 ? metalc ? metalc3 A O PRO 434 A PRO 434 1_555 G CA CA . A CA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.624 ? metalc ? metalc4 A O PHE 436 A PHE 436 1_555 G CA CA . A CA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.966 ? metalc ? metalc5 A OE1 GLU 479 A GLU 479 1_555 F CA CA . A CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? metalc ? metalc6 A OE2 GLU 479 A GLU 479 1_555 F CA CA . A CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.224 ? metalc ? metalc7 F CA CA . A CA 701 1_555 E OE1 GLU 347 B GLU 347 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? metalc ? metalc8 F CA CA . A CA 701 1_555 E OE2 GLU 347 B GLU 347 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.22 ? metalc ? metalc9 F CA CA . A CA 701 1_555 E O PRO 434 B PRO 434 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.613 ? metalc ? metalc10 F CA CA . A CA 701 1_555 E O PHE 436 B PHE 436 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.689 ? metalc ? metalc11 G CA CA . A CA 702 1_555 B OE1 GLU 479 E GLU 479 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.249 ? metalc ? metalc12 G CA CA . A CA 702 1_555 B OE2 GLU 479 E GLU 479 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.466 ? metalc ? metalc13 H NA NA . A NA 703 1_555 D OE1 GLU 547 C GLU 547 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.193 ? metalc ? metalc14 GA O HOH . A HOH 801 1_555 V NA NA . C NA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? metalc ? metalc15 B OE1 GLU 347 E GLU 347 1_555 M CA CA . E CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.252 ? metalc ? metalc16 B OE2 GLU 347 E GLU 347 1_555 M CA CA . E CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? metalc ? metalc17 B O PRO 434 E PRO 434 1_555 M CA CA . E CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.229 ? metalc ? metalc18 B O PHE 436 E PHE 436 1_555 M CA CA . E CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? metalc ? metalc19 M CA CA . E CA 701 1_555 C OE1 GLU 479 D GLU 479 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.046 ? metalc ? metalc20 M CA CA . E CA 701 1_555 C OE2 GLU 479 D GLU 479 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.859 ? metalc ? metalc21 HA O HOH . E HOH 801 1_555 V NA NA . C NA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.464 ? metalc ? metalc22 C OE1 GLU 347 D GLU 347 1_555 U CA CA . C CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.45 ? metalc ? metalc23 C OE2 GLU 347 D GLU 347 1_555 U CA CA . C CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.868 ? metalc ? metalc24 C O PRO 434 D PRO 434 1_555 U CA CA . C CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.498 ? metalc ? metalc25 C O PHE 436 D PHE 436 1_555 U CA CA . C CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.486 ? metalc ? metalc26 IA O HOH . D HOH 801 1_555 V NA NA . C NA 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.06 ? metalc ? metalc27 D OE1 GLU 347 C GLU 347 1_555 AA CA CA . B CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.19 ? metalc ? metalc28 D OE2 GLU 347 C GLU 347 1_555 AA CA CA . B CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.055 ? metalc ? metalc29 D O PRO 434 C PRO 434 1_555 AA CA CA . B CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.745 ? metalc ? metalc30 D O PHE 436 C PHE 436 1_555 AA CA CA . B CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.655 ? metalc ? metalc31 D OE1 GLU 479 C GLU 479 1_555 U CA CA . C CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.152 ? metalc ? metalc32 D OE2 GLU 479 C GLU 479 1_555 U CA CA . C CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.887 ? metalc ? metalc33 V NA NA . C NA 702 1_555 JA O HOH . C HOH 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.212 ? metalc ? metalc34 V NA NA . C NA 702 1_555 KA O HOH . B HOH 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.556 ? metalc ? metalc35 E OE1 GLU 479 B GLU 479 1_555 AA CA CA . B CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? metalc ? metalc36 E OE2 GLU 479 B GLU 479 1_555 AA CA CA . B CA 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.015 ? # _chem_comp.formula 'C24 H46 O11' _chem_comp.formula_weight 510.615 _chem_comp.id LMT _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE _chem_comp.type d-saccharide _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1B C2B LMT sing 194 n n C1B O1B LMT sing 195 n n C1B O5B LMT sing 196 n n C1B H1B LMT sing 197 n n C2B C3B LMT sing 198 n n C2B O2B LMT sing 199 n n C2B H2B LMT sing 200 n n C3B C4B LMT sing 201 n n C3B O3B LMT sing 202 n n C3B H3B LMT sing 203 n n C4B C5B LMT sing 204 n n C4B O4' LMT sing 205 n n C4B H4B LMT sing 206 n n C5B C6B LMT sing 207 n n C5B O5B LMT sing 208 n n C5B H5B LMT sing 209 n n C6B O6B LMT sing 210 n n C6B "H6'2" LMT sing 211 n n C6B "H6'1" LMT sing 212 n n O1B C4' LMT sing 213 n n O2B H2O1 LMT sing 214 n n O3B H3O1 LMT sing 215 n n O4' H4O1 LMT sing 216 n n O6B H6B LMT sing 217 n n C1' C2' LMT sing 218 n n C1' O1' LMT sing 219 n n C1' O5' LMT sing 220 n n C1' H1' LMT sing 221 n n C2' C3' LMT sing 222 n n C2' O2' LMT sing 223 n n C2' H2' LMT sing 224 n n C3' C4' LMT sing 225 n n C3' O3' LMT sing 226 n n C3' H3' LMT sing 227 n n C4' C5' LMT sing 228 n n C4' H4' LMT sing 229 n n C5' C6' LMT sing 230 n n C5' O5' LMT sing 231 n n C5' H5' LMT sing 232 n n C6' O6' LMT sing 233 n n C6' H6D LMT sing 234 n n C6' H6E LMT sing 235 n n O1' C1 LMT sing 236 n n O2' H2O2 LMT sing 237 n n O3' H3O2 LMT sing 238 n n O6' H6' LMT sing 239 n n C1 C2 LMT sing 240 n n C1 H12 LMT sing 241 n n C1 H11 LMT sing 242 n n C2 C3 LMT sing 243 n n C2 H22 LMT sing 244 n n C2 H21 LMT sing 245 n n C3 C4 LMT sing 246 n n C3 H32 LMT sing 247 n n C3 H31 LMT sing 248 n n C4 C5 LMT sing 249 n n C4 H42 LMT sing 250 n n C4 H41 LMT sing 251 n n C5 C6 LMT sing 252 n n C5 H52 LMT sing 253 n n C5 H51 LMT sing 254 n n C6 C7 LMT sing 255 n n C6 H62 LMT sing 256 n n C6 H61 LMT sing 257 n n C7 C8 LMT sing 258 n n C7 H72 LMT sing 259 n n C7 H71 LMT sing 260 n n C8 C9 LMT sing 261 n n C8 H82 LMT sing 262 n n C8 H81 LMT sing 263 n n C9 C10 LMT sing 264 n n C9 H92 LMT sing 265 n n C9 H91 LMT sing 266 n n C10 C11 LMT sing 267 n n C10 H102 LMT sing 268 n n C10 H101 LMT sing 269 n n C11 C12 LMT sing 270 n n C11 H112 LMT sing 271 n n C11 H111 LMT sing 272 n n C12 H123 LMT sing 273 n n C12 H122 LMT sing 274 n n C12 H121 LMT sing 275 n n # _atom_sites.entry_id 6V4S _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.006273 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.002965 