data_6W8C
#
_model_server_result.job_id            219LUdlOiVuiOD4224ziUw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-23 00:55:54' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6w8c 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"T","auth_seq_id":406}' 
#
_entry.id    6W8C 
#
_exptl.entry_id    6W8C 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              114.229 
_entity.id                          9 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            N-OCTANE 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            6W8C 
_cell.length_a            67.129 
_cell.length_b            119.783 
_cell.length_c            128.872 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6W8C 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    dimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      2 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 9 S N N 
? 9 T N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 74 A CYS 93 1_555 B SG CYS 74 B CYS 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? 
metalc ? metalc1 A O THR 123 A THR 142 1_555 F K K . A K 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.936 ? 
metalc ? metalc2 A OG1 THR 123 A THR 142 1_555 N K K . A K 412 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.148 ? 
metalc ? metalc3 A O ILE 124 A ILE 143 1_555 E K K . A K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.33 ? 
metalc ? metalc4 A O GLY 125 A GLY 144 1_555 D K K . A K 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.395 ? 
metalc ? metalc5 A O GLY 125 A GLY 144 1_555 E K K . A K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.275 ? 
metalc ? metalc6 A O PHE 126 A PHE 145 1_555 D K K . A K 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.993 ? 
metalc ? metalc7 A O THR 232 A THR 251 1_555 F K K . A K 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.697 ? 
metalc ? metalc8 A O THR 232 A THR 251 1_555 N K K . A K 412 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.097 ? 
metalc ? metalc9 A OG1 THR 232 A THR 251 1_555 N K K . A K 412 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.897 ? 
metalc ? metalc10 A O ILE 233 A ILE 252 1_555 E K K . A K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.042 ? 
metalc ? metalc11 A O ILE 233 A ILE 252 1_555 F K K . A K 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.983 ? 
metalc ? metalc12 A O GLY 234 A GLY 253 1_555 D K K . A K 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.322 ? 
metalc ? metalc13 A O GLY 234 A GLY 253 1_555 E K K . A K 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.433 ? 
metalc ? metalc14 A O PHE 235 A PHE 254 1_555 D K K . A K 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.981 ? 
metalc ? metalc15 A OE1 GLU 290 A GLU 309 1_555 Q CD CD . B CD 403 2_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.078 ? 
metalc ? metalc16 A NE2 HIS 294 A HIS 313 1_555 Q CD CD . B CD 403 2_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.075 ? 
metalc ? metalc17 D K K . A K 402 1_555 B O GLY 125 B GLY 144 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.399 ? 
metalc ? metalc18 D K K . A K 402 1_555 B O PHE 126 B PHE 145 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.947 ? 
metalc ? metalc19 D K K . A K 402 1_555 B O GLY 234 B GLY 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.326 ? 
metalc ? metalc20 D K K . A K 402 1_555 B O PHE 235 B PHE 254 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.005 ? 
metalc ? metalc21 E K K . A K 403 1_555 B O ILE 124 B ILE 143 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.029 ? 
metalc ? metalc22 E K K . A K 403 1_555 B O GLY 125 B GLY 144 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.212 ? 
metalc ? metalc23 E K K . A K 403 1_555 B O ILE 233 B ILE 252 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.824 ? 
metalc ? metalc24 E K K . A K 403 1_555 B O GLY 234 B GLY 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.144 ? 
metalc ? metalc25 F K K . A K 404 1_555 B O THR 123 B THR 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.847 ? 
metalc ? metalc26 F K K . A K 404 1_555 B O THR 232 B THR 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.834 ? 
metalc ? metalc27 F K K . A K 404 1_555 B O ILE 233 B ILE 252 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.127 ? 
metalc ? metalc28 N K K . A K 412 1_555 B O THR 123 B THR 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.39 ? 
metalc ? metalc29 N K K . A K 412 1_555 B OG1 THR 123 B THR 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.993 ? 
metalc ? metalc30 N K K . A K 412 1_555 B O THR 232 B THR 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.256 ? 
metalc ? metalc31 N K K . A K 412 1_555 B OG1 THR 232 B THR 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.096 ? 
metalc ? metalc32 B OD2 ASP 109 B ASP 128 1_555 R CD CD . B CD 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? 
metalc ? metalc33 B OE1 GLU 290 B GLU 309 1_555 Q CD CD . B CD 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.102 ? 
metalc ? metalc34 B NE2 HIS 294 B HIS 313 1_555 Q CD CD . B CD 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.27 ? 
