data_6VKN # _model_server_result.job_id HoUWGmsiD06juQIPbC781A _model_server_result.datetime_utc '2025-03-01 20:08:32' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6vkn # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"QB","auth_seq_id":621}' # _entry.id 6VKN # _exptl.entry_id 6VKN _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 221.208 _entity.id 8 _entity.src_method man _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _entity.pdbx_number_of_molecules 39 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dodecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 12 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 8 KA N N ? 8 LA N N ? 8 MA N N ? 8 NA N N ? 8 OA N N ? 8 PA N N ? 8 QA N N ? 8 RA N N ? 8 SA N N ? 8 TA N N ? 8 UA N N ? 8 VA N N ? 8 WA N N ? 8 XA N N ? 8 YA N N ? 8 ZA N N ? 8 AB N N ? 8 BB N N ? 8 CB N N ? 8 DB N N ? 8 EB N N ? 8 FB N N ? 8 GB N N ? 8 HB N N ? 8 IB N N ? 8 JB N N ? 8 KB N N ? 8 LB N N ? 8 MB N N ? 8 NB N N ? 8 OB N N ? 8 PB N N ? 8 QB N N ? 8 RB N N ? 8 SB N N ? 8 TB N N ? 8 UB N N ? 8 VB N N ? 8 WB N N # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 5 oligosaccharide 6 oligosaccharide 7 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.details _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order 1 ? 5 2 1 NAG NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 2 ? 6 2 1 NAG NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 3 ? 6 3 2 BMA NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 4 ? 6 4 3 MAN BMA C1 O1 . O3 HO3 . sing 5 ? 6 5 4 MAN MAN C1 O1 . O2 HO2 . sing 6 ? 6 6 3 MAN BMA C1 O1 . O6 HO6 . sing 7 ? 7 2 1 NAG NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 8 ? 7 3 1 FUC NAG C1 O1 . O6 HO6 . sing # loop_ _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.hetero _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id 5 n M NAG 1 M 1 NAG A 504 NAG 5 n M NAG 2 M 2 NAG A 505 NAG 5 n N NAG 1 N 1 NAG A 507 NAG 5 n N NAG 2 N 2 NAG A 508 NAG 5 n O NAG 1 O 1 NAG A 509 NAG 5 n O NAG 2 O 2 NAG A 510 NAG 5 n P NAG 1 P 1 NAG A 512 NAG 5 n P NAG 2 P 2 NAG A 513 NAG 6 n Q NAG 1 Q 1 NAG A 518 NAG 6 n Q NAG 2 Q 2 NAG A 519 NAG 6 n Q BMA 3 Q 3 BMA A 520 BMA 6 n Q MAN 4 Q 4 MAN A 521 MAN 6 n Q MAN 5 Q 5 MAN A 522 MAN 6 n Q MAN 6 Q 6 MAN A 523 MAN 5 n R NAG 1 R 1 NAG A 525 NAG 5 n R NAG 2 R 2 NAG A 526 NAG 7 n S NAG 1 S 1 NAG B 665 NAG 7 n S NAG 2 S 2 NAG B 666 NAG 7 n S FUC 3 S 3 FUC B 667 FUC 5 n T NAG 1 T 1 NAG B 669 NAG 5 n T NAG 2 T 2 NAG B 670 NAG 5 n U NAG 1 U 1 NAG C 504 NAG 5 n U NAG 2 U 2 NAG C 505 NAG 5 n V NAG 1 V 1 NAG C 507 NAG 5 n V NAG 2 V 2 NAG C 508 NAG 5 n W NAG 1 W 1 NAG C 509 NAG 5 n W NAG 2 W 2 NAG C 510 NAG 5 n X NAG 1 X 1 NAG C 512 NAG 5 n X NAG 2 X 2 NAG C 513 NAG 6 n Y NAG 1 Y 1 NAG C 518 NAG 6 n Y NAG 2 Y 2 NAG C 519 NAG 6 n Y BMA 3 Y 3 BMA C 520 BMA 6 n Y MAN 4 Y 4 MAN C 521 MAN 6 n Y MAN 5 Y 5 MAN C 522 MAN 6 n Y MAN 6 Y 6 MAN C 523 MAN 5 n Z NAG 1 Z 1 NAG C 525 NAG 5 n Z NAG 2 Z 2 NAG C 526 NAG 7 n AA NAG 1 a 1 NAG E 665 NAG 7 n AA NAG 2 a 2 NAG E 666 NAG 7 n AA FUC 3 a 3 FUC E 667 FUC 5 n BA NAG 1 b 1 NAG E 669 NAG 5 n BA NAG 2 b 2 NAG E 670 NAG 5 n CA NAG 1 c 1 NAG D 504 NAG 5 n CA NAG 2 c 2 NAG D 505 NAG 5 n DA NAG 1 d 1 NAG D 507 NAG 5 n DA NAG 2 d 2 NAG D 508 NAG 5 n EA NAG 1 e 1 NAG D 509 NAG 5 n EA NAG 2 e 2 NAG D 510 NAG 5 n FA NAG 1 f 1 NAG D 512 NAG 5 n FA NAG 2 f 2 NAG D 513 NAG 6 n GA NAG 1 g 1 NAG D 518 NAG 6 n GA NAG 2 g 2 NAG D 519 NAG 6 n GA BMA 3 g 3 BMA D 520 BMA 6 n GA MAN 4 g 4 MAN D 521 MAN 