data_6VSJ
#
_model_server_result.job_id            qI1K9N_hJLrL9OfipSzGMw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-21 08:44:58' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6vsj 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"P","auth_seq_id":1302}' 
#
_entry.id    6VSJ 
#
_exptl.entry_id    6VSJ 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              221.208 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  man 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose 
_entity.pdbx_number_of_molecules    12 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            6VSJ 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6VSJ 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    hexameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      6 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 G N N 
? 3 H N N 
? 3 I N N 
? 3 J N N 
? 3 K N N 
? 3 L N N 
? 3 M N N 
? 3 N N N 
? 3 O N N 
? 3 P N N 
? 3 Q N N 
? 3 R N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 28 A CYS 21 1_555 A SG CYS 165 A CYS 158 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.017 ? 
disulf ? disulf2 A SG CYS 160 A CYS 153 1_555 A SG CYS 194 A CYS 187 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? 
disulf ? disulf3 A SG CYS 172 A CYS 165 1_555 A SG CYS 253 A CYS 246 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? 
disulf ? disulf4 A SG CYS 291 A CYS 284 1_555 A SG CYS 301 A CYS 294 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? 
disulf ? disulf5 A SG CYS 336 A CYS 329 1_555 A SG CYS 361 A CYS 354 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
disulf ? disulf6 A SG CYS 379 A CYS 372 1_555 A SG CYS 432 A CYS 425 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? 
disulf ? disulf7 A SG CYS 391 A CYS 384 1_555 A SG CYS 571 A CYS 564 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.057 ? 
disulf ? disulf8 A SG CYS 478 A CYS 471 1_555 A SG CYS 514 A CYS 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? 
disulf ? disulf9 A SG CYS 548 A CYS 541 1_555 A SG CYS 554 A CYS 547 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? 
disulf ? disulf10 A SG CYS 587 A CYS 580 1_555 A SG CYS 640 A CYS 633 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? 
disulf ? disulf11 A SG CYS 665 A CYS 658 1_555 A SG CYS 689 A CYS 682 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? 
disulf ? disulf12 A SG CYS 704 A CYS 697 1_555 A SG CYS 713 A CYS 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.02 ? 
disulf ? disulf13 A SG CYS 782 A CYS 775 1_555 A SG CYS 804 A CYS 797 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
disulf ? disulf14 A SG CYS 787 A CYS 780 1_555 A SG CYS 793 A CYS 786 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? 
disulf ? disulf15 A SG CYS 901 A CYS 894 1_555 A SG CYS 912 A CYS 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
disulf ? disulf16 A SG CYS 1089 A CYS 1082 1_555 A SG CYS 1100 A CYS 1093 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? 
disulf ? disulf17 C SG CYS 28 B CYS 21 1_555 C SG CYS 165 B CYS 158 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.018 ? 
disulf ? disulf18 C SG CYS 160 B CYS 153 1_555 C SG CYS 194 B CYS 187 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? 
disulf ? disulf19 C SG CYS 172 B CYS 165 1_555 C SG CYS 253 B CYS 246 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? 
disulf ? disulf20 C SG CYS 291 B CYS 284 1_555 C SG CYS 301 B CYS 294 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? 
disulf ? disulf21 C SG CYS 336 B CYS 329 1_555 C SG CYS 361 B CYS 354 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
disulf ? disulf22 C SG CYS 379 B CYS 372 1_555 C SG CYS 432 B CYS 425 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? 
disulf ? disulf23 C SG CYS 391 B CYS 384 1_555 C SG CYS 571 B CYS 564 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.056 ? 
disulf ? disulf24 C SG CYS 478 B CYS 471 1_555 C SG CYS 514 B CYS 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? 
disulf ? disulf25 C SG CYS 548 B CYS 541 1_555 C SG CYS 554 B CYS 547 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? 
disulf ? disulf26 C SG CYS 587 B CYS 580 1_555 C SG CYS 640 B CYS 633 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? 
disulf ? disulf27 C SG CYS 665 B CYS 658 1_555 C SG CYS 689 B CYS 682 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? 
disulf ? disulf28 C SG CYS 704 B CYS 697 1_555 C SG CYS 713 B CYS 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.02 ? 
disulf ? disulf29 C SG CYS 782 B CYS 775 1_555 C SG CYS 804 B CYS 797 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
disulf ? disulf30 C SG CYS 787 B CYS 780 1_555 C SG CYS 793 B CYS 786 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? 
disulf ? disulf31 C SG CYS 901 B CYS 894 1_555 C SG CYS 912 B CYS 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
disulf ? disulf32 C SG CYS 1089 B CYS 1082 1_555 C SG CYS 1100 B CYS 1093 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? 
disulf ? disulf33 E SG CYS 28 C CYS 21 1_555 E SG CYS 165 C CYS 158 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.017 ? 
disulf ? disulf34 E SG CYS 160 C CYS 153 1_555 E SG CYS 194 C CYS 187 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? 
disulf ? disulf35 E SG CYS 172 C CYS 165 1_555 E SG CYS 253 C CYS 246 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? 
disulf ? disulf36 E SG CYS 291 C CYS 284 1_555 E SG CYS 301 C CYS 294 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? 
disulf ? disulf37 E SG CYS 336 C CYS 329 1_555 E SG CYS 361 C CYS 354 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
disulf ? disulf38 E SG CYS 379 C CYS 372 1_555 E SG CYS 432 C CYS 425 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? 
