data_6W88
#
_model_server_result.job_id            0_elxsyc-SuqVkk94S88eg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-23 00:41:15' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6w88 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"X","auth_seq_id":408}' 
#
_entry.id    6W88 
#
_exptl.entry_id    6W88 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              114.229 
_entity.id                          7 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            N-OCTANE 
_entity.pdbx_number_of_molecules    3 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            6W88 
_cell.length_a            67.006 
_cell.length_b            119.996 
_cell.length_c            128.794 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6W88 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    dimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      2 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 7 I N N 
? 7 X N N 
? 7 Y N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 74 A CYS 93 1_555 B SG CYS 74 B CYS 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? 
metalc ? metalc1 A O THR 123 A THR 142 1_555 M K K . A K 411 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.034 ? 
metalc ? metalc2 A O THR 123 A THR 142 1_555 N K K . A K 412 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.969 ? 
metalc ? metalc3 A OG1 THR 123 A THR 142 1_555 N K K . A K 412 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.344 ? 
metalc ? metalc4 A O ILE 124 A ILE 143 1_555 M K K . A K 411 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.081 ? 
metalc ? metalc5 A O ILE 124 A ILE 143 1_555 BA K K . B K 412 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.041 ? 
metalc ? metalc6 A O GLY 125 A GLY 144 1_555 L K K . A K 410 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.203 ? 
metalc ? metalc7 A O GLY 125 A GLY 144 1_555 BA K K . B K 412 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.765 ? 
metalc ? metalc8 A O PHE 126 A PHE 145 1_555 L K K . A K 410 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.756 ? 
metalc ? metalc9 A O THR 232 A THR 251 1_555 M K K . A K 411 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.778 ? 
metalc ? metalc10 A O THR 232 A THR 251 1_555 N K K . A K 412 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.947 ? 
metalc ? metalc11 A OG1 THR 232 A THR 251 1_555 N K K . A K 412 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.932 ? 
metalc ? metalc12 A O ILE 233 A ILE 252 1_555 M K K . A K 411 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.803 ? 
metalc ? metalc13 A O ILE 233 A ILE 252 1_555 BA K K . B K 412 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.017 ? 
metalc ? metalc14 A O GLY 234 A GLY 253 1_555 L K K . A K 410 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.259 ? 
metalc ? metalc15 A O GLY 234 A GLY 253 1_555 BA K K . B K 412 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.943 ? 
metalc ? metalc16 A O PHE 235 A PHE 254 1_555 L K K . A K 410 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.769 ? 
metalc ? metalc17 A OE1 GLU 290 A GLU 309 1_555 R CD CD . B CD 402 2_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.519 ? 
metalc ? metalc18 L K K . A K 410 1_555 B O GLY 125 B GLY 144 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.243 ? 
metalc ? metalc19 L K K . A K 410 1_555 B O PHE 126 B PHE 145 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.825 ? 
metalc ? metalc20 L K K . A K 410 1_555 B O GLY 234 B GLY 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.179 ? 
metalc ? metalc21 L K K . A K 410 1_555 B O PHE 235 B PHE 254 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.694 ? 
metalc ? metalc22 M K K . A K 411 1_555 B O THR 123 B THR 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.988 ? 
metalc ? metalc23 M K K . A K 411 1_555 B O ILE 124 B ILE 143 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.009 ? 
metalc ? metalc24 M K K . A K 411 1_555 B O THR 232 B THR 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.766 ? 
metalc ? metalc25 M K K . A K 411 1_555 B O ILE 233 B ILE 252 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.861 ? 
metalc ? metalc26 N K K . A K 412 1_555 B O THR 123 B THR 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.848 ? 
metalc ? metalc27 N K K . A K 412 1_555 B OG1 THR 123 B THR 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.994 ? 
metalc ? metalc28 N K K . A K 412 1_555 B O THR 232 B THR 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.114 ? 
metalc ? metalc29 N K K . A K 412 1_555 B OG1 THR 232 B THR 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.001 ? 
metalc ? metalc30 B O ILE 124 B ILE 143 1_555 BA K K . B K 412 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.888 ? 
metalc ? metalc31 B O GLY 125 B GLY 144 1_555 BA K K . B K 412 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.824 ? 
metalc ? metalc32 B O ILE 233 B ILE 252 1_555 BA K K . B K 412 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.737 ? 
metalc ? metalc33 B O GLY 234 B GLY 253 1_555 BA K K . B K 412 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.694 ? 
metalc ? metalc34 B OE1 GLU 290 B GLU 309 1_555 R CD CD . B CD 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.344 ? 
