data_6Y4M # _model_server_result.job_id ivyEkRmWXeVHoatlkj84Qg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-28 16:22:12' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 6y4m # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"U","auth_seq_id":1001}' # _entry.id 6Y4M # _exptl.entry_id 6Y4M _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 523.18 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 3 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 6Y4M _cell.length_a 103.961 _cell.length_b 152.59 _cell.length_c 185.989 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 6Y4M _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 G N N ? 5 P N N ? 5 U N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 M C31 O9B . B O9B 1004 1_555 T N VAL . C VAL 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.344 ? covale ? covale2 N C5 O9H . B O9H 1005 1_555 O NBI OH5 . B OH5 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale3 N N3 O9H . B O9H 1005 1_555 T C VAL . C VAL 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.356 ? metalc ? metalc1 A OD1 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.963 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.652 ? metalc ? metalc3 A O THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.095 ? metalc ? metalc4 A OG1 THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.349 ? metalc ? metalc5 A O GLY 44 A GLY 44 1_555 I CA CA . A CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.585 ? metalc ? metalc6 A OE2 GLU 55 A GLU 55 1_555 I CA CA . A CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.459 ? metalc ? metalc7 G O1G GTP . A GTP 1001 1_555 H MG MG . A MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.005 ? metalc ? metalc8 G O1B GTP . A GTP 1001 1_555 H MG MG . A MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.943 ? metalc ? metalc9 H MG MG . A MG 1002 1_555 X O HOH . A HOH 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? metalc ? metalc10 H MG MG . A MG 1002 1_555 X O HOH . A HOH 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.184 ? metalc ? metalc11 H MG MG . A MG 1002 1_555 X O HOH . A HOH 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.179 ? metalc ? metalc12 H MG MG . A MG 1002 1_555 X O HOH . A HOH 1105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.174 ? metalc ? metalc13 K MG MG . B MG 1002 1_555 Y O HOH . B HOH 1109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.561 ? metalc ? metalc14 K MG MG . B MG 1002 1_555 Z O HOH . C HOH 1106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.818 ? metalc ? metalc15 C OD1 ASP 39 C ASP 39 1_555 R CA CA . C CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.783 ? metalc ? metalc16 C OD2 ASP 39 C ASP 39 1_555 R CA CA . C CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.451 ? metalc ? metalc17 C O THR 41 C THR 41 1_555 R CA CA . C CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.766 ? metalc ? metalc18 C OG1 THR 41 C THR 41 1_555 R CA CA . C CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.36 ? metalc ? metalc19 C O GLY 44 C GLY 44 1_555 R CA CA . C CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.451 ? metalc ? metalc20 C OE1 GLU 55 C GLU 55 1_555 R CA CA . C CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.006 ? metalc ? metalc21 C OE2 GLU 55 C GLU 55 1_555 R CA CA . C CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.382 ? metalc ? metalc22 P O1G GTP . C GTP 1001 1_555 Q MG MG . C MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.955 ? metalc ? metalc23 P O1B GTP . C GTP 1001 1_555 Q MG MG . C MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.198 ? metalc ? metalc24 Q MG MG . C MG 1002 1_555 Z O HOH . C HOH 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.179 ? metalc ? metalc25 Q MG MG . C MG 1002 1_555 Z O HOH . C HOH 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.181 ? metalc ? metalc26 Q MG MG . C MG 1002 1_555 Z O HOH . C HOH 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.179 ? metalc ? metalc27 Q MG MG . C MG 1002 1_555 Z O HOH . C HOH 1105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.177 ? metalc ? metalc28 U O1G GTP . D GTP 1001 1_555 V MG MG . D MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.789 ? metalc ? metalc29 U O1B GTP . D GTP 1001 1_555 V MG MG . D MG 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.56 ? metalc ? metalc30 V MG MG . D MG 1002 1_555 AA O HOH . D HOH 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.174 ? metalc ? metalc31 V MG MG . D MG 1002 1_555 AA O HOH . D HOH 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.179 ? metalc ? metalc32 V MG MG . D MG 1002 1_555 AA O HOH . D HOH 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.179 ? metalc ? metalc33 V MG MG . D MG 1002 1_555 AA O HOH . D HOH 1105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.182 ? # _chem_comp.formula 'C10 H16 N5 O14 P3' _chem_comp.formula_weight 523.18 _chem_comp.id GTP _chem_comp.mon_nstd_flag n _chem_comp.name "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PG O1G GTP doub 225 n n PG O2G GTP sing 226 n n PG O3G GTP sing 227 n n PG O3B GTP sing 228 n n O2G HOG2 GTP sing 229 n n O3G HOG3 GTP sing 230 n n O3B PB GTP sing 231 n n PB O1B GTP doub 232 n n PB O2B GTP sing 233 n n PB O3A GTP sing 234 n n O2B HOB2 GTP sing 235 n n O3A PA GTP sing 236 n n PA O1A GTP doub 237 n n PA O2A GTP sing 238 n n PA O5' GTP sing 239 n n O2A HOA2 GTP sing 240 n n O5' C5' GTP sing 241 n n C5' C4' GTP sing 242 n n C5' H5' GTP sing 243 n n C5' "H5''" GTP sing 244 n n C4' O4' GTP sing 245 n n C4' C3' GTP sing 246 n n C4' H4' GTP sing 247 n n O4' C1' GTP sing 248 n n C3' O3' GTP sing 249 n n C3' C2' GTP sing 250 n n C3' H3' GTP sing 251 n n O3' HO3' GTP sing 252 n n C2' O2' GTP sing 253 n n C2' C1' GTP sing 254 n n C2' H2' GTP sing 255 n n O2' HO2' GTP sing 256 n n C1' N9 GTP sing 257 n n C1' H1' GTP sing 258 n n N9 C8 GTP sing 259 n y N9 C4 GTP sing 260 n y C8 N7 GTP doub 261 n y C8 H8 GTP sing 262 n n N7 C5 GTP sing 263 n y C5 C6 GTP sing 264 n n C5 C4 GTP doub 265 n y C6 O6 GTP doub 266 n n C6 N1 GTP sing 267 n n N1 C2 GTP sing 268 n n N1 HN1 GTP sing 269 n n C2 N2 GTP sing 270 n n C2 N3 GTP doub 271 n n N2 HN21 GTP sing 272 n n N2 HN22 GTP sing 273 n n N3 C4 GTP sing 274 n n # _atom_sites.entry_id 6Y4M _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.009619 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.006554 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.005377 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 5 GTP A 1 1001 1001 GTP GTP . H 6 MG A 1 1002 1002 MG MO6 . I 7 CA A 1 1003 1003 CA CA . J 8 GDP B 1 1001 1001 GDP GDP . K 6 MG B 1 1002 1002 MG MG . L 9 MES B 1 1003 1004 MES MES . M 10 O9B B 1 1004 2001 O9B ABB . N 11 O9H B 1 1005 2001 O9H ABB . O 12 OH5 B 1 1006 2001 OH5 ABB . P 5 GTP C 1 1001 1001 GTP GTP . Q 6 MG C 1 1002 1002 MG MO6 . R 7 CA C 1 1003 1003 CA CA . S 13 PGE C 1 1004 1004 PGE PGE . T 14 VAL C 1 1005 2001 VAL ABB . U 5 GTP D 1 1001 1001 GTP GTP . V 6 MG D 1 1002 1002 MG MO6 . W 15 ACP F 1 401 401 ACP ACP . X 16 HOH A 1 1101 1002 HOH MO6 . X 16 HOH A 2 1102 1002 HOH MO6 . X 16 HOH A 3 1103 1002 HOH MO6 . X 16 HOH A 4 1104 11 HOH HOH . X 16 HOH A 5 1105 1002 HOH MO6 . X 16 HOH A 6 1106 8 