data_6WTX
#
_model_server_result.job_id            ofXMdsfBAfkZBwOw9BKCJw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-17 04:32:19' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          6wtx 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":502}' 
#
_entry.id    6WTX 
#
_exptl.entry_id    6WTX 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              22.99 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'SODIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    8 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          95.848 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            6WTX 
_cell.length_a            108.458 
_cell.length_b            103.062 
_cell.length_c            174.447 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 6WTX 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    'P 2yb' 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? dimeric 2 author_defined_assembly 1 
? dimeric 2 author_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,E,F,G,H,I,J 1 1 
C,D,K,L,M,N,O,P 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 F N N 
? 3 G N N 
? 3 I N N 
? 3 J N N 
? 3 K N N 
? 3 L N N 
? 3 O N N 
? 3 P N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A O SER 133 C SER 146 1_555 G NA NA . C NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.746 ? 
metalc ? metalc2 A OG SER 133 C SER 146 1_555 G NA NA . C NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.372 ? 
metalc ? metalc3 A OD1 ASN 138 C ASN 151 1_555 G NA NA . C NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.207 ? 
metalc ? metalc4 A O GLY 186 C GLY 199 1_555 G NA NA . C NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.103 ? 
metalc ? metalc5 A O THR 360 C THR 373 1_555 F NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.542 ? 
metalc ? metalc6 A O ALA 363 C ALA 376 1_555 F NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.45 ? 
metalc ? metalc7 A OD1 ASN 365 C ASN 378 1_555 F NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.525 ? 
metalc ? metalc8 A O ALA 407 C ALA 420 1_555 F NA NA . C NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.513 ? 
metalc ? metalc9 B O SER 133 D SER 146 1_555 J NA NA . D NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.128 ? 
metalc ? metalc10 B OG SER 133 D SER 146 1_555 J NA NA . D NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.075 ? 
metalc ? metalc11 B O SER 137 D SER 150 1_555 J NA NA . D NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.021 ? 
metalc ? metalc12 B OD1 ASN 138 D ASN 151 1_555 J NA NA . D NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.176 ? 
metalc ? metalc13 B O GLY 186 D GLY 199 1_555 J NA NA . D NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.73 ? 
metalc ? metalc14 B O THR 360 D THR 373 1_555 I NA NA . D NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.867 ? 
metalc ? metalc15 B OG1 THR 360 D THR 373 1_555 I NA NA . D NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.774 ? 
metalc ? metalc16 B O ALA 363 D ALA 376 1_555 I NA NA . D NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.573 ? 
metalc ? metalc17 B OD1 ASN 365 D ASN 378 1_555 I NA NA . D NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.343 ? 
metalc ? metalc18 B O ALA 407 D ALA 420 1_555 I NA NA . D NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.667 ? 
metalc ? metalc19 C O SER 133 A SER 146 1_555 K NA NA . A NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.665 ? 
metalc ? metalc20 C OG SER 133 A SER 146 1_555 K NA NA . A NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.653 ? 
metalc ? metalc21 C OD1 ASN 138 A ASN 151 1_555 K NA NA . A NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.372 ? 
metalc ? metalc22 C O GLY 186 A GLY 199 1_555 K NA NA . A NA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.788 ? 
metalc ? metalc23 C O THR 360 A THR 373 1_555 L NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.399 ? 
metalc ? metalc24 C O ALA 363 A ALA 376 1_555 L NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.28 ? 
metalc ? metalc25 C O ALA 407 A ALA 420 1_555 L NA NA . A NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.154 ? 
metalc ? metalc26 D O SER 133 B SER 146 1_555 P NA NA . B NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.152 ? 
metalc ? metalc27 D OG SER 133 B SER 146 1_555 P NA NA . B NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.806 ? 
metalc ? metalc28 D O SER 137 B SER 150 1_555 P NA NA . B NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.564 ? 
metalc ? metalc29 D OD1 ASN 138 B ASN 151 1_555 P NA NA . B NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.071 ? 
metalc ? metalc30 D O GLY 186 B GLY 199 1_555 P NA NA . B NA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.983 ? 
metalc ? metalc31 D O THR 360 B THR 373 1_555 O NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.572 ? 
metalc ? metalc32 D OG1 THR 360 B THR 373 1_555 O NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.592 ? 
metalc ? metalc33 D O ALA 363 B ALA 376 1_555 O NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.221 ? 
metalc ? metalc34 D O ALA 407 B ALA 420 1_555 O NA NA . B NA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.85 ? 
#
_chem_comp.formula           'Na 1' 
_chem_comp.formula_weight    22.99 
_chem_comp.id                NA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'SODIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     6WTX 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.00922 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.000944 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.009703 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.005762 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 UB7 C 1 501 501 UB7 TTP . 
F 3 NA C 1 502 6 NA NA . 
G 3 NA C 1 503 7 NA NA . 
H 2 UB7 D 1 501 501 UB7 TTP . 
I 3 NA D 1 502 4 NA NA . 
J 3 NA D 1 503 5 NA NA . 
K 3 NA A 1 501 2 NA NA . 
L 3 NA A 1 502 3 NA NA . 
M 2 UB7 A 1 503 501 UB7 TTP . 
N 2 UB7 B 1 501 501 UB7 TTP . 
O 3 NA B 1 502 1 NA NA . 
P 3 NA B 1 503 8 NA NA . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           NA 
_atom_site.label_atom_id         NA 
_atom_site.label_comp_id         NA 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         L 
_atom_site.label_entity_id       3 
_atom_site.Cartn_x               -16.008 
_atom_site.Cartn_y               -52.856 
_atom_site.Cartn_z               -63.038 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        5.51 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          NA 
_atom_site.auth_comp_id          NA 
_atom_site.auth_seq_id           502 
_atom_site.auth_asym_id          A 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              38 
_model_server_stats.parse_time_ms           26 
_model_server_stats.create_model_time_ms    73 
_model_server_stats.query_time_ms           280 
_model_server_stats.encode_time_ms          9 
_model_server_stats.element_count           1 
#