#
_chem_comp.formula           'C8 H18' 
_chem_comp.formula_weight    114.229 
_chem_comp.id                OCT 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              N-OCTANE 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 C2 OCT sing 319 n n 
C1 H11 OCT sing 320 n n 
C1 H12 OCT sing 321 n n 
C1 H13 OCT sing 322 n n 
C2 C3 OCT sing 323 n n 
C2 H21 OCT sing 324 n n 
C2 H22 OCT sing 325 n n 
C3 C4 OCT sing 326 n n 
C3 H31 OCT sing 327 n n 
C3 H32 OCT sing 328 n n 
C4 C5 OCT sing 329 n n 
C4 H41 OCT sing 330 n n 
C4 H42 OCT sing 331 n n 
C5 C6 OCT sing 332 n n 
C5 H51 OCT sing 333 n n 
C5 H52 OCT sing 334 n n 
C6 C7 OCT sing 335 n n 
C6 H61 OCT sing 336 n n 
C6 H62 OCT sing 337 n n 
C7 C8 OCT sing 338 n n 
C7 H71 OCT sing 339 n n 
C7 H72 OCT sing 340 n n 
C8 H81 OCT sing 341 n n 
C8 H82 OCT sing 342 n n 
C8 H83 OCT sing 343 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     6W88 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.014924 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.008334 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.007764 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 Q6F A 1 401 406 Q6F Q6F . 
D 3 CD A 1 402 1 CD CD . 
E 4 D12 A 1 403 3 D12 D12 . 
F 4 D12 A 1 404 4 D12 D12 . 
G 5 D10 A 1 405 2 D10 D10 . 
H 6 LNK A 1 406 1 LNK LNK . 
I 7 OCT A 1 407 2 OCT OCT . 
J 8 R16 A 1 408 3 R16 R16 . 
K 9 K A 1 409 1 K K . 
L 9 K A 1 410 2 K K . 
M 9 K A 1 411 3 K K . 
N 9 K A 1 412 5 K K . 
O 10 UND A 1 413 2 UND UND . 
P 10 UND A 1 414 3 UND UND . 
Q 3 CD B 1 401 404 CD CD . 
R 3 CD B 1 402 405 CD CD . 
S 3 CD B 1 403 406 CD CD . 
T 2 Q6F B 1 404 410 Q6F Q6F . 
U 4 D12 B 1 405 1 D12 D12 . 
V 5 D10 B 1 406 1 D10 D10 . 
W 6 LNK B 1 407 4 LNK LNK . 
X 7 OCT B 1 408 1 OCT OCT . 
Y 7 OCT B 1 409 3 OCT OCT . 
Z 8 R16 B 1 410 1 R16 R16 . 
AA 8 R16 B 1 411 2 R16 R16 . 
BA 9 K B 1 412 4 K K . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C1 OCT . . . X 7 14.01 -38.476 -19.543 1 147.82 ? C1 OCT 408 B 1 
HETATM 2 C C2 OCT . . . X 7 15.425 -38.982 -19.264 1 147.69 ? C2 OCT 408 B 1 
HETATM 3 C C3 OCT . . . X 7 16.438 -38.047 -19.919 1 147.02 ? C3 OCT 408 B 1 
HETATM 4 C C4 OCT . . . X 7 16.928 -37.038 -18.885 1 146.04 ? C4 OCT 408 B 1 
HETATM 5 C C5 OCT . . . X 7 17.874 -36.013 -19.511 1 145.53 ? C5 OCT 408 B 1 
HETATM 6 C C6 OCT . . . X 7 18.221 -35.015 -18.407 1 145.58 ? C6 OCT 408 B 1 
HETATM 7 C C7 OCT . . . X 7 19.15 -33.884 -18.856 1 145.64 ? C7 OCT 408 B 1 
HETATM 8 C C8 OCT . . . X 7 19.565 -34.014 -20.322 1 145.48 ? C8 OCT 408 B 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              16 
_model_server_stats.parse_time_ms           15 
_model_server_stats.create_model_time_ms    6 
_model_server_stats.query_time_ms           278 
_model_server_stats.encode_time_ms          3 
_model_server_stats.element_count           8 
#