6 n GA MAN 5 g 5 MAN D 522 MAN 6 n GA MAN 6 g 6 MAN D 523 MAN 5 n HA NAG 1 h 1 NAG D 525 NAG 5 n HA NAG 2 h 2 NAG D 526 NAG 7 n IA NAG 1 i 1 NAG F 665 NAG 7 n IA NAG 2 i 2 NAG F 666 NAG 7 n IA FUC 3 i 3 FUC F 667 FUC 5 n JA NAG 1 j 1 NAG F 669 NAG 5 n JA NAG 2 j 2 NAG F 670 NAG # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 44 A CYS 74 1_555 B SG CYS 50 B CYS 561 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 89 A CYS 119 1_555 A SG CYS 175 A CYS 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.02 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 96 A CYS 126 1_555 A SG CYS 166 A CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? disulf ? disulf4 A SG CYS 101 A CYS 131 1_555 A SG CYS 119 A CYS 157 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf5 A SG CYS 188 A CYS 218 1_555 A SG CYS 217 A CYS 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf6 A SG CYS 198 A CYS 228 1_555 A SG CYS 209 A CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.147 ? disulf ? disulf7 A SG CYS 266 A CYS 296 1_555 A SG CYS 300 A CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf8 A SG CYS 347 A CYS 378 1_555 A SG CYS 413 A CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.02 ? disulf ? disulf9 A SG CYS 354 A CYS 385 1_555 A SG CYS 386 A CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf10 B SG CYS 87 B CYS 598 1_555 B SG CYS 93 B CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf11 C SG CYS 23 L CYS 23 1_555 C SG CYS 88 L CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? disulf ? disulf12 D SG CYS 22 H CYS 22 1_555 D SG CYS 97 H CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? disulf ? disulf13 E SG CYS 44 C CYS 74 1_555 F SG CYS 50 E CYS 561 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf14 E SG CYS 89 C CYS 119 1_555 E SG CYS 175 C CYS 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.02 ? disulf ? disulf15 E SG CYS 96 C CYS 126 1_555 E SG CYS 166 C CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? disulf ? disulf16 E SG CYS 101 C CYS 131 1_555 E SG CYS 119 C CYS 157 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf17 E SG CYS 188 C CYS 218 1_555 E SG CYS 217 C CYS 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf18 E SG CYS 198 C CYS 228 1_555 E SG CYS 209 C CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.147 ? disulf ? disulf19 E SG CYS 266 C CYS 296 1_555 E SG CYS 300 C CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf20 E SG CYS 347 C CYS 378 1_555 E SG CYS 413 C CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? disulf ? disulf21 E SG CYS 354 C CYS 385 1_555 E SG CYS 386 C CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf22 F SG CYS 87 E CYS 598 1_555 F SG CYS 93 E CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf23 G SG CYS 23 J CYS 23 1_555 G SG CYS 88 J CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? disulf ? disulf24 H SG CYS 22 G CYS 22 1_555 H SG CYS 97 G CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? disulf ? disulf25 I SG CYS 44 D CYS 74 1_555 J SG CYS 50 F CYS 561 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf26 I SG CYS 89 D CYS 119 1_555 I SG CYS 175 D CYS 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.02 ? disulf ? disulf27 I SG CYS 96 D CYS 126 1_555 I SG CYS 166 D CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? disulf ? disulf28 I SG CYS 101 D CYS 131 1_555 I SG CYS 119 D CYS 157 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf29 I SG CYS 188 D CYS 218 1_555 I