data_6W88 # _model_server_result.job_id SeV08nRBimMJ4WqkR2MXdQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-05 10:38:18' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6w88 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"O","auth_seq_id":413}' # _entry.id 6W88 # _exptl.entry_id 6W88 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 156.308 _entity.id 10 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description UNDECANE _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6W88 _cell.length_a 67.006 _cell.length_b 119.996 _cell.length_c 128.794 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6W88 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 10 O N N ? 10 P N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 74 A CYS 93 1_555 B SG CYS 74 B CYS 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? metalc ? metalc1 A O THR 123 A THR 142 1_555 M K K . A K 411 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.034 ? metalc ? metalc2 A O THR 123 A THR 142 1_555 N K K . A K 412 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.969 ? metalc ? metalc3 A OG1 THR 123 A THR 142 1_555 N K K . A K 412 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.344 ? metalc ? metalc4 A O ILE 124 A ILE 143 1_555 M K K . A K 411 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.081 ? metalc ? metalc5 A O ILE 124 A ILE 143 1_555 BA K K . B K 412 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.041 ? metalc ? metalc6 A O GLY 125 A GLY 144 1_555 L K K . A K 410 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.203 ? metalc ? metalc7 A O GLY 125 A GLY 144 1_555 BA K K . B K 412 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.765 ? metalc ? metalc8 A O PHE 126 A PHE 145 1_555 L K K . A K 410 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.756 ? metalc ? metalc9 A O THR 232 A THR 251 1_555 M K K . A K 411 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.778 ? metalc ? metalc10 A O THR 232 A THR 251 1_555 N K K . A K 412 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.947 ? metalc ? metalc11 A OG1 THR 232 A THR 251 1_555 N K K . A K 412 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.932 ? metalc ? metalc12 A O ILE 233 A ILE 252 1_555 M K K . A K 411 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.803 ? metalc ? metalc13 A O ILE 233 A ILE 252 1_555 BA K K . B K 412 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.017 ? metalc ? metalc14 A O GLY 234 A GLY 253 1_555 L K K . A K 410 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.259 ? metalc ? metalc15 A O GLY 234 A GLY 253 1_555 BA K K . B K 412 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.943 ? metalc ? metalc16 A O PHE 235 A PHE 254 1_555 L K K . A K 410 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.769 ? metalc ? metalc17 A OE1 GLU 290 A GLU 309 1_555 R CD CD . B CD 402 2_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.519 ? metalc ? metalc18 L K K . A K 410 1_555 B O GLY 125 B GLY 144 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.243 ? metalc ? metalc19 L K K . A K 410 1_555 B O PHE 126 B PHE 145 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.825 ? metalc ? metalc20 L K K . A K 410 1_555 B O GLY 234 B GLY 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.179 ? metalc ? metalc21 L K K . A K 410 1_555 B O PHE 235 B PHE 254 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.694 ? metalc ? metalc22 M K K . A K 411 1_555 B O THR 123 B THR 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.988 ? metalc ? metalc23 M K K . A K 411 1_555 B O ILE 124 B ILE 143 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.009 ? metalc ? metalc24 M K K . A K 411 1_555 B O THR 232 B THR 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.766 ? metalc ? metalc25 M K K . A K 411 1_555 B O ILE 233 B ILE 252 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.861 ? metalc ? metalc26 N K K . A K 412 1_555 B O THR 123 B THR 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.848 ? metalc ? metalc27 N K K . A K 412 1_555 B OG1 THR 123 B THR 