data_6W8F
#
_model_server_result.job_id            FDMi6F4FxoO9anH6gaC4eg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-22 23:58:09' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6w8f 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"X","auth_seq_id":412}' 
#
_entry.id    6W8F 
#
_exptl.entry_id    6W8F 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              170.335 
_entity.id                          8 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            DODECANE 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            6W8F 
_cell.length_a            66.671 
_cell.length_b            119.963 
_cell.length_c            128.941 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6W8F 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    dimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      2 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      8 
_struct_asym.id                             X 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 74 A CYS 93 1_555 B SG CYS 74 B CYS 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? 
metalc ? metalc1 A O THR 123 A THR 142 1_555 C K K . A K 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.814 ? 
metalc ? metalc2 A O THR 123 A THR 142 1_555 J K K . A K 408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.02 ? 
metalc ? metalc3 A OG1 THR 123 A THR 142 1_555 J K K . A K 408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.319 ? 
metalc ? metalc4 A O ILE 124 A ILE 143 1_555 C K K . A K 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.798 ? 
metalc ? metalc5 A O ILE 124 A ILE 143 1_555 I K K . A K 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.84 ? 
metalc ? metalc6 A O GLY 125 A GLY 144 1_555 I K K . A K 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.772 ? 
metalc ? metalc7 A O GLY 125 A GLY 144 1_555 M K K . B K 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.957 ? 
metalc ? metalc8 A O PHE 126 A PHE 145 1_555 M K K . B K 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.842 ? 
metalc ? metalc9 A O THR 232 A THR 251 1_555 C K K . A K 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.748 ? 
metalc ? metalc10 A O THR 232 A THR 251 1_555 J K K . A K 408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.913 ? 
metalc ? metalc11 A OG1 THR 232 A THR 251 1_555 J K K . A K 408 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.199 ? 
metalc ? metalc12 A O ILE 233 A ILE 252 1_555 C K K . A K 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.885 ? 
metalc ? metalc13 A O ILE 233 A ILE 252 1_555 I K K . A K 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.864 ? 
metalc ? metalc14 A O GLY 234 A GLY 253 1_555 I K K . A K 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.739 ? 
metalc ? metalc15 A O GLY 234 A GLY 253 1_555 M K K . B K 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.007 ? 
metalc ? metalc16 A O PHE 235 A PHE 254 1_555 M K K . B K 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.918 ? 
metalc ? metalc17 C K K . A K 401 1_555 B O THR 123 B THR 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.847 ? 
metalc ? metalc18 C K K . A K 401 1_555 B O ILE 124 B ILE 143 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.876 ? 
metalc ? metalc19 C K K . A K 401 1_555 B O THR 232 B THR 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.729 ? 
metalc ? metalc20 C K K . A K 401 1_555 B O ILE 233 B ILE 252 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.89 ? 
metalc ? metalc21 I K K . A K 407 1_555 B O ILE 124 B ILE 143 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.812 ? 
metalc ? metalc22 I K K . A K 407 1_555 B O GLY 125 B GLY 144 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.741 ? 
metalc ? metalc23 I K K . A K 407 1_555 B O ILE 233 B ILE 252 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.839 ? 
metalc ? metalc24 I K K . A K 407 1_555 B O GLY 234 B GLY 253 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.735 ? 
metalc ? metalc25 J K K . A K 408 1_555 B O THR 123 B THR 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.008 ? 
metalc ? metalc26 J K K . A K 408 1_555 B OG1 THR 123 B THR 142 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.234 ? 
metalc ? metalc27 J K K . A K 408 1_555 B O THR 232 B THR 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.808 ? 
metalc ? metalc28 J K K . A K 408 1_555 B OG1 THR 232 B THR 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.042 ? 
metalc ? metalc29 B O GLY 125 B GLY 144 1_555 M K K . B K 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.835 ? 
metalc ? metalc30 B O PHE 126 B PHE 145 1_555 M K K . B K 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.82 ? 
metalc ? metalc31 B O GLY 234 B GLY 253 1_555 M K K . B K 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.87 ? 
metalc ? metalc32 B O PHE 235 B PHE 254 1_555 M K K . B K 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.862 ? 