SG CYS 217 D CYS 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf30 I SG CYS 198 D CYS 228 1_555 I SG CYS 209 D CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.147 ? disulf ? disulf31 I SG CYS 266 D CYS 296 1_555 I SG CYS 300 D CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf32 I SG CYS 347 D CYS 378 1_555 I SG CYS 413 D CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? disulf ? disulf33 I SG CYS 354 D CYS 385 1_555 I SG CYS 386 D CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf34 J SG CYS 87 F CYS 598 1_555 J SG CYS 93 F CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf35 K SG CYS 23 K CYS 23 1_555 K SG CYS 88 K CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? disulf ? disulf36 L SG CYS 22 I CYS 22 1_555 L SG CYS 97 I CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? covale ? covale1 A ND2 ASN 58 A ASN 88 1_555 M C1 NAG . M NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.468 ? covale ? covale2 A ND2 ASN 103 A ASN 133 1_555 TA C1 NAG . A NAG 626 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.466 ? covale ? covale3 A ND2 ASN 118 A ASN 156 1_555 R C1 NAG . R NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.459 ? covale ? covale4 A ND2 ASN 122 A ASN 160 1_555 RA C1 NAG . A NAG 624 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.467 ? covale ? covale5 A ND2 ASN 167 A ASN 197 1_555 SA C1 NAG . A NAG 625 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.475 ? covale ? covale6 A ND2 ASN 204 A ASN 234 1_555 KA C1 NAG . A NAG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.464 ? covale ? covale7 A ND2 ASN 211 A ASN 241 1_555 N C1 NAG . N NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.471 ? covale ? covale8 A ND2 ASN 232 A ASN 262 1_555 Q C1 NAG . Q NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.472 ? covale ? covale9 A ND2 ASN 246 A ASN 276 1_555 O C1 NAG . O NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.485 ? covale ? covale10 A ND2 ASN 259 A ASN 289 1_555 VA C1 NAG . A NAG 628 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.47 ? covale ? covale11 A ND2 ASN 265 A ASN 295 1_555 OA C1 NAG . A NAG 613 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.463 ? covale ? covale12 A ND2 ASN 271 A ASN 301 1_555 QA C1 NAG . A NAG 621 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.468 ? covale ? covale13 A ND2 ASN 301 A ASN 332 1_555 NA C1 NAG . A NAG 612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.468 ? covale ? covale14 A ND2 ASN 308 A ASN 339 1_555 MA C1 NAG . A NAG 611 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.474 ? covale ? covale15 A ND2 ASN 324 A ASN 355 1_555 UA C1 NAG . A NAG 627 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.47 ? covale ? covale16 A ND2 ASN 355 A ASN 386 1_555 P C1 NAG . P NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.467 ? covale ? covale17 A ND2 ASN 361 A ASN 392 1_555 LA C1 NAG . A NAG 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.466 ? covale ? covale18 A ND2 ASN 416 A ASN 448 1_555 PA C1 NAG . A NAG 614 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.461 ? covale ? covale19 B ND2 ASN 100 B ASN 611 1_555 S C1 NAG . S NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.468 ? covale ? covale20 B ND2 ASN 107 B ASN 618 1_555 WA C1 NAG . B NAG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.475 ? covale ? covale21 B ND2 ASN 126 B ASN 637 1_555 T C1 NAG . T NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.463 ? covale ? covale22 E ND2 ASN 