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.008944 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code F 2 CA A 1 701 2 CA CA . G 2 CA A 1 702 3 CA CA . H 3 NA A 1 703 8 NA NA . I 3 NA A 1 704 10 NA NA . J 3 NA A 1 705 13 NA NA . K 4 CL A 1 706 2 CL CL . L 5 LMT A 1 707 1 LMT LMT . M 2 CA E 1 701 7 CA CA . N 4 CL E 1 702 3 CL CL . O 5 LMT E 1 703 2 LMT LMT . P 5 LMT E 1 704 3 LMT LMT . Q 5 LMT E 1 705 10 LMT LMT . R 3 NA D 1 701 11 NA NA . S 4 CL D 1 702 4 CL CL . T 5 LMT D 1 703 6 LMT LMT . U 2 CA C 1 701 5 CA CA . V 3 NA C 1 702 7 NA NA . W 3 NA C 1 703 12 NA NA . X 4 CL C 1 704 5 CL CL . Y 5 LMT C 1 705 4 LMT LMT . Z 5 LMT C 1 706 7 LMT LMT . AA 2 CA B 1 701 6 CA CA . BA 3 NA B 1 702 9 NA NA . CA 4 CL B 1 703 1 CL CL . DA 5 LMT B 1 704 5 LMT LMT . EA 5 LMT B 1 705 8 LMT LMT . FA 5 LMT B 1 706 9 LMT LMT . GA 6 HOH A 1 801 5 HOH HOH . HA 6 HOH E 1 801 4 HOH HOH . IA 6 HOH D 1 801 6 HOH HOH . JA 6 HOH C 1 801 2 HOH HOH . KA 6 HOH B 1 801 3 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1B LMT . . . P 5 -31.154 381.292 249.897 1 227.71 ? C1B LMT 704 E 1 HETATM 2 C C2B LMT . . . P 5 -30.347 380.213 249.164 1 200.42 ? C2B LMT 704 E 1 HETATM 3 C C3B LMT . . . P 5 -29.833 380.608 247.777 1 211.52 ? C3B LMT 704 E 1 HETATM 4 C C4B LMT . . . P 5 -29.553 382.101 247.522 1 201.61 ? C4B LMT 704 E 1 HETATM 5 C C5B LMT . . . P 5 -30.4 383.11 248.317 1 203.19 ? C5B LMT 704 E 1 HETATM 6 C C6B LMT . . . P 5 -31.641 383.557 247.507 1 159.26 ? C6B LMT 704 E 1 HETATM 7 O O1B LMT . . . P 5 -31.035 380.804 251.246 1 254.07 ? O1B LMT 704 E 1 HETATM 8 O O2B LMT . . . P 5 -29.237 379.773 249.98 1 128.88 ? O2B LMT 704 E 1 HETATM 9 O O3B LMT . . . P 5 -30.784 380.142 246.807 1 158.21 ? O3B LMT 704 E 1 HETATM 10 O O4' LMT . . . P 5 -28.17 382.378 247.787 1 196.39 ? O4' LMT 704 E 1 HETATM 11 O O5B LMT . . . P 5 -30.688 382.645 249.67 1 235.78 ? O5B LMT 704 E 1 HETATM 12 O O6B LMT . . . P 5 -31.302 384.329 246.323 1 94.76 ? O6B LMT 704 E 1 HETATM 13 C C1' LMT . . . P 5 -32.872 379.166 253.068 1 227.11 ? C1' LMT 704 E 1 HETATM 14 C C2' LMT . . . P 5 -33.656 380.449 253.346 1 246.31 ? C2' LMT 704 E 1 HETATM 15 C C3' LMT . . . P 5 -33.003 381.578 252.534 1 248.26 ? C3' LMT 704 E 1 HETATM 16 C C4' LMT . . . P 5 -31.47 381.462 252.441 1 242.8 ? C4' LMT 704 E 1 HETATM 17 C C5' LMT . . . P 5 -30.874 380.609 253.583 1 219.37 ? C5' LMT 704 E 1 HETATM 18 C C6' LMT . . . P 5 -30.732 381.417 254.898 1 212.22 ? C6' LMT 704 E 1 HETATM 19 O O1' LMT . . . P 5 -33.589 377.969 253.448 1 197.13 ? O1' LMT 704 E 1 HETATM 20 O O2' LMT . . . P 5 -35.058 380.334 253.05 1 243.4 ? O2' LMT 704 E 1 HETATM 21 O O3' LMT . . . P 5 -33.33 382.839 253.129 1 244.44 ? O3' LMT 704 E 1 HETATM 22 O O5' LMT . . . P 5 -31.615 379.358 253.775 1 232.78 ? O5' LMT 704 E 1 HETATM 23 O O6' LMT . . . P 5 -29.624 382.363 254.938 1 155.65 ? O6' LMT 704 E 1 HETATM 24 C C1 LMT . . . P 5 -34.495 377.369 252.485 1 171.51 ? C1 LMT 704 E 1 HETATM 25 C C2 LMT . . . P 5 -33.794 376.531 251.412 1 139.25 ? C2 LMT 704 E 1 # _model_server_stats.io_time_ms 52 _model_server_stats.parse_time_ms 35 _model_server_stats.create_model_time_ms 36 _model_server_stats.query_time_ms 373 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 25 #