data_6W87 # _model_server_result.job_id YaDSlqB1O9LodOXAC0aNxw _model_server_result.datetime_utc '2024-11-05 10:50:41' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6w87 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"T","auth_seq_id":406}' # _entry.id 6W87 # _exptl.entry_id 6W87 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 170.335 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description DODECANE _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6W87 _cell.length_a 66.944 _cell.length_b 119.48 _cell.length_c 128.393 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6W87 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 I N N ? 4 S N N ? 4 T N N ? 4 U N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 74 A CYS 93 1_555 B SG CYS 74 B CYS 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? metalc ? metalc1 A O THR 123 A THR 142 1_555 D K K . A K 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.737 ? metalc ? metalc2 A O THR 123 A THR 142 1_555 G K K . A K 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.755 ? metalc ? metalc3 A OG1 THR 123 A THR 142 1_555 G K K . A K 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.417 ? metalc ? metalc4 A O ILE 124 A ILE 143 1_555 D K K . A K 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.808 ? metalc ? metalc5 A O ILE 124 A ILE 143 1_555 F K K . A K 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.77 ? metalc ? metalc6 A O GLY 125 A GLY 144 1_555 C K K . A K 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.197 ? metalc ? metalc7 A O GLY 125 A GLY 144 1_555 F K K . A K 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.166 ? metalc ? metalc8 A O PHE 126 A PHE 145 1_555 C K K . A K 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.618 ? metalc ? metalc9 A O THR 232 A THR 251 1_555 D K K . A K 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.71 ? metalc ? metalc10 A O THR 232 A THR 251 1_555 G K K . A K 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.734 ? metalc ? metalc11 A OG1 THR 232 A THR 251 1_555 G K K . A K 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.408 ? metalc ? metalc12 A O ILE 233 A ILE 252 1_555 D K K . A K 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.777 ? metalc ? metalc13 A O ILE 233 A ILE 252 1_555 F K K . A K 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.78 ? metalc ? metalc14 A O GLY 234 A GLY 253 1_555 C K K . A K 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.211 ? metalc ? metalc15 A O GLY 234 A GLY 253 1_555 F K K . A K 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.179 ? metalc ? metalc16 A O PHE 235 A PHE 254 1_555 C K K . A K 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.62 ? metalc ? metalc17 A OE1 GLU 290 A GLU 309 1_555 P CD CD . B CD 402 2_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.548 ? metalc ? metalc18 C K K . A K 401 1_555 B O GLY 125 B GLY 144 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.209 ? metalc ? metalc19 C K K . A K 401 1_555 B O PHE 126 B PHE 145 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.616 ? metalc ? metalc20 C K K . A K 401 1_555 B O GLY 234 B GLY 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.219 ? metalc ? metalc21 C K K . A K 401 1_555 B O PHE 235 B PHE 254 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.624 ? metalc ? metalc22 D K K . A K 402 1_555 B O THR 123 B THR 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.745 ? metalc ? metalc23 D K K . A K 402 1_555 B O ILE 124 B ILE 143 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.799 ? metalc ? metalc24 D K K . A K 402 1_555 B O THR 232 B THR 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.728 ? metalc ? metalc25 D K K . A K 402 1_555 B O ILE 233 B ILE 252 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.791 ? metalc ? metalc26 F K K . A K 404 1_555 B O ILE 124 B ILE 143 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.794 ? metalc ? metalc27 F K K . A K 404 1_555 B O GLY 125 B GLY 144 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.149 ? metalc ? metalc28 F K K . A K 404 1_555 B O ILE 233 B ILE 252 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.762 ? metalc ? metalc29 F K K . A K 404 1_555 B O GLY 234 B GLY 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.162 ? metalc ? metalc30 G K K . A K 405 1_555 B O THR 123 B THR 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.735 ? metalc ? metalc31 G K K . A K 405 1_555 B OG1 THR 123 B THR 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.414 ? metalc ? metalc32 G K K . A K 405 1_555 B O THR 232 B THR 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.732 ? metalc ? metalc33 G K K . A K 405 1_555 B OG1 THR 232 B THR 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.414 ? metalc ? metalc34 B OD2 ASP 109 B ASP 128 1_555 Q CD CD . B CD 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.604 ? metalc ? metalc35 B OE1 GLU 290 B GLU 309 1_555 P CD CD . B CD 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.135 ? metalc ? metalc36 B OE2 GLU 290 B GLU 309 1_555 P CD CD . B CD 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? metalc ? metalc37 B NE2 HIS 294 B HIS 313 1_555 P CD CD . B CD 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.078 ? # _chem_comp.formula 'C12 H26' _chem_comp.formula_weight 170.335 _chem_comp.id D12 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name DODECANE _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 C2 D12 sing 114 n n C1 H11 D12 sing 115 n n C1 H12 D12 sing 116 n n C1 H13 D12 sing 117 n n C2 C3 D12 sing 118 n n C2 H21 D12 sing 119 n n C2 H22 D12 sing 120 n n C3 C4 D12 sing 121 n n C3 H31 D12 sing 122 n n C3 H32 D12 sing 123 n n C4 C5 D12 sing 124 n n C4 H41 D12 sing 125 n n C4 H42 D12 sing 126 n n C5 C6 D12 sing 127 n n C5 H51 D12 sing 128 n n C5 H52 D12 sing 129 n n C6 C7 D12 sing 130 n n C6 H61 D12 sing 131 n n C6 H62 D12 sing 132 n n C7 C8 D12 sing 133 n n C7 H71 D12 sing 134 n n C7 H72 D12 sing 135 n n C8 C9 D12 sing 136 n n C8 H81 D12 sing 137 n n C8 H82 D12 sing 138 n n C9 C10 D12 sing 139 n n C9 H91 D12 sing 140 n n C9 H92 D12 sing 141 n n C10 C11 D12 sing 142 n n C10 H101 D12 sing 143 n n C10 H102 D12 sing 144 n n C11 C12 D12 sing 145 n n C11 H111 D12 sing 146 n n C11 H112 D12 sing 147 n n C12 H121 D12 sing 148 n n C12 H122 D12 sing 149 n n C12 H123 D12 sing 150 n n # _atom_sites.entry_id 6W87 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.014938 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.00837 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.007789 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 K A 1 401 402 K K . D 2 K A 1 402 403 K K . E 3 Q6F A 1 403 406 Q6F Q6F . F 2 K A 1 404 401 K K . G 2 K A 1 405 402 K K . H 2 K A 1 406 1 K K . I 4 D12 A 1 407 3 D12 D12 . J 5 UND A 1 408 1 UND UND . K 6 D10 A 1 409 1 D10 D10 . L 7 OCT A 1 410 1 OCT OCT . M 7 OCT A 1 411 2 OCT OCT . N 8 CD A 1 412 1 CD CD . O 8 CD B 1 401 404 CD CD . P 8 CD B 1 402 405 CD CD . Q 8 CD B 1 403 406 CD CD . R 3 Q6F B 1 404 410 Q6F Q6F . S 4 D12 B 1 405 1 D12 D12 . T 4 D12 B 1 406 2 D12 D12 . U 4 D12 B 1 407 4 D12 D12 . V 9 R16 B 1 408 1 R16 R16 . W 9 R16 B 1 409 2 R16 R16 . X 9 R16 B 1 410 3 R16 R16 . Y 5 UND B 1 411 2 UND UND . Z 5 UND B 1 412 3 UND UND . AA 10 LNK B 1 413 1 LNK LNK . BA 10 LNK B 1 414 2 LNK LNK . CA 10 LNK B 1 415 3 LNK LNK . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 D12 . . . T 4 1.777 -20.12 -51.223 1 127.84 ? C1 D12 406 B 1 HETATM 2 C C2 D12 . . . T 4 0.958 -19.079 -50.438 1 126.34 ? C2 D12 406 B 1 HETATM 3 C C3 D12 . . . T 4 1.48 -17.636 -50.603 1 123.57 ? C3 D12 406 B 1 HETATM 4 C C4 D12 . . . T 4 0.711 -16.602 -49.747 1 120.49 ? C4 D12 406 B 1 HETATM 5 C C5 D12 . . . T 4 1.233 -15.16 -49.919 1 118.25 ? C5 D12 406 B 1 HETATM 6 C C6 D12 . . . T 4 0.902 -14.263 -48.709 1 116.48 ? C6 D12 406 B 1 HETATM 7 C C7 D12 . . . T 4 0.966 -12.78 -49.122 1 113.3 ? C7 D12 406 B 1 HETATM 8 C C8 D12 . . . T 4 0.511 -11.799 -48.023 1 108.67 ? C8 D12 406 B 1 HETATM 9 C C9 D12 . . . T 4 0.529 -10.342 -48.534 1 104.99 ? C9 D12 406 B 1 HETATM 10 C C10 D12 . . . T 4 0.097 -9.333 -47.448 1 103.51 ? C10 D12 406 B 1 HETATM 11 C C11 D12 . . . T 4 -0.42 -8.006 -48.039 1 103.02 ? C11 D12 406 B 1 HETATM 12 C C12 D12 . . . T 4 -0.448 -6.84 -47.034 1 102.59 ? C12 D12 406 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 14 _model_server_stats.parse_time_ms 11 _model_server_stats.create_model_time_ms 5 _model_server_stats.query_time_ms 253 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 12 #