data_6W84 # _model_server_result.job_id YF6kB0C-AyNPqsPdrjFtxw _model_server_result.datetime_utc '2024-11-04 23:01:46' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6w84 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"M","auth_seq_id":401}' # _entry.id 6W84 # _exptl.entry_id 6W84 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 112.411 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CADMIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 3 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6W84 _cell.length_a 70.627 _cell.length_b 121.287 _cell.length_c 130.034 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6W84 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 C N N ? 2 D N N ? 2 M N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 74 A CYS 93 1_555 B SG CYS 74 B CYS 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? metalc ? metalc1 A O THR 123 A THR 142 1_555 K K K . A K 409 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.823 ? metalc ? metalc2 A O THR 123 A THR 142 1_555 L K K . A K 410 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.862 ? metalc ? metalc3 A OG1 THR 123 A THR 142 1_555 L K K . A K 410 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.139 ? metalc ? metalc4 A O ILE 124 A ILE 143 1_555 J K K . A K 408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.812 ? metalc ? metalc5 A O ILE 124 A ILE 143 1_555 K K K . A K 409 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.921 ? metalc ? metalc6 A O GLY 125 A GLY 144 1_555 I K K . A K 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.086 ? metalc ? metalc7 A O GLY 125 A GLY 144 1_555 J K K . A K 408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.93 ? metalc ? metalc8 A O PHE 126 A PHE 145 1_555 I K K . A K 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.105 ? metalc ? metalc9 A O THR 232 A THR 251 1_555 K K K . A K 409 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.849 ? metalc ? metalc10 A O THR 232 A THR 251 1_555 L K K . A K 410 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.989 ? metalc ? metalc11 A OG1 THR 232 A THR 251 1_555 L K K . A K 410 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.057 ? metalc ? metalc12 A O ILE 233 A ILE 252 1_555 J K K . A K 408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.831 ? metalc ? metalc13 A O ILE 233 A ILE 252 1_555 K K K . A K 409 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.985 ? metalc ? metalc14 A O GLY 234 A GLY 253 1_555 I K K . A K 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.982 ? metalc ? metalc15 A O GLY 234 A GLY 253 1_555 J K K . A K 408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.723 ? metalc ? metalc16 A O PHE 235 A PHE 254 1_555 I K K . A K 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.956 ? metalc ? metalc17 I K K . A K 407 1_555 B O GLY 125 B GLY 144 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.124 ? metalc ? metalc18 I K K . A K 407 1_555 B O PHE 126 B PHE 145 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.205 ? metalc ? metalc19 I K K . A K 407 1_555 B O GLY 234 B GLY 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.95 ? metalc ? metalc20 I K K . A K 407 1_555 B O PHE 235 B PHE 254 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.942 ? metalc ? metalc21 J K K . A K 408 1_555 B O ILE 124 B ILE 143 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.785 ? metalc ? metalc22 J K K . A K 408 1_555 B O GLY 125 B GLY 144 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.985 ? metalc ? metalc23 J K K . A K 408 1_555 B O ILE 233 B ILE 252 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.869 ? metalc ? metalc24 J K K . A K 408 1_555 B O GLY 234 B GLY 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.72 ? metalc ? metalc25 K K K . A K 409 1_555 B O THR 123 B THR 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.824 ? metalc ? metalc26 K K K . A K 409 1_555 B O ILE 124 B ILE 143 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.928 ? metalc ? metalc27 K K K . A K 409 1_555 B O THR 232 B THR 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.121 ? metalc ? metalc28 K K K . A K 409 1_555 B O ILE 233 B ILE 252 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.807 ? metalc ? metalc29 L K K . A K 410 1_555 B O THR 123 B THR 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.994 ? metalc ? metalc30 L K K . A K 410 1_555 B OG1 THR 123 B THR 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.213 ? metalc ? metalc31 L K K . A K 410 1_555 B O THR 232 B THR 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.968 ? metalc ? metalc32 L K K . A K 410 1_555 B OG1 THR 232 B THR 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.212 ? # _chem_comp.formula 'Cd 2' _chem_comp.formula_weight 112.411 _chem_comp.id CD _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CADMIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 6W84 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.014159 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.008245 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.00769 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 CD A 1 401 1 CD CD . D 2 CD A 1 402 3 CD CD . E 3 D12 A 1 403 1 D12 D12 . F 3 D12 A 1 404 2 D12 D12 . G 3 D12 A 1 405 4 D12 D12 . H 4 K A 1 406 1 K K . I 4 K A 1 407 7 K K . J 4 K A 1 408 8 K K . K 4 K A 1 409 9 K K . L 4 K A 1 410 10 K K . M 2 CD B 1 401 2 CD CD . N 3 D12 B 1 402 3 D12 D12 . O 5 OCT B 1 403 1 OCT OCT . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CD _atom_site.label_atom_id CD _atom_site.label_comp_id CD _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id M _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x -0.098 _atom_site.Cartn_y -45.907 _atom_site.Cartn_z -21.426 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 293.46 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CD _atom_site.auth_comp_id CD _atom_site.auth_seq_id 401 _atom_site.auth_asym_id B _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 0 _model_server_stats.parse_time_ms 13 _model_server_stats.create_model_time_ms 6 _model_server_stats.query_time_ms 313 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 1 #