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.994 ? metalc ? metalc28 N K K . A K 412 1_555 B O THR 232 B THR 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.114 ? metalc ? metalc29 N K K . A K 412 1_555 B OG1 THR 232 B THR 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.001 ? metalc ? metalc30 B O ILE 124 B ILE 143 1_555 BA K K . B K 412 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.888 ? metalc ? metalc31 B O GLY 125 B GLY 144 1_555 BA K K . B K 412 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.824 ? metalc ? metalc32 B O ILE 233 B ILE 252 1_555 BA K K . B K 412 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.737 ? metalc ? metalc33 B O GLY 234 B GLY 253 1_555 BA K K . B K 412 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.694 ? metalc ? metalc34 B OE1 GLU 290 B GLU 309 1_555 R CD CD . B CD 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.344 ? # _chem_comp.formula 'C11 H24' _chem_comp.formula_weight 156.308 _chem_comp.id UND _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name UNDECANE _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms 'LIPID FRAGMENT' # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 C2 UND sing 552 n n C1 H11 UND sing 553 n n C1 H12 UND sing 554 n n C1 H13 UND sing 555 n n C2 C3 UND sing 556 n n C2 H21 UND sing 557 n n C2 H22 UND sing 558 n n C3 C4 UND sing 559 n n C3 H31 UND sing 560 n n C3 H32 UND sing 561 n n C4 C5 UND sing 562 n n C4 H41 UND sing 563 n n C4 H42 UND sing 564 n n C5 C6 UND sing 565 n n C5 H51 UND sing 566 n n C5 H52 UND sing 567 n n C6 C7 UND sing 568 n n C6 H61 UND sing 569 n n C6 H62 UND sing 570 n n C7 C8 UND sing 571 n n C7 H71 UND sing 572 n n C7 H72 UND sing 573 n n C8 C9 UND sing 574 n n C8 H81 UND sing 575 n n C8 H82 UND sing 576 n n C9 C10 UND sing 577 n n C9 H91 UND sing 578 n n C9 H92 UND sing 579 n n C10 C11 UND sing 580 n n C10 H101 UND sing 581 n n C10 H102 UND sing 582 n n C11 H111 UND sing 583 n n C11 H112 UND sing 584 n n C11 H113 UND sing 585 n n # _atom_sites.entry_id 6W88 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.014924 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.008334 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.007764 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 Q6F A 1 401 406 Q6F Q6F . D 3 CD A 1 402 1 CD CD . E 4 D12 A 1 403 3 D12 D12 . F 4 D12 A 1 404 4 D12 D12 . G 5 D10 A 1 405 2 D10 D10 . H 6 LNK A 1 406 1 LNK LNK . I 7 OCT A 1 407 2 OCT OCT . J 8 R16 A 1 408 3 R16 R16 . K 9 K A 1 409 1 K K . L 9 K A 1 410 2 K K . M 9 K A 1 411 3 K K . N 9 K A 1 412 5 K K . O 10 UND A 1 413 2 UND UND . P 10 UND A 1 414 3 UND UND . Q 3 CD B 1 401 404 CD CD . R 3 CD B 1 402 405 CD CD . S 3 CD B 1 403 406 CD CD . T 2 Q6F B 1 404 410 Q6F Q6F . U 4 D12 B 1 405 1 D12 D12 . V 5 D10 B 1 406 1 D10 D10 . W 6 LNK B 1 407 4 LNK LNK . X 7 OCT B 1 408 1 OCT OCT . Y 7 OCT B 1 409 3 OCT OCT . Z 8 R16 B 1 410 1 R16 R16 . AA 8 R16 B 1 411 2 R16 R16 . BA 9 K B 1 412 4 K K . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 UND . . . O 10 12.474 -7.744 -3.76 1 154.71 ? C1 UND 413 A 1 HETATM 2 C C2 UND . . . O 10 12.877 -9.176 -4.102 1 156.21 ? C2 UND 413 A 1 HETATM 3 C C3 UND . . . O 10 11.991 -10.175 -3.362 1 158.35 ? C3 UND 413 A 1 HETATM 4 C C4 UND . . . O 10 11.671 -11.331 -4.307 1 161.09 ? C4 UND 413 A 1 HETATM 5 C C5 UND . . . O 10 12.416 -12.604 -3.9 1 163.48 ? C5 UND 413 A 1 HETATM 6 C C6 UND . . . O 10 13.911 -12.45 -4.168 1 164.42 ? C6 UND 413 A 1 HETATM 7 C C7 UND . . . O 10 14.601 -13.808 -4.195 1 163.85 ? C7 UND 413 A 1 HETATM 8 C C8 UND . . . O 10 15.963 -13.646 -3.527 1 162.42 ? C8 UND 413 A 1 HETATM 9 C C9 UND . . . O 10 17.028 -13.361 -4.579 1 161.81 ? C9 UND 413 A 1 HETATM 10 C C10 UND . . . O 10 18.234 -12.743 -3.883 1 162.71 ? C10 UND 413 A 1 HETATM 11 C C11 UND . . . O 10 18.154 -11.227 -4.038 1 163.85 ? C11 UND 413 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 16 _model_server_stats.parse_time_ms 12 _model_server_stats.create_model_time_ms 6 _model_server_stats.query_time_ms 289 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 11 #