data_6W9P # _model_server_result.job_id bOiUh6lcwICS7uDmFi2Hlg _model_server_result.datetime_utc '2025-03-06 06:42:03' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6w9p # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"E","auth_seq_id":104}' # _entry.id 6W9P # _exptl.entry_id 6W9P _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 22.99 _entity.id 3 _entity.src_method nat _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'SODIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 6W9P _cell.length_a 38.681 _cell.length_b 38.681 _cell.length_c 64.921 _cell.Z_PDB 6 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6W9P _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 152 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 31 2 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 3 _struct_asym.id E _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A O2 DT 3 A DT 3 1_555 E NA NA . A NA 104 6_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.644 ? metalc ? metalc2 A O6 DG 4 A DG 4 1_555 B K K . A K 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.666 ? metalc ? metalc3 A O6 DG 5 A DG 5 1_555 B K K . A K 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.918 ? metalc ? metalc4 A O6 DG 5 A DG 5 1_555 C K K . A K 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.66 ? metalc ? metalc5 A O6 DG 6 A DG 6 1_555 C K K . A K 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.69 ? metalc ? metalc6 A O6 DG 6 A DG 6 1_555 D K K . A K 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.023 ? metalc ? metalc7 A O6 DG 7 A DG 7 1_555 D K K . A K 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.64 ? metalc ? metalc8 A O6 DG 10 A DG 10 1_555 B K K . A K 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.623 ? metalc ? metalc9 A O6 DG 11 A DG 11 1_555 B K K . A K 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.738 ? metalc ? metalc10 A O6 DG 11 A DG 11 1_555 C K K . A K 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.757 ? metalc ? metalc11 A O6 DG 12 A DG 12 1_555 C K K . A K 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.806 ? metalc ? metalc12 A O6 DG 12 A DG 12 1_555 D K K . A K 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.858 ? metalc ? metalc13 A O6 DG 13 A DG 13 1_555 D K K . A K 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.776 ? metalc ? metalc14 A O6 DG 16 A DG 16 1_555 B K K . A K 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.484 ? metalc ? metalc15 A O6 DG 17 A DG 17 1_555 B K K . A K 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.171 ? metalc ? metalc16 A O6 DG 17 A DG 17 1_555 C K K . A K 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.782 ? metalc ? metalc17 A OP1 DG 17 A DG 17 1_555 E NA NA . A NA 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.56 ? metalc ? metalc18 A O6 DG 18 A DG 18 1_555 C K K . A K 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.876 ? metalc ? metalc19 A O6 DG 18 A DG 18 1_555 D K K . A K 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.746 ? metalc ? metalc20 A O6 DG 19 A DG 19 1_555 D K K . A K 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.728 ? metalc ? metalc21 A O6 DG 22 A DG 22 1_555 B K K . A K 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.467 ? metalc ? metalc22 A O6 DG 23 A DG 23 1_555 B K K . A K 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.414 ? metalc ? metalc23 A O6 DG 23 A DG 23 1_555 C K K . A K 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.723 ? metalc ? metalc24 A O6 DG 24 A DG 24 1_555 C K K . A K 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.895 ? metalc ? metalc25 A O6 DG 24 A DG 24 1_555 D K K . A K 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.801 ? metalc ? metalc26 A O6 DG 25 A DG 25 1_555 D K K . A K 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.632 ? metalc ? metalc27 E NA NA . A NA 104 1_555 F O HOH . A HOH 213 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? metalc ? metalc28 E NA NA . A NA 104 1_555 F O HOH . A HOH 221 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.358 ? metalc ? metalc29 E NA NA . A NA 104 1_555 F O HOH . A HOH 224 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.738 ? metalc ? metalc30 E NA NA . A NA 104 1_555 F O HOH . A HOH 229 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.507 ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog1 A N1 DG 4 A DG 4 1_555 A O6 DG 10 A DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog2 A N2 DG 4 A DG 4 1_555 A N7 DG 10 A DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog3 A N7 DG 4 A DG 4 1_555 A N2 DG 22 A DG 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog4 A O6 DG 4 A DG 4 1_555 A N1 DG 22 A DG 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog5 A N1 DG 5 A DG 5 1_555 A O6 DG 11 A DG 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog6 A N2 DG 5 A DG 5 1_555 A N7 DG 11 A DG 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog7 A N7 DG 5 A DG 5 1_555 A N2 DG 23 A DG 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog8 A O6 DG 5 A