data_6VUI # _model_server_result.job_id Uv0NMZ6spyOgnmtlfWH9mg _model_server_result.datetime_utc '2025-07-03 20:52:13' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6vui # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"C","auth_seq_id":102}' # _entry.id 6VUI # _exptl.entry_id 6VUI _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 54.938 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MANGANESE (II) ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 6VUI _cell.length_a 112.309 _cell.length_b 112.309 _cell.length_c 59.385 _cell.Z_PDB 12 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6VUI _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 182 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 63 2 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 C N N ? 3 D N N ? 3 E N N ? 3 F N N ? 3 G N N ? 3 H N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A N7 G 4 A G 4 1_555 E MN MN . A MN 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.427 ? metalc ? metalc2 A N7 G 8 A G 8 1_555 C MN MN . A MN 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.145 ? metalc ? metalc3 A OP2 A 23 A A 23 1_555 F MN MN . A MN 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.114 ? metalc ? metalc4 A OP2 A 32 A A 32 1_555 D MN MN . A MN 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.873 ? metalc ? metalc5 A OP1 A 32 A A 32 1_555 H MN MN . A MN 107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.722 ? metalc ? metalc6 A N7 G 33 A G 33 1_555 D MN MN . A MN 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.004 ? metalc ? metalc7 A OP2 G 33 A G 33 1_555 H MN MN . A MN 107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? metalc ? metalc8 C MN MN . A MN 102 1_555 I O HOH . A HOH 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.15 ? metalc ? metalc9 C MN MN . A MN 102 1_555 I O HOH . A HOH 208 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.009 ? metalc ? metalc10 C MN MN . A MN 102 1_555 I O HOH . A HOH 209 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.105 ? metalc ? metalc11 C MN MN . A MN 102 1_555 I O HOH . A HOH 211 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.139 ? metalc ? metalc12 C MN MN . A MN 102 1_555 I O HOH . A HOH 220 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.078 ? metalc ? metalc13 D MN MN . A MN 103 1_555 I O HOH . A HOH 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.098 ? metalc ? metalc14 D MN MN . A MN 103 1_555 I O HOH . A HOH 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.143 ? metalc ? metalc15 D MN MN . A MN 103 1_555 I O HOH . A HOH 206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.141 ? metalc ? metalc16 D MN MN . A MN 103 1_555 I O HOH . A HOH 207 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.139 ? metalc ? metalc17 E MN MN . A MN 104 1_555 I O HOH . A HOH 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.16 ? metalc ? metalc18 E MN MN . A MN 104 1_555 I O HOH . A HOH 212 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.056 ? metalc ? metalc19 E MN MN . A MN 104 1_555 I O HOH . A HOH 213 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.164 ? metalc ? metalc20 E MN MN . A MN 104 1_555 I O HOH . A HOH 216 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.365 ? metalc ? metalc21 E MN MN . A MN 104 1_555 I O HOH . A HOH 218 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.111 ? metalc ? metalc22 F MN MN . A MN 105 1_555 I O HOH . A HOH 210 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.344 ? metalc ? metalc23 F MN MN . A MN 105 1_555 I O HOH . A HOH 217 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? metalc ? metalc24 G MN MN . A MN 106 1_555 I O HOH . A HOH 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.01 ? metalc ? metalc25 G MN MN . A MN 106 1_555 I O HOH . A HOH 201 7_556 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.01 ? metalc ? metalc26 G MN MN . A MN 106 1_555 I O HOH . A HOH 219 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.949 ? metalc ? metalc27 G MN MN . A MN 106 1_555 I O HOH . A HOH 219 7_556 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.949 ? metalc ? metalc28 G MN MN . A MN 106 1_555 I O HOH . A HOH 221 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? metalc ? metalc29 G MN MN . A MN 106 1_555 I O HOH . A HOH 221 7_556 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 A N3 C 1 A C 1 1_555 A N1 G 20 A G 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 A N4 C 1 A C 1 1_555 A O6 G 20 A G 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 A O2 C 1 A C 1 1_555 A N2 G 20 A G 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 A N3 U 2 A U 2 1_555 A N1 A 19 A A 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 A O4 U 2 A U 2 1_555 A N6 A 19 A A 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 A N1 