data_6W87
#
_model_server_result.job_id            tN3EfKvAuLUSsvgJw1rGRA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-23 01:05:14' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6w87 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"M","auth_seq_id":411}' 
#
_entry.id    6W87 
#
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_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              114.229 
_entity.id                          7 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            N-OCTANE 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.entry_id            6W87 
_cell.length_a            66.944 
_cell.length_b            119.48 
_cell.length_c            128.393 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6W87 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    dimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      2 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
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_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
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_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 7 L N N 
? 7 M N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 74 A CYS 93 1_555 B SG CYS 74 B CYS 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? 
metalc ? metalc1 A O THR 123 A THR 142 1_555 D K K . A K 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.737 ? 
metalc ? metalc2 A O THR 123 A THR 142 1_555 G K K . A K 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.755 ? 
metalc ? metalc3 A OG1 THR 123 A THR 142 1_555 G K K . A K 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.417 ? 
metalc ? metalc4 A O ILE 124 A ILE 143 1_555 D K K . A K 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.808 ? 
metalc ? metalc5 A O ILE 124 A ILE 143 1_555 F K K . A K 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.77 ? 
metalc ? metalc6 A O GLY 125 A GLY 144 1_555 C K K . A K 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.197 ? 
metalc ? metalc7 A O GLY 125 A GLY 144 1_555 F K K . A K 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.166 ? 
metalc ? metalc8 A O PHE 126 A PHE 145 1_555 C K K . A K 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.618 ? 
metalc ? metalc9 A O THR 232 A THR 251 1_555 D K K . A K 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.71 ? 
metalc ? metalc10 A O THR 232 A THR 251 1_555 G K K . A K 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.734 ? 
metalc ? metalc11 A OG1 THR 232 A THR 251 1_555 G K K . A K 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.408 ? 
metalc ? metalc12 A O ILE 233 A ILE 252 1_555 D K K . A K 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.777 ? 
metalc ? metalc13 A O ILE 233 A ILE 252 1_555 F K K . A K 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.78 ? 
metalc ? metalc14 A O GLY 234 A GLY 253 1_555 C K K . A K 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.211 ? 
metalc ? metalc15 A O GLY 234 A GLY 253 1_555 F K K . A K 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.179 ? 
metalc ? metalc16 A O PHE 235 A PHE 254 1_555 C K K . A K 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.62 ? 
metalc ? metalc17 A OE1 GLU 290 A GLU 309 1_555 P CD CD . B CD 402 2_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.548 ? 
metalc ? metalc18 C K K . A K 401 1_555 B O GLY 125 B GLY 144 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.209 ? 
metalc ? metalc19 C K K . A K 401 1_555 B O PHE 126 B PHE 145 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.616 ? 
metalc ? metalc20 C K K . A K 401 1_555 B O GLY 234 B GLY 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.219 ? 
metalc ? metalc21 C K K . A K 401 1_555 B O PHE 235 B PHE 254 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.624 ? 
metalc ? metalc22 D K K . A K 402 1_555 B O THR 123 B THR 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.745 ? 
metalc ? metalc23 D K K . A K 402 1_555 B O ILE 124 B ILE 143 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.799 ? 
metalc ? metalc24 D K K . A K 402 1_555 B O THR 232 B THR 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.728 ? 
metalc ? metalc25 D K K . A K 402 1_555 B O ILE 233 B ILE 252 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.791 ? 
metalc ? metalc26 F K K . A K 404 1_555 B O ILE 124 B ILE 143 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.794 ? 
metalc ? metalc27 F K K . A K 404 1_555 B O GLY 125 B GLY 144 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.149 ? 
metalc ? metalc28 F K K . A K 404 1_555 B O ILE 233 B ILE 252 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.762 ? 
metalc ? metalc29 F K K . A K 404 1_555 B O GLY 234 B GLY 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.162 ? 
metalc ? metalc30 G K K . A K 405 1_555 B O THR 123 B THR 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.735 ? 
metalc ? metalc31 G K K . A K 405 1_555 B OG1 THR 123 B THR 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.414 ? 
metalc ? metalc32 G K K . A K 405 1_555 B O THR 232 B THR 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.732 ? 
metalc ? metalc33 G K K . A K 405 1_555 B OG1 THR 232 B THR 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.414 ? 
metalc ? metalc34 B OD2 ASP 109 B ASP 128 1_555 Q CD CD . B CD 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.604 ? 
metalc ? metalc35 B OE1 GLU 290 B GLU 309 1_555 P CD CD . B CD 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.135 ? 
metalc ? metalc36 B OE2 GLU 290 B GLU 309 1_555 P CD CD . B CD 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? 
metalc ? metalc37 B NE2 HIS 294 B HIS 313 1_555 P CD CD . B CD 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.078 ? 
