data_6VZQ
#
_model_server_result.job_id            v4xG13KePnmwYZtxDh-92A 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-24 01:47:05' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6vzq 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"U","auth_seq_id":602}' 
#
_entry.id    6VZQ 
#
_exptl.entry_id    6VZQ 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              433.242 
_entity.id                          6 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            '(2~{S})-2-[[[(1~{R})-1-acetamido-4-oxidanyl-4-oxidanylidene-butyl]-phosphonooxy-phosphoryl]methyl]pentanedioic acid' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    3 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90.014 
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_cell.entry_id            6VZQ 
_cell.length_a            75.038 
_cell.length_b            109.491 
_cell.length_c            171.7 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6VZQ 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    'P 2yb' 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? monomeric 1 author_defined_assembly 1 
? monomeric 1 author_defined_assembly 2 
? monomeric 1 author_defined_assembly 3 
? monomeric 1 author_defined_assembly 4 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,E,F,G,H,MA 1 1 
B,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,NA 2 1 
C,T,U,V,W,X,OA 3 1 
D,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,PA 4 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 6 L N N 
? 6 U N N 
? 6 Z N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD2 ASP 296 A ASP 346 1_555 G MG MG . A MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.187 ? 
metalc ? metalc2 A OE1 GLU 309 A GLU 359 1_555 H MG MG . A MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.349 ? 
metalc ? metalc3 A OE2 GLU 309 A GLU 359 1_555 H MG MG . A MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.086 ? 
metalc ? metalc4 A OD1 ASN 311 A ASN 361 1_555 H MG MG . A MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.144 ? 
metalc ? metalc5 E O1B ADP . A ADP 601 1_555 G MG MG . A MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc6 E O1A ADP . A ADP 601 1_555 G MG MG . A MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? 
metalc ? metalc7 E O3B ADP . A ADP 601 1_555 H MG MG . A MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? 
metalc ? metalc8 F O13 RZY . A RZY 602 1_555 G MG MG . A MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.567 ? 
metalc ? metalc9 F O15 RZY . A RZY 602 1_555 G MG MG . A MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.685 ? 
metalc ? metalc10 F O14 RZY . A RZY 602 1_555 H MG MG . A MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.901 ? 
metalc ? metalc11 B OD2 ASP 296 B ASP 346 1_555 M MG MG . B MG 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.36 ? 
metalc ? metalc12 B OE1 GLU 309 B GLU 359 1_555 N MG MG . B MG 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.886 ? 
metalc ? metalc13 B OE2 GLU 309 B GLU 359 1_555 N MG MG . B MG 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.233 ? 
metalc ? metalc14 B OD1 ASN 311 B ASN 361 1_555 N MG MG . B MG 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.249 ? 
metalc ? metalc15 I O3B ADP . B ADP 601 1_555 M MG MG . B MG 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.159 ? 
metalc ? metalc16 I O2A ADP . B ADP 601 1_555 M MG MG . B MG 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.122 ? 
metalc ? metalc17 I O1B ADP . B ADP 601 1_555 N MG MG . B MG 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.885 ? 
metalc ? metalc18 I O3B ADP . B ADP 601 1_555 N MG MG . B MG 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.958 ? 
metalc ? metalc19 L O25 RZP . B RZP 604 1_555 M MG MG . B MG 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.366 ? 
metalc ? metalc20 L O12 RZP . B RZP 604 1_555 N MG MG . B MG 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.609 ? 
metalc ? metalc21 L O26 RZP . B RZP 604 1_555 N MG MG . B MG 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.211 ? 
metalc ? metalc22 C OD2 ASP 296 C ASP 346 1_555 W MG MG . C MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.47 ? 
metalc ? metalc23 C OE2 GLU 309 C GLU 359 1_555 V MG MG . C MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.925 ? 
metalc ? metalc24 T O3B ADP . C ADP 601 1_555 V MG MG . C MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.184 ? 
metalc ? metalc25 T O1B ADP . C ADP 601 1_555 W MG MG . C MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.358 ? 
metalc ? metalc26 T O1A ADP . C ADP 601 1_555 W MG MG . C MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.079 ? 
