data_6XU4 # _model_server_result.job_id S8254XshvzAFdJ0bKIGPOg _model_server_result.datetime_utc '2025-08-31 00:25:38' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6xu4 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"I","auth_seq_id":502}' # _entry.id 6XU4 # _exptl.entry_id 6XU4 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 10 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6XU4 _cell.length_a 163.561 _cell.length_b 163.561 _cell.length_c 143.06 _cell.Z_PDB 24 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6XU4 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 96 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 43 21 2' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? monomeric 1 author_defined_assembly 1 ? monomeric 1 author_defined_assembly 2 ? monomeric 1 author_defined_assembly 3 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,D,E,F,G,N 1 1 B,H,I,J,K,O 2 1 C,L,M 3 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 D N N ? 2 E N N ? 2 F N N ? 2 G N N ? 2 H N N ? 2 I N N ? 2 J N N ? 2 K N N ? 2 L N N ? 2 M N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A C LEU 183 A LEU 183 1_555 A N1 CRO 184 A CRO 185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.374 ? covale ? covale2 A C3 CRO 184 A CRO 185 1_555 A N VAL 185 A VAL 187 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? covale ? covale3 B C LEU 183 B LEU 183 1_555 B N1 CRO 184 B CRO 185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.373 ? covale ? covale4 B C3 CRO 184 B CRO 185 1_555 B N VAL 185 B VAL 187 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.352 ? metalc ? metalc1 A OD1 ASP 285 A ASP 287 1_555 F CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASP 287 A ASP 289 1_555 F CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.35 ? metalc ? metalc3 A OD2 ASP 287 A ASP 289 1_555 F CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.377 ? metalc ? metalc4 A OD1 ASP 289 A ASP 291 1_555 F CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.388 ? metalc ? metalc5 A OD2 ASP 289 A ASP 291 1_555 F CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.418 ? metalc ? metalc6 A O GLN 291 A GLN 293 1_555 F CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? metalc ? metalc7 A OE1 GLU 296 A GLU 298 1_555 F CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? metalc ? metalc8 A OE2 GLU 296 A GLU 298 1_555 F CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc9 A OD1 ASP 321 A ASP 323 1_555 D CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? metalc ? metalc10 A OD1 ASP 323 A ASP 325 1_555 D CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? metalc ? metalc11 A OD1 ASN 325 A ASN 327 1_555 D CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? metalc ? metalc12 A O THR 327 A THR 329 1_555 D CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? metalc ? metalc13 A OE1 GLU 332 A GLU 334 1_555 D CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? metalc ? metalc14 A OE2 GLU 332 A GLU 334 1_555 D CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc15 A OD1 ASP 358 A ASP 360 1_555 E CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? metalc ? metalc16 A OD1 ASP 360 A ASP 362 1_555 E CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? metalc ? metalc17 A OD2 ASP 360 A ASP 362 1_555 E CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.337 ? metalc ? metalc18 A OD1 ASN 362 A ASN 364 1_555 E CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? metalc ? metalc19 A O PHE 364 A PHE 366 1_555 E CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? metalc ? metalc20 A OE1 GLU 369 A GLU 371 1_555 E CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.335 ? metalc ? metalc21 A OE2 GLU 369 A GLU 371 1_555 E CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? metalc ? metalc22 A OD1 ASP 394 A ASP 396 1_555 G CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.347 ? metalc ? metalc23 A OD1 ASP 396 A ASP 398 1_555 G CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? metalc ? metalc24 A OD2 ASP 396 A ASP 398 1_555 G CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.366 ? metalc ? metalc25 A OD1 ASP 398 A ASP 400 1_555 G CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? metalc ? metalc26 A OD2 ASP 398 A ASP 400 1_555 G CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.373 ? metalc ? metalc27 A O ARG 400 A ARG 402 1_555 G CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.364 ? metalc ? metalc28 A OE1 GLU 405 A GLU 407 1_555 G CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.346 ? metalc ? metalc29 A OE2 GLU 405 A GLU 407 1_555 G CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? metalc ? metalc30 B OD1 ASP 285 B ASP 287 1_555 H CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? metalc ? metalc31 B OD1 ASP 287 B ASP 289 1_555 H CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? metalc ? metalc32 B OD2 ASP 287 B ASP 289 1_555 H CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.368 ? metalc ? metalc33 B OD1 ASP 289 B ASP 291 1_555 H CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.367 ? metalc ? metalc34 B OD2 ASP 289 B ASP 291 1_555 H CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.78 ? metalc ? metalc35 B O GLN 291 B GLN 293 1_555 H CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? metalc ? metalc36 B OE1 GLU 296 B GLU 298 1_555 H CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc37 B OE2 GLU 296 B GLU 298 1_555 H CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? metalc ? metalc38 B OD1 ASP 321 B ASP 323 1_555 I CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? metalc ? metalc39 B OD1 ASP 323 B ASP 325 1_555 I CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc40 B OD1 ASN 325 B ASN 327 1_555 I CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc41 B O THR 327 B THR 329 1_555 I CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? metalc ? metalc42 B OE1 GLU 332 B GLU 334 1_555 I CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.364 ? metalc ? metalc43 B OE2 GLU 332 B GLU 334 1_555 I CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.379 ? metalc ? metalc44 B OD1 ASP 358 B ASP 360 1_555 J CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc45 B OD1 ASP 360 B ASP 362 1_555 J CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? metalc ? metalc46 B OD2 ASP 360 B ASP 362 1_555 J CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.343 ? metalc ? metalc47 B OD1 ASN 362 B ASN 364 1_555 J CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? metalc ? metalc48 B O PHE 364 B PHE 366 1_555 J CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? metalc ? metalc49 B OE1 GLU 369 B GLU 371 1_555 J CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.335 ? metalc ? metalc50 B OE2 GLU 369 B GLU 371 1_555 J CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? metalc ? metalc51 B OD1 ASP 394 B ASP 396 1_555 K CA CA . B CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? metalc ? metalc52 B OD1 ASP 396 B ASP 398 1_555 K CA CA . B CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? metalc ? metalc53 B OD2 ASP 396 B ASP 398 1_555 K CA CA . B CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.565 ? metalc ? metalc54 B OD1 ASP 398 B ASP 400 1_555 K CA CA . B CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? metalc ? metalc55 B OD2 ASP 398 B ASP 400 1_555 K CA CA . B CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? metalc ? metalc56 B O ARG 400 B ARG 402 1_555 K CA CA . B CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc57 B OE1 GLU 405 B GLU 407 1_555 K CA CA . B CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? metalc ? metalc58 B OE2 GLU 405 B GLU 407 1_555 K CA CA . B CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.361 ? metalc ? metalc59 C OD1 ASP 285 E ASP 287 1_555 L CA CA . E CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? metalc ? metalc60 C OD1 ASP 287 E ASP 289 1_555 L CA CA . E CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.35 ? metalc ? metalc61 C OD2 ASP 287 E ASP 289 1_555 L CA CA . E CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.503 ? metalc ? metalc62 C OD1 ASP 289 E ASP 291 1_555 L CA CA . E CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? metalc ? metalc63 C OD2 ASP 289 E ASP 291 1_555 L CA CA . E CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.763 ? metalc ? metalc64 C O GLN 291 E GLN 293 1_555 L CA CA . E CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? metalc ? metalc65 C OE1 GLU 296 E GLU 298 1_555 L CA CA . E CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? metalc ? metalc66 C OE2 GLU 296 E GLU 298 1_555 L CA CA . E CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? metalc ? metalc67 C OD1 ASP 321 E ASP 323 1_555 M CA CA . E CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? metalc ? metalc68 C OD1 ASP 323 E ASP 325 1_555 M CA CA . E CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? metalc ? metalc69 C OD1 ASN 325 E ASN 327 1_555 M CA CA . E CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? metalc ? metalc70 C O THR 327 E THR 329 1_555 M CA CA . E CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? metalc ? metalc71 C OE1 GLU 332 E GLU 334 1_555 M CA CA . E CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? metalc ? metalc72 C OE2 GLU 332 E GLU 334 1_555 M CA CA . E CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 6XU4 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.006114 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.006114 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.00699 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code D 2 CA A 1 501 1 CA CA . E 2 CA A 1 502 2 CA CA . F 2 CA A 1 503 7 CA CA . G 2 CA A 1 504 8 CA CA . H 2 CA B 1 501 3 CA CA . I 2 CA B 1 502 4 CA CA . J 2 CA B 1 503 5 CA CA . K 2 CA B 1 504 6 CA CA . L 2 CA E 1 501 416 CA CA . M 2 CA E 1 502 417 CA CA . N 3 HOH A 1 601 4 HOH HOH . O 3 HOH B 1 601 3 HOH HOH . O 3 HOH B 2 602 2 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id I _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x 15.819 _atom_site.Cartn_y -32.937 _atom_site.Cartn_z 4.15 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 98.55 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 502 _atom_site.auth_asym_id B _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 8 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 4 _model_server_stats.query_time_ms 311 _model_server_stats.encode_time_ms 1 _model_server_stats.element_count 1 #