HOH HOH . X 16 HOH A 7 1107 10 HOH HOH . X 16 HOH A 8 1108 13 HOH HOH . X 16 HOH A 9 1109 7 HOH HOH . Y 16 HOH B 1 1101 20 HOH HOH . Y 16 HOH B 2 1102 18 HOH HOH . Y 16 HOH B 3 1103 5 HOH HOH . Y 16 HOH B 4 1104 16 HOH HOH . Y 16 HOH B 5 1105 4 HOH HOH . Y 16 HOH B 6 1106 14 HOH HOH . Y 16 HOH B 7 1107 6 HOH HOH . Y 16 HOH B 8 1108 21 HOH HOH . Y 16 HOH B 9 1109 1 HOH HOH . Y 16 HOH B 10 1110 9 HOH HOH . Y 16 HOH B 11 1111 19 HOH HOH . Z 16 HOH C 1 1101 1002 HOH MO6 . Z 16 HOH C 2 1102 1002 HOH MO6 . Z 16 HOH C 3 1103 1002 HOH MO6 . Z 16 HOH C 4 1104 15 HOH HOH . Z 16 HOH C 5 1105 1002 HOH MO6 . Z 16 HOH C 6 1106 2 HOH HOH . Z 16 HOH C 7 1107 3 HOH HOH . AA 16 HOH D 1 1101 1002 HOH MO6 . AA 16 HOH D 2 1102 17 HOH HOH . AA 16 HOH D 3 1103 1002 HOH MO6 . AA 16 HOH D 4 1104 1002 HOH MO6 . AA 16 HOH D 5 1105 1002 HOH MO6 . BA 16 HOH E 1 201 12 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PG GTP . . . U 5 -26.514 90.743 -43.466 1 103.76 ? PG GTP 1001 D 1 HETATM 2 O O1G GTP . . . U 5 -25.274 91.207 -44.19 1 105.14 ? O1G GTP 1001 D 1 HETATM 3 O O2G GTP . . . U 5 -27.42 89.905 -44.332 1 104.81 ? O2G GTP 1001 D 1 HETATM 4 O O3G GTP . . . U 5 -27.246 91.86 -42.778 1 104.2 ? O3G GTP 1001 D 1 HETATM 5 O O3B GTP . . . U 5 -26.007 89.776 -42.28 1 101.72 ? O3B GTP 1001 D 1 HETATM 6 P PB GTP . . . U 5 -24.658 88.942 -42.061 1 101.66 ? PB GTP 1001 D 1 HETATM 7 O O1B GTP . . . U 5 -24.317 88.232 -43.33 1 102.9 ? O1B GTP 1001 D 1 HETATM 8 O O2B GTP . . . U 5 -24.752 88.172 -40.782 1 98.4 ? O2B GTP 1001 D 1 HETATM 9 O O3A GTP . . . U 5 -23.608 90.131 -41.861 1 103.25 ? O3A GTP 1001 D 1 HETATM 10 P PA GTP . . . U 5 -22.039 90.094 -41.546 1 102.79 ? PA GTP 1001 D 1 HETATM 11 O O1A GTP . . . U 5 -21.329 90.833 -42.633 1 105.57 ? O1A GTP 1001 D 1 HETATM 12 O O2A GTP . . . U 5 -21.653 88.676 -41.274 1 100.65 ? O2A GTP 1001 D 1 HETATM 13 O O5' GTP . . . U 5 -21.985 90.932 -40.176 1 100.7 ? O5' GTP 1001 D 1 HETATM 14 C C5' GTP . . . U 5 -21.244 92.179 -40.088 1 101.84 ? C5' GTP 1001 D 1 HETATM 15 C C4' GTP . . . U 5 -20.282 92.11 -38.928 1 99.5 ? C4' GTP 1001 D 1 HETATM 16 O O4' GTP . . . U 5 -19.506 90.888 -39.031 1 97.8 ? O4' GTP 1001 D 1 HETATM 17 C C3' GTP . . . U 5 -19.249 93.241 -38.843 1 101 ? C3' GTP 1001 D 1 HETATM 18 O O3' GTP . . . U 5 -18.917 93.548 -37.494 1 99.4 ? O3' GTP 1001 D 1 HETATM 19 C C2' GTP . . . U 5 -18.055 92.648 -39.59 1 101.26 ? C2' GTP 1001 D 1 HETATM 20 O O2' GTP . . . U 5 -16.836 93.244 -39.208 1 102.63 ? O2' GTP 1001 D 1 HETATM 21 C C1' GTP . . . U 5 -18.135 91.193 -39.145 1 98.15 ? C1' GTP 1001 D 1 HETATM 22 N N9 GTP . . . U 5 -17.531 90.254 -40.082 1 97.7 ? N9 GTP 1001 D 1 HETATM 23 C C8 GTP . . . U 5 -17.892 90.039 -41.389 1 99.09 ? C8 GTP 1001 D 1 HETATM 24 N N7 GTP . . . U 5 -17.166 89.124 -41.983 1 98.84 ? N7 GTP 1001 D 1 HETATM 25 C C5 GTP . . . U 5 -16.272 88.71 -41.004 1 96.87 ? C5 GTP 1001 D 1 HETATM 26 C C6 GTP . . . U 5 -15.242 87.738 -41.061 1 95.96 ? C6 GTP 1001 D 1 HETATM 27 O O6 GTP . . . U 5 -14.911 87.027 -42.02 1 96.77 ? O6 GTP 1001 D 1 HETATM 28 N N1 GTP . . . U 5 -14.575 87.634 -39.838 1 94.08 ? N1 GTP 1001 D 1 HETATM 29 C C2 GTP . . . U 5 -14.857 88.365 -38.71 1 93.18 ? C2 GTP 1001 D 1 HETATM 30 N N2 GTP . . . U 5 -14.102 88.121 -37.63 1 91.66 ? N2 GTP 1001 D 1 HETATM 31 N N3 GTP . . . U 5 -15.824 89.279 -38.652 1 94.04 ? N3 GTP 1001 D 1 HETATM 32 C C4 GTP . . . U 5 -16.486 89.398 -39.829 1 96.05 ? C4 GTP 1001 D 1 # _model_server_stats.io_time_ms 41 _model_server_stats.parse_time_ms 16 _model_server_stats.create_model_time_ms 22 _model_server_stats.query_time_ms 332 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 32 #