DG 5 1_555 A N1 DG 23 A DG 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DT MISPAIR' hydrog9 A N3 DG 6 A DG 6 1_555 A N3 DT 9 A DT 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog10 A N1 DG 6 A DG 6 1_555 A O6 DG 12 A DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog11 A N2 DG 6 A DG 6 1_555 A N7 DG 12 A DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog12 A N7 DG 6 A DG 6 1_555 A N2 DG 24 A DG 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog13 A O6 DG 6 A DG 6 1_555 A N1 DG 24 A DG 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog14 A N1 DG 7 A DG 7 1_555 A O6 DG 13 A DG 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog15 A N2 DG 7 A DG 7 1_555 A N7 DG 13 A DG 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog16 A N7 DG 7 A DG 7 1_555 A N2 DG 25 A DG 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog17 A O6 DG 7 A DG 7 1_555 A N1 DG 25 A DG 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog18 A N1 DG 10 A DG 10 1_555 A O6 DG 16 A DG 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog19 A N2 DG 10 A DG 10 1_555 A N7 DG 16 A DG 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DT MISPAIR' hydrog20 A N2 DG 11 A DG 11 1_555 A O2 DT 15 A DT 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog21 A N1 DG 11 A DG 11 1_555 A O6 DG 17 A DG 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog22 A N2 DG 11 A DG 11 1_555 A N7 DG 17 A DG 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DT MISPAIR' hydrog23 A N3 DG 12 A DG 12 1_555 A N3 DT 15 A DT 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog24 A N1 DG 12 A DG 12 1_555 A O6 DG 18 A DG 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog25 A N2 DG 12 A DG 12 1_555 A N7 DG 18 A DG 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog26 A N1 DG 13 A DG 13 1_555 A O6 DG 19 A DG 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog27 A N2 DG 13 A DG 13 1_555 A N7 DG 19 A DG 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog28 A N1 DG 16 A DG 16 1_555 A O6 DG 22 A DG 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog29 A N2 DG 16 A DG 16 1_555 A N7 DG 22 A DG 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog30 A N1 DG 17 A DG 17 1_555 A O6 DG 23 A DG 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog31 A N2 DG 17 A DG 17 1_555 A N7 DG 23 A DG 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DT MISPAIR' hydrog32 A N2 DG 18 A DG 18 1_555 A O2 DT 21 A DT 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog33 A N1 DG 18 A DG 18 1_555 A O6 DG 24 A DG 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog34 A N2 DG 18 A DG 18 1_555 A N7 DG 24 A DG 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog35 A N1 DG 19 A DG 19 1_555 A O6 DG 25 A DG 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog36 A N2 DG 19 A DG 19 1_555 A N7 DG 25 A DG 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Na 1' _chem_comp.formula_weight 22.99 _chem_comp.id NA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'SODIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 6W9P _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.025852 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.014926 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.029852 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.015403 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 K A 1 101 101 K K . C 2 K A 1 102 102 K K . D 2 K A 1 103 103 K K . E 3 NA A 1 104 104 NA NA . F 4 HOH A 1 201 201 HOH HOH . F 4 HOH A 2 202 202 HOH HOH . F 4 HOH A 3 203 203 HOH HOH . F 4 HOH A 4 204 204 HOH HOH . F 4 HOH A 5 205 205 HOH HOH . F 4 HOH A 6 206 206 HOH HOH . F 4 HOH A 7 207 207 HOH HOH . F 4 HOH A 8 208 208 HOH HOH . F 4 HOH A 9 209 209 HOH HOH . F 4 HOH A 10 210 210 HOH HOH . F 4 HOH A 11 211 211 HOH HOH . F 4 HOH A 12 212 212 HOH HOH . F 4 HOH A 13 213 213 HOH HOH . F 4 HOH A 14 214 214 HOH HOH . F 4 HOH A 15 215 215 HOH HOH . F 4 HOH A 16 216 216 HOH HOH . F 4 HOH A 17 217 217 HOH HOH . F 4 HOH A 18 218 218 HOH HOH . F 4 HOH A 19 219 219 HOH HOH . F 4 HOH A 20 220 220 HOH HOH . F 4 HOH A 21 221 221 HOH HOH . F 4 HOH A 22 222 222 HOH HOH . F 4 HOH A 23 223 223 HOH HOH . F 4 HOH A 24 224 224 HOH HOH . F 4 HOH A 25 225 225 HOH HOH . F 4 HOH A 26 226 226 HOH HOH . F 4 HOH A 27 227 227 HOH HOH . F 4 HOH A 28 228 228 HOH HOH . F 4 HOH A 29 229 229 HOH HOH . F 4 HOH A 30 230 230 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol NA _atom_site.label_atom_id NA _atom_site.label_comp_id NA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id E _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x -11.218 _atom_site.Cartn_y 11.702 _atom_site.Cartn_z 17.389 _atom_site.occupancy 0.66 _atom_site.B_iso_or_equiv 33.16 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id NA _atom_site.auth_comp_id NA _atom_site.auth_seq_id 104 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 46 _model_server_stats.parse_time_ms 6 _model_server_stats.create_model_time_ms 1 _model_server_stats.query_time_ms 242 _model_server_stats.encode_time_ms 16 _model_server_stats.element_count 1 #