data_6WPH # _model_server_result.job_id 8TMJ0D1Z-MlsOuXLcSMYKw _model_server_result.datetime_utc '2024-11-28 06:56:31' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6wph # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"H","auth_seq_id":901}' # _entry.id 6WPH # _exptl.entry_id 6WPH _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 96.063 _entity.id 7 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'SULFATE ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6WPH _cell.length_a 165.98 _cell.length_b 168.054 _cell.length_c 101.916 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6WPH _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 20 _symmetry.space_group_name_Hall 'C 2c 2' _symmetry.space_group_name_H-M 'C 2 2 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 7 H N N ? 7 J N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A SG CYS 258 A CYS 258 1_555 C SG G47 16 P G47 817 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? covale ? covale2 C O3' DG 15 P DG 816 1_555 C P G47 16 P G47 817 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.597 ? covale ? covale3 C O3' G47 16 P G47 817 1_555 C P DC 17 P DC 818 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.604 ? covale ? covale4 C O3' DG 21 P DG 822 1_555 G PA 43X . P 43X 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.563 ? metalc ? metalc1 A OD1 ASP 443 A ASP 443 1_555 E MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.682 ? metalc ? metalc2 A OE2 GLU 478 A GLU 478 1_555 E MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.49 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 498 A ASP 498 1_555 E MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.764 ? metalc ? metalc4 A OD2 ASP 498 A ASP 498 1_555 E MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.981 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 C N1 DG 4 P DG 805 1_555 D N3 DC 23 T DC 723 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 C N2 DG 4 P DG 805 1_555 D O2 DC 23 T DC 723 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 C O6 DG 4 P DG 805 1_555 D N4 DC 23 T DC 723 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 C N3 DT 5 P DT 806 1_555 D N1 DA 22 T DA 722 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 C O4 DT 5 P DT 806 1_555 D N6 DA 22 T DA 722 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 C N3 DC 6 P DC 807 1_555 D N1 DG 21 T DG 721 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 C N4 DC 6 P DC 807 1_555 D O6 DG 21 T DG 721 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 C O2 DC 6 P DC 807 1_555 D N2 DG 21 T DG 721 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 C N3 DC 7 P DC 808 1_555 D N1 DG 20 T DG 720 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 C N4 DC 7 P DC 808 1_555 D O6 DG 20 T DG 720 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 C O2 DC 7 P DC 808 1_555 D N2 DG 20 T DG 720 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 C N3 DC 8 P DC 809 1_555 D N1 DG 19 T DG 719 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 C N4 DC 8 P DC 809 1_555 D O6 DG 19 T DG 719 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 C O2 DC 8 P DC 809 1_555 D N2 DG 19 T DG 719 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 C N3 DT 9 P DT 810 1_555 D N1 DA 18 T DA 718 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 C O4 DT 9 P DT 810 1_555 D N6 DA 18 T DA 718 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 C N1 DG 10 P DG 811 1_555 D N3 DC 17 T DC 717 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 C N2 DG 10 P DG 811 1_555 D O2 DC 17 T DC 717 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 C O6 DG 10 P DG 811 1_555 D N4 DC 17 T DC 717 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 C N3 DT 11 P DT 812 1_555 D N1 DA 16 T DA 716 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 C O4 DT 11 P DT 812 1_555 D N6 DA 16 T DA 716 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 C N3 DT 12 P DT 813 1_555 D N1 DA 15 T DA 715 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 C O4 DT 12 P DT 813 1_555 D N6 DA 15 T DA 715 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 C N3 DC 13 P DC 814 1_555 D N1 DG 14 T DG 714 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 C N4 DC 13 P DC 814 1_555 D O6 DG 14 T DG 714 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 C O2 DC 13 P DC 814 1_555 D N2 DG 14 T DG 714 