data_6W82 # _model_server_result.job_id KyK0WHaF1RAqlHlsa34Aug _model_server_result.datetime_utc '2024-11-23 00:58:48' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6w82 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"F","auth_seq_id":404}' # _entry.id 6W82 # _exptl.entry_id 6W82 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 170.335 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description DODECANE _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6W82 _cell.length_a 67.487 _cell.length_b 122.067 _cell.length_c 126.861 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6W82 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 E N N ? 4 F N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 74 A CYS 93 1_555 B SG CYS 74 B CYS 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? metalc ? metalc1 A O THR 123 A THR 142 1_555 I K K . A K 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.256 ? metalc ? metalc2 A OG1 THR 123 A THR 142 1_555 I K K . A K 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.282 ? metalc ? metalc3 A O THR 123 A THR 142 1_555 J K K . A K 408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.966 ? metalc ? metalc4 A O ILE 124 A ILE 143 1_555 J K K . A K 408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.792 ? metalc ? metalc5 A O THR 232 A THR 251 1_555 I K K . A K 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.739 ? metalc ? metalc6 A OG1 THR 232 A THR 251 1_555 I K K . A K 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.901 ? metalc ? metalc7 A O THR 232 A THR 251 1_555 J K K . A K 408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.936 ? metalc ? metalc8 A O ILE 233 A ILE 252 1_555 J K K . A K 408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.811 ? metalc ? metalc9 A NE2 HIS 294 A HIS 313 1_555 C CD CD . A CD 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.45 ? metalc ? metalc10 I K K . A K 407 1_555 B O THR 123 B THR 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.134 ? metalc ? metalc11 I K K . A K 407 1_555 B OG1 THR 123 B THR 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.988 ? metalc ? metalc12 I K K . A K 407 1_555 B O THR 232 B THR 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.833 ? metalc ? metalc13 I K K . A K 407 1_555 B OG1 THR 232 B THR 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.92 ? metalc ? metalc14 J K K . A K 408 1_555 B O THR 123 B THR 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.938 ? metalc ? metalc15 J K K . A K 408 1_555 B O ILE 124 B ILE 143 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.676 ? metalc ? metalc16 J K K . A K 408 1_555 B O THR 232 B THR 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.257 ? metalc ? metalc17 J K K . A K 408 1_555 B O ILE 233 B ILE 252 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.614 ? # _chem_comp.formula 'C12 H26' _chem_comp.formula_weight 170.335 _chem_comp.id D12 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name DODECANE _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 C2 D12 sing 159 n n C1 H11 D12 sing 160 n n C1 H12 D12 sing 161 n n C1 H13 D12 sing 162 n n C2 C3 D12 sing 163 n n C2 H21 D12 sing 164 n n C2 H22 D12 sing 165 n n C3 C4 D12 sing 166 n n C3 H31 D12 sing 167 n n C3 H32 D12 sing 168 n n C4 C5 D12 sing 169 n n C4 H41 D12 sing 170 n n C4 H42 D12 sing 171 n n C5 C6 D12 sing 172 n n C5 H51 D12 sing 173 n n C5 H52 D12 sing 174 n n C6 C7 D12 sing 175 n n C6 H61 D12 sing 176 n n C6 H62 D12 sing 177 n n C7 C8 D12 sing 178 n n C7 H71 D12 sing 179 n n C7 H72 D12 sing 180 n n C8 C9 D12 sing 181 n n C8 H81 D12 sing 182 n n C8 H82 D12 sing 183 n n C9 C10 D12 sing 184 n n C9 H91 D12 sing 185 n n C9 H92 D12 sing 186 n n C10 C11 D12 sing 187 n n C10 H101 D12 sing 188 n n C10 H102 D12 sing 189 n n C11 C12 D12 sing 190 n n C11 H111 D12 sing 191 n n C11 H112 D12 sing 192 n n C12 H121 D12 sing 193 n n C12 H122 D12 sing 194 n n C12 H123 D12 sing 195 n n # _atom_sites.entry_id 6W82 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.014818 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.008192 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.007883 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 CD A 1 401 1 CD CD . D 3 OCT A 1 402 4 OCT OCT . E 4 D12 A 1 403 1 D12 D12 . F 4 D12 A 1 404 2 D12 D12 . G 5 D10 A 1 405 1 D10 D10 . H 6 B7G A 1 406 1 B7G B7G . I 7 K A 1 407 1 K K . J 7 K A 1 408 2 K K . K 3 OCT B 1 401 3 OCT OCT . L 8 LNK B 1 402 3 LNK LNK . M 9 R16 B 1 403 1 R16 R16 . N 9 R16 B 1 404 2 R16 R16 . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 D12 . . . F 4 12.791 -21.952 -8.362 1 107 ? C1 D12 404 A 1 HETATM 2 C C2 D12 . . . F 4 14.212 -21.399 -8.572 1 120.7 ? C2 D12 404 A 1 HETATM 3 C C3 D12 . . . F 4 14.897 -21.254 -7.226 1 130.65 ? C3 D12 404 A 1 HETATM 4 C C4 D12 . . . F 4 16.099 -20.302 -7.326 1 125.69 ? C4 D12 404 A 1 HETATM 5 C C5 D12 . . . F 4 17.144 -20.825 -8.299 1 123.76 ? C5 D12 404 A 1 HETATM 6 C C6 D12 . . . F 4 18.538 -20.74 -7.651 1 117.1 ? C6 D12 404 A 1 HETATM 7 C C7 D12 . . . F 4 18.962 -19.272 -7.56 1 117.27 ? C7 D12 404 A 1 HETATM 8 C C8 D12 . . . F 4 20.399 -19.182 -7.044 1 113.73 ? C8 D12 404 A 1 HETATM 9 C C9 D12 . . . F 4 21.379 -19.35 -8.203 1 108.83 ? C9 D12 404 A 1 HETATM 10 C C10 D12 . . . F 4 21.75 -17.964 -8.735 1 111.02 ? C10 D12 404 A 1 HETATM 11 C C11 D12 . . . F 4 23.268 -17.876 -8.969 1 116.09 ? C11 D12 404 A 1 HETATM 12 C C12 D12 . . . F 4 23.633 -16.466 -9.381 1 115.14 ? C12 D12 404 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 17 _model_server_stats.parse_time_ms 16 _model_server_stats.create_model_time_ms 18 _model_server_stats.query_time_ms 280 _model_server_stats.encode_time_ms 7 _model_server_stats.element_count 12 #