data_6W83
#
_model_server_result.job_id            Z-fqNEbWPfPktQ6xqsg0gg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-26 13:58:55' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6w83 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"E","auth_seq_id":403}' 
#
_entry.id    6W83 
#
_exptl.entry_id    6W83 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              170.335 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            DODECANE 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            6W83 
_cell.length_a            70.222 
_cell.length_b            121.164 
_cell.length_c            129.426 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6W83 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    dimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      2 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 E N N 
? 3 F N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 74 A CYS 93 1_555 B SG CYS 74 B CYS 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? 
metalc ? metalc1 A O THR 123 A THR 142 1_555 K K K . A K 409 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.856 ? 
metalc ? metalc2 A OG1 THR 123 A THR 142 1_555 K K K . A K 409 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.195 ? 
metalc ? metalc3 A O THR 123 A THR 142 1_555 Q K K . B K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.784 ? 
metalc ? metalc4 A O ILE 124 A ILE 143 1_555 J K K . A K 408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.727 ? 
metalc ? metalc5 A O ILE 124 A ILE 143 1_555 Q K K . B K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.106 ? 
metalc ? metalc6 A O GLY 125 A GLY 144 1_555 I K K . A K 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.921 ? 
metalc ? metalc7 A O GLY 125 A GLY 144 1_555 J K K . A K 408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.624 ? 
metalc ? metalc8 A O PHE 126 A PHE 145 1_555 I K K . A K 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.959 ? 
metalc ? metalc9 A O THR 232 A THR 251 1_555 K K K . A K 409 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.91 ? 
metalc ? metalc10 A OG1 THR 232 A THR 251 1_555 K K K . A K 409 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.213 ? 
metalc ? metalc11 A O THR 232 A THR 251 1_555 Q K K . B K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.981 ? 
metalc ? metalc12 A O ILE 233 A ILE 252 1_555 J K K . A K 408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.934 ? 
metalc ? metalc13 A O ILE 233 A ILE 252 1_555 Q K K . B K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.208 ? 
metalc ? metalc14 A O GLY 234 A GLY 253 1_555 I K K . A K 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.016 ? 
metalc ? metalc15 A O GLY 234 A GLY 253 1_555 J K K . A K 408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.91 ? 
metalc ? metalc16 A O PHE 235 A PHE 254 1_555 I K K . A K 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.148 ? 
metalc ? metalc17 C CD CD . A CD 401 2_554 B NE2 HIS 294 B HIS 313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? 
metalc ? metalc18 I K K . A K 407 1_555 B O GLY 125 B GLY 144 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.071 ? 
metalc ? metalc19 I K K . A K 407 1_555 B O PHE 126 B PHE 145 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.119 ? 
metalc ? metalc20 I K K . A K 407 1_555 B O GLY 234 B GLY 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.055 ? 
metalc ? metalc21 I K K . A K 407 1_555 B O PHE 235 B PHE 254 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.028 ? 
metalc ? metalc22 J K K . A K 408 1_555 B O ILE 124 B ILE 143 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.021 ? 
metalc ? metalc23 J K K . A K 408 1_555 B O GLY 125 B GLY 144 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.033 ? 
metalc ? metalc24 J K K . A K 408 1_555 B O ILE 233 B ILE 252 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.702 ? 
metalc ? metalc25 J K K . A K 408 1_555 B O GLY 234 B GLY 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.809 ? 
metalc ? metalc26 K K K . A K 409 1_555 B O THR 123 B THR 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.962 ? 
metalc ? metalc27 K K K . A K 409 1_555 B OG1 THR 123 B THR 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.417 ? 
metalc ? metalc28 K K K . A K 409 1_555 B O THR 232 B THR 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.687 ? 
metalc ? metalc29 K K K . A K 409 1_555 B OG1 THR 232 B THR 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.034 ? 
metalc ? metalc30 B O THR 123 B THR 142 1_555 Q K K . B K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.932 ? 
metalc ? metalc31 B O ILE 124 B ILE 143 1_555 Q K K . B K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.947 ? 
metalc ? metalc32 B O THR 232 B THR 251 1_555 Q K K . B K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.96 ? 
metalc ? metalc33 B O ILE 233 B ILE 252 1_555 Q K K . B K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.722 ? 