58 C ASN 88 1_555 U C1 NAG . U NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.468 ? covale ? covale23 E ND2 ASN 103 C ASN 133 1_555 GB C1 NAG . C NAG 626 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.467 ? covale ? covale24 E ND2 ASN 118 C ASN 156 1_555 Z C1 NAG . Z NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.459 ? covale ? covale25 E ND2 ASN 122 C ASN 160 1_555 EB C1 NAG . C NAG 624 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.467 ? covale ? covale26 E ND2 ASN 167 C ASN 197 1_555 FB C1 NAG . C NAG 625 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.475 ? covale ? covale27 E ND2 ASN 204 C ASN 234 1_555 XA C1 NAG . C NAG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.464 ? covale ? covale28 E ND2 ASN 211 C ASN 241 1_555 V C1 NAG . V NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.471 ? covale ? covale29 E ND2 ASN 232 C ASN 262 1_555 Y C1 NAG . Y NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.472 ? covale ? covale30 E ND2 ASN 246 C ASN 276 1_555 W C1 NAG . W NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.485 ? covale ? covale31 E ND2 ASN 259 C ASN 289 1_555 IB C1 NAG . C NAG 628 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.47 ? covale ? covale32 E ND2 ASN 265 C ASN 295 1_555 BB C1 NAG . C NAG 613 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.463 ? covale ? covale33 E ND2 ASN 271 C ASN 301 1_555 DB C1 NAG . C NAG 621 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.467 ? covale ? covale34 E ND2 ASN 301 C ASN 332 1_555 AB C1 NAG . C NAG 612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.469 ? covale ? covale35 E ND2 ASN 308 C ASN 339 1_555 ZA C1 NAG . C NAG 611 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.474 ? covale ? covale36 E ND2 ASN 324 C ASN 355 1_555 HB C1 NAG . C NAG 627 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.47 ? covale ? covale37 E ND2 ASN 355 C ASN 386 1_555 X C1 NAG . X NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.467 ? covale ? covale38 E ND2 ASN 361 C ASN 392 1_555 YA C1 NAG . C NAG 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.466 ? covale ? covale39 E ND2 ASN 416 C ASN 448 1_555 CB C1 NAG . C NAG 614 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.462 ? covale ? covale40 F ND2 ASN 100 E ASN 611 1_555 AA C1 NAG . a NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.467 ? covale ? covale41 F ND2 ASN 107 E ASN 618 1_555 JB C1 NAG . E NAG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.475 ? covale ? covale42 F ND2 ASN 126 E ASN 637 1_555 BA C1 NAG . b NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.464 ? covale ? covale43 I ND2 ASN 58 D ASN 88 1_555 CA C1 NAG . c NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.467 ? covale ? covale44 I ND2 ASN 103 D ASN 133 1_555 TB C1 NAG . D NAG 626 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.466 ? covale ? covale45 I ND2 ASN 118 D ASN 156 1_555 HA C1 NAG . h NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.459 ? covale ? covale46 I ND2 ASN 122 D ASN 160 1_555 RB C1 NAG . D NAG 624 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.467 ? covale ? covale47 I ND2 ASN 167 D ASN 197 1_555 SB C1 NAG . D NAG 625 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.476 ? covale ? covale48 I ND2 ASN 204 D ASN 234 1_555 KB C1 NAG . D NAG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.463 ? covale ? covale49 I ND2 ASN 211 D ASN 241 1_555 DA C1 NAG . d NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.472 ? covale ? covale50 I ND2 ASN 232 D ASN 262 1_555 GA C1 NAG . g NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.473 ? covale ? covale51 I ND2 ASN 246 D ASN 276 1_555 EA C1 NAG . e NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.485 ? covale ? covale52 I ND2 ASN 259 D ASN 289 1_555 VB C1 NAG . D NAG 628 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.47 ? covale ? covale53 I ND2 ASN 265 D ASN 295 1_555 OB C1 NAG . D NAG 613 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.463 ? covale ? covale54 I ND2 ASN 271 D ASN 301 1_555 QB C1 NAG . D NAG 621 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.467 ? covale ? covale55 I ND2 ASN 301 D ASN 332 1_555 NB C1 NAG . D NAG 612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.469 ? covale ? covale56 I ND2 ASN 308 D ASN 339 1_555 MB C1 NAG . D NAG 611 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.473 ? covale ? covale57 I ND2 ASN 324 D ASN 355 1_555 UB C1 NAG . D NAG 627 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.47 ? covale ? covale58 I ND2 ASN 355 D ASN 386 1_555 FA C1 NAG . f NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.467 ? covale ? covale59 I ND2 ASN 361 D ASN 392 1_555 LB C1 NAG . D NAG 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.466 ? covale ? covale60 I ND2 ASN 416 D ASN 448 1_555 PB C1 NAG . D NAG 614 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.461 ? covale ? covale61 J ND2 ASN 100 F ASN 611 1_555 IA C1 NAG . i NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.469 ? covale ? covale62 J ND2 ASN 107 F ASN 618 1_555 WB C1 NAG . F NAG 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.475 ? covale ? covale63 J ND2 ASN 126 F ASN 637 1_555 JA C1 NAG . j NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.464 ? covale ? covale64 M O4 NAG . M NAG 1 1_555 M C1 NAG . M NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.421 ? covale ? covale65 N O4 NAG . N NAG 1 1_555 N C1 NAG . N NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.412 ? covale ? covale66 O O4 NAG . O NAG 1 1_555 O C1 NAG . O NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.413 ? covale ? covale67 P O4 NAG . P NAG 1 1_555 P C1 NAG . P NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.416 ? covale ? covale68 Q O4 NAG . Q NAG 1 1_555 Q C1 NAG . Q NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.412 ? covale ? covale69 Q O4 NAG . Q NAG 2 1_555 Q C1 BMA . Q BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.472 ? covale ? covale70 Q O3 BMA . Q BMA 3 1_555 Q C1 MAN . Q MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.474 ? covale ? covale71 Q O6 BMA . Q BMA 3 1_555 Q C1 MAN . Q MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.475 ? covale ? covale72 Q O2 MAN . Q MAN 4 1_555 Q C1 MAN . Q MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.485 ? covale ? covale73 R O4 NAG . R NAG 1 1_555 R C1 NAG . R NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.411 ? covale ? covale74 S O4 NAG . S NAG 1 1_555 S C1 NAG . S NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.42 ? covale ? covale75 S O6 NAG . S NAG 1 1_555 S C1 FUC . S FUC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.468 ? covale ? covale76 T O4 NAG . T NAG 1 1_555 T C1 NAG . T NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.413 ? covale ? covale77 U O4 NAG . U NAG 1 1_555 U C1 NAG . U NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.421 ? covale ? covale78 V O4 NAG . V NAG 1 1_555 V C1 NAG . V NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.411 ? covale ? covale79 W O4 NAG . W NAG 1 1_555 W C1 NAG . W NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.413 ? covale ? covale80 X O4 NAG . X NAG 1 1_555 X C1 NAG . X NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.417 ? covale ? covale81 Y O4 NAG . Y NAG 1 1_555 Y C1 NAG . Y NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.412 ? covale ? covale82 Y O4 NAG . Y NAG 2 1_555 Y C1 BMA . Y BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.473 ? covale ? covale83 Y O3 BMA . Y BMA 3 1_555 Y C1 MAN . Y MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.474 ? covale ? covale84 Y O6 BMA . Y BMA 3 1_555 Y C1 MAN . Y MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.476 ? covale ? covale85 Y O2 MAN . Y MAN 4 1_555 Y C1 MAN . Y MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.485 ? covale ? covale86 Z O4 NAG . Z NAG 1 1_555 Z C1 NAG . Z NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.411 ? covale ? covale87 AA O4 NAG . a NAG 1 1_555 AA C1 NAG . a NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.419 ? covale ? covale88 AA O6 NAG . a NAG 1 1_555 AA C1 FUC . a FUC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.468 ? covale ? covale89 BA O4 NAG . b NAG 1 1_555 BA C1 NAG . b NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.414 ? covale ? covale90 CA O4 NAG . c NAG 1 1_555 CA C1 NAG . c NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.421 ? covale ? covale91 DA O4 NAG . d NAG 1 1_555 DA C1 NAG . d NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.411 ? covale ? covale92 EA O4 NAG . e NAG 1 1_555 EA C1 NAG . e NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.413 ? covale ? covale93 FA O4 NAG . f NAG 1 1_555 FA C1 NAG . f NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.417 ? covale ? covale94 GA O4 NAG . g NAG 1 1_555 GA C1 NAG . g NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.412 ? covale ? covale95 GA O4 NAG . g NAG 2 1_555 GA C1 BMA . g BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.473 ? covale ? covale96 GA O3 BMA . g BMA 3 1_555 GA C1 MAN . g MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.474 ? covale ? covale97 GA O6 BMA . g BMA 3 1_555 GA C1 MAN . g MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.475 ? covale ? covale98 GA O2 MAN . g MAN 4 1_555 GA C1 MAN . g MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.484 ? covale ? covale99 HA O4 NAG . h NAG 1 1_555 HA C1 NAG . h NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.41 ? covale ? covale100 IA O4 NAG . i NAG 1 1_555 IA C1 NAG . i NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.419 ? covale ? covale101 IA O6 NAG . i NAG 1 1_555 IA C1 FUC . i FUC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.468 ? covale ? covale102 JA O4 NAG . j NAG 1 1_555 JA C1 NAG . j NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.413 ? # _chem_comp.formula 'C8 H15 N O6' _chem_comp.formula_weight 221.208 _chem_comp.id NAG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _chem_comp.type 'd-saccharide, beta linking' _chem_comp.pdbx_synonyms N-acetyl-beta-D-glucosamine;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose;2-acetamido-2-deoxy-D-glucose;2-acetamido-2-deoxy-glucose;N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 C2 NAG sing 306 n n C1 O1 NAG sing 307 n n C1 O5 NAG sing 308 n n C1 H1 NAG sing 309 n n C2 C3 NAG sing 310 n n C2 N2 NAG sing 311 n n C2 H2 NAG sing 312 n n C3 C4 NAG sing 313 n n C3 O3 NAG sing 314 n