#
_chem_comp.formula           'C8 H18' 
_chem_comp.formula_weight    114.229 
_chem_comp.id                OCT 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              N-OCTANE 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 C2 OCT sing 319 n n 
C1 H11 OCT sing 320 n n 
C1 H12 OCT sing 321 n n 
C1 H13 OCT sing 322 n n 
C2 C3 OCT sing 323 n n 
C2 H21 OCT sing 324 n n 
C2 H22 OCT sing 325 n n 
C3 C4 OCT sing 326 n n 
C3 H31 OCT sing 327 n n 
C3 H32 OCT sing 328 n n 
C4 C5 OCT sing 329 n n 
C4 H41 OCT sing 330 n n 
C4 H42 OCT sing 331 n n 
C5 C6 OCT sing 332 n n 
C5 H51 OCT sing 333 n n 
C5 H52 OCT sing 334 n n 
C6 C7 OCT sing 335 n n 
C6 H61 OCT sing 336 n n 
C6 H62 OCT sing 337 n n 
C7 C8 OCT sing 338 n n 
C7 H71 OCT sing 339 n n 
C7 H72 OCT sing 340 n n 
C8 H81 OCT sing 341 n n 
C8 H82 OCT sing 342 n n 
C8 H83 OCT sing 343 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     6W87 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.014938 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.00837 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.007789 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 K A 1 401 402 K K . 
D 2 K A 1 402 403 K K . 
E 3 Q6F A 1 403 406 Q6F Q6F . 
F 2 K A 1 404 401 K K . 
G 2 K A 1 405 402 K K . 
H 2 K A 1 406 1 K K . 
I 4 D12 A 1 407 3 D12 D12 . 
J 5 UND A 1 408 1 UND UND . 
K 6 D10 A 1 409 1 D10 D10 . 
L 7 OCT A 1 410 1 OCT OCT . 
M 7 OCT A 1 411 2 OCT OCT . 
N 8 CD A 1 412 1 CD CD . 
O 8 CD B 1 401 404 CD CD . 
P 8 CD B 1 402 405 CD CD . 
Q 8 CD B 1 403 406 CD CD . 
R 3 Q6F B 1 404 410 Q6F Q6F . 
S 4 D12 B 1 405 1 D12 D12 . 
T 4 D12 B 1 406 2 D12 D12 . 
U 4 D12 B 1 407 4 D12 D12 . 
V 9 R16 B 1 408 1 R16 R16 . 
W 9 R16 B 1 409 2 R16 R16 . 
X 9 R16 B 1 410 3 R16 R16 . 
Y 5 UND B 1 411 2 UND UND . 
Z 5 UND B 1 412 3 UND UND . 
AA 10 LNK B 1 413 1 LNK LNK . 
BA 10 LNK B 1 414 2 LNK LNK . 
CA 10 LNK B 1 415 3 LNK LNK . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C1 OCT . . . M 7 30.801 -24.794 -29.995 1 138.48 ? C1 OCT 411 A 1 
HETATM 2 C C2 OCT . . . M 7 30.632 -25.334 -28.566 1 138.06 ? C2 OCT 411 A 1 
HETATM 3 C C3 OCT . . . M 7 31.976 -25.654 -27.895 1 136.41 ? C3 OCT 411 A 1 
HETATM 4 C C4 OCT . . . M 7 32.462 -24.566 -26.922 1 134.59 ? C4 OCT 411 A 1 
HETATM 5 C C5 OCT . . . M 7 32.604 -23.214 -27.632 1 133.22 ? C5 OCT 411 A 1 
HETATM 6 C C6 OCT . . . M 7 33.405 -22.194 -26.824 1 132.22 ? C6 OCT 411 A 1 
HETATM 7 C C7 OCT . . . M 7 33.172 -20.801 -27.415 1 131.14 ? C7 OCT 411 A 1 
HETATM 8 C C8 OCT . . . M 7 34.497 -20.082 -27.689 1 130.13 ? C8 OCT 411 A 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              22 
_model_server_stats.parse_time_ms           23 
_model_server_stats.create_model_time_ms    41 
_model_server_stats.query_time_ms           309 
_model_server_stats.encode_time_ms          3 
_model_server_stats.element_count           8 
#