#
_chem_comp.formula           'C12 H26' 
_chem_comp.formula_weight    170.335 
_chem_comp.id                D12 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              DODECANE 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 C2 D12 sing 187 n n 
C1 H11 D12 sing 188 n n 
C1 H12 D12 sing 189 n n 
C1 H13 D12 sing 190 n n 
C2 C3 D12 sing 191 n n 
C2 H21 D12 sing 192 n n 
C2 H22 D12 sing 193 n n 
C3 C4 D12 sing 194 n n 
C3 H31 D12 sing 195 n n 
C3 H32 D12 sing 196 n n 
C4 C5 D12 sing 197 n n 
C4 H41 D12 sing 198 n n 
C4 H42 D12 sing 199 n n 
C5 C6 D12 sing 200 n n 
C5 H51 D12 sing 201 n n 
C5 H52 D12 sing 202 n n 
C6 C7 D12 sing 203 n n 
C6 H61 D12 sing 204 n n 
C6 H62 D12 sing 205 n n 
C7 C8 D12 sing 206 n n 
C7 H71 D12 sing 207 n n 
C7 H72 D12 sing 208 n n 
C8 C9 D12 sing 209 n n 
C8 H81 D12 sing 210 n n 
C8 H82 D12 sing 211 n n 
C9 C10 D12 sing 212 n n 
C9 H91 D12 sing 213 n n 
C9 H92 D12 sing 214 n n 
C10 C11 D12 sing 215 n n 
C10 H101 D12 sing 216 n n 
C10 H102 D12 sing 217 n n 
C11 C12 D12 sing 218 n n 
C11 H111 D12 sing 219 n n 
C11 H112 D12 sing 220 n n 
C12 H121 D12 sing 221 n n 
C12 H122 D12 sing 222 n n 
C12 H123 D12 sing 223 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     6W8F 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.014999 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.008336 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.007755 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 K A 1 401 403 K K . 
D 3 Q6F A 1 402 406 Q6F Q6F . 
E 4 16C A 1 403 407 16C 16C . 
F 5 R16 A 1 404 408 R16 R16 . 
G 5 R16 A 1 405 409 R16 R16 . 
H 5 R16 A 1 406 410 R16 R16 . 
I 2 K A 1 407 401 K K . 
J 2 K A 1 408 402 K K . 
K 6 CD A 1 409 1 CD CD . 
L 7 LNK A 1 410 1 LNK LNK . 
M 2 K B 1 401 402 K K . 
N 5 R16 B 1 402 404 R16 R16 . 
O 6 CD B 1 403 404 CD CD . 
P 6 CD B 1 404 405 CD CD . 
Q 6 CD B 1 405 406 CD CD . 
R 5 R16 B 1 406 407 R16 R16 . 
S 5 R16 B 1 407 408 R16 R16 . 
T 5 R16 B 1 408 409 R16 R16 . 
U 3 Q6F B 1 409 410 Q6F Q6F . 
V 5 R16 B 1 410 411 R16 R16 . 
W 5 R16 B 1 411 412 R16 R16 . 
X 8 D12 B 1 412 1 D12 D12 . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C1 D12 . . . X 8 -2.11 -24.923 -2.658 1 137.77 ? C1 D12 412 B 1 
HETATM 2 C C2 D12 . . . X 8 -0.751 -25.45 -3.114 1 138.43 ? C2 D12 412 B 1 
HETATM 3 C C3 D12 . . . X 8 0.108 -24.286 -3.605 1 137.82 ? C3 D12 412 B 1 
HETATM 4 C C4 D12 . . . X 8 1.519 -24.788 -3.902 1 135.76 ? C4 D12 412 B 1 
HETATM 5 C C5 D12 . . . X 8 2.364 -23.638 -4.444 1 133.75 ? C5 D12 412 B 1 
HETATM 6 C C6 D12 . . . X 8 3.468 -23.297 -3.444 1 132.28 ? C6 D12 412 B 1 
HETATM 7 C C7 D12 . . . X 8 4.824 -23.713 -4.012 1 131.4 ? C7 D12 412 B 1 
HETATM 8 C C8 D12 . . . X 8 5.926 -23.303 -3.038 1 131.24 ? C8 D12 412 B 1 
HETATM 9 C C9 D12 . . . X 8 7.228 -23.062 -3.8 1 131.85 ? C9 D12 412 B 1 
HETATM 10 C C10 D12 . . . X 8 8.189 -24.227 -3.565 1 132.68 ? C10 D12 412 B 1 
HETATM 11 C C11 D12 . . . X 8 9.627 -23.721 -3.661 1 132.78 ? C11 D12 412 B 1 
HETATM 12 C C12 D12 . . . X 8 10.59 -24.906 -3.662 1 132.82 ? C12 D12 412 B 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              15 
_model_server_stats.parse_time_ms           29 
_model_server_stats.create_model_time_ms    5 
_model_server_stats.query_time_ms           320 
_model_server_stats.encode_time_ms          1 
_model_server_stats.element_count           12 
#