n C3 H3 NAG sing 315 n n C4 C5 NAG sing 316 n n C4 O4 NAG sing 317 n n C4 H4 NAG sing 318 n n C5 C6 NAG sing 319 n n C5 O5 NAG sing 320 n n C5 H5 NAG sing 321 n n C6 O6 NAG sing 322 n n C6 H61 NAG sing 323 n n C6 H62 NAG sing 324 n n C7 C8 NAG sing 325 n n C7 N2 NAG sing 326 n n C7 O7 NAG doub 327 n n C8 H81 NAG sing 328 n n C8 H82 NAG sing 329 n n C8 H83 NAG sing 330 n n N2 HN2 NAG sing 331 n n O1 HO1 NAG sing 332 n n O3 HO3 NAG sing 333 n n O4 HO4 NAG sing 334 n n O6 HO6 NAG sing 335 n n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.identifier _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version NAG DGlcpNAcb 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 NAG N-acetyl-b-D-glucopyranosamine 'COMMON NAME' GMML 1 NAG b-D-GlcpNAc 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1 NAG GlcNAc 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 # _atom_sites.entry_id 6VKN _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code KA 8 NAG A 1 603 506 NAG NAG . LA 8 NAG A 1 608 511 NAG NAG . MA 8 NAG A 1 611 514 NAG NAG . NA 8 NAG A 1 612 515 NAG NAG . OA 8 NAG A 1 613 516 NAG NAG . PA 8 NAG A 1 614 517 NAG NAG . QA 8 NAG A 1 621 524 NAG NAG . RA 8 NAG A 1 624 527 NAG NAG . SA 8 NAG A 1 625 528 NAG NAG . TA 8 NAG A 1 626 529 NAG NAG . UA 8 NAG A 1 627 530 NAG NAG . VA 8 NAG A 1 628 531 NAG NAG . WA 8 NAG B 1 704 668 NAG NAG . XA 8 NAG C 1 603 506 NAG NAG . YA 8 NAG C 1 608 511 NAG NAG . ZA 8 NAG C 1 611 514 NAG NAG . AB 8 NAG C 1 612 515 NAG NAG . BB 8 NAG C 1 613 516 NAG NAG . CB 8 NAG C 1 614 517 NAG NAG . DB 8 NAG C 1 621 524 NAG NAG . EB 8 NAG C 1 624 527 NAG NAG . FB 8 NAG C 1 625 528 NAG NAG . GB 8 NAG C 1 626 529 NAG NAG . HB 8 NAG C 1 627 530 NAG NAG . IB 8 NAG C 1 628 531 NAG NAG . JB 8 NAG E 1 704 668 NAG NAG . KB 8 NAG D 1 603 506 NAG NAG . LB 8 NAG D 1 608 511 NAG NAG . MB 8 NAG D 1 611 514 NAG NAG . NB 8 NAG D 1 612 515 NAG NAG . OB 8 NAG D 1 613 516 NAG NAG . PB 8 NAG D 1 614 517 NAG NAG . QB 8 NAG D 1 621 524 NAG NAG . RB 8 NAG D 1 624 527 NAG NAG . SB 8 NAG D 1 625 528 NAG NAG . TB 8 NAG D 1 626 529 NAG NAG . UB 8 NAG D 1 627 530 NAG NAG . VB 8 NAG D 1 628 531 NAG NAG . WB 8 NAG F 1 704 668 NAG NAG . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 NAG . . . QB 8 180.785 128.275 107.273 1 55.53 ? C1 NAG 621 D 1 HETATM 2 C C2 NAG . . . QB 8 181.724 128.081 108.47 1 57.59 ? C2 NAG 621 D 1 HETATM 3 C C3 NAG . . . QB 8 182.605 129.267 108.618 1 62.94 ? C3 NAG 621 D 1 HETATM 4 C C4 NAG . . . QB 8 183.422 129.409 107.343 1 62.05 ? C4 NAG 621 D 1 HETATM 5 C C5 NAG . . . QB 8 182.472 129.601 106.175 1 60.68 ? C5 NAG 621 D 1 HETATM 6 C C6 NAG . . . QB 8 183.246 129.651 104.89 1 63.77 ? C6 NAG 621 D 1 HETATM 7 C C7 NAG . . . QB 8 180.81 126.869 110.408 1 60.11 ? C7 NAG 621 D 1 HETATM 8 C C8 NAG . . . QB 8 181.325 125.551 109.914 1 58.32 ? C8 NAG 621 D 1 HETATM 9 N N2 NAG . . . QB 8 180.969 127.976 109.709 1 56.08 ? N2 NAG 621 D 1 HETATM 10 O O3 NAG . . . QB 8 183.452 129.092 109.78 1 60.95 ? O3 NAG 621 D 1 HETATM 11 O O4 NAG . . . QB 8 184.283 130.53 107.461 1 59.94 ? O4 NAG 621 D 1 HETATM 12 O O5 NAG . . . QB 8 181.604 128.463 106.084 1 57.7 ? O5 NAG 621 D 1 HETATM 13 O O6 NAG . . . QB 8 184.571 130.143 105.029 1 65.6 ? O6 NAG 621 D 1 HETATM 14 O O7 NAG . . . QB 8 180.239 126.942 111.493 1 56.61 ? O7 NAG 621 D 1 # _model_server_stats.io_time_ms 18 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 22 _model_server_stats.query_time_ms 284 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 14 #