G 3 A G 3 1_555 A N3 C 18 A C 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 A N2 G 3 A G 3 1_555 A O2 C 18 A C 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 A O6 G 3 A G 3 1_555 A N4 C 18 A C 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 A N1 G 4 A G 4 1_555 A N3 C 17 A C 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 A N2 G 4 A G 4 1_555 A O2 C 17 A C 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 A O6 G 4 A G 4 1_555 A N4 C 17 A C 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 A N1 G 5 A G 5 1_555 A N3 C 16 A C 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 A N2 G 5 A G 5 1_555 A O2 C 16 A C 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 A O6 G 5 A G 5 1_555 A N4 C 16 A C 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_10_PAIR hydrog15 A N2 G 5 A G 5 1_555 A N1 A 27 A A 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_10_PAIR hydrog16 A N3 G 5 A G 5 1_555 A N6 A 27 A A 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog HOOGSTEEN hydrog17 A N3 U 6 A U 6 1_555 A N7 A 28 A A 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog HOOGSTEEN hydrog18 A O4 U 6 A U 6 1_555 A N6 A 28 A A 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'C-G PAIR' hydrog19 A N4 C 7 A C 7 1_555 A N7 G 11 A G 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'C-A MISPAIR' hydrog20 A O2 C 7 A C 7 1_555 A N6 A 29 A A 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'C-C MISPAIR' hydrog21 A O2 C 7 A C 7 1_555 A N4 C 30 A C 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_10_PAIR hydrog22 A N2 G 8 A G 8 1_555 A N1 A 31 A A 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_10_PAIR hydrog23 A N3 G 8 A G 8 1_555 A N6 A 31 A A 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 A N3 C 9 A C 9 1_555 A N1 G 33 A G 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 A N4 C 9 A C 9 1_555 A O6 G 33 A G 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 A O2 C 9 A C 9 1_555 A N2 G 33 A G 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-A MISPAIR' hydrog27 A N3 A 10 A A 10 1_555 A N6 A 32 A A 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_10_PAIR hydrog28 A N2 G 11 A G 11 1_555 A N1 A 14 A A 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_10_PAIR hydrog29 A N3 G 11 A G 11 1_555 A N6 A 14 A A 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 A N1 G 11 A G 11 1_555 A N3 C 30 A C 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 A N2 G 11 A G 11 1_555 A O2 C 30 A C 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 A O6 G 11 A G 11 1_555 A N4 C 30 A C 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'C-A MISPAIR' hydrog33 A O2 C 16 A C 16 1_555 A N6 A 28 A A 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'C-A MISPAIR' hydrog34 A O2 C 17 A C 17 1_555 A N6 A 26 A A 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Mn 2' _chem_comp.formula_weight 54.938 _chem_comp.id MN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MANGANESE (II) ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 6VUI _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.008904 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.005141 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.010281 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.016839 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 PRF A 1 101 34 PRF PRF . C 3 MN A 1 102 42 MN MN . D 3 MN A 1 103 43 MN MN . E 3 MN A 1 104 44 MN MN . F 3 MN A 1 105 45 MN MN . G 3 MN A 1 106 46 MN MN . H 3 MN A 1 107 48 MN MN . I 4 HOH A 1 201 31 HOH HOH . I 4 HOH A 2 202 16 HOH HOH . I 4 HOH A 3 203 28 HOH HOH . I 4 HOH A 4 204 23 HOH HOH . I 4 HOH A 5 205 13 HOH HOH . I 4 HOH A 6 206 19 HOH HOH . I 4 HOH A 7 207 18 HOH HOH . I 4 HOH A 8 208 10 HOH HOH . I 4 HOH A 9 209 11 HOH HOH . I 4 HOH A 10 210 2 HOH HOH . I 4 HOH A 11 211 22 HOH HOH . I 4 HOH A 12 212 9 HOH HOH . I 4 HOH A 13 213 30 HOH HOH . I 4 HOH A 14 214 32 HOH HOH . I 4 HOH A 15 215 27 HOH HOH . I 4 HOH A 16 216 14 HOH HOH . I 4 HOH A 17 217 1 HOH HOH . I 4 HOH A 18 218 29 HOH HOH . I 4 HOH A 19 219 21 HOH HOH . I 4 HOH A 20 220 17 HOH HOH . I 4 HOH A 21 221 20 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MN _atom_site.label_atom_id MN _atom_site.label_comp_id MN _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id C _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x 42.915 _atom_site.Cartn_y 27.462 _atom_site.Cartn_z 26.674 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 72.58 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MN _atom_site.auth_comp_id MN _atom_site.auth_seq_id 102 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 11 _model_server_stats.parse_time_ms 22 _model_server_stats.create_model_time_ms 5 _model_server_stats.query_time_ms 314 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 1 #