data_6WPH
#
_model_server_result.job_id            HAlPYhNl-7UvsuI8-shYhg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-13 09:15:33' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6wph 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"I","auth_seq_id":902}' 
#
_entry.id    6WPH 
#
_exptl.entry_id    6WPH 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              347.221 
_entity.id                          8 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            6WPH 
_cell.length_a            165.98 
_cell.length_b            168.054 
_cell.length_c            101.916 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6WPH 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        20 
_symmetry.space_group_name_Hall    'C 2c 2' 
_symmetry.space_group_name_H-M     'C 2 2 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      8 
_struct_asym.id                             I 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A SG CYS 258 A CYS 258 1_555 C SG G47 16 P G47 817 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? 
covale ? covale2 C O3' DG 15 P DG 816 1_555 C P G47 16 P G47 817 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.597 ? 
covale ? covale3 C O3' G47 16 P G47 817 1_555 C P DC 17 P DC 818 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.604 ? 
covale ? covale4 C O3' DG 21 P DG 822 1_555 G PA 43X . P 43X 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.563 ? 
metalc ? metalc1 A OD1 ASP 443 A ASP 443 1_555 E MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.682 ? 
metalc ? metalc2 A OE2 GLU 478 A GLU 478 1_555 E MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.49 ? 
metalc ? metalc3 A OD1 ASP 498 A ASP 498 1_555 E MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.764 ? 
metalc ? metalc4 A OD2 ASP 498 A ASP 498 1_555 E MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.981 ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog1 C N1 DG 4 P DG 805 1_555 D N3 DC 23 T DC 723 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog2 C N2 DG 4 P DG 805 1_555 D O2 DC 23 T DC 723 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog3 C O6 DG 4 P DG 805 1_555 D N4 DC 23 T DC 723 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog4 C N3 DT 5 P DT 806 1_555 D N1 DA 22 T DA 722 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog5 C O4 DT 5 P DT 806 1_555 D N6 DA 22 T DA 722 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog6 C N3 DC 6 P DC 807 1_555 D N1 DG 21 T DG 721 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog7 C N4 DC 6 P DC 807 1_555 D O6 DG 21 T DG 721 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog8 C O2 DC 6 P DC 807 1_555 D N2 DG 21 T DG 721 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog9 C N3 DC 7 P DC 808 1_555 D N1 DG 20 T DG 720 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog10 C N4 DC 7 P DC 808 1_555 D O6 DG 20 T DG 720 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog11 C O2 DC 7 P DC 808 1_555 D N2 DG 20 T DG 720 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog12 C N3 DC 8 P DC 809 1_555 D N1 DG 19 T DG 719 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog13 C N4 DC 8 P DC 809 1_555 D O6 DG 19 T DG 719 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog14 C O2 DC 8 P DC 809 1_555 D N2 DG 19 T DG 719 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog15 C N3 DT 9 P DT 810 1_555 D N1 DA 18 T DA 718 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog16 C O4 DT 9 P DT 810 1_555 D N6 DA 18 T DA 718 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog17 C N1 DG 10 P DG 811 1_555 D N3 DC 17 T DC 717 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog18 C N2 DG 10 P DG 811 1_555 D O2 DC 17 T DC 717 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog19 C O6 DG 10 P DG 811 1_555 D N4 DC 17 T DC 717 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog20 C N3 DT 11 P DT 812 1_555 D N1 DA 16 T DA 716 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog21 C O4 DT 11 P DT 812 1_555 D N6 DA 16 T DA 716 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog22 C N3 DT 12 P DT 813 1_555 D N1 DA 15 T DA 715 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog23 C O4 DT 12 P DT 813 1_555 D N6 DA 15 T DA 715 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog24 C N3 DC 13 P DC 814 1_555 D N1 DG 14 T DG 714 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog25 C N4 DC 13 P DC 814 1_555 D O6 DG 14 T DG 714 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog26 C O2 DC 13 P DC 814 1_555 D N2 DG 14 T DG 714 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog27 C N1 DG 14 P DG 815 