#
_chem_comp.formula           'C12 H26' 
_chem_comp.formula_weight    170.335 
_chem_comp.id                D12 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              DODECANE 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 C2 D12 sing 114 n n 
C1 H11 D12 sing 115 n n 
C1 H12 D12 sing 116 n n 
C1 H13 D12 sing 117 n n 
C2 C3 D12 sing 118 n n 
C2 H21 D12 sing 119 n n 
C2 H22 D12 sing 120 n n 
C3 C4 D12 sing 121 n n 
C3 H31 D12 sing 122 n n 
C3 H32 D12 sing 123 n n 
C4 C5 D12 sing 124 n n 
C4 H41 D12 sing 125 n n 
C4 H42 D12 sing 126 n n 
C5 C6 D12 sing 127 n n 
C5 H51 D12 sing 128 n n 
C5 H52 D12 sing 129 n n 
C6 C7 D12 sing 130 n n 
C6 H61 D12 sing 131 n n 
C6 H62 D12 sing 132 n n 
C7 C8 D12 sing 133 n n 
C7 H71 D12 sing 134 n n 
C7 H72 D12 sing 135 n n 
C8 C9 D12 sing 136 n n 
C8 H81 D12 sing 137 n n 
C8 H82 D12 sing 138 n n 
C9 C10 D12 sing 139 n n 
C9 H91 D12 sing 140 n n 
C9 H92 D12 sing 141 n n 
C10 C11 D12 sing 142 n n 
C10 H101 D12 sing 143 n n 
C10 H102 D12 sing 144 n n 
C11 C12 D12 sing 145 n n 
C11 H111 D12 sing 146 n n 
C11 H112 D12 sing 147 n n 
C12 H121 D12 sing 148 n n 
C12 H122 D12 sing 149 n n 
C12 H123 D12 sing 150 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     6W83 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.014241 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.008253 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.007726 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 CD A 1 401 1 CD CD . 
D 2 CD A 1 402 3 CD CD . 
E 3 D12 A 1 403 1 D12 D12 . 
F 3 D12 A 1 404 2 D12 D12 . 
G 4 OCT A 1 405 1 OCT OCT . 
H 4 OCT A 1 406 3 OCT OCT . 
I 5 K A 1 407 1 K K . 
J 5 K A 1 408 2 K K . 
K 5 K A 1 409 4 K K . 
L 5 K A 1 410 5 K K . 
M 5 K A 1 411 6 K K . 
N 6 R16 A 1 412 1 R16 R16 . 
O 2 CD B 1 401 2 CD CD . 
P 4 OCT B 1 402 2 OCT OCT . 
Q 5 K B 1 403 3 K K . 
R 7 D10 B 1 404 1 D10 D10 . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C1 D12 . . . E 3 9.404 -16.648 -7.607 1 88.3 ? C1 D12 403 A 1 
HETATM 2 C C2 D12 . . . E 3 10.828 -17.212 -7.645 1 94.67 ? C2 D12 403 A 1 
HETATM 3 C C3 D12 . . . E 3 11.726 -16.289 -8.45 1 93.99 ? C3 D12 403 A 1 
HETATM 4 C C4 D12 . . . E 3 13.134 -16.863 -8.433 1 92.09 ? C4 D12 403 A 1 
HETATM 5 C C5 D12 . . . E 3 14.06 -16.045 -9.306 1 90.39 ? C5 D12 403 A 1 
HETATM 6 C C6 D12 . . . E 3 15.43 -16.63 -9.238 1 92.24 ? C6 D12 403 A 1 
HETATM 7 C C7 D12 . . . E 3 16.399 -15.75 -10.043 1 105.46 ? C7 D12 403 A 1 
HETATM 8 C C8 D12 . . . E 3 17.73 -15.635 -9.299 1 113.92 ? C8 D12 403 A 1 
HETATM 9 C C9 D12 . . . E 3 18.939 -15.688 -10.243 1 116.93 ? C9 D12 403 A 1 
HETATM 10 C C10 D12 . . . E 3 20.14 -16.246 -9.477 1 129.26 ? C10 D12 403 A 1 
HETATM 11 C C11 D12 . . . E 3 21.372 -15.462 -9.86 1 131.91 ? C11 D12 403 A 1 
HETATM 12 C C12 D12 . . . E 3 22.48 -15.749 -8.837 1 124.46 ? C12 D12 403 A 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              17 
_model_server_stats.parse_time_ms           13 
_model_server_stats.create_model_time_ms    6 
_model_server_stats.query_time_ms           322 
_model_server_stats.encode_time_ms          2 
_model_server_stats.element_count           12 
#