metalc ? metalc27 U O25 RZP . C RZP 602 1_555 V MG MG . C MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? 
metalc ? metalc28 U O27 RZP . C RZP 602 1_555 W MG MG . C MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.192 ? 
metalc ? metalc29 D OD2 ASP 296 D ASP 346 1_555 AA MG MG . D MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.456 ? 
metalc ? metalc30 D OE1 GLU 309 D GLU 359 1_555 AA MG MG . D MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.166 ? 
metalc ? metalc31 D OE1 GLU 309 D GLU 359 1_555 BA MG MG . D MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.666 ? 
metalc ? metalc32 D OE2 GLU 309 D GLU 359 1_555 BA MG MG . D MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.841 ? 
metalc ? metalc33 Y O1B ADP . D ADP 601 1_555 AA MG MG . D MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.888 ? 
metalc ? metalc34 Y O3B ADP . D ADP 601 1_555 AA MG MG . D MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.182 ? 
metalc ? metalc35 Y O2A ADP . D ADP 601 1_555 AA MG MG . D MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? 
metalc ? metalc36 Y O1B ADP . D ADP 601 1_555 BA MG MG . D MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.383 ? 
metalc ? metalc37 Z O26 RZP . D RZP 602 1_555 AA MG MG . D MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.571 ? 
metalc ? metalc38 Z O27 RZP . D RZP 602 1_555 AA MG MG . D MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.998 ? 
metalc ? metalc39 Z O26 RZP . D RZP 602 1_555 BA MG MG . D MG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.945 ? 
metalc ? metalc40 AA MG MG . D MG 603 1_555 PA O HOH . D HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? 
#
_chem_comp.formula           'C12 H21 N O12 P2' 
_chem_comp.formula_weight    433.242 
_chem_comp.id                RZP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              '(2~{S})-2-[[[(1~{R})-1-acetamido-4-oxidanyl-4-oxidanylidene-butyl]-phosphonooxy-phosphoryl]methyl]pentanedioic acid' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
O13 C11 RZP doub 334 n n 
O12 C11 RZP sing 335 n n 
C11 C10 RZP sing 336 n n 
C10 C9 RZP sing 337 n n 
C9 C5 RZP sing 338 n n 
N4 C5 RZP sing 339 n n 
N4 C1 RZP sing 340 n n 
C3 C1 RZP sing 341 n n 
C5 P6 RZP sing 342 n n 
O26 P24 RZP doub 343 n n 
C1 O2 RZP doub 344 n n 
O8 P6 RZP doub 345 n n 
O7 P6 RZP sing 346 n n 
O7 P24 RZP sing 347 n n 
P6 C14 RZP sing 348 n n 
P24 O25 RZP sing 349 n n 
P24 O27 RZP sing 350 n n 
C14 C15 RZP sing 351 n n 
C15 C19 RZP sing 352 n n 
C15 C16 RZP sing 353 n n 
C19 C20 RZP sing 354 n n 
C16 O18 RZP doub 355 n n 
C16 O17 RZP sing 356 n n 
O22 C21 RZP doub 357 n n 
C20 C21 RZP sing 358 n n 
C21 O23 RZP sing 359 n n 
C5 H1 RZP sing 360 n n 
C20 H2 RZP sing 361 n n 
C20 H3 RZP sing 362 n n 
C19 H4 RZP sing 363 n n 
C19 H5 RZP sing 364 n n 
C9 H6 RZP sing 365 n n 
C9 H7 RZP sing 366 n n 
C14 H8 RZP sing 367 n n 
C14 H9 RZP sing 368 n n 
C15 H10 RZP sing 369 n n 
C10 H11 RZP sing 370 n n 
C10 H12 RZP sing 371 n n 
C3 H13 RZP sing 372 n n 
C3 H14 RZP sing 373 n n 
C3 H15 RZP sing 374 n n 
N4 H16 RZP sing 375 n n 
O12 H17 RZP sing 376 n n 
O17 H18 RZP sing 377 n n 
O23 H19 RZP sing 378 n n 
O25 H20 RZP sing 379 n n 
O27 H21 RZP sing 380 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     6VZQ 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.013327 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.000003 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.009133 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.005824 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 ADP A 1 601 501 ADP ADP . 