#
_chem_comp.formula           'C8 H18' 
_chem_comp.formula_weight    114.229 
_chem_comp.id                OCT 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              N-OCTANE 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 C2 OCT sing 523 n n 
C1 H11 OCT sing 524 n n 
C1 H12 OCT sing 525 n n 
C1 H13 OCT sing 526 n n 
C2 C3 OCT sing 527 n n 
C2 H21 OCT sing 528 n n 
C2 H22 OCT sing 529 n n 
C3 C4 OCT sing 530 n n 
C3 H31 OCT sing 531 n n 
C3 H32 OCT sing 532 n n 
C4 C5 OCT sing 533 n n 
C4 H41 OCT sing 534 n n 
C4 H42 OCT sing 535 n n 
C5 C6 OCT sing 536 n n 
C5 H51 OCT sing 537 n n 
C5 H52 OCT sing 538 n n 
C6 C7 OCT sing 539 n n 
C6 H61 OCT sing 540 n n 
C6 H62 OCT sing 541 n n 
C7 C8 OCT sing 542 n n 
C7 H71 OCT sing 543 n n 
C7 H72 OCT sing 544 n n 
C8 H81 OCT sing 545 n n 
C8 H82 OCT sing 546 n n 
C8 H83 OCT sing 547 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     6W8C 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.014897 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.008348 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.00776 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 K A 1 401 2 K K . 
D 2 K A 1 402 3 K K . 
E 2 K A 1 403 4 K K . 
F 2 K A 1 404 5 K K . 
G 3 R16 A 1 405 2 R16 R16 . 
H 3 R16 A 1 406 3 R16 R16 . 
I 3 R16 A 1 407 5 R16 R16 . 
J 4 Q6F A 1 408 406 Q6F Q6F . 
K 5 B7G A 1 409 2 B7G B7G . 
L 6 IEP A 1 410 1 IEP IEP . 
M 7 11A A 1 411 1 11A 11A . 
N 2 K A 1 412 6 K K . 
O 2 K B 1 401 1 K K . 
P 8 CD B 1 402 1 CD CD . 
Q 8 CD B 1 403 2 CD CD . 
R 8 CD B 1 404 3 CD CD . 
S 9 OCT B 1 405 1 OCT OCT . 
T 9 OCT B 1 406 3 OCT OCT . 
U 10 D12 B 1 407 1 D12 D12 . 
V 10 D12 B 1 408 2 D12 D12 . 
W 5 B7G B 1 409 1 B7G B7G . 
X 5 B7G B 1 410 3 B7G B7G . 
Y 5 B7G B 1 411 4 B7G B7G . 
Z 11 UND B 1 412 1 UND UND . 
AA 6 IEP B 1 413 2 IEP IEP . 
BA 7 11A B 1 414 2 11A 11A . 
CA 4 Q6F B 1 415 410 Q6F Q6F . 
DA 12 LNK B 1 416 1 LNK LNK . 
EA 13 HOH A 1 501 1 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C1 OCT . . . T 9 -4.193 -26.738 -2.2 1 118.28 ? C1 OCT 406 B 1 
HETATM 2 C C2 OCT . . . T 9 -2.721 -26.329 -2.101 1 117.96 ? C2 OCT 406 B 1 
HETATM 3 C C3 OCT . . . T 9 -2.395 -25.272 -3.162 1 118.34 ? C3 OCT 406 B 1 
HETATM 4 C C4 OCT . . . T 9 -1.067 -24.546 -2.9 1 119.28 ? C4 OCT 406 B 1 
HETATM 5 C C5 OCT . . . T 9 0.142 -25.209 -3.572 1 120.58 ? C5 OCT 406 B 1 
HETATM 6 C C6 OCT . . . T 9 1.312 -24.219 -3.547 1 121.67 ? C6 OCT 406 B 1 
HETATM 7 C C7 OCT . . . T 9 2.532 -24.758 -4.299 1 122.38 ? C7 OCT 406 B 1 
HETATM 8 C C8 OCT . . . T 9 3.684 -23.752 -4.239 1 122.92 ? C8 OCT 406 B 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              27 
_model_server_stats.parse_time_ms           16 
_model_server_stats.create_model_time_ms    11 
_model_server_stats.query_time_ms           324 
_model_server_stats.encode_time_ms          9 
_model_server_stats.element_count           8 
#