1_555 D N3 DC 13 T DC 713 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog28 C N2 DG 14 P DG 815 1_555 D O2 DC 13 T DC 713 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog29 C O6 DG 14 P DG 815 1_555 D N4 DC 13 T DC 713 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog30 C N1 DG 15 P DG 816 1_555 D N3 DC 12 T DC 712 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog31 C N2 DG 15 P DG 816 1_555 D O2 DC 12 T DC 712 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog32 C O6 DG 15 P DG 816 1_555 D N4 DC 12 T DC 712 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog33 C N1 G47 16 P G47 817 1_555 D N3 DC 11 T DC 711 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog34 C N2 G47 16 P G47 817 1_555 D O2 DC 11 T DC 711 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog35 C O6 G47 16 P G47 817 1_555 D N4 DC 11 T DC 711 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog36 C N3 DC 17 P DC 818 1_555 D N1 DG 10 T DG 710 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog37 C N4 DC 17 P DC 818 1_555 D O6 DG 10 T DG 710 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog38 C O2 DC 17 P DC 818 1_555 D N2 DG 10 T DG 710 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog39 C N1 DG 18 P DG 819 1_555 D N3 DC 9 T DC 709 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog40 C N2 DG 18 P DG 819 1_555 D O2 DC 9 T DC 709 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog41 C O6 DG 18 P DG 819 1_555 D N4 DC 9 T DC 709 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog42 C N3 DC 19 P DC 820 1_555 D N1 DG 8 T DG 708 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog43 C N4 DC 19 P DC 820 1_555 D O6 DG 8 T DG 708 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog44 C O2 DC 19 P DC 820 1_555 D N2 DG 8 T DG 708 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog45 C N3 DC 20 P DC 821 1_555 D N1 DG 7 T DG 707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog46 C N4 DC 20 P DC 821 1_555 D O6 DG 7 T DG 707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog47 C O2 DC 20 P DC 821 1_555 D N2 DG 7 T DG 707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog48 C N1 DG 21 P DG 822 1_555 D N3 DC 6 T DC 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog49 C N2 DG 21 P DG 822 1_555 D O2 DC 6 T DC 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog50 C O6 DG 21 P DG 822 1_555 D N4 DC 6 T DC 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H14 N5 O7 P' 
_chem_comp.formula_weight    347.221 
_chem_comp.id                DGP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
P OP1 DGP doub 227 n n 
P OP2 DGP sing 228 n n 
P OP3 DGP sing 229 n n 
P O5' DGP sing 230 n n 
OP2 HOP2 DGP sing 231 n n 
OP3 HOP3 DGP sing 232 n n 
O5' C5' DGP sing 233 n n 
C5' C4' DGP sing 234 n n 
C5' H5' DGP sing 235 n n 
C5' "H5''" DGP sing 236 n n 
C4' O4' DGP sing 237 n n 
C4' C3' DGP sing 238 n n 
C4' H4' DGP sing 239 n n 
O4' C1' DGP sing 240 n n 
C3' O3' DGP sing 241 n n 
C3' C2' DGP sing 242 n n 
C3' H3' DGP sing 243 n n 
O3' HO3' DGP sing 244 n n 
C2' C1' DGP sing 245 n n 
C2' H2' DGP sing 246 n n 
C2' "H2''" DGP sing 247 n n 
C1' N9 DGP sing 248 n n 
C1' H1' DGP sing 249 n n 
N9 C8 DGP sing 250 n y 
N9 C4 DGP sing 251 n y 
C8 N7 DGP doub 252 n y 
C8 H8 DGP sing 253 n n 
N7 C5 DGP sing 254 n y 
C5 C6 DGP sing 255 n n 
C5 C4 DGP doub 256 n y 
C6 O6 DGP doub 257 n n 
C6 N1 DGP sing 258 n n 
N1 C2 DGP sing 259 n n 
N1 HN1 DGP sing 260 n n 
C2 N2 DGP sing 261 n n 
C2 N3 DGP doub 262 n n 
N2 HN21 DGP sing 263 n n 
N2 HN22 DGP sing 264 n n 
N3 C4 DGP sing 265 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     6WPH 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.006025 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.00595 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.009812 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 5 MG A 1 601 1 MG MG . 
F 5 MG B 1 501 2 MG MG . 
G 6 43X P 1 901 902 43X 1RY . 
H 7 SO4 T 1 901 901 SO4 SO4 . 
I 8 DGP T 1 902 725 DGP DG . 
J 7 SO4 T 1 903 801 SO4 SO4 . 
K 9 HOH A 1 701 11 HOH HOH . 
K 9 HOH A 2 702 24 HOH HOH . 
K 9 HOH A 3 703 5 HOH HOH . 
K 9 HOH A 4 704 2 HOH HOH . 
K 9 HOH A 5 705 8 HOH HOH . 
K 9 HOH A 6 706 29 HOH HOH . 
K 9 HOH A 7 707 6 HOH HOH . 
K 9 HOH A 8 708 10 HOH HOH . 
K 9 HOH A 9 709 34 HOH HOH . 
K 9 HOH A 10 710 12 HOH HOH . 
K 9 HOH A 11 711 1 HOH HOH . 
K 9 HOH A 12 712 7 HOH HOH . 
K 9 HOH A 13 713 3 HOH HOH . 
K 9 HOH A 14 714 28 HOH HOH . 
L 9 HOH B 1 601 14 HOH HOH . 
L 9 HOH B 2 602 15 HOH HOH . 
L 9 HOH B 3 603 13 HOH HOH . 
L 9 HOH B 4 604 26 HOH HOH . 
M 9 HOH P 1 1001 20 HOH HOH . 
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