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 C N1 DG 14 P DG 815 1_555 D N3 DC 13 T DC 713 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 C N2 DG 14 P DG 815 1_555 D O2 DC 13 T DC 713 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 C O6 DG 14 P DG 815 1_555 D N4 DC 13 T DC 713 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 C N1 DG 15 P DG 816 1_555 D N3 DC 12 T DC 712 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 C N2 DG 15 P DG 816 1_555 D O2 DC 12 T DC 712 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 C O6 DG 15 P DG 816 1_555 D N4 DC 12 T DC 712 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 C N1 G47 16 P G47 817 1_555 D N3 DC 11 T DC 711 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 C N2 G47 16 P G47 817 1_555 D O2 DC 11 T DC 711 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 C O6 G47 16 P G47 817 1_555 D N4 DC 11 T DC 711 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 C N3 DC 17 P DC 818 1_555 D N1 DG 10 T DG 710 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 C N4 DC 17 P DC 818 1_555 D O6 DG 10 T DG 710 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 C O2 DC 17 P DC 818 1_555 D N2 DG 10 T DG 710 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 C N1 DG 18 P DG 819 1_555 D N3 DC 9 T DC 709 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 C N2 DG 18 P DG 819 1_555 D O2 DC 9 T DC 709 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog41 C O6 DG 18 P DG 819 1_555 D N4 DC 9 T DC 709 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog42 C N3 DC 19 P DC 820 1_555 D N1 DG 8 T DG 708 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog43 C N4 DC 19 P DC 820 1_555 D O6 DG 8 T DG 708 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog44 C O2 DC 19 P DC 820 1_555 D N2 DG 8 T DG 708 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog45 C N3 DC 20 P DC 821 1_555 D N1 DG 7 T DG 707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog46 C N4 DC 20 P DC 821 1_555 D O6 DG 7 T DG 707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog47 C O2 DC 20 P DC 821 1_555 D N2 DG 7 T DG 707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog48 C N1 DG 21 P DG 822 1_555 D N3 DC 6 T DC 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog49 C N2 DG 21 P DG 822 1_555 D O2 DC 6 T DC 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog50 C O6 DG 21 P DG 822 1_555 D N4 DC 6 T DC 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'O4 S -2' _chem_comp.formula_weight 96.063 _chem_comp.id SO4 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'SULFATE ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag S O1 SO4 doub 556 n n S O2 SO4 doub 557 n n S O3 SO4 sing 558 n n S O4 SO4 sing 559 n n # _atom_sites.entry_id 6WPH _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.006025 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.00595 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.009812 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 5 MG A 1 601 1 MG MG . F 5 MG B 1 501 2 MG MG . G 6 43X P 1 901 902 43X 1RY . H 7 SO4 T 1 901 901 SO4 SO4 . I 8 DGP T 1 902 725 DGP DG . J 7 SO4 T 1 903 801 SO4 SO4 . K 9 HOH A 1 701 11 HOH HOH . K 9 HOH A 2 702 24 HOH HOH . K 9 HOH A 3 703 5 HOH HOH . K 9 HOH A 4 704 2 HOH HOH . K 9 HOH A 5 705 8 HOH HOH . K 9 HOH A 6 706 29 HOH HOH . K 9 HOH A 7 707 6 HOH HOH . K 9 HOH A 8 708 10 HOH HOH . K 9 HOH A 9 709 34 HOH HOH . K 9 HOH A 10 710 12 HOH HOH . K 9 HOH A 11 711 1 HOH HOH . K 9 HOH A 12 712 7 HOH HOH . K 9 HOH A 13 713 3 HOH HOH . K 9 HOH A 14 714 28 HOH HOH . L 9 HOH B 1 601 14 HOH HOH . L 9 HOH B 2 602 15 HOH HOH . L 9 HOH B 3 603 13 HOH HOH . L 9 HOH B 4 604 26 HOH HOH . M 9 HOH P 1 1001 20 HOH HOH . M 9 HOH P 2 1002 9 HOH HOH . M 9 HOH P 3 1003 21 HOH HOH . N 9 HOH T 1 1001 25 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 S S SO4 . . . H 7 32.497 17.465 -31.526 1 139.25 ? S SO4 901 T 1 HETATM 2 O O1 SO4 . . . H 7 32.899 16.815 -32.771 1 138.44 ? O1 SO4 901 T 1 HETATM 3 O O2 SO4 . . . H 7 31.429 18.419 -31.814 1 139.42 ? O2 SO4 901 T 1 HETATM 4 O O3 SO4 . . . H 7 33.644 18.163 -30.945 1 137.67 ? O3 SO4 901 T 1 HETATM 5 O O4 SO4 . . . H 7 32.005 16.467 -30.579 1 138.25 ? O4 SO4 901 T 1 # _model_server_stats.io_time_ms 34 _model_server_stats.parse_time_ms 17 _model_server_stats.create_model_time_ms 23 _model_server_stats.query_time_ms 336 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 5 #