F 3 RZY A 1 602 601 RZY 2T4 . 
G 4 MG A 1 603 1 MG MG . 
H 4 MG A 1 604 2 MG MG . 
I 2 ADP B 1 601 501 ADP ADP . 
J 5 GOL B 1 602 701 GOL GOL . 
K 5 GOL B 1 603 801 GOL GOL . 
L 6 RZP B 1 604 901 RZP 2T2 . 
M 4 MG B 1 605 5 MG MG . 
N 4 MG B 1 606 6 MG MG . 
O 5 GOL B 1 607 223 GOL GOL . 
P 5 GOL B 1 608 225 GOL GOL . 
Q 5 GOL B 1 609 226 GOL GOL . 
R 5 GOL B 1 610 232 GOL GOL . 
S 5 GOL B 1 611 233 GOL GOL . 
T 2 ADP C 1 601 501 ADP ADP . 
U 6 RZP C 1 602 601 RZP 2T2 . 
V 4 MG C 1 603 3 MG MG . 
W 4 MG C 1 604 4 MG MG . 
X 5 GOL C 1 605 222 GOL GOL . 
Y 2 ADP D 1 601 501 ADP ADP . 
Z 6 RZP D 1 602 601 RZP 2T2 . 
AA 4 MG D 1 603 7 MG MG . 
BA 4 MG D 1 604 8 MG MG . 
CA 5 GOL D 1 605 221 GOL GOL . 
DA 5 GOL D 1 606 224 GOL GOL . 
EA 5 GOL D 1 607 227 GOL GOL . 
FA 5 GOL D 1 608 230 GOL GOL . 
GA 5 GOL D 1 609 231 GOL GOL . 
HA 5 GOL D 1 610 234 GOL GOL . 
IA 5 GOL D 1 611 235 GOL GOL . 
JA 5 GOL D 1 612 236 GOL GOL . 
KA 5 GOL D 1 613 237 GOL GOL . 
LA 5 GOL D 1 614 238 GOL GOL . 
MA 7 HOH A 1 701 42 HOH HOH . 
MA 7 HOH A 2 702 37 HOH HOH . 
MA 7 HOH A 3 703 39 HOH HOH . 
MA 7 HOH A 4 704 41 HOH HOH . 
MA 7 HOH A 5 705 127 HOH HOH . 
MA 7 HOH A 6 706 75 HOH HOH . 
MA 7 HOH A 7 707 64 HOH HOH . 
NA 7 HOH B 1 701 78 HOH HOH . 
NA 7 HOH B 2 702 104 HOH HOH . 
NA 7 HOH B 3 703 62 HOH HOH . 
NA 7 HOH B 4 704 124 HOH HOH . 
NA 7 HOH B 5 705 18 HOH HOH . 
NA 7 HOH B 6 706 76 HOH HOH . 
NA 7 HOH B 7 707 25 HOH HOH . 
NA 7 HOH B 8 708 17 HOH HOH . 
NA 7 HOH B 9 709 49 HOH HOH . 
NA 7 HOH B 10 710 7 HOH HOH . 
NA 7 HOH B 11 711 111 HOH HOH . 
NA 7 HOH B 12 712 61 HOH HOH . 
NA 7 HOH B 13 713 84 HOH HOH . 
NA 7 HOH B 14 714 79 HOH HOH . 
NA 7 HOH B 15 715 26 HOH HOH . 
NA 7 HOH B 16 716 63 HOH HOH . 
NA 7 HOH B 17 717 77 HOH HOH . 
NA 7 HOH B 18 718 109 HOH HOH . 
NA 7 HOH B 19 719 125 HOH HOH . 
NA 7 HOH B 20 720 114 HOH HOH . 
NA 7 HOH B 21 721 58 HOH HOH . 
NA 7 HOH B 22 722 47 HOH HOH . 
NA 7 HOH B 23 723 126 HOH HOH . 
NA 7 HOH B 24 724 22 HOH HOH . 
NA 7 HOH B 25 725 86 HOH HOH . 
NA 7 HOH B 26 726 80 HOH HOH . 
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NA 7 HOH B 28 728 102 HOH HOH . 
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