data_6W86 # _model_server_result.job_id 0gpI3PIVIswgBqNJzlR6ww _model_server_result.datetime_utc '2024-11-13 06:12:47' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6w86 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"V","auth_seq_id":410}' # _entry.id 6W86 # _exptl.entry_id 6W86 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 72.149 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description PENTANE _entity.pdbx_number_of_molecules 3 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6W86 _cell.length_a 67.317 _cell.length_b 120.133 _cell.length_c 129.431 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6W86 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 J N N ? 5 U N N ? 5 V N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 74 A CYS 93 1_555 B SG CYS 74 B CYS 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? metalc ? metalc1 A O THR 123 A THR 142 1_555 D K K . A K 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.72 ? metalc ? metalc2 A O THR 123 A THR 142 1_555 G K K . A K 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.754 ? metalc ? metalc3 A OG1 THR 123 A THR 142 1_555 G K K . A K 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.446 ? metalc ? metalc4 A O ILE 124 A ILE 143 1_555 D K K . A K 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.785 ? metalc ? metalc5 A O ILE 124 A ILE 143 1_555 F K K . A K 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.796 ? metalc ? metalc6 A O GLY 125 A GLY 144 1_555 C K K . A K 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.212 ? metalc ? metalc7 A O GLY 125 A GLY 144 1_555 F K K . A K 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.173 ? metalc ? metalc8 A O PHE 126 A PHE 145 1_555 C K K . A K 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.614 ? metalc ? metalc9 A O THR 232 A THR 251 1_555 D K K . A K 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.721 ? metalc ? metalc10 A O THR 232 A THR 251 1_555 G K K . A K 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.706 ? metalc ? metalc11 A OG1 THR 232 A THR 251 1_555 G K K . A K 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.401 ? metalc ? metalc12 A O ILE 233 A ILE 252 1_555 D K K . A K 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.794 ? metalc ? metalc13 A O ILE 233 A ILE 252 1_555 F K K . A K 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.802 ? metalc ? metalc14 A O GLY 234 A GLY 253 1_555 C K K . A K 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.204 ? metalc ? metalc15 A O GLY 234 A GLY 253 1_555 F K K . A K 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.168 ? metalc ? metalc16 A O PHE 235 A PHE 254 1_555 C K K . A K 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.632 ? metalc ? metalc17 A OE1 GLU 290 A GLU 309 1_555 N CD CD . B CD 402 2_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.458 ? metalc ? metalc18 C K K . A K 401 1_555 B O GLY 125 B GLY 144 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.206 ? metalc ? metalc19 C K K . A K 401 1_555 B O PHE 126 B PHE 145 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.623 ? metalc ? metalc20 C K K . A K 401 1_555 B O GLY 234 B GLY 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.192 ? metalc ? metalc21 C K K . A K 401 1_555 B O PHE 235 B PHE 254 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.63 ? metalc ? metalc22 D K K . A K 402 1_555 B O THR 123 B THR 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.723 ? metalc ? metalc23 D K K . A K 402 1_555 B O ILE 124 B ILE 143 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.782 ? metalc ? metalc24 D K K . A K 402 1_555 B O THR 232 B THR 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.734 ? metalc ? metalc25 D K K . A K 402 1_555 B O ILE 233 B ILE 252 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.801 ? metalc ? metalc26 F K K . A K 404 1_555 B O ILE 124 B ILE 143 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.806 ? metalc ? metalc27 F K K . A K 404 1_555 B O GLY 125 B GLY 144 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.162 ? metalc ? metalc28 F K K . A K 404 1_555 B O ILE 233 B ILE 252 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.75 ? metalc ? metalc29 F K K . A K 404 1_555 B O GLY 234 B GLY 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.137 ? metalc ? metalc30 G K K . A K 405 1_555 B O THR 123 B THR 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.732 ? metalc ? metalc31 G K K . A K 405 1_555 B OG1 THR 123 B THR 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.438 ? metalc ? metalc32 G K K . A K 405 1_555 B O THR 232 B THR 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.733 ? metalc ? metalc33 G K K . A K 405 1_555 B OG1 THR 232 B THR 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.424 ? # _chem_comp.formula 'C5 H12' _chem_comp.formula_weight 72.149 _chem_comp.id LNK _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name PENTANE _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 C2 LNK sing 260 n n C1 H11 LNK sing 261 n n C1 H12 LNK sing 262 n n C1 H13 LNK sing 263 n n C2 C3 LNK sing 264 n n C2 H21 LNK sing 265 n n C2 H22 LNK sing 266 n n C3 C4 LNK sing 267 n n C3 H31 LNK sing 268 n n C3 H32 LNK sing 269 n n C4 C5 LNK sing 270 n n C4 H41 LNK sing 271 n n C4 H42 LNK sing 272 n n C5 H51 LNK sing 273 n n C5 H52 LNK sing 274 n n C5 H23 LNK sing 275 n n # _atom_sites.entry_id 6W86 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.014855 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.008324 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.007726 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 K A 1 401 402 K K . D 2 K A 1 402 403 K K . E 3 Q6F A 1 403 406 Q6F Q6F . F 2 K A 1 404 401 K K . G 2 K A 1 405 402 K K . H 4 OCT A 1 406 2 OCT OCT . I 4 OCT A 1 407 4 OCT OCT . J 5 LNK A 1 408 4 LNK LNK . K 6 D12 A 1 409 1 D12 D12 . L 6 D12 A 1 410 2 D12 D12 . M 7 CD B 1 401 404 CD CD . N 7 CD B 1 402 405 CD CD . O 7 CD B 1 403 406 CD CD . P 3 Q6F B 1 404 410 Q6F Q6F . Q 8 R16 B 1 405 1 R16 R16 . R 8 R16 B 1 406 2 R16 R16 . S 4 OCT B 1 407 1 OCT OCT . T 4 OCT B 1 408 3 OCT OCT . U 5 LNK B 1 409 1 LNK LNK . V 5 LNK B 1 410 3 LNK LNK . W 9 D10 B 1 411 1 D10 D10 . X 2 K B 1 412 1 K K . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 LNK . . . V 5 -1.64 -25.725 -2.511 1 103.79 ? C1 LNK 410 B 1 HETATM 2 C C2 LNK . . . V 5 -0.178 -25.953 -2.924 1 103.85 ? C2 LNK 410 B 1 HETATM 3 C C3 LNK . . . V 5 0.546 -24.654 -3.314 1 103.8 ? C3 LNK 410 B 1 HETATM 4 C C4 LNK . . . V 5 1.866 -24.947 -4.043 1 103.79 ? C4 LNK 410 B 1 HETATM 5 C C5 LNK . . . V 5 2.679 -23.669 -4.298 1 103.88 ? C5 LNK 410 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 17 _model_server_stats.parse_time_ms 25 _model_server_stats.create_model_time_ms 7 _model_server_stats.query_time_ms 279 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 5 #