disulf ? disulf39 E SG CYS 391 C CYS 384 1_555 E SG CYS 571 C CYS 564 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.057 ? 
disulf ? disulf40 E SG CYS 478 C CYS 471 1_555 E SG CYS 514 C CYS 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? 
disulf ? disulf41 E SG CYS 548 C CYS 541 1_555 E SG CYS 554 C CYS 547 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? 
disulf ? disulf42 E SG CYS 587 C CYS 580 1_555 E SG CYS 640 C CYS 633 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? 
disulf ? disulf43 E SG CYS 665 C CYS 658 1_555 E SG CYS 689 C CYS 682 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? 
disulf ? disulf44 E SG CYS 704 C CYS 697 1_555 E SG CYS 713 C CYS 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.02 ? 
disulf ? disulf45 E SG CYS 782 C CYS 775 1_555 E SG CYS 804 C CYS 797 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
disulf ? disulf46 E SG CYS 787 C CYS 780 1_555 E SG CYS 793 C CYS 786 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? 
disulf ? disulf47 E SG CYS 901 C CYS 894 1_555 E SG CYS 912 C CYS 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
disulf ? disulf48 E SG CYS 1089 C CYS 1082 1_555 E SG CYS 1100 C CYS 1093 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? 
covale ? covale1 A ND2 ASN 199 A ASN 192 1_555 G C1 NAG . A NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? 
covale ? covale2 A ND2 ASN 442 A ASN 435 1_555 H C1 NAG . A NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? 
covale ? covale3 B ND2 ASN 55 D ASN 89 1_555 J C1 NAG . D NAG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? 
covale ? covale4 C ND2 ASN 199 B ASN 192 1_555 K C1 NAG . B NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? 
covale ? covale5 C ND2 ASN 442 B ASN 435 1_555 L C1 NAG . B NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? 
covale ? covale6 D ND2 ASN 55 E ASN 89 1_555 N C1 NAG . E NAG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? 
covale ? covale7 E ND2 ASN 199 C ASN 192 1_555 O C1 NAG . C NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? 
covale ? covale8 E ND2 ASN 442 C ASN 435 1_555 P C1 NAG . C NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? 
covale ? covale9 F ND2 ASN 55 F ASN 89 1_555 R C1 NAG . F NAG 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? 
#
_chem_comp.formula           'C8 H15 N O6' 
_chem_comp.formula_weight    221.208 
_chem_comp.id                NAG 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose 
_chem_comp.type              'd-saccharide, beta linking' 
_chem_comp.pdbx_synonyms     N-acetyl-beta-D-glucosamine;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose;2-acetamido-2-deoxy-D-glucose;2-acetamido-2-deoxy-glucose;N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 C2 NAG sing 235 n n 
C1 O1 NAG sing 236 n n 
C1 O5 NAG sing 237 n n 
C1 H1 NAG sing 238 n n 
C2 C3 NAG sing 239 n n 
C2 N2 NAG sing 240 n n 
C2 H2 NAG sing 241 n n 
C3 C4 NAG sing 242 n n 
C3 O3 NAG sing 243 n n 
C3 H3 NAG sing 244 n n 
C4 C5 NAG sing 245 n n 
C4 O4 NAG sing 246 n n 
C4 H4 NAG sing 247 n n 
C5 C6 NAG sing 248 n n 
C5 O5 NAG sing 249 n n 
C5 H5 NAG sing 250 n n 
C6 O6 NAG sing 251 n n 
C6 H61 NAG sing 252 n n 
C6 H62 NAG sing 253 n n 
C7 C8 NAG sing 254 n n 
C7 N2 NAG sing 255 n n 
C7 O7 NAG doub 256 n n 
C8 H81 NAG sing 257 n n 
C8 H82 NAG sing 258 n n 
C8 H83 NAG sing 259 n n 
N2 HN2 NAG sing 260 n n 
O1 HO1 NAG sing 261 n n 
O3 HO3 NAG sing 262 n n 
O4 HO4 NAG sing 263 n n 
O6 HO6 NAG sing 264 n n 
#
loop_
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier
_pdbx_chem_comp_identifier.type
_pdbx_chem_comp_identifier.program
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version
NAG DGlcpNAcb 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 
NAG N-acetyl-b-D-glucopyranosamine 'COMMON NAME' GMML 1 
NAG b-D-GlcpNAc 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1 
NAG GlcNAc 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 
#
_atom_sites.entry_id                     6VSJ 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 3 NAG A 1 1301 1201 NAG NAG . 
H 3 NAG A 1 1302 1202 NAG NAG . 
I 3 NAG A 1 1303 1203 NAG NAG . 
J 3 NAG D 1 301 201 NAG NAG . 
K 3 NAG B 1 1301 1201 NAG NAG . 
L 3 NAG B 1 1302 1202 NAG NAG . 
M 3 NAG B 1 1303 1203 NAG NAG . 
N 3 NAG E 1 301 201 NAG NAG . 
O 3 NAG C 1 1301 1201 NAG NAG . 
P 3 NAG C 1 1302 1202 NAG NAG . 
Q 3 NAG C 1 1303 1203 NAG NAG . 
R 3 NAG F 